We describe procedures for the preparation and delivery of membrane protein microcrystals in lipidic cubic phase for serial crystallography at X-ray free-electron lasers and synchrotron sources. These protocols can also be applied for incorporation and delivery of soluble protein microcrystals, leading to substantially reduced sample consumption compared to liquid injection.
झिल्ली प्रोटीन (सांसदों) सेलुलर झिल्ली और प्राथमिक दवा लक्ष्य का आवश्यक घटक हैं। वाजिब दवा डिजाइन सटीक जानकारी संरचनात्मक, आम तौर पर क्रि द्वारा प्राप्त किया पर निर्भर करता है; हालांकि सांसदों मणिभ करना मुश्किल है। सांसद संरचनात्मक निर्धारण में हाल ही में प्रगति lipídic घन चरण (LCP) क्रिस्टलीकरण तरीके हैं, जो आम तौर पर अच्छी तरह से diffracting उपज है, लेकिन अक्सर छोटे क्रिस्टल कि विकिरण स्रोतों में पारंपरिक क्रिस्टेलोग्राफिक डेटा संग्रह के दौरान विकिरण क्षति से पीड़ित के विकास से काफी लाभ हुआ है। नई पीढ़ी के एक्स-रे मुक्त इलेक्ट्रॉन लेजर (XFEL) के सूत्रों है कि अत्यंत उज्ज्वल femtosecond दालों का उत्पादन का विकास नहीं या नगण्य विकिरण क्षति के साथ microcrystals से कमरे के तापमान डेटा संग्रह के लिए सक्षम है। हमारे धारावाहिक femtosecond क्रि (LCP-SFX) के साथ LCP प्रौद्योगिकी के संयोजन में हाल के प्रयासों कई मानव जी प्रोटीन-युग्मित रिसेप्टर्स के उच्च संकल्प संरचनाओं में हुई है, which संरचना निर्धारण के लिए एक बेहद मुश्किल लक्ष्य का प्रतिनिधित्व करते हैं। LCP-SFX तकनीक में, LCP क्रिस्टेलोग्राफिक डेटा संग्रह के लिए एक XFEL किरण के साथ इंजेक्टर धारा के चौराहे करने के लिए दोनों के विकास और सांसद microcrystals के वितरण के लिए एक मैट्रिक्स के रूप में भर्ती किया गया है। यह दिखा दिया है कि LCP-SFX काफी विवर्तन संकल्प में सुधार कर सकते हैं जब केवल उप-10 माइक्रोन क्रिस्टल उपलब्ध हैं, या जब कमरे के तापमान पर छोटे क्रिस्टल का उपयोग इस तरह के दोष के संचय के रूप में बड़ा cryocooled क्रिस्टल के साथ जुड़े विभिन्न समस्याओं को दूर कर सकते हैं, उच्च mosaicity और cryocooling कलाकृतियों। एक्स-रे स्रोतों और डिटेक्टर प्रौद्योगिकियों में भविष्य में प्रगति सीरियल क्रि अत्यधिक न केवल XFELs पर, लेकिन यह भी अधिक सुलभ सिंक्रोटॉन beamlines पर आकर्षक और कार्यान्वयन के लिए साध्य बनाना चाहिए। यहाँ हम तैयारी, सीरियल क्रि प्रयोगों के लिए LCP में लक्षण वर्णन और microcrystals के वितरण के लिए विस्तृत दृश्य प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं।इन प्रोटोकॉल, सीरिंज में क्रिस्टलीकरण प्रयोगों का आयोजन पता लगाने और क्रिस्टल नमूने निस्र्पक, क्रिस्टल घनत्व के अनुकूलन, इंजेक्टर डिवाइस में microcrystal लादेन LCP लोड हो रहा है और डेटा संग्रह के लिए बीम के लिए नमूना देने के लिए तरीके शामिल हैं।
एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी झिल्ली प्रोटीन (सांसद) के परमाणु संकल्प संरचनाओं को सुलझाने के लिए आज तक का सबसे सफल तकनीक है। Lipídic mesophases भी lipídic घन चरण (LCP) के रूप में जाना जाता है, या, मेसो क्रिस्टलीकरण में से क्रिस्टलीकरण सांसद क्रि में प्रमुख घटनाओं है कि इस तरह जी प्रोटीन-युग्मित रिसेप्टर्स के रूप में चुनौतीपूर्ण लक्ष्य का उच्च संकल्प संरचना निर्धारण के लिए सक्षम है में से एक (GPCRs का प्रतिनिधित्व करता है ) 1। LCP उपकरण और प्रौद्योगिकी के क्षेत्र में हाल की प्रगति इस तकनीक विश्व 2 चारों ओर संरचनात्मक जीव के एक बड़े समुदाय के लिए उपलब्ध कराया गया है। हालांकि, कई मामलों में सांसद क्रिस्टल कि LCP में फार्म बहुत छोटा भी सबसे उन्नत microfocus सिंक्रोटॉन beamlines, जहां नमूने गंभीर विकिरण नुकसान और गिरावट से ग्रस्त होने से पहले उच्च संकल्प पर पर्याप्त संकेत 3 प्राप्त किया जा सकता इस्तेमाल हो रहे हैं।
क्रिस्टेलोग्राफिक डेटा संग्रह के लिए एक नया दृष्टिकोणपहले एक्स-रे मुक्त इलेक्ट्रॉन लेजर (XFEL) के कमीशन के साथ सक्षम था। विधि "विनाश से पहले विवर्तन 'के सिद्धांत, पहले सैद्धांतिक रूप से शुरू की 4 और फिर Linac सुसंगत प्रकाश स्रोत (LCLS) 3, कठिन XFELs में दुनिया के अग्रणी में जैविक नमूने पर प्रयोगात्मक पुष्टि की पर आधारित है। एक XFEL femtosecond अवधि के कुछ दसियों है कि एक प्राचीन क्रिस्टल से पहले प्रोटीन परमाणुओं विकिरण क्षति के जवाब में स्थानांतरित कर सकते हैं टुकड़े से भीतर उच्च चमक एक्स-रे दालों उत्पन्न करता है। प्रारंभिक प्रयोगों में, microcrystals लगातार एक तरल लगानेवाला 5 द्वारा उत्पादित एक जलीय धारा में XFEL किरण के साथ चौराहे को आपूर्ति की गई। इस प्रयोगात्मक सेटअप सीरियल femtosecond क्रि (SFX) के रूप में जाना जाता है। SFX के लिए तरल इंजेक्टर का उपयोग करने के मुख्य दोष अपने उच्च प्रवाह की दर, जिसके फलस्वरूप एक पूरा डाटासेट के संग्रह के लिए शुद्ध प्रोटीन की मिलीग्राम की सैकड़ों करने के लिए दसियों की आवश्यकता है। द्वारा ईएमपीएक विशेष इंजेक्टर कि जेल की तरह LCP नमूनों को संभाल कर सकते हैं (LCP microextrusion इंजेक्टर) 6 loying, हम सफलतापूर्वक एक LCP मैट्रिक्स में उगाया कई अलग अलग मानव GPCRs के microcrystals को जन्म दिया और उनके उच्च संकल्प संरचनाओं 6 प्राप्त – 9, एक काफी कम प्रोटीन के साथ डाटासेट प्रति मिलीग्राम 0.3 के तहत करने की खपत। इंजेक्टर एक जलाशय है कि क्रिस्टल से लदी LCP के लिए 20, 40 या 100 μl और एक संकीर्ण केशिका (व्यास में 10-50 माइक्रोन) के माध्यम से जो नमूने (10,000 तक एक उच्च दबाव के आवेदन के द्वारा निकाली जाती पकड़ कर सकते हैं के होते हैं एक दबाव परिलक्षित चरण के साथ एक हाइड्रोलिक सवार, एक एचपीएलसी (उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी) पंप से एक तरल द्वारा संचालित से साई)। केशिका नोक बाहर निकलने LCP की धारा nonreactive गैस (आमतौर पर हीलियम या नाइट्रोजन) के एक समानांतर प्रवाह से स्थिर है।
यहाँ हम तैयार है और नमूनों को चिह्नित करने के लिए आवश्यक कदम के दृश्य प्रदर्शनों प्रदानएक LCP-SFX प्रयोग के लिए। अतिरिक्त विवरण प्रकाशित प्रोटोकॉल 10 में पाया जा सकता है। एक उदाहरण के रूप में, हम एक्स-रे डेटा SFX दृष्टिकोण का उपयोग कर संग्रह के लिए LCP में एडेनोसाइन एक 2A रिसेप्टर 11 का उपयोग करें और इस प्रोटीन के क्रिस्टल तैयार करेंगे। जबकि हमारे प्रोटोकॉल किसी भी XFEL और विकिरण स्रोतों पर सीरियल क्रिस्टलोग्राफी द्वारा डेटा संग्रह के लिए LCP स्ट्रीमिंग के लिए सक्षम इंजेक्टर के साथ संगत कर रहे हैं, चित्रण प्रयोजनों के लिए, हम LCP इंजेक्टर रेफरी में वर्णित का प्रयोग करेंगे। 6. अनुकूलित तेज़ स्थिति है कि LCP में उच्च घनत्व microcrystals उत्पादन उच्च throughput क्रिस्टलीकरण इस प्रोटोकॉल के लिए आगे बढ़ने से पहले स्क्रीनिंग 12,13 द्वारा की पहचान की जानी चाहिए। इस प्रोटोकॉल के लिए एक विशिष्ट फ़्लोचार्ट चित्र 1 में दिखाया गया है।
प्रोटोकॉल यहाँ वर्णित एक LCP इंजेक्टर के साथ एक मानक LCP-SFX प्रयोग के लिए नमूना तैयार करने की प्रक्रिया की एक सामान्य रूपरेखा प्रदान करते हैं। , Microcrystal आकार पर निर्भर करता है, हमारे अनुभव के आधार पर, अंतिम microcrystal से लदी LCP नमूना एक पूर्ण डाटासेट इकट्ठा करने के लिए आवश्यक की कुल राशि आम तौर पर 50-100 μl (प्रारंभिक प्रोटीन से लदी LCP नमूने के 25-50 μl तालिका 1) है , गुणवत्ता और घनत्व। चूंकि प्रत्येक 100 μl गैस तंग कांच सिरिंज एक पूरी तरह से बढ़ा स्ट्रिंग के रूप में LCP के बारे में 7 μl समायोजित उचित और LCP में तेज़ समाधान के भी प्रसार सुनिश्चित करने के लिए कर सकते हैं, सीरिंज में कम से कम चार को सात नमूने के लिए तैयार किया जाना चाहिए प्रत्येक LCP-SFX प्रयोग।
चूंकि नमूना व्यास केशिका में एक संकीर्ण 20-50 माइक्रोन के माध्यम से निकाली जाती है, यह नमूने में किसी भी विदेशी सामग्री कण से बचने के लिए महत्वपूर्ण है। धूल और फाइबर है कि कभी कभी LCP में पेश किया जा सकता हैनमूना या तेज़ समाधान इंजेक्टर केशिका रोकना और प्रयोग के दौरान नीचे समय बढ़ सकता है। इसलिए, यह नमूने तैयार करने से पहले एक 5 माइक्रोन ताकना फिल्टर के माध्यम से लिपिड और सभी समाधान फिल्टर करने के लिए महत्वपूर्ण है। वैकल्पिक रूप से, एक साफ कमरे या एक पोर्टेबल साफ कमरे हुड नमूना तैयार करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।
इन प्रोटोकॉल सांसद क्रिस्टलीकरण के लिए मेजबान लिपिड के रूप में 9.9 पत्रिका (monoolein) के प्रयोग पर आधारित हैं। उन्होंने, हालांकि, 9.9 पत्रिका तक सीमित नहीं हैं और आसानी से खाते में लिपिड चरण व्यवहार में मतभेद लेने के बाद किसी अन्य LCP मेजबान लिपिड या लिपिड मिश्रण करने के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। LCP में सघन सांसदों की संरचनाओं के अधिकांश mags में से एक का उपयोग कर प्राप्त कर रहे थे, 9.9 पत्रिका सबसे सफल प्रतिनिधि अब तक 15 होने के साथ। SFX के लिए 9.9 पत्रिका का उपयोग करने का मुख्य दोष से नीचे 18 डिग्री सेल्सियस है, जो अक्सर तब होता है जब डाटा अधिग्रहण शून्य में किया जाता है ठंडा करने पर परतदार क्रिस्टल चरण के लिए अपने संक्रमण है। titrati7.9 पत्रिका के साथ इस प्रोटोकॉल की धारा 5 में वर्णित पर इस समस्या का एक अच्छा समाधान प्रदान करता है। हमारे अनुभव में, क्रिस्टल किसी भी प्रतिकूल प्रभाव के बिना इस तरह के एक अनुमापन का सामना। अगर, हालांकि, 7.9 पत्रिका या अन्य लघु-पत्रिका जंजीर के अलावा वांछनीय नहीं है, अनुमापन 9.9 पत्रिका के साथ प्रदर्शन किया जा सकता है। इस मामले में, गैस है कि इंजेक्शन के दौरान LCP के प्रवाह निर्वात में स्थिर नाइट्रोजन के लिए हीलियम से बंद किया जाना चाहिए, जो सबसे अधिक नमूनों में एक क्रिस्टलीय लिपिड चरण के गठन को रोका जा सकता है, एक कम स्थिर नमूना प्रवाह होने की कीमत पर।
LCP की जेल की तरह स्थिरता के बाद से यह एक विस्तृत श्रृंखला में क्रिस्टल प्रवाह की दर, सीरियल क्रि डेटा संग्रह के लिए उपयुक्त आधुनिक XFEL और विकिरण स्रोतों पर के समायोजन की अनुमति देता है, एक क्रिस्टल वाहक माध्यम के रूप में इस्तेमाल के लिए एक महान लाभ है। परिमाण ग के आदेश से क्रिस्टल की खपत में नाटकीय कमी में XFEL नाड़ी पुनरावृत्ति दर परिणामों के साथ क्रिस्टल प्रवाह दर मिलानतरल इंजेक्शन के लिए ompared। LCP वितरण में यह वृद्धि हुई सांसद क्रिस्टल की न केवल के लिए एक उपयुक्त वाहक माध्यम है, लेकिन यह भी घुलनशील प्रोटीन 21 के क्रिस्टल के लिए। कई वैकल्पिक चिपचिपा क्रिस्टल वाहक मीडिया ने हाल ही में 22 पेश किया गया है – 24, सीरियल क्रि प्रयोगों के संचालन के लिए उपकरण और अभिकर्मकों के शस्त्रागार का विस्तार। इसके अलावा, एक क्रिस्टल वितरण माध्यम के रूप में LCP के साथ धारावाहिक क्रि कम से कम अच्छी तरह से diffracting क्रिस्टल 24,25 के लिए पारंपरिक विकिरण स्रोतों पर प्रदर्शन किया गया है। विकिरण स्रोतों के भविष्य उन्नयन है कि डिटेक्टर प्रौद्योगिकियों में एक्स-रे परिमाण के आदेश से तीव्रता, साथ ही सुधार को बढ़ावा देने, सीरियल क्रि एक और भी अधिक सुलभ और आकर्षक संरचना निर्धारण के लिए विधि कर देगा।
LCP-SFX सांसद संरचनात्मक निर्धारण के लिए अपनी शक्ति का प्रदर्शन किया है। जहां एल (जैसे GPCRs या macromolecular परिसर के रूप में) चुनौतीपूर्ण जैविक प्रणालियों के लिएARGE, विवर्तन गुणवत्ता क्रिस्टल विकसित करने के लिए मुश्किल हो जाता है, LCP-SFX, एक आकर्षक प्रदान कर सकता है अगर एक परमाणु संकल्प संरचना हल करने के लिए न केवल, व्यवहार्य विकल्प। सब अपने फायदे के साथ, यानी, LCP सांसद क्रिस्टलीकरण और क्रिस्टल वितरण, कम प्रोटीन की खपत, विकिरण क्षति के अभाव, कमरे के तापमान डेटा संग्रह, समय हल के अध्ययन 26,27 की संभावनाओं और कोई क्रिस्टल कटाई की आवश्यकता है, LCP- के लिए मैट्रिक्स के रूप में उपयोग करते हुए SFX संरचनात्मक जीव विज्ञान के भविष्य में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभानी चाहिए।
The authors have nothing to disclose.
इस काम के अनुदान के राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान द्वारा समर्थित किया गया R01 GM108635 और U54 GM094618, मेयो क्लीनिक Asu, सहयोगात्मक बीज अनुदान पुरस्कार और NSF एसटीसी पुरस्कार 1231306. हम पांडुलिपि तैयारी के साथ सहायता के लिए ए वाकर धन्यवाद।
LCP host lipid monoolein (9.9 MAG) | Nu Chek Prep | M239 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid monoolein (9.9 MAG) | Sigma | M7765 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid monopalmitolein (9.7 MAG) | Nu Chek Prep | M219 | Hosting lipid for the protein to be crystallized |
LCP host lipid 7.9 MAG | Avanti Polar Lipids | 850534 | Hosting lipid for tiration to avoid lamellar crystal phase (Lc) formation during sample injection |
Purified protein solution concentrated to 20-50 mg/mL | Target protein | ||
Chloroform | Fisher Scientific | C606-1 | Used to dissolve lipids |
Methanol | Sigma-Aldrich | 179337-500ML | Used to wash syringes |
Eleven 100 mL Hamilton gas-tight syringes without needles | Hamilton | 7656-01 | For LCP preparation |
Eight syringe couplers | Hamilton | SKU 209526 | For LCP preparation |
Removable flat-tipped needle | Hamilton | 7804-01 | For LCP dispensing |
Parafilm | Parafilm | M', 250' x 2" | Used for syringe sealing |
Lint free lens cleaning tissues | Fisher | NC9592151 | |
Centrifugal filter tubes, Ultrafree-MC, 0.5 mL, Durapore 5 µm | Millipore | UFC3 0SV 00 | Used for filtering of precipitant solutions and lipids |
Microscope slides, 1 inch x 3 inch | GoldSeal | 3010 | |
Two wash bottles with fine tips. One filled with milli-Q or distilled water, the other with methanol | VWR | 89094-640 | These are used to clean the syringes, needles and coupler. Methanol is used first, then water. |
Gloves | Microflex | XC-310-L | For blow drying syringes, needles, ferrules, and couplers |
Safety glasses | |||
Pressurized air cans | Office Depot (Dust-Off) | 527494 | For syringe cleaning |
Dry block heater with a digital temperature controller | Fisher | 11-720-10BQ | Used for thawing lipids |
Benchtop Centrifuge | Fisher | 05-413-340 | Spinning down solutions |
Clean Room Mini – 12 inch Portable Positive Pressure Hood with HEPA filter | Sentry Air Systems, Inc. | SS-112-PCR | Cleaning sample preparation |
Stereo zoom microscope equipped with a linear polarizer and rotating analyzer | Nikon | SMZ1500 | Crystal density check |
UV microscope | JAN Scientific | UVEX-P | Optional, for crystal imaging purposes |
SHG imager | Formulatrix | SONICC | Optional, for crystal imaging purposes |