Las estructuras de semillas están formadas por una capa protectora de la semilla que rodea al embrión de la planta, y un almacén de alimentos para el embrión en desarrollo. El embrión contiene los tejidos precursores de las hojas, el tallo y las raíces. El endospermo y los cotiledones —hojas de semillas— actúan como reservas de alimentos para el embrión en crecimiento.
El embrión contiene un juego doble de cromosomas, un juego de cada padre. La fertilización del óvulo haploide por el espermatozoide haploide da lugar al cigoto, que se convierte en el embrión.
Las monocotiledóneas, como el maíz, tienen un solo cotiledón grande llamado escutelo, que se conecta directamente a los tejidos vasculares embrionarios. El endospermo actúa como reserva alimentaria. Durante la germinación, el escutelo absorbe los materiales alimenticios liberados enzimáticamente y los transporta al embrión en desarrollo.
El embrión de las monocotiledóneas está rodeado por dos vainas protectoras. La primera, el coleóptilo, cubre el brote joven. La segunda, la coleorhiza, encierra la raíz joven. Ambas estructuras facilitan la penetración en el suelo tras la germinación.
Las semillas de las dicotiledóneas pueden ser endospérmicas o no endospérmicas. En las dicotiledóneas endospérmicas, como los tomates, las reservas de alimentos están presentes en el endospermo. Durante la germinación, los cotiledones absorben el material alimentario liberado enzimáticamente del endospermo y lo transportan al embrión en crecimiento.