Oppdagelsen av sirkulerende ribonukleinsyre (cRNA) fra blod er et udekket behov i klinisk diagnostikk. Her beskriver vi metoder som karakteriserer cRNA fra ikke-småcellet lungekreft pasienter med følsom og spesifikke digitale polymerasekjedereaksjons. Testene kravene design å merker fusion varianter innen 72 timer.
Vi har utviklet nye metoder for isolering og karakterisering av svulst-avledet sirkulerende ribonukleinsyre (cRNA) for blod-baserte flytende biopsi. Robust oppdaging av cRNA utvinnes fra blod representerer en løsning på et kritisk udekkede behov i klinisk diagnostikk. Testen starter med samling av fullblod i blod samling rør som inneholder konserveringsmidler som stabiliserer cRNA. Celle-fri, exosomal og blodplater-assosiert RNA er isolert fra plasma i denne testsystemet. CRNA er omvendt transkribert komplementære DNA (cDNA) og forsterket med digital polymerasekjedereaksjons (dPCR). Prøver evalueres for både målet biomarkør samt et kontroll-gen. Test validering inkludert grensen for deteksjon, nøyaktighet og robusthet studier med analytiske prøver. Metoden utviklet på grunnlag av disse studiene reproduserbar oppdage flere fusion varianter for ROS1 (C-Ros proto-oncogene 1, 8 varianter) og RET (omorganisert under hva proto-oncogene; 8 varianter). Eksempel behandling arbeidsflyten er optimalisert slik at testresultatene kan konsekvent genereres innen 72 timer etter sample kvittering.
Opp til 25% av ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) kan pasienter ikke ha tilstrekkelig vev tilgjengelig for testing på diagnosetidspunktet. Selv i tilfeller der vev er tilgjengelig, kan det ikke tilstrekkelig antall eller kvalitet utføre anbefales molekylær tester1,2. I tilfeller der det er nok vev fra en biopsi for molekylær profilering, pasienter må vente flere uker eller lenger resultater, eller begynne behandlingen uten molekylær resultater3,4. Imidlertid er det avgjørende at informativ molekylær diagnose være tilgjengelig gitt advent av flere målrettet behandling for pasienter diagnostisert med NSCLC. Testing av sirkulerende celle-gratis DNA (cfDNA) fra flytende biopsi er en løsning på utfordringene av tradisjonelle vev testing4,5,6. Gjeldende testing alternativer for praktisk mutasjoner i NSCLC med cfDNA og en lignende dPCR-basert arbeidsflyt for rask resultat generasjon, omfatter epidermal vekstfaktor reseptor (EGFR) sensitiverende mutasjoner ΔE746-A750 og L858R, EGFR motstand mutasjon T790M , KRAS Proto-Oncogene (KRAS) varianter, og B-Raf Proto-Oncogene (BRAF) variant V600E. Selv om ikke som bredt vedtatt av feltet, gir sirkulerende svulst-avledet budbringer RNA (mRNA) isolert fra flytende biopsi også viktig klinisk informasjon7,8,9. Vi har tidligere utviklet og rapportert på metoder for multiplex gjenkjenning av pigghuder Microtubule tilknyttet Protein som 4-anaplastisk Lymphoma Receptor Tyrosine Kinase (EML4-ALK) fusion variantene fra blodplasma10. I denne studien utvidet vi disse metodene for å ta høyere orden multiplex RNA mål for ROS1 og RET, dekker åtte fusion varianter i hver analysen. Målet var å utvikle en rask, følsom, bestemt og reproduserbar metode for påvisning av disse fusion varianter fra plasma av pasienter tidligere diagnostisert med NSCLC.
Testprosessen startes i en lege kontor ved hjelp av RNA stabilisere blod samling rør11. Disse rørene inneholder en celle konserveringsmiddel og RNase hemmere. Prøvene er sendt prioritet over natten til sentralisert College av amerikanske patologer CAP-akkreditert/kliniske laboratoriet forbedring endringer (CLIA)-sertifisert laboratorium (Clinical Laboratory) for behandling av kompetent personell. Når mottatt av kliniske laboratoriet, gjennomføres hvert trinn i behandlingen under godkjent Standard operasjonsprosedyrer (SOP). Fullblod er centrifuged gjenopprette plasma, som deretter brukes til å isolere sirkulerende RNA som enten gratis blod eller i ESP moieties, for eksempel exosomes og blodplater7,8,9. For å isolere RNA fra seksjonene, valgte vi systemet for RNA utvinning basert på sammenligninger av flere utvinning metoder. Den isolerte RNA er konsentrert og omvendt transkribert til cDNA. Flere revers transkriptase enzym og gen-spesifikke primere ble evaluert under optimalisering av metoden cDNA syntese å maksimere ROS1 og RET målet transkripsjon konvertering10. Dette er avgjørende for lav overflod sirkulerende transkripsjoner, som tumor-avledet fusion varianter. Til slutt, vi optimalisert dPCR primer og sonde konsentrasjoner å tillate multiplex påvisning av RET eller ROS1 fusion varianter og kontroll genet, glucuronidase-β (GUSB). Vi da kombinert de beste forholdene fra hver av optimalisering studiene til en endelig låst protokoll før du utfører analytisk validering studiene beskrevet i denne rapporten. Denne protokollen og disse resultatene gir grunnlaget for en raskere og følsom arbeidsflyt for rutinemessig påvisning av sjelden sammensmelting varianter i sirkulasjon.
RET og ROS1 rearrangements utgjør sammen ~ 3% av driveren mutasjoner i NSCLC befolkningen18. Selv om sjeldne, er oppdagelsen av disse genetiske endringer avgjørende. NSCLC pasienter med disse endringene kan ha nytte av målrettet legemiddelselskap som hemmer spesifikt avvikende kinase aktiviteten som onco-protein13. Noen slik behandling er allerede godkjent av FDA for bruk i ROS1 positivt NSCLC, mens andre har vist seg for å være effektiv mot RET i kliniske studier19.
Digital PCR-teknologi gir følsomhet som er ideell for flytende biopsi programmer20. Det har vært betydelige adopsjon av denne teknologien for bruk med sirkulerende celle-gratis DNA for måling av svulst mutasjoner i pasienter med NSCLC,4,,6,,21,,22,,23 . I tillegg til cfDNA utviklet vi en protokoll som er utformet for robust måling av de mest utbredte fusion variantene hos pasienter med NSCLC sirkulere svulst RNA (figur 1A)10.
Vårt etablerte protokollen tillater for analytiske begrenser av oppdagelsen til 0,2% (figur 2). Mens RT-dPCR er svært bestemt og følsom, er analyser begrenset til panelet kjent fusion varianter som er valgt og multiplekset for gjenkjenning i PCR analysen. Dermed må fusjoner i multiplex analyser være nøye valgt å sikre riktig dekning i befolkningen i pasienter med NSCLC. Vi har med hell utviklet analyser for RET og ROS1 som samtidig gjenkjenner åtte fusion varianter resulterende fra rearrangements for RET eller ROS1 loci og dekke 99% og 88% av RET og ROS1 positive befolkningen, henholdsvis (figur 1ABC )17.
Siste test arbeidsflyten som beskrevet i denne studien omfatter satsvise kontroller for å sikre konsekvent resultater. Dette omfatter både en positiv analytiske standard samt to negative kontroller, som sammen sikrer det er ingen forurensning eller PCR hemming innenfor satsvise (Figur 3). For å sikre robusthet av analysen, var en studie utført ved hjelp av satsvis kontrollene over en 21-dagers periode (Figur 3D, H). Disse dataene viser konsistensen av RNA prosessen som er fastsatt i denne protokollen.
God laboratorium praksis og riktig RNA handling er sentrale komponenter som sikrer robust og nøyaktige resultater. Laboratoriet plass og utstyr dedikert til bruk med RNA, rensning utstyret etter hver bruk ved RNase-fri reagenser og forbruksvarer og bruke en RNase inaktivering spray på arbeidsområdet alle bidra til å redusere skadelige RNases. Samvittighetsfull håndtering av RNA prøver av teknikere, inkludert en dedikert labfrakk, hyppige hanske endringer, arbeider raskt gjennom RNA utvinning prosedyre, og holde prøvene på is er av største betydning å bevare eksempel integritet. Når RNA er omvendt transkribert å cDNA, er prøven i en mer stabil form som er mindre utsatt for degradering. I tillegg til praksis som støtter RNA integritet, bør PCR komponenter og eksempler opprettholdes i segregerte områder for å hindre kryss-kontaminering som kan føre til falske positive resultater. Lager PCR reagenser og utarbeidelse av PCR master mikser bør holdes atskilt fra PCR maler og stor forsiktighet bør tas å skille forsterket mal (post-PCR) fra alt pre forsterket materiale inkludert reagenser, RNA og cDNA prøver. Endelig er riktig generasjon og håndtering av emulgert PCR mikser før forsterkning sentral i å opprettholde slippverktøy integritet og optimal dPCR forhold. Forholdsregler som disse er kritiske under utføring av denne protokollen å få konsekvente og nøyaktige resultater. Alle data bør undersøkes av opplært personale før utgivelsen av resultater å forsikre at alle QC beregninger er oppfylt. Ved suboptimal resultater (Figur 4), bunken må revideres av teknisk personale og laboratoriet direktør og kan kreve re-behandlingen.
RT-dPCR resultater kan produseres så tidlig som 24 timer fra sample kvittering og 95% av prøven resultater innenfor testen sett brukt i denne studien (n = 984) ble rapportert til bestillende legen 72 timer fra tidspunktet for mottak (figur 5). Denne signalreturneringstid gir leger med mye nødvendig molekylære informasjonen i en tid der innvielsen av aktuelle terapi. Disse resultatene er vanligvis tilgjengelig tidligere enn de hentet ved hjelp av en konvensjonell vev biopsi. Ekstra biomarkers for NSCLC og andre kreftformer kunne utvikles med lignende sirkulerende RNA-baserte tilnærminger, og ville ha nytte av rask tid-å-Job. For eksempel kunne måling av programmert død Ligand 1 (PD-L1) mRNA transkripsjon bruker RT-dPCR informere leger om immunterapi alternativer. Det er også en voksende interesse nytten av flytende biopsi og dPCR overvåke for terapeutisk effekt. Tidligere indikasjoner på fremveksten av svulsten bruker genomisk testing for spesifikke varianter kan tillate leger justere behandlingsregimer før pasienter er symptomatisk av standarden på omsorg tiltak som imaging24. Protokoller som den rapporterte i denne studien er ideelt for overvåking på grunn av deres ikke-invasiveness, følsomhet, rask snu-tid og kostnadseffektivitet. Analysen beskrevet her gir resultater innen 72 timer fra sample kvittering, med minimal falske positive oppdagelsen ratene, som muliggjør rask behandling beslutninger og omgår noen begrensninger med vev-basert testing4.
Våre protokollen og dataene viser en robust testsystem for å identifisere lav overflod RNA varianter, samt potensialet for blod-baserte Mutasjon testing i klinisk praksis. For de pasientene som ikke har en praktisk driver tilnærminger mutasjon identifisert av rask målrettet flytende biopsi som dette, mer omfattende genomet og proteom testing fra både vev og blod kan gi enda større kliniske informasjon å støtte behandlingsplanlegging.
The authors have nothing to disclose.
Vi takker våre samarbeidspartnere, Stephen Jones, Nia Charrington, Dr. Dianna Maar og Dr. Samantha Cooper fra Digital biologi Center (Bio-radian Inc. CA) for sin analysen design støtte; Nezar Rghei og Dr. Moemen Abdalla (Norgen Biotek, Canada) for kritisk råd når du optimaliserer RNA utvinning protokollen; og Shannon Campbell, Scott Thurston, Jeff Fensterer, Shannon Martello og Joellyn Enos for hjelp med test krav og kommersielle overvåking.
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1604071 |
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1809353 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1604071 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1606077 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile | Amresco | K812-500mL | 1446C189 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile – 500 mL | Invitrogen | 10010023 | 1916C092 |
RNase Zap (Life Tech) (250 mL) | Ambion | AM9780 | 353952 |
Beta-Mercaptoethanol (BME) (250 mL) | CalbioChem | 6050 | W105B |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56054611 |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56238638 |
Isopropyl Alcohol | VWR | 0918-4L | 2116C416 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 403648 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 288461 |
DNase I | Thermo | K0441 | 371299 |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | 54809699 |
20x TE buffer pH 8.0 | Alfa Aesar | J62388 | R13C548 |
UltraPure Agarose | Invitrogen | 16500-100 | 552730 |
10x TBE buffer | Invitrogen | AM9863 | 353065 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 60110327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61900327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61480327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 62320327 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 585849 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 588308 |
Lysis Buffer | Norgen | 21205 | A5F61E |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 585848 |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 588309 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC186976 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188077 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188413 |
Collection Tubes 500 pack | Zymo | C1001-500 | N/A |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 391657 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 392504 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 448001 |
SuperScript IV Reverse Transcriptase | Life Technologies | 18090200 | 451702 |
Qubit HS RNA Assay Kit (500) | Life Technologies | Q32854 | 1745264 |
Qubit assay tubes (500) | Life Technologies | Q32856 | 13416Q311 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64031651 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64063941 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065740 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065741 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64079083 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64025320 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64052358 |
gBlock KIF5B-RET K15:R12 | IDT | 151004172 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K16:R12 | IDT | 151004173 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K22:R12 | IDT | 151004174 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K23:R12 | IDT | 151004175 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R11 | IDT | 151004176 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R8 | IDT | 151004177 | 4-Oct-16 |
gBlock CCDC6-RET C1:R12 | IDT | 151004178 | 4-Oct-16 |
gBlock TRIM33-RET T14:R12 | IDT | 151004179 | 4-Oct-16 |
RET exon 8 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
5’-CTCCACTCACACCTG-3’ | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
RET exon 11 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
5’-GCAAACTTGTGGTAGCAG-3’ | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
RET exon 12 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
5’-CTGCCTTTCAGATGGAAG-3’ | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R34 | IDT | 152324366 | 15-Nov-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R32 | IDT | 152324367 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R32 | IDT | 152324368 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R34 | IDT | 152324369 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R32 | IDT | 152324370 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R34 | IDT | 152324371 | 15-Nov-16 |
gBlock EZR-ROS1 E10:R34 | IDT | 152324372 | 15-Nov-16 |
gBlock TPM3-ROS1 T8:R35 | IDT | 152324373 | 15-Nov-16 |
ROS1 exon 34 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
5’-CCTTCCTTGGCACTTT-3’ | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
ROS1 exon 35 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
5’-CTCTTGGGTTGGAAGAGTATG-3’ | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
ALK Gene Specific Primer | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
5’-CAGTAGTTGGGGTTGTAGTCG-3’ | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
EML4-ALK Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
SLC34A2-ROS1 Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
CCDC6-RET Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
Human Brain Total RNA | Ambion | AM7962 | 1703548 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K15:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K16:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K22:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K23:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R11 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R8 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C1:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T14:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: E10:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T8:R35 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
(version 2) | Bio-Rad | 12003909 | 213939881 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 13-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 20170112v3.2 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851151 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 207383915 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 195995635 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851152 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 213949301 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 20160914 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 211383227 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 1065C220 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052953 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052358 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 1065C320 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64052952 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64064127 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000065883 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084276 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000079928 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084395 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084634 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20160627 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161107 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161206 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161216 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20170125 |
Pipet Tips for Automated Droplet Generator | Bio-Rad | 1864120 | PR125340 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206894 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206893 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 1409850 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 100402 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 145851 |
Microseal 'B' seals | Bio-Rad | MSB1001 | BR00428490 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64039089 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049253 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049255 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64081870 |
DNA Lo Bind Tube 0.5 mL | Eppendorf | 22431005 | E1629620 |
DNA Lo Bind Tube 1.5 mL | Eppendorf | 22431021 | F16698K |
DNA Lo Bind Tube 2 mL | Eppendorf | 22431048 | E160610I |
50 mL Conicals, Polypropylene (25) | Thermo | 339652 | G5ZF5W8118 |
TempAssure PCR 8-Strips, Optical Caps, Natural, polypropylene (120) | USA Scientific | 1402-4700 | 16202 |
For Rainin LTS Pipettors 0.5-20 µL tips | Pipette.com | LF-20 | 40155-642C4-642C |
For Rainin LTS Pipettors 5-200 µL tips | Pipette.com | LF-250 | 40154-642C4-642B |
Tips LTS 200 ul Filter 960/10 RT-L200F (10 boxes) | Rainin | 17002927 | 1635 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F1175551-1108 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F118054L-1720 |
Pipet Tips, 100 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1180-1740 | 0014961Q-2501 |
Pipet Tips, 200 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1180-8710 | E116684P-1540 |
Pipet Tips, 1000 ul XL TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1182-1730 | F118815P |
5 mL Standard Racked Gilson-fit Reference Tips | Scientific Specialties | 4411-00 | 14312 |
Combitips advanced, 0.1 mL Biopur | Eppendorf | 003 008 9618 | F165414H |
Combitips advanced, 0.2 mL Biopur | Eppendorf | 0030 089.626 | F166689J |
Combitips advanced, 5 mL Biopur | Eppendorf | 0030.089 669 | F166054J |
Combitips advanced, 50 mL Biopur | Eppendorf | 003.008.9693 | F166055I |
Reagent Reservoir | VWR | 89094-680 | 141500 |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165029I |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165028G |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Green | Eppendorf | 951020346 | F166183K |
Equipment Type | Equipment ID | ||
Analytical Balance | EQP0125 | ||
Cryogenic Freezer 1, -80oC | EQP0095 | ||
Refrigerator 6.1 cu ft GP06W1AREF | EQP0139 | ||
-20oC Freezer | EQP0140 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0025 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0124 | ||
Thermo Scientific Hereaus Megafuge 8 | EQP0104 | ||
Mini Centrifuge | EQP0131 | ||
Mini Centrifuge | EQP0136 | ||
Mini Centrifuge | EQP0134 | ||
Mini Centrifuge | EQP0235 | ||
Mini Centrifuge | EQP0216 | ||
Thermo Scientific HeraTherm Incubator | EQP0105 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0182 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0072 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0070 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0218 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0075 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0169 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0074 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0147 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0128 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0160 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0018 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0146 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0079 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0181 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0085 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0077 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0088 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0087 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0231 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0050 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0158 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0217 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0082 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0183 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0083 | ||
Pipette 5 mL | EQP0153 | ||
Timer | S/N 140623950 | ||
Hamilton SafeAire VAV Fume Hood | EQP0206 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0205 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0204 | ||
Qubit 3.0 | EQP0102 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0108 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0231 | ||
Polaroid Z2300 Instant Print Digital Gel Camera with WiFi and 16GB SDHC memory card | EQP0111 | ||
Electrophoresis Power Unit | EQP0113 | ||
Electrophoresis Small Gel Box | EQP0116 | ||
Maestro Transilluminator | EQP0118 | ||
Microwave | EQP0215 | ||
Multichannel 8-well Pipette 2 - 20 μL | EQP0207 | ||
Multichannel 8-well Pipette 10 – 100 μL | EQP0090 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0094 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0161 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0162 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0163 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0052 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0007 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0132 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0137 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0135 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0203 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0096 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0148 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0097 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0202 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0121 | ||
Automated Droplet Generator | EQP0179 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0123 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0186 | ||
C1000 Touch Cycler w/96W FS RM | EQP0120 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0174 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0173 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0180 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0175 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0194 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0122 |