Die Samen bestehen aus einem schützenden Samenmantel, der den pflanzlichen Embryo umgibt, und einem Nährgewebe für den sich entwickelnden Embryo. Der Embryo enthält die Vorläufergewebe für Blätter, Sprossachse und Wurzeln. Der Endosperm und die Kotyledone – Keimblätter – fungieren als Nahrungsreserven für den wachsenden Embryo.
Der Embryo enthält einen doppelten Chromosomensatz, einen Satz von jedem Elternteil. Die Befruchtung der haploiden Eizelle durch die haploiden Spermazellen führt zur Bildung der Zygote, die sich zum Embryo entwickelt.
Die meisten blühenden Pflanzen haben den Endosperm gemein, welcher während der doppelten Befruchtung entsteht. Hier treten zwei Spermazellen in den Eiapparat ein. Eine Spermazelle befruchtet die Eizelle, während die andere mit der Zentralzelle verschmilzt und das Endosperm produziert. Koniferen und andere Nacktsamer durchlaufen keine doppelte Befruchtung und haben daher kein echtes Endosperm.
Die Samenstruktur unterscheidet sich zwischen den zwei Arten der blühenden Pflanzen, die einkeimblättrige (Monokotyledonen) und zweikeimblättrigen Pflanzen (Dikotyledonen).
Monokotyledone, wie Mais, haben ein einziges großes Keimblatt namens Scutellum (Schildchen), das sich direkt mit dem embryonalen Leitgewebe verbindet. Das Endosperm dient als Nährgewebe. Während der Keimung absorbiert das Scutellum die enzymatisch freigesetzten Nährstoffe und transportiert sie zum sich entwickelnden Embryo.
Der Embryo der Monokotyledone ist von zwei Schutzhüllen umgeben. Die erste Schutzhülle ist die Koleoptile bedeckt den jungen Trieb. Die zweite, die Coleorhiza, umgibt die junge Wurzel. Beide Strukturen erleichtern das Eindringen in den Boden nach der Keimung.
Die Samen der Dikotyledone können entweder über Endosperm verfügen oder nicht. In Dikotyledonen mit Endosperm, wie Tomaten, ist das Nährgewebe im Endosperm vorhanden. Während der Keimung absorbieren die Kotyledone die aus dem Endosperm enzymatisch freigesetzten Nährstoffe und transportieren sie zum wachsenden Embryo.
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