एंटीरेट्रोवाइरल थेरेपी (एआरटी) में नाकाम रहने एचआईवी -1 से संक्रमित व्यक्तियों के लिए दवा प्रतिरोध परीक्षण के भविष्य के उपचार के लिए गाइड और उपचार के परिणामों में सुधार कर सकते हैं. उच्च एचआईवी व्याप्ति लेकिन सीमित संसाधनों वाली स्थितियों में अनुकूलन व्यक्तिगत और जनसंख्या स्वास्थ्य परिणाम अंततः सस्ती और सुलभ दवा प्रतिरोध जीनोटाइपिंग और व्याख्या के तरीकों की आवश्यकता होगी.
एचआईवी -1 दवा प्रतिरोध को गंभीरता से एंटीरेट्रोवाइरल थेरेपी (एआरटी) के प्रभाव और प्रभाव समझौता करने की क्षमता है. उप सहारा अफ्रीका में एआरटी कार्यक्रम का विस्तार जारी है, एआरटी पर व्यक्तियों बारीकी से दवा प्रतिरोध के उद्भव के लिए निगरानी की जानी चाहिए. एआरटी के लिए पहले से ही प्रतिरोधी वायरल उपभेदों के प्रसारण पर नज़र रखने के लिए प्रेषित दवा प्रतिरोध की निगरानी भी महत्वपूर्ण है. जीनोटाइपिंग महंगा है और परिष्कृत प्रयोगशाला और डेटा प्रबंधन के बुनियादी ढांचे की आवश्यकता है, क्योंकि दुर्भाग्य से, दवा प्रतिरोध परीक्षण, अभी भी संसाधन सीमित सेटिंग में आसानी से सुलभ नहीं है. व्यक्तियों का प्रबंधन और संचरित दवा प्रतिरोध का आकलन करने के लिए एक खुला उपयोग genotypic दवा प्रतिरोध निगरानी विधि वर्णित है. विधि दवा प्रतिरोध पैटर्न की व्याख्या और व्यक्तिगत रोगी रिपोर्ट की पीढ़ी के लिए नि: शुल्क खुला स्रोत सॉफ्टवेयर का उपयोग करता है. जीनोटाइपिंग प्रोटोकॉल ए वी के साथ प्लाज्मा नमूनों के लिए 95% से अधिक की एक प्रवर्धन दर हैiral लोड> 1,000 एचआईवी -1 शाही सेना प्रतियां / एमएल. संवेदनशीलता वायरल लोड <1,000 एचआईवी -1 शाही सेना प्रतियां / एमएल के लिए काफी कम हो जाती है. यहाँ वर्णित विधि संयुक्त राज्य अमेरिका के खाद्य एवं औषधि प्रशासन (एफडीए), Viroseq जीनोटाइपिंग विधि द्वारा अनुमोदित परीक्षण एचआईवी -1 दवा प्रतिरोध की एक विधि के खिलाफ मान्य किया गया था. यहाँ वर्णित विधि की सीमाओं यह स्वचालित है और यह एक ही पैनल से उपप्रकार ए और बी परिलक्षित हालांकि यह भी नमूने की एक मान्यता पैनल से परिसंचारी पुनः संयोजक फार्म CRF02_AG बढ़ाना करने में विफल रहा है कि नहीं है कि तथ्य शामिल हैं.
दक्षिणी अफ्रीका में एचआईवी की महामारी विशेष रूप से दक्षिण अफ्रीका 2, 3 में, एंटीरेट्रोवाइरल थेरेपी (एआरटी) पर व्यक्तियों में एक सहवर्ती घातीय वृद्धि के साथ तेजी से 1 विकसित किया गया है. घटना 4 को कम करने और सीमित संसाधनों वाली स्थितियों में जीवन प्रत्याशा (आरएलएस) 5 बढ़ाने में बड़े पैमाने पर इलाज के कार्यक्रमों के महामारी विज्ञान के प्रभाव पर साक्ष्य के रूप में जमा करने के लिए जारी है, एआरटी कवरेज बढ़ाने के लिए प्रयास तेज कर दिया जाएगा. परीक्षण और इलाज के कार्यक्रमों के तहत एक निवारण उपकरण 6, 7 के रूप में उपचार के उपयोग की दिशा में दिशा निर्देशों का विकास उपचार पर व्यक्तियों की पूर्ण संख्या के आगे बढ़ाने जाएगा. लोगों की बड़ी संख्या एआरटी पर व्यक्तियों की औसत जीवन प्रत्याशा एचआईवी असंक्रमित जनसंख्या 8 की कि nears के रूप में समय की लंबी अवधि के लिए एआरटी पर होगा. एचआईवी दवा प्रतिरोध के विकास और प्रसारण alwa हैवाईएस एआरटी 9-12 की उपलब्धियों के लिए खतरा माना गया. इस प्रकार, अधिक व्यक्तियों एआरटी पर शुरू कर रहे हैं के रूप में अधिक कठोर निगरानी और दवा प्रतिरोध की निगरानी के लिए एक की जरूरत है.
Genotypic दवा प्रतिरोध (जीआरटी) के परीक्षण की निगरानी के लिए और साथ ही कला प्राप्त व्यक्तियों में एचआईवी -1 दवा प्रतिरोध की निगरानी दोनों, विकसित देशों में सफलतापूर्वक इस्तेमाल किया गया है. इन सेटिंग्स में, जीआरटी एचआईवी -1 से संक्रमित व्यक्तियों के लिए देखभाल के सातत्य में एकीकृत किया गया है. ज्यादातर अंतरराष्ट्रीय दिशा निर्देशों वयस्क या एआरटी (पहली पंक्ति और दूसरी लाइन) 13-15 में नाकाम रहने के बाल चिकित्सा रोगियों के लिए जीआरटी की सलाह देते हैं, बाल चिकित्सा मां से बच्चे को संचरण (PMTCT) regimens की रोकथाम के संपर्क में रोगियों लेकिन बाद में 16 संक्रमित है, और साथ सेटिंग में तीव्रता से संक्रमित व्यक्तियों 13-15 के बीच संचरित दवा प्रतिरोध के उच्च स्तरों. हालांकि, लागत, प्रौद्योगिकी, और बुनियादी सुविधाओं की आवश्यकताओं implemen सीमित हैआरएलएस में दवा प्रतिरोध निगरानी के लिए इसी तरह के दृष्टिकोण के tation.
दक्षिण अफ्रीकी एचआईवी उपचार और निगरानी के दिशा निर्देशों वर्तमान में पहली पंक्ति 17 regimens में नाकाम रहने के व्यक्तियों के लिए कला का मार्गदर्शक चुनाव में जीआरटी के इस्तेमाल की सिफारिश नहीं है. व्यक्तियों मुख्यतः विषाणुजनित (एचआईवी -1 शाही सेना वायरल लोड) मापदंडों के आधार पर बदल रहे हैं. हालांकि 2012 में, दक्षिणी अफ्रीकी एचआईवी चिकित्सकों सोसायटी पहले दक्षिणी अफ्रीकी एआरवी दवा प्रतिरोध परीक्षण के दिशा निर्देश 18 को प्रकाशित किया. ये दिशानिर्देश पहली पंक्ति और दूसरी लाइन कला में नाकाम रहने के सभी वयस्कों के लिए और PMTCT 18 से अवगत कराया संक्रमित शिशुओं और बच्चों के लिए जीआरटी जांच की सिफारिश. दक्षिणी अफ्रीका 19-29 में संचरित दवा प्रतिरोध के उच्च स्तर के लिए कोई मौजूदा सबूत नहीं है क्योंकि हालांकि, जीआरटी तीव्रता से संक्रमित व्यक्तियों के लिए 18 की सिफारिश नहीं है. यह इन सिफारिशों में से कुछ राष्ट्रीय Tre में समय के साथ एकीकृत किया जाएगा कि उम्मीद हैक्षेत्र में विभिन्न देशों की atment और निगरानी दिशा निर्देशों. पहले से ही 2013 में दक्षिण अफ्रीका के उपचार दिशानिर्देशों में वयस्कों के लिए दूसरी पंक्ति की विफलता के समय में और बच्चों को 30 के लिए पहली या दूसरी लाइन गड़बड़ी आधारित आहार विफलता के समय जीआरटी की सिफारिश क्यों मौजूद है.
यह दक्षिण अफ्रीका में उपचार दिशानिर्देशों में जीआरटी शामिल संभावित लागत तटस्थ होगा कि दिखाया गया है. सही मायने में दूसरी पंक्ति उपचार के लिए बंद किए जाने की जरूरत वाले मरीजों की पहचान के लिए जीआरटी का उपयोग, अपेक्षाकृत अधिक महंगा पहली पंक्ति दवाओं की तुलना में कर रहे हैं जो दूसरी पंक्ति आहार दवाओं की लागत को ध्यान में रखते कार्यक्रम के लिए कोई अतिरिक्त लागत नहीं होगी. इसके अलावा, जीआरटी भी, विफलता के लिए अन्य कारणों की पहचान के उपचार के विकल्प के संरक्षण और उभरते प्रतिरोध पैटर्न 31 के बारे में जानकारी उत्पन्न कर सकते हैं. इसलिए, यह आगे भी उपयोग, देखभाल एक की गुणवत्ता में सुधार के क्रम में दवा प्रतिरोध निगरानी तरीकों की लागत को कम करने के लिए आवश्यक हैडी परिणामों.
यहाँ, हम रिवर्स प्रतिलेखन पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (पीसीआर) और अनुक्रमण (1 टेबल), साथ ही दवा प्रतिरोध व्याख्या के लिए ज्यादातर खुला स्रोत सॉफ्टवेयर के लिए जेनेरिक (ओपन सोर्स) प्राइमरों का उपयोग करने के लिए बनाया गया एक जीआरटी विधि प्रस्तुत करते हैं. नैदानिक प्रबंधन के लिए, प्रोटोकॉल राष्ट्रीय उपचार दिशानिर्देशों के करीब पालन के साथ प्रयोगशाला दवा प्रतिरोध की रिपोर्ट के विशेषज्ञ व्याख्या के साथ एक व्यापक समीक्षा की और रिपोर्टिंग विधि द्वारा बधाई दी है. प्रोटोकॉल चार विभिन्न घटकों में विभाजित है, 1) एचआईवी Ribonucleic एसिड (आरएनए) निकालना, 2) रिवर्स प्रतिलेखन और पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (पीसीआर) वायरल लक्ष्य के प्रवर्धन, 3) अनुक्रमण और chromatograms, संरेखण के विश्लेषण के लिए 4) जैव सूचना विज्ञान के तरीकों, curation और अनुक्रम डेटा की व्याख्या.
कई कम लागत में घर तरीकों 33, 34, 36 एचआईवी दवा प्रतिरोध जीनोटाइपिंग और अधिक किफायती बनाने के लिए प्रयास करने के प्रयासों में वर्णित किया गया है. सीमित संसाधनों वाली स्थितियों में एंटीरेट्रोवाइरल थेरेपी पर व्यक्तियों के लिए देखभाल के सातत्य में दवा प्रतिरोध परीक्षण एकीकृत करने की आवश्यकता का कोई संदेह नहीं है. हालांकि, रिपोर्ट की विधियों में से अधिकांश आबादी के स्तर पर दवा प्रतिरोध की निगरानी में दवा प्रतिरोध जीनोटाइपिंग के आवेदन पर ध्यान केंद्रित. सैटर्न / जीवन टेक्नोलॉजीज जीनोटाइपिंग विधि निगरानी और दवा प्रतिरोध की निगरानी के लिए एक पूरी तरह से एकीकृत प्रोटोकॉल है. इस विधि नैदानिक प्रबंधन के लिए रिपोर्ट की दवा प्रतिरोध और पीढ़ी की व्याख्या के लिए ज्यादातर खुला स्रोत और खुले उपयोग जैव सूचना विज्ञान संसाधनों को लागू करने के लिए एक किफायती प्रोटोकॉल होने के लिए डिजाइन किया गया था.
यह होने के लिए एफडीए को मंजूरी दी Viroseq जीनोटाइपिंग विधि के साथ तुलना के माध्यम से दिखाया गया थासफलतापूर्वक परिलक्षित गया कि प्रयोगशाला पैनल नमूनों की 100% में ANRS प्रवीणता परीक्षण नमूनों के एक पैनल से दवा प्रतिरोध परिवर्तन की पहचान करने में सही. शुद्धता भी उप प्रकार सी वायरस, दक्षिणी अफ्रीका में सबसे प्रमुख उप प्रकार के चिकित्सीय नमूनों पर मूल्यांकन किया गया था. विधि CRF02_AG प्रचलित है, जहां दुनिया के अन्य भागों में इस्तेमाल किया जाएगा अगर विधि यह हालांकि उप प्रकार ए और बी पर था के रूप में उप प्रकार सी नमूनों पर के रूप में सही था,, विधि के बाद प्राइमरों के संशोधन के लिए एक की जरूरत है CRF02_AG है दिखाया गया था कि पैनल के नमूनों में से एक बढ़ाना करने में विफल रहा. उप प्रकार वितरण 38 अधिक विषम है जहां वैकल्पिक रूप से, एम 33 वायरस सभी समूह के प्रति संवेदनशील प्राइमरों की एक पतित सेट, 36 क्षेत्रों में इस्तेमाल किया जा सकता है.
रिवर्स प्रतिलेखन और पीसीआर की संवेदनशीलता इस तरह के 500 मिलीलीटर के रूप में प्लाज्मा की अधिक मात्रा से शाही सेना निकालने के द्वारा बढ़ाया जा सकता है. प्लाज्मा centrif किया जा सकता हैQIAamp वायरल शाही सेना निकासी मिनी किट द्वारा वर्णित के रूप में प्रोटोकॉल के साथ आगे बढ़ने से पहले वायरल कणों ध्यान केंद्रित करने के लिए 90 मिनट के लिए 21,000 XG पर uged.
दिखाया गया है, नई विधि यह व्यक्तिगत रोगी प्रबंधन के लिए व्यापक रिपोर्टों का उत्पादन है कि एक अतिरिक्त लाभ है. इन रिपोर्टों RegaDB से जीनोटाइप के एक समेकन, प्रतिरक्षा और virologic निगरानी डेटा के रूप में भी नैदानिक और उपचार इतिहास हैं. यह एक समान रूप से विस्तृत रोगी के नैदानिक इतिहास की समीक्षा के साथ ही उपचार की सिफारिशों के द्वारा पीछा प्रतिरोध प्रोफाइल की एक विस्तृत प्रयोगशाला व्याख्या के साथ है. रिपोर्ट की समीक्षा और रोगियों के लिए इलाज की सिफारिशों प्रदान करने के लिए एक विशेषज्ञ चिकित्सकों का उपयोग नर्स चिकित्सकों के रूप में भी तेजी से काम स्थानांतरण के लिए डब्ल्यूएचओ की सिफारिशों के हिस्से के रूप में दक्षिण अफ्रीका में एआरटी प्रदान कर रहे हैं, जो अनुभवहीन चिकित्सकों के लिए बहुत जरूरी सदस्यता प्रदान करता है. इन क्लिनिकलरिपोर्टों दवा प्रतिरोध प्रबंधन में कम या कोई अनुभव के साथ चिकित्सकों के लिए प्रभावी शिक्षण सहायक होना दिखाया गया है. एक मरीज के नजरिए से, हमारे विधि विशेषज्ञ एचआईवी सेवाओं का उपयोग करने के लिए केंद्रीकृत साइटों की यात्रा की जरूरत कम कर देता है.
इस प्रकार, एक पूरे के रूप में लिया वर्णित प्रोटोकॉल एचआईवी दवा प्रतिरोध प्रबंधन एचआईवी संक्रमित व्यक्तियों में नाकाम रहने के एआरटी के लिए देखभाल के सातत्य में, एक सस्ती कीमत पर, एकीकृत किया जा सकता है जिसके माध्यम से एक अच्छा मंच प्रदान करता है. उत्पन्न डेटा समुदाय में दवा प्रतिरोध के विकास और संचरण का आकलन करने के महामारी विज्ञान के उद्देश्यों के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. उत्पन्न पीओएल टुकड़ा के आकार आबादी के स्तर पर महामारी की बेहतर समझ का उत्पादन होगा जो अधिक जटिल वंशावली विश्लेषण के लिए काफी अच्छा है.
The authors have nothing to disclose.
लेखकों के लिए इस काम को संभव बनाया है जो सभी सहयोगियों, खासकर माया Balamane, एलिजाबेथ जॉनसन सफेद, शेरोन Sjoblom, ग्रेग ording Zakhona Gumede, Xolile Kineri, Phindile Mabaso, Lungisa Ndwandwe, जेम्स गर्वे, गेविन कॉब, Senzo Maphanga, Terusha चेट्टी स्वीकार करना चाहते हैं , Kevi नायडू, एंड्रयू Skingsley, कैथरीन Stott, और Lungani Ndwandwe. लेखकों को भी स्वास्थ्य विभाग और Hlabisa एचआईवी उपचार और देखभाल कार्यक्रम काम करने वाले अफ्रीका सेंटर कर्मियों के सभी कर्मियों को धन्यवाद देना चाहूंगा.
Superscript III 1st strand Synthesis kit | Life Technologies | 18080051 | Reverse Transcription |
SATURN/LiFE Technologies Custom Primers | Life Technologies | 4473517 | PCR |
Platinum Taq | Life Technologies | 10966026 | PCR |
PureLink QUICK PCR Purification Kit | Life Technologies | K310002 | PCR |
Viroseq | ABBOTT | 4J94-20 | Reverse Transcription and PCR |
Agarose Tablets (Dnase/Rnase free) | BIOLINE | BIO-41027 | PCR |
TBE Buffer | MERCK | 1.06177.2500 | PCR |
O'Range Ruler 200bp DNA Ladder | Fermentas | FE SM0633 | PCR |
Novel Juice | GeneDireX | LD001-1000 | PCR |
MiniBis Bioimaging System | DNR Bioimaging Systems Ltd | Gel Documentation | |
Power Pac 300 | BIORAD | Gel Electrophoresis | |
Big Dye Terminator Kit ver 3.1 | Life Technologies | 4337456 | Sequencing |
Arrays | Life Technolgies | 4319899 | Sequencing |
PoP | Life technologies | 4363785 | Sequencing |
10 x EDTA Buffer | Life Technologies | 402824 | Sequencing |
Formamide | Life Technologies | 4311320 | Sequencing |
5 x Sequencing Buffer | Life Tecgnologies | 4336697 | Sequencing |
3130 xl Genetic Analyzer | Life Technologies | Sequencing | |
GeneAmp PCR System 9700 | Life Technologies | RT/PCR/Sequencing | |
Centrifuge 5804 | EPPENDORF | Sample Processing | |
Centrifuge 5415R | EPPENDORF | RNA Extraction | |
Centrifuge 5415R | EPPENDORF | RT and PCR | |
Centrifuge 5415D | EPPENDORF | PCR Product Clean up | |
Centrifuge 5810 | EPPENDORF | Sequencing Clean up | |
Picofuge | BIORAD | C1301-230V | RT and PCR |
Vortex Genius 3 | IKA | RNA Extraction | |
Vortex Genius 3 | IKA | reagent preparation | |
Vortex mixer | IKA | Sequencing Clean up | |
NanoDrop 2000 UV/VIS spectrophotometer | ThermoScientific | DNA quantification | |
3M Sodium Acetate | MERCK | 567422 | Sequencing Clean up |
Absolute Ethanol | MERCK | SAAR2233540LP | Sequencing Clean up |
1.5ml SARSTEDT Tubes | BIODEX | 72.692.005 | RNA Extraction |
2ml SARSTEDT Tubes | BIODEX | 72.693.005 | RNA Extraction |
2ml Collection tubes | SCIENTIFIC GROUP | MCT-200-NC/S | RNA Extraction |
Optical MicroAmp 96 Well reaction plates | Life Technologies | N8010560 | Sequencing |
200ul 8 Strip StarPCR Tubes with attached flat caps | STAR Lab – supplied by CELTIC | A1402-3700 | RT and PCR |
200ul PCR individual tubes | Scientific Group | CR/3745 | RT and PCR |
Geneious | Biomatters | Sequence analysis | |
Internet Access | Preferrably high speed | ||
Web resources | |||
hivdb.stanford.edu | Stanford University | Drug reistance analysis | |
http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/regadb-ui/RegaDB | SATuRN | database | |
http://bioafrica.mrc.ac.za/tools/pppweb.html | SATuRN | Sequence quality tool |