Fylogenie

Fylogenie houdt zich bezig met de evolutionaire diversificatie van organismen of groepen organismen. Een groep organismen met een naam wordt een taxon genoemd. Taxa kunnen verschillende niveaus van de evolutionaire hiërarchie omvatten. De groep met alle vogels is bijvoorbeeld een taxon (bestaande uit de klasse Aves ) en de groep van alle soorten madeliefjes (het geslacht Bellis ) is ook een taxon. Fylogenieën kunnen evenzo slechts één geslacht omvatten (dwz verhoudingen tussen soorten weergeven) of een heel koninkrijk beslaan.

Fylogenie wordt noormaal gesproken weergegeven met een boom. Elke taxon wordt afgebeeld aan het uiteinde van de tak en de takken vertegenwoordigen de relatie tussen deze taxa. Nauw verwante taxa delen een groter deel van hun genoom, wat resulteert in morfologische overeenkomsten. Zuster taxa delen een directe gemeenschappelijke voorouder, wat wordt weegegeven met een gedeeld knooppunt.

Knopen in de boom geven een morfologisch kenmerk of moleculaire verandering weer die taxa onderscheidt. Alle taxa die verbonden zijn met specifieke, gemeenschappelijke knooppunten, delen een gemeenschappelijke voorouder. De “wortel” van de boom is dus de voorouder die door alle taxa in de boom wordt gedeeld. Een boom zonder wortel vertegenwoordigt de relatie van taxa maar geeft geen informatie over de gedeelde gemeenschappelijke voorouder.

De lengte van de takken van een boom kan iets betekenen hebben. In een geschilde boom kan de lengte van de tak ofwel de tijd vertegenwoordigen, ofwel het aantal veranderingen die zijn opgetreden sinds de taxa is geëvolueerd uit een gemeenschappelijke voorouder.