1.8: 发展史
系统发育涉及生物或生物群的进化多样化。一组名称有机体被称为分类单元。分类群可以跨越进化层次的不同层次。例如，包含所有鸟类的组是分类单元（包括 Aves 类），所有雏菊种类（属 Bellis ）的组是分类单元。系统发育同样可以仅包括一个属（即，描绘物种关系）或跨越整个王国。
通常，系统发育是由一棵树来表示的。每一个兴趣的分类单元都被描绘在分支的顶端，分支代表了这些分类单元之间的关系。紧密相关的分类群在它们的基因组中占有较大的份额，导致了形态上的相似性。姊妹类群共享一个直接的共同祖先，由一个共享节点表示。
树上的节点描述了区分分类群的形态特征或分子变化。所有直接连接到特定节点的分类单元共享一个最近的共同祖先。因此，树根是树上所有分类群共有的祖先。没有根的树表示分类群之间的关系，但不提供有关共享共同祖先的信息。
树枝的长度可能有意义，也可能没有意义。在有鳞树中，分枝的长度可以表示自分类群从一个共同祖先进化以来发生的变化的时间或数量。
