Especiação é o processo evolutivo que resulta na formação de novas espécies distintas—grupos de populações reprodutivamente isoladas.
A genética da especiação envolve as diferentes características ou mecanismos de isolamento que impedem a troca de genes, levando ao isolamento reprodutivo. O isolamento reprodutivo pode dever-se a barreiras reprodutivas que têm efeitos antes ou depois da formação de um zigoto. Mecanismos pré-zigóticos impedem a fertilização, e mecanismos pós-zigóticos reduzem a viabilidade, ou capacidade reprodutiva, da progenia híbrida.
Por exemplo, mecanismos pré-zigóticos atuam no início do ciclo de vida de um organismo, impondo o mais forte impedimento ao fluxo genético, e prevenindo combinações desfavoráveis de acasalamento. Algumas combinações de acasalamento produzem indivíduos híbridos. A seleção natural pode funcionar contra a produção de híbridos com baixa aptidão, aumentando assim o isolamento reprodutivo entre duas espécies.
Barreiras reprodutivas pós-zigóticas podem dever-se à inviabilidade intrínseca dos híbridos. Complicações genéticas resultantes de níveis aberrantes de ploidia, diferentes arranjos cromossómicos, ou incompatibilidades genéticas onde os alelos não funcionam adequadamente, contribuem para diferentes constituições genéticas e caminhos alternativos de desenvolvimento em híbridos. Essas alterações genéticas afetam tanto plantas como animais, levando ao isolamento pós-zigótico e à especiação.
A epistasia, ou interações genéticas não alélicas, é uma característica distinta que contribui para a especiação. O efeito de uma variante genética depende do fundo genético em que aparece. Por exemplo, um alelo que dá origem a um fenótipo normal em membros da mesma espécie pode funcionar mal no ambiente genético dos híbridos. Essa fraqueza híbrida também pode levar ao isolamento reprodutivo e à especiação.
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