Detección de ácido ribonucleico (cRNA) de la sangre que circula es una necesidad en el diagnóstico clínico. Aquí describimos los métodos que caracterizan a cRNA de pacientes con cáncer pulmonar de células no pequeñas mediante reacción en cadena de polimerasa digital sensible y específico. Las pruebas de cumplen requisitos de diseño para detectar variantes de fusión dentro de las 72 horas.
Hemos desarrollado nuevos métodos para el aislamiento y la caracterización del tumor derivado circulante el ácido ribonucleico (cRNA) para biopsia líquida base de sangre. Detección robusta de cRNA de sangre representa una solución a una necesidad fundamental en diagnóstico clínico. La prueba comienza con la colección de sangre en tubos de colección de sangre que contienen conservantes que estabilizan cRNA. Libres de células exosomal y RNA asociada a plaquetas es aislada de plasma en este sistema de prueba. El cRNA es revés transcrito a ADN complementario (cDNA) y amplificación mediante reacción en cadena de polimerasa digital (dPCR). Las muestras se evalúan para el biomarcador de destino, así como un gen de control. Validación de la prueba incluyó límite de detección, exactitud y robustez estudios con muestras analíticas. El método desarrollado como resultado de estos estudios reproducible detectar múltiples variantes de fusión para ROS1 (proto-oncogene del C-Ros variantes 1; 8) y RET (reorganizado en proto-oncogene de la transfección; 8 variantes). Se ha optimizado el flujo de trabajo de procesamiento de muestra para que constantemente se pueden generar resultados dentro de 72 horas de la recepción de la muestra.
Hasta 25% de cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) pacientes pueden no tener suficiente tejido disponible para probar en el momento del diagnóstico. Incluso en casos donde el tejido está disponible, puede no ser de suficiente cantidad y calidad para llevar a cabo aconsejable pruebas moleculares1,2. En casos donde hay suficiente tejido de una biopsia para perfiles moleculares, los pacientes pueden tener que esperar varias semanas o más para obtener los resultados, o iniciar el tratamiento sin resultados moleculares3,4. Sin embargo, es crítico que diagnóstico molecular informativo esté disponible dado el advenimiento de múltiples opciones de tratamiento para pacientes con CPCNP diagnosticados. La prueba de ADN libre circulante (cfDNA) de biopsia líquida es una solución a los retos de tejido tradicional prueba4,5,6. Opciones actuales de prueba para las mutaciones útiles en NSCLC uso cfDNA y un flujo de trabajo basado en la dPCR similar para la generación de resultado rápido, incluir el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) sensibilización de mutaciones ΔE746-A750 y L858R, mutación de EGFR resistencia T790M , Variantes del proto-oncogén KRAS (KRAS) y la variante de B-Raf proto-oncogene (BRAF) V600E. Aunque no ampliamente adoptado por el campo, derivado de tumor ARN mensajero (ARNm) de circulación aislados de biopsia líquida también puede proporcionar información clínica importante7,8,9. Anteriormente hemos desarrollado y divulgado sobre los métodos de detección multiplexada de las equinodermos microtúbulos asociados proteína como 4-anaplástico linfoma Receptor tirosina quinasa (EML4-ALK) fusión variantes del plasma de sangre10. En este estudio, hemos ampliado estos métodos para incluir objetivos de RNA multiplexados de orden superior para ROS1 y RET, cubriendo ocho variantes de fusión dentro de cada ensayo. El objetivo fue desarrollar una técnica rápida, sensible, específica y reproducible para la detección de estas variantes de la fusión del plasma de pacientes con NSCLC.
Se inicia el proceso de prueba en un consultorio médico usando RNA estabiliza sangre colección tubos11. Estos tubos contienen una preservativa así como inhibidores de la Rnasa de la célula. Las muestras son prioridad enviado durante la noche a las centralizada acreditado por la Universidad de CAP de patólogos americanos/clínica laboratorio enmiendas para la mejora (CLIA)-laboratorio acreditado (laboratorio clínico) para el procesamiento por personal competente. Una vez recibida por el laboratorio clínico, cada paso del proceso se lleva a cabo bajo aprobado procedimientos operativos estándar (SOP). Sangre se centrifuga para recuperar el plasma, que se utiliza para aislar el RNA que es de circulación libre en la sangre o dentro de encapsular moléculas, como los exosomas y plaquetas7,8,9. Para aislar el ARN de estos compartimientos, seleccionamos el sistema de recuperación de RNA basada en las comparaciones de varios métodos de extracción. El ARN aislado es concentrado y atrás transcrito a cDNA. Varias enzimas transcriptasa reversa y cartillas gene-específicas fueron evaluadas durante la optimización del método de síntesis de cDNA para maximizar ROS1 y RET destino transcripción conversión10. Esto es crítico para la baja abundancia circulando transcripciones, como variantes del tumor derivado de la fusión. Por último, hemos optimizado dPCR concentraciones cartilla y sonda para permitir la detección de multiplexado de RET o ROS1 variantes de fusión y el control del gen, glucuronidasa-β (GUSB). Entonces combinamos las mejores condiciones de cada uno de los estudios de optimización en un protocolo cerrado final antes de realizar los estudios de validación analítica descritos en este informe. Este protocolo y estos resultados proporcionan la base para un flujo de trabajo rápido y sensible para la detección rutinaria de variantes raras de la fusión en circulación.
Reordenamientos RET y ROS1 componen ~ 3% de las mutaciones de controlador en el CPCNP población18. Aunque sea rara, la detección de estas alteraciones genéticas es vital. Pacientes de CPCNP con estas alteraciones pueden beneficiarse de terapias específicas que inhiben específicamente la actividad de la cinasa aberrante que resulta de la onco-proteína13. Algunas de estas terapias ya son aprobados por la FDA para uso en el CPCNP positivo ROS1, mientras que otros se han demostrado para ser eficaz contra RET en ensayos clínicos19.
Tecnología PCR digital ofrece una sensibilidad que es ideal para aplicaciones de biopsia líquida20. Ha habido una adopción importante de esta tecnología para el uso con circulación libre de ADN para la determinación de mutaciones del tumor en pacientes con NSCLC4,6,21,22,23 . Además de cfDNA, hemos desarrollado un protocolo diseñado para la medida robusta de las variantes de fusión más frecuentes en pacientes con NSCLC de circulación tumor RNA (figura 1A)10.
Nuestro protocolo establecido permite límites analíticos de detección hasta 0.2% (figura 2). Mientras que la dPCR RT es muy específica y sensible, los ensayos se limitan al panel de variantes de fusión conocidos que se eligen y multiplexado para la detección en el análisis de la polimerización en cadena. Por lo tanto, fusiones en ensayos de multiplexado deben seleccionarse cuidadosamente para asegurar una cobertura adecuada en la población de pacientes con NSCLC. Hemos diseñado con éxito los ensayos para RET y ROS1 que simultáneamente detectar ocho resultantes de variantes de fusión de los cambios de los loci RET o ROS1 y cubrir el 99% y el 88% de la población positivo RET y ROS1, respectivamente (figura 1B-C )17.
El flujo de trabajo de final de la prueba como se describe en este estudio incluye controles de lote para asegurar la consistencia de los resultados. Estos controles incluyen un nivel analítico positivo, así como dos controles negativos, que juntos garantizan que no haya contaminación o inhibición de la polimerización en cadena que ocurren dentro del lote (figura 3). Para garantizar la robustez del ensayo, se realizó un estudio utilizando los controles de lote durante un período de 21 días (figura 3D, H). Estos datos demuestran la consistencia del proceso de RNA según lo establecido en este protocolo.
Buenas prácticas de laboratorio y manejo adecuado de la RNA son componentes clave de asegurar resultados robustos y exactos. Espacio de laboratorio y equipo dedicado a utilizar con el ARN, limpieza del equipo después de cada uso, utilizando consumibles y reactivos libres de RNasa y aplicar un spray de inactivación de Rnasa al espacio de trabajo ayudan a reducir contaminantes RNasas. Consciente manipulación de las muestras de RNA por técnicos, incluyendo una capa del laboratorio dedicado, frecuentes cambios de guante, trabajando rápidamente a través del procedimiento de extracción de RNA, y mantenimiento de las muestras en hielo es de suma importancia para preservar la integridad de la muestra. Una vez que la RNA ha sido revés transcrito a cDNA, la muestra es de una forma más estable que es menos propensa a la degradación. Además de las prácticas que apoyan la integridad del RNA, las muestras y los componentes de la PCR se deben mantener en áreas segregadas para evitar la contaminación cruzada que puedan conducir a resultados falsos positivos. Los valores reactivos de PCR y preparación de mezclas principales PCR deben ser apartadas del plantillas de PCR y grandes se debe a la segregación amplificada plantilla (post-PCR) de todos los materiales previamente amplificados incluyendo reactivos, RNA y las muestras de cDNA. Finalmente, la correcta generación y manejo de mezclas emulsionadas de PCR antes de la amplificación es central para mantener la integridad de la gotita y dPCR óptimas condiciones. Medidas como estas son fundamentales durante la ejecución de este protocolo para obtener resultados consistentes y exactos. Todos los datos deben ser examinados por personal capacitado antes de la publicación de los resultados para asegurarse que se cumplan los parámetros de control de calidad todos. En el caso de resultados subóptimos (figura 4), el lote debe ser revisado por personal técnico y el Director del laboratorio y requerir volver a procesar.
RT-dPCR resultados pueden obtenerse tan pronto como 24 horas desde la recepción de la muestra y 95% de los resultados de las muestras en el aparato utilizado en este estudio de prueba (n = 984) notificaron al pedido médico en menos de 72 horas desde el momento de la recepción (figura 5). Este tiempo brinda a los médicos mucho la información molecular en un marco de tiempo que permite la iniciación de la terapia adecuada que necesita. Estos resultados están típicamente disponibles antes que las obtenidas mediante una biopsia de tejido convencional. Adicional para NSCLC y otros tipos de cáncer podrían ser desarrollados utilizando métodos similares basados en RNA circulantes y se beneficiarían con el mismo tiempo-a-resultados rápidos. Por ejemplo, medición de la transcripción de mRNA de ligando de muerte programada 1 (PD-L1) mediante RT-dPCR podría informar a los médicos sobre las opciones de inmunoterapia. También hay un creciente interés en la utilidad de la biopsia líquida y dPCR en el seguimiento de la eficacia terapéutica. Las indicaciones anteriores de reaparición del tumor mediante pruebas específicas variantes genómicas podrían permiten a los médicos ajustar los regímenes de tratamiento antes de que los pacientes son sintomáticos por estándar de medidas de cuidado como la proyección de imagen24. Protocolos como el reportado en este estudio son ideales para monitoreo debido a su no invasividad, sensibilidad, tiempo de vuelta rápido y la rentabilidad. El ensayo descrito en el presente documento proporciona resultados dentro de las 72 horas desde la recepción de muestras, con tasas de detección mínima de falsos positivos, que facilita las decisiones de tratamiento rápido y evita algunas limitaciones con base de tejido de prueba4.
Nuestro protocolo y datos demuestran un sistema de prueba robusta para la identificación de variantes de RNA de baja abundancia así como la posibilidad de mutación de base de sangre de prueba en la práctica clínica. Para aquellos pacientes que no tienen un conductor accionable mutación identificada por biopsia líquida específica rápida acerca como éste, la adición de más extenso genoma y proteoma pruebas de tejido y sangre puede proporcionar información clínica más amplia apoyar la planificación del tratamiento.
The authors have nothing to disclose.
Agradecemos a nuestros colaboradores, Stephen Jones, Nia Charrington, Dr. Dianna Maar y el Dr. Samantha Cooper desde el centro Digital de la biología (Bio-Rad Inc. CA) por su diseño de ensayo; Nezar Rghei y el Dr. Moemen Abdalla (Norgen Biotek, Canadá) para asesoramiento crítico cuando optimizar el protocolo de extracción de RNA; y Shannon Campbell, Scott Thurston, Jeff Fensterer, Shannon Martello y Joellyn Enos ayuda con requisitos y seguimiento comercial.
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1604071 |
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1809353 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1604071 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1606077 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile | Amresco | K812-500mL | 1446C189 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile – 500 mL | Invitrogen | 10010023 | 1916C092 |
RNase Zap (Life Tech) (250 mL) | Ambion | AM9780 | 353952 |
Beta-Mercaptoethanol (BME) (250 mL) | CalbioChem | 6050 | W105B |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56054611 |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56238638 |
Isopropyl Alcohol | VWR | 0918-4L | 2116C416 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 403648 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 288461 |
DNase I | Thermo | K0441 | 371299 |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | 54809699 |
20x TE buffer pH 8.0 | Alfa Aesar | J62388 | R13C548 |
UltraPure Agarose | Invitrogen | 16500-100 | 552730 |
10x TBE buffer | Invitrogen | AM9863 | 353065 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 60110327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61900327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61480327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 62320327 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 585849 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 588308 |
Lysis Buffer | Norgen | 21205 | A5F61E |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 585848 |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 588309 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC186976 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188077 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188413 |
Collection Tubes 500 pack | Zymo | C1001-500 | N/A |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 391657 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 392504 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 448001 |
SuperScript IV Reverse Transcriptase | Life Technologies | 18090200 | 451702 |
Qubit HS RNA Assay Kit (500) | Life Technologies | Q32854 | 1745264 |
Qubit assay tubes (500) | Life Technologies | Q32856 | 13416Q311 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64031651 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64063941 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065740 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065741 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64079083 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64025320 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64052358 |
gBlock KIF5B-RET K15:R12 | IDT | 151004172 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K16:R12 | IDT | 151004173 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K22:R12 | IDT | 151004174 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K23:R12 | IDT | 151004175 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R11 | IDT | 151004176 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R8 | IDT | 151004177 | 4-Oct-16 |
gBlock CCDC6-RET C1:R12 | IDT | 151004178 | 4-Oct-16 |
gBlock TRIM33-RET T14:R12 | IDT | 151004179 | 4-Oct-16 |
RET exon 8 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
5’-CTCCACTCACACCTG-3’ | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
RET exon 11 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
5’-GCAAACTTGTGGTAGCAG-3’ | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
RET exon 12 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
5’-CTGCCTTTCAGATGGAAG-3’ | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R34 | IDT | 152324366 | 15-Nov-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R32 | IDT | 152324367 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R32 | IDT | 152324368 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R34 | IDT | 152324369 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R32 | IDT | 152324370 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R34 | IDT | 152324371 | 15-Nov-16 |
gBlock EZR-ROS1 E10:R34 | IDT | 152324372 | 15-Nov-16 |
gBlock TPM3-ROS1 T8:R35 | IDT | 152324373 | 15-Nov-16 |
ROS1 exon 34 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
5’-CCTTCCTTGGCACTTT-3’ | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
ROS1 exon 35 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
5’-CTCTTGGGTTGGAAGAGTATG-3’ | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
ALK Gene Specific Primer | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
5’-CAGTAGTTGGGGTTGTAGTCG-3’ | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
EML4-ALK Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
SLC34A2-ROS1 Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
CCDC6-RET Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
Human Brain Total RNA | Ambion | AM7962 | 1703548 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K15:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K16:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K22:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K23:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R11 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R8 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C1:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T14:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: E10:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T8:R35 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
(version 2) | Bio-Rad | 12003909 | 213939881 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 13-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 20170112v3.2 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851151 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 207383915 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 195995635 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851152 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 213949301 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 20160914 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 211383227 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 1065C220 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052953 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052358 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 1065C320 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64052952 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64064127 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000065883 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084276 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000079928 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084395 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084634 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20160627 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161107 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161206 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161216 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20170125 |
Pipet Tips for Automated Droplet Generator | Bio-Rad | 1864120 | PR125340 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206894 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206893 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 1409850 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 100402 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 145851 |
Microseal 'B' seals | Bio-Rad | MSB1001 | BR00428490 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64039089 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049253 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049255 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64081870 |
DNA Lo Bind Tube 0.5 mL | Eppendorf | 22431005 | E1629620 |
DNA Lo Bind Tube 1.5 mL | Eppendorf | 22431021 | F16698K |
DNA Lo Bind Tube 2 mL | Eppendorf | 22431048 | E160610I |
50 mL Conicals, Polypropylene (25) | Thermo | 339652 | G5ZF5W8118 |
TempAssure PCR 8-Strips, Optical Caps, Natural, polypropylene (120) | USA Scientific | 1402-4700 | 16202 |
For Rainin LTS Pipettors 0.5-20 µL tips | Pipette.com | LF-20 | 40155-642C4-642C |
For Rainin LTS Pipettors 5-200 µL tips | Pipette.com | LF-250 | 40154-642C4-642B |
Tips LTS 200 ul Filter 960/10 RT-L200F (10 boxes) | Rainin | 17002927 | 1635 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F1175551-1108 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F118054L-1720 |
Pipet Tips, 100 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1180-1740 | 0014961Q-2501 |
Pipet Tips, 200 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1180-8710 | E116684P-1540 |
Pipet Tips, 1000 ul XL TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1182-1730 | F118815P |
5 mL Standard Racked Gilson-fit Reference Tips | Scientific Specialties | 4411-00 | 14312 |
Combitips advanced, 0.1 mL Biopur | Eppendorf | 003 008 9618 | F165414H |
Combitips advanced, 0.2 mL Biopur | Eppendorf | 0030 089.626 | F166689J |
Combitips advanced, 5 mL Biopur | Eppendorf | 0030.089 669 | F166054J |
Combitips advanced, 50 mL Biopur | Eppendorf | 003.008.9693 | F166055I |
Reagent Reservoir | VWR | 89094-680 | 141500 |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165029I |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165028G |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Green | Eppendorf | 951020346 | F166183K |
Equipment Type | Equipment ID | ||
Analytical Balance | EQP0125 | ||
Cryogenic Freezer 1, -80oC | EQP0095 | ||
Refrigerator 6.1 cu ft GP06W1AREF | EQP0139 | ||
-20oC Freezer | EQP0140 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0025 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0124 | ||
Thermo Scientific Hereaus Megafuge 8 | EQP0104 | ||
Mini Centrifuge | EQP0131 | ||
Mini Centrifuge | EQP0136 | ||
Mini Centrifuge | EQP0134 | ||
Mini Centrifuge | EQP0235 | ||
Mini Centrifuge | EQP0216 | ||
Thermo Scientific HeraTherm Incubator | EQP0105 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0182 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0072 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0070 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0218 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0075 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0169 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0074 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0147 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0128 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0160 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0018 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0146 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0079 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0181 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0085 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0077 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0088 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0087 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0231 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0050 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0158 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0217 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0082 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0183 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0083 | ||
Pipette 5 mL | EQP0153 | ||
Timer | S/N 140623950 | ||
Hamilton SafeAire VAV Fume Hood | EQP0206 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0205 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0204 | ||
Qubit 3.0 | EQP0102 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0108 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0231 | ||
Polaroid Z2300 Instant Print Digital Gel Camera with WiFi and 16GB SDHC memory card | EQP0111 | ||
Electrophoresis Power Unit | EQP0113 | ||
Electrophoresis Small Gel Box | EQP0116 | ||
Maestro Transilluminator | EQP0118 | ||
Microwave | EQP0215 | ||
Multichannel 8-well Pipette 2 - 20 μL | EQP0207 | ||
Multichannel 8-well Pipette 10 – 100 μL | EQP0090 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0094 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0161 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0162 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0163 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0052 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0007 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0132 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0137 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0135 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0203 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0096 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0148 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0097 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0202 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0121 | ||
Automated Droplet Generator | EQP0179 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0123 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0186 | ||
C1000 Touch Cycler w/96W FS RM | EQP0120 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0174 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0173 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0180 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0175 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0194 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0122 |