كثير من العمليات الخلوية المعقدة يتم التحكم بها بواسطة قليل من عوامل النسخ العوامل المعروفة باسم منظمات النسخ الرئيسية. هذه المنظمات الرئيسية تحفّز أو تمنع نسخ مجموعات من الجينات،مثل تلك المطلوبة للتمايز الخلوي. هذه البروتينات المهمة ممكن أن تعمل بشكل مباشر أو بشكل غير مباشر لتنظيم التعبير الجيني.منظمات النسخ الرئيسية قد ترتبط مباشرة بالتسلسلات التنظيمية-سيز لتحكم نسخ عدة جينات مشتركة فى إستجابات خلوية ذات الصلة. ميو دى(MyoD)هو منظم نسخى رئيسي مطلوب لتمايز خلايا العضلات. وهو يرتبط بالتسلسلات التنظيمية سيز لمئات الجينات الداخلة في تطور العضلات،المتضمنة السلسلة الثقيلة ميوسين،بروتين حركى موجود فى العضلات, وديسمين, خيط وسطى مخصص للعضلات.00:01:02.800 00:01:06.940 منظمات النسخ الرئيسية يمكنها أيضا أن تعمل بشكل غير مباشر من خلال الربط بالتسلسلات التنظيمية سيز التي تحكم إنتاج عوامل نسخ أخرى. يرتبط ميو دى بالتسلسلات التنظيمية التي تحُث على التعبير عن عوامل نسخ أخرى،مثل معامل المعزز 2 المخصص للخلية العضلية،الذى ينظم جينات إضافية لازمة لتطور وإصلاح الأنسجة العضلية. المنظمات الرئيسية غالبًا ما تعمل معًا لتحفيز تمايز الخلايا.المنظمات الرئيسية أوكت 4 و سوكس2 تعمل معًا لتنظيم تعبير زد إف بى 206 عامل النسخ هذا يجب التعبير عنه بشكل كبير في الخلايا الجذعية الجنينية فى الفئران والبشر لتحفز تمايز الخلايا. وبالمثل،بى بى أيه آر جاما و سي\إيه بى بى الفا تحفز تطور الأديبوسايت أو الخلية الدهنية بواسطة الربط بالمواقع التنظيمية سيز لبروتينات مخصصة للخلايا الدهنية. بالإضافة إلى ذلك،بى بى أيه آر جاما و سي\إيه بى بى الفا كل يرتبط ب موقع نسخ تنظيمى للآخر،مخلقا حلقة إيجابية لزيادة النسخ أثناء التمايز بشكل أكبر.