종 분화는 진화적으로 새로운 종이 형성되는 것인데하나 이상의 모집단의 유전적 변화와 관련이 있다유전적 변화는 유기체의 분자 구성행동 및 육체적 구조를 바꾸어서유전 장벽을 만들어종의 분리가 일어날 수 있다이를테면 꽃식물 속 페튜니아 종에서는단일 유전자가 꽃 색깔을 정한다그 유전자의 변형이 그러한 유전 장벽을 강요할 수 있다그 꽃 색깔은 어느 꽃가루 매개자가 꽃을방문하는지 결정을 하고, 효과적으로여러 꽃 색깔을 가진 모집단의 생식 고립을야기한다고립 꿀벌은 자주색 꽃 종과 수분하고벌새는 연한 빨간색 꽃 종과 수분하고박각시 나방은 하얀 꽃 종과 수분한다결국 다른 페튜니아 종이 진화하게 된다또 다른 진화적인 장벽은유기체의 전체 염색체 내용이 바뀌는 것이다이를테면 트라고포곤 식물의여러 종이 이종 교배나 잡종화는새로운 트라고포곤 종의 탄생으로 이어진다잡종 자손은 두 개의 이상의동종 염색체를 갖기 때문에생식 능력이 있어도 각 부모의 종과생식을 할 수가 없다숙주 유기체 유전체와 그와 관련된모든 공생 미생물 유전체의 구체적인 조합 조차도유전적인 장애물을 강요할 수 있고결국 종 분화로 이어진다이를테면, 나소니아 말벌 종 사이의 교배는자손의 90%까지 유충 발달 단계에서 사라진다실험에 따르면 이 잡종의 치사율은말벌 유전체와 인근 박테리아 공동체사이의 상호 작용 때문인 것 같은데이는 유전-미생물 상호 작용이 어떻게 생식력을방해하여 종 분리를 유지하는지를 보여준다종 분화에서의 유전자의 역할은활발한 연구 분야이지만 유전적 변화가단일 유전자 유전체 구성 및여러 유전체의 상호 작용에 걸쳐 일어나면생식 고립과 종 분화에 기여할 수 있다