Name: Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-11-02T12:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 42 s
Description: Keşfedin peptoid nanosheets sentezi ve self-assembly yöntemini. Submonomer yaklaşımıyla katı faz sentezi, nanobilim ve biyomedikal uygulamalar için yüksek düzenli nanoyapılar oluşturur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Yazarlar Byoung-Chul Lee, Philip Choi ve Samuel Ho değerli yardım için teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma ABD Enerji Bakanlığı, Sözleşme kapsamındaki, Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuarı, Temel Enerji Bilimler Bilim, Office, Office tarafından desteklenen Moleküler Döküm yapıldı No DE-AC02-05CH11231 ve Savunma Tehdit Azaltma Sözleşme No altında Ajansı: IACRO-B0845281.

1. Katı-Faz Polypeptoids Submonomer Sentezi Katı-faz sentezi (SPS), doğrudan böyle bir polimerik reçine boncuk gibi inert bir katı destek sekans spesifik biyopolimerlerin adım bilge sentezlemek için kullanılan yaygın bir tekniktir. Yüksek kaplin verim ve aşırı reaktant kaldırma kolaylığı SPS büyük avantajları. Reçine kaplin reaksiyon sonra, aşırı reaktifler sadece boşaltılır ve boncuk sonraki reaksiyon adım için hazır olmak yıkanır. Nihai sentez reaksiyon sonra, tam uzunlukta oligomerler reçine bölünmüş ve çözüm fazlı bir malzeme daha da incelenebilir. Burada, diziye özgü peptoid polimerler oluşturmak için SPS prosedürü uyum sağlar. <ol><li> Kurulum: manuel peptoid sentezinin tüm adımları atılabilir, polipropilen (PP) fritted kartuş veya 3-way stopcock ile donatılmış bir fritted cam reaksiyon kabı yapılabilir. Davlumbaz bütün işlemleri gerçekleştirin. G inkubasyon içinlass gemi veya plastik kartuş, hafifçe kabarcık karıştırma için uygun çözüm için bir azot kaynağı bir kol bağlanır. Alternatif olarak, tek kartuş reaksiyon inkübasyonlar için, kartuşu döner çalkalayıcı kapaklar ve yer ile her iki ucunda mühür. Reaksiyon karışımları veya yıkar boşaltmak için, bir atık tuzak ile elektrikli ev bağlayın. Geminin bir kaba frit fritted olmalıdır. Boncuk cam geminin duvarlarına yapışmasını önlemek için cam reaksiyon kabı Siliconize. Dikloretan 5% dichlorodimethylsilane (v / v) bir çözüm hazırlayın. Temiz ve kuru bir reaksiyon geminin üst silikonlama solüsyonu ile doldurun, 30 dakika otur, sonra drenaj sağlar. Metanol ile bir DCE ile daha sonra geminin bir kez yıkayın ve. Silikonlama çözüm yeniden kaydedilmesi gerekir. Her iki hava kuru ya da silkeleyin aşan herhangi bir çözüm ve cam stopcock çıkardıktan sonra kuruyana kadar pişirin. Reçine eklemeden önce Cool reaksiyon kabı. </li><li> Rink amid yeniden 100 mg (0.06 mmol)fritted bir reaksiyon gemi günah. 2 mL dimetilformamid (DMF) ekleyerek reçine şişer. 10 dakika sallayarak veya köpürme ile çalkalayın. Kabardı reçine yalıtmak için vakum ile çözüm boşaltın. </li><li> Fmoc grubu korumanızı için% 20 DMF 4-methylpiperidine (v / v) 1 mL ekleyin. 2 dakika ve boşaltma için çalkalayın. 12 dakikalık bir inkübasyon tekrarlayın. </li><li> DMF 2 mL ekleyerek 15 saniye boyunca ajitasyon ve drenaj reçine durulayın. 3x tekrarlayın. </li><li> Bromoacetylation: 1 mL 0.6 M bromoacetic DMF asit (0.6 mmol) ve 86 N mcL, N'-diisopropylcarbodiimide (0.93 eşdeğeri, 0.56 mmol) ekleyin. 30 dakika boyunca hafif köpüren ile inkübe, suzun ve 2 mL DMF (4x tekrar) ile durulayın. </li><li> Deplasman: 1-2 M amin N-methylpyrrolidinone 1 ml ekleyin. 30-120 dakika süreyle köpürme ile inkübe, suzun ve DMF (4x 2 ml) ile durulayın. </li><li> Submonomer döngüsü, 1.5 (bromoacetylation) ve 1.6 (displacemen adımları tekrarlayarak peptoid zinciri büyümeye devamt). </li></ol><ol start="8"><li> Son deplasman yapıldıktan sonra, 2 mL DMF (4x tekrar) ile yıkayın, daha sonra 2 mL diklorometan (3x tekrar). Cap ve bölünme kadar reaksiyon kabı içerisine saklamak. </li><li> Sentezi (isteğe bağlı) Pause: peptoid bir sentezi sırasında duraklatmak için, deplasman reaksiyon bitirmek ve 1.8 adıma geçin. Peptoid zinciri büyümeye devam etmek için, yeniden şişme kuru reçine (adım 1.2) ve submonomer döngüsü (adım 1.5 ve 1.6) tekrar sentezi yeniden başlatın. Reçine peptoid konjuge döngüsel bir diketopiperazine yan ürün meydana gelebilir, çünkü reçine 2. deplasman dışında herhangi bir yerinden sonra kurutulur ve saklanır. </li><li> Aynı anda birden çok sentezleri için, katı-faz ekstraksiyon vakum manifoldu, verimliliği en üst düzeye çıkarmak için tavsiye edilir. Peptoid sentezi de düzgün Aapptec Apex 396, CEM Liberty mikrodalga synthesizer ve Protein Techno gibi piyasada bulunan peptid synthesizer, programlama yöntemleri ile otomatik hale getirilebilirhat seçim Inc Prelude synthesizer. </li></ol> 2. Bölünme ve Yan Zinciri Deprotection <ol><li> 20 ml sintilasyon cam flakon kuru reçine aktarın. </li><li> Bir kaput içinde Çalışma ve uygun kişisel koruyucu ekipmanlar kullanarak, sıkıca sintilasyon cam şişe ve kapak trifloroasetik asit (TFA) bölünme kokteyl 1 (örneğin% 95 aq. TFA, tartışma) 4 mL ekleyin. (Tartışma) 10 dakika ila 2 saat oda sıcaklığında iyice çalkalayın. </li><li> TFA bölünme, yeni bir, önceden tartılıp 20 ml sintilasyon cam flakon içine tek, PP fritted kartuş ile reçine filtreleyerek çözüm toplayın. Bir tek, PP pipet bölünme kokteyl çözümleri aktarmak için uygundur. </li><li> Reçine yıkayın ve herhangi bir kalıntı peptoid toplamak için 1 ml taze bölünme kokteyl ekleyin. 2x tekrarlayın. </li><li> TFA, azot yumuşak bir akışı üfleme veya bir Biotage V10 evaporatör ile buharlaşır. </li><li> 6 mL ham petrol çözülürasetonitril / su HPLC için 1:1 (v / v). Dondurma ve lyophilize. Tekrarlayın. </li><li> Ham ürün ağırlığı kaydedin. -20 ° C'de kuru bir toz olarak saklayın </li><li> Sentezlenmiş peptoid saflığını ve kütle hızla belirlemek ve doğru bölünme koşulları seçilmiş olup olmadığını test bölünme (isteğe bağlı): reçine% 0.5 'lik bir test bölünme yapılabilir. Testi bölünmelere sentez ilerlemeyi izlemek için özellikle yararlıdır. </li></ol> 3. Polypeptoid Karakterizasyonu ve Saflaştırılması <ol><li> Analitik HPLC, LC-MS elektrosprey, ve / veya MALDI-TOF bir kombinasyonu sayesinde, ham ürünün saflığı ve istenilen molekül ağırlığı mevcut olup olmadığını belirlemek. </li><li> Çözünürlük için gerekli minimum asetonitril su, kuru peptoid toz ~ 5-10 mg / ml solüsyon hazırlayın. Ham peptoid ürün, 0.45 mikron şırınga filtre ile toz ve parçacıkları çıkarmak için Filtre net bir çözüm. </li><li> Analitik HPLC ve elektrosprey LC-MS: ~ 20 mcg / mL ham peptoid çözüm hazırlayın. 0.45 mikron Filtre 200 mcL 20 mcL filtre ve enjekte edilir. </li><li> MALDI: Mix 1 1 mcL matris ~ 20 mg / ml peptoid mcL. Spot 1 MALDI plaka mcL ve kurumaya bırakın. Matrix ve satın alma modunda örnek (Şekil 5) bağlıdır. </li><li> Ham peptoid, ters faz hazırlık HPLC ile karışım arındırın. Degrade ve polypeptoid hidrofobluğu dayalı sütun (C4 ve C18) seçin. Fraksiyonları saflaştırılmış birleştirin, dondurma ve kabarık beyaz toz ile sonuçlanan, lyophilize. Nihai ürünün ağırlığı kaydedin. </li><li> HCl tuz (isteğe bağlı) Oluşumu: 100 mM HCl (aq.) liyofilize toz en az asetonitril ile çözülür. Önceden tartılmış cam flakon transfer. Dondurma ve yeniden lyophilize. 2x tekrarlayın. Peptoid toz kütlesini belirlemek için Reweigh. </li></ol> 4. Peptoid Nanosheet Oluşumu Bu bölümde des, tek bir zincir, dizisi, A'nın 36-mer peptoid (Şekil 1) yaprak oluşturmak için protokol cribes. Peptoid iplikçik sentezlenmiş sonra, saflaştırılmış ve yukarıda açıklandığı gibi liyofilize, ortaya çıkan beyaz toz, 2 mM stok solüsyonu yapmak için DMSO çözülür. <ol><li> 500 mcL hazırlayın 20 mcM peptoid yaprak oluşumu tampon solüsyonu (10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, suda pH 8.0), 1 dram cam flakon. Öncelikle, Milli-Q su 445 mcL, 10x yaprak oluşumu tampon 50 mcL ve karıştırmak için vorteks ekleyin. Daha sonra, 5, 2 mM peptoid stok solüsyonu ve yavaşça girdap çözüm mcL ekleyin. Cam şişe kapağı. </li><li> Sayfaları seyreltik sulu peptoid çözüm yavaşça sallanarak oluşur. Yatay konumda yaprak dik pozisyonda sonuçları yavaş yavaş devirme cam flakon. Sallayarak Nazik da yaprak verimi, ancak yaprak daha küçük ve daha az düz kenarlar olma eğilimindedir. Sayfalık oluşum mekanizması daha kapsamlı bir analiz reported ayrı ayrı 2 </li><li> Çok yüksek kalite levha için, 1-3 gün boyunca (&lt;1 RPM), yatay ekseni etrafında yavaş yavaş cam şişe döndürün. Uygun bir teknik Kaynakları Rotamix tüp rotator RKVSD veya özelleştirilmiş bir rocker sürekli bunu gerçekleştirebilir. </li><li> Diyaliz Nanosheets (isteğe bağlı): Bazı uygulamalarda, herhangi bir ücretsiz peptoid zincirleri veya tamponlar / tuzları kaldırmak için gerekli olabilir. 15 dakika boyunca istenilen tampon bir Float-a-Lyzer 100 kD membran bekletin. Örnek odasına 500 mcL peptoid sayfalık çözüm yükleyin. 60 rpm hızında bir manyetik karıştırıcı ile karıştırarak, istenilen tampon 500 mL bekletin. Sayfa diyaliz 4 saat süreyle devam etmek için izin verin. Tampon çözelti taze bir stok ile her saat, döviz. </li></ol> 5. Nanosheets, Floresans Mikroskopi <ol><li> Nanosheets Floresan görüntüleri Nil Kırmızı, floresan bu Hydr lokalize artar çevreye duyarlı boya ile görüntülenmiştirophobic ortamlarda (Şekil 2). </li><li> 1 Nil Red mcM son bir konsantrasyon elde etmek için 100 mcM Nil Kırmızı 1 mcL nanosheet çözüm 100 mcL ekleyin. </li><li> Sıcak su içinde% 1 agaroz çözüm yapın ve plastik bir Petri kabı içine dökünüz. Agaroz çözümü kalınlığında yaklaşık 1 / 8 inç olduğundan emin olun ve çözüm düz bir yüzey üzerinde bozulmamış soğumasını bekleyin. Agaroz setleri sonra, cam bir slayt x 1 cm kare kesilmiş ve 1 cm aktarmak için bir spatula kullanın. </li><li> Aynı düzlemde, spot 1 agaroz parçası levha çözüm mcL yaprak toplamak için. Agaroz yaprak yüzeyinde bırakarak, 2 dakika için tampon emmek için izin verin. 15 dakika içinde Resim, aksi agaroz dehidratasyon nedeniyle deforme etmeye başlayacaktır. </li><li> Çözelti içinde görüntü sayfaları için, 20 mm çapında bir cam slayt 0,12 mm conta içinde 15 mcL yük. Bir lamel ile kaplayın. Yaprak sadece bir cam slayt ve kapak arasında sıkışmış bir conta olmadan, çok sayıda yaprak will kesme ve görünüşte küçük bir buharlaşma sayfaları sürekli olarak hareket etmesine neden olacaktır. </li><li> Epifloresans aydınlatma altında (örneğin bir Andor iXonEM + EMCCD spektrumları Texas kırmızı filtre ile donatılmış bir Olympus IX81 inverted mikroskop) Resim yaprak. </li></ol> 6. Nanosheets Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) <ol><li> Plazma etch silikon substrat (isteğe bağlı): silikon yongaları plazma sayfa adsorpsiyon yardım etmek için yakılmaktadır. Plazma temizleyici vakum odası (örneğin harrick Plazma Temizleyici / Sterilizatör PDC-32G), silikon yongaları yerleştirin. 200 mTorr Pompa ve RF bobini 18W (PDC-32G için yüksek ayar) ayarlayın. 2 dakika için Etch. </li><li> Bırak, bir plazma ile tedavi edilen silikon hızlandırıcı tabakanın peptoid sac çözüm 20 mcL. 3 dakika oturup bekleyin. Ucu ile fazla çözüm çıkarın Kim silin. Pipet 20 mcL ve su yüzeyine tampon ve tuzları kaldırmak için daha fazla çözüm kaldırmak. 4x tekrarlayın. </li><li> Alternatif olarak, çevirmelikaldırmak için tampon ve tuzlu suya karşı peptoid sac çözümleri yze. Plazma ile tedavi edilen silikon yüzeylerde 20 diyaliz bilanço çözüm mcL bırakın. Hava örnek kurulayın. </li><li> SEM (örneğin Zeiss İkizler Ultra-55 Analitik Taramalı Elektron Mikroskobu) ile bir lens dedektörü ve 1 kV, 5 kV (Şekil 3) arasında ışın enerjisi Görüntü sayfa. </li></ol> 7. Güvenlik Notlar: <ol><li> Dimethylformamide ve Diklorometan makul kanserojen şüphelenilen. </li><li> N, N'-Diisopropylcarbodiimide, 4-methylpiperdine ve bromoacetic asit cilt, göz ve solunum yolları için tehlikeli. Onlar itina ile kaputu kullanılmalıdır. Deri yoluyla ya da absorbe eğer toksik olabilir, ve maruz kalma hassasiyete neden olabilir. Boş kaplar ürün kalıntısı (sıvı / buhar) korumak ve kaput onları çıkarmadan önce iyice durulanmalıdır. </li><li> TFA güçlü bir asit ve üst solunum yolu, gözler için son derece yıkıcı vecilt. TFA solunum zarar vermemek için her zaman başlık TFA konsantre çözümler uçucu tutmak. TFA çözümleri işlerken KKD, düzgün ve dikkatli kullanın. Değişim eldiven derhal TFA ile temas gelirsen ve derhal dökülen temiz. </li></ol> 8. Temsilcisi Sonuçlar: Bu bölümde, bir dizi özel 36-mer peptoid zincir sentezi, karakterizasyonu ve arıtma anlatılan bir çok sipariş nanosheet 3 (Şekil 1) içine katlanır. Blok şarj peptoid H-[Nae-NPE] 9 - [nce-NPE] 9-NH 2 Rink amid reçine 100 mg sentezlenmiştir. A 2 M amin çözüm kalıntı 1-18 ve 19-36 artığı için 120 dakika için 60 dakika için yürütülen tüm deplasman reaksiyonlar için kullanılmıştır. t-Butil beta-alanin HCl fenetilamin ve Boc-etilendiamin kullanılan directl hem iken serbest baz (tartışma) dönüştürüldüy Reçine,% 95 TFA,% 2,5 triispropylsilane,% 2,5 'i 2 saat süreyle su ile bölünmüş oldu. TFA buharlaştırılır ve sonuçta ortaya çıkan viskoz yağ (~ 180 mg) 6 ml asetonitril yeniden dağıldı: su 1:1 (v / v). Ürün saflık (Şekil 4) ve ürün kütlesinin varlığı analitik RP-HPLC (% 30-80 asetonitril, su degrade, 1 ml / dak 30 yılı aşkın dakika% 0.1 (v / v) TFA içeren tarafından da teyit edildi 60 ° C C18, 5 mm, 50 x 2 mm sütun) ve MALDI (Şekil 5). Vydac C18 kolon (10 mm, 22 mm x 250 mm) 10 ml / dk ile 60 dakika içinde% 0.1 TFA ile su içinde% 30-60 asetonitril bir degrade kullanarak ters faz HPLC ile Arıtma devam etti. Sütun, her kromatografik çalıştırmak için ham ürün 60 mg yüklenmiştir. Saflaştırılmış kesirler analitik RP-HPLC (Şekil 4) saflığı göre birleştirilir ve kabarık beyaz toz ~ 80 mg verim liyofilize edildi. Moleküler Saf blok şarj peptoidağırlık MALDI tarafından teyit edildi. 1 peptoid saflaştırılmış asetonitril 100 mcM mcL: su 1:1 (v / v) matrisinin 1 mcL (5 mg / ml asetonitril α-cyano-4-hydroxycinnamic asit ile karışık: su 01:01 v / v ve % 0.1 TFA) ve 1 mcL MALDI plakası tespit edildi. Örnek havada kurutulduktan sonra, Uygulamalı Biosystem / MDS SCIEX 4800 MALDI TOF / TOF Analyzer yerleştirildi. Toplama ve işleme modları doğrusal düşük kütleli. Hesaplanan ağırlığı otomatik olarak gecikme süresini ayarlamak için hedeflenen kitle girmiştir. Lazer yoğunluğu 3400 kurulmuştur. Gözlenen kütlesi, 4981,2, 4981,74, hesaplanan kitle yakından eşleşir. Saflaştırılmış liyofilize toz 4 saklanabilir 2 mM stok solüsyonu ° C DMSO dağıldı Levhalar Anılan protokol tarafından hazırlanan ve floresan optik mikroskop ve SEM (Şekil 2 ve 3) ile görüntülenmiş. 300 mikron kadar özelliği boyutları ile çeşitli şekiller görülmektedir ve notably, düz kenarlar belirgindir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/3373/3373fig1.jpg" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1 blok şarj peptoid H-[Nae-NPE] 9 Sıra - [nce-NPE] 9-NH 2. Zinciri, tek bir blok yükü, amfifilik polypeptoid 36-mer kendinden bir araya içine son derece düzenli, iki boyutlu nanosheets 3. Hesaplanan molekül ağırlığı 4981,74. <img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/3373/3373fig2.jpg" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 2"> Şekil 2 peptoid nanosheets Floresan mikroskobu görüntüleri. Levhalar 10 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 8.0, 20 mcM peptoid çözüm oluşturuldu. Yaprak 1 mikrona kadar Nil Kırmızı ile agaroz görüntülenmiştir. Ölçeği bar 100 mikron. <img alt="Şekil 3" src="/files/ftp_upload/3373/3373fig3.jpg" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3: Taramalı elektron mikroskobu görüntüleripeptoid nanosheets. Levhalar 10 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 8.0, 20 mcM peptoid çözüm oluşturuldu. Ölçeği çubuklar 5 mikron. <img alt="Şekil 4" src="/files/ftp_upload/3373/3373fig4.jpg" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 4"> Şekil 4 H-[Nae-NPE] 9 Analitik ters faz HPLC izleme - [nce-NPE] 9-NH 2. Ham ve arıtılmış analitik HPLC trace (az% 30-80 degrade 60 yaşında 30 dakika içinde 1 ml / dak ° C), C18, 5 mm, 50 x 2 mm sütun ham ve arıtılmış blok şarj peptoid H-[ Nae-NPE] 9 - [nce NPE] 9-NH 2 gösterilir. <img alt="Şekil 5" src="/files/ftp_upload/3373/3373fig5.jpg" data-altupdatedat="1788238805000" data-alt="Şekil 5"> Şekil 5 H-[Nae-NPE] 9 MALDI-TOF kütle spektroskopisi izleme - [nce-NPE] 9-NH 2. Gözlenen kütlesi, 4981,2, hesaplanan kütle, 4981,74 yakın anlaşma.

<ol><li>King, D. S., Fields, C. G., Fields, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cleavage+method+which+minimizes+side+reactions+following+Fmoc+solid+phase+peptide+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Pept.+Pro.+Res%22%5BJournal%5D)">A cleavage method which minimizes side reactions following Fmoc solid phase peptide synthesis.</a> Int. J. Pept. Pro. Res. 36, 255-266 (1990).</li>
<li>Sanii, B., Kudirka, R., Cho, A., Venkateswaran, N., Oliver, G. K., Olson, A. M., Tran, H., Harada, R. M., Tan, L., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaken%2C+not+stirred%3A+Collapsing+a+peptoid+monolayer+to+produce+free-floating%2C+stable+nanosheets%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Shaken, not stirred: Collapsing a peptoid monolayer to produce free-floating, stable nanosheets.</a> J. Am. Chem. Soc. , (2011).</li>
<li>Kudirka, R., Tran, H., Sanii, B., Nam, K. T., Choi, P. H., Venkateswaran, N., Chen, R., Whitelam, S., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folding+of+a+single-chain%2C+information-rich+polypeptoid+sequence+into+a+highly-ordered+nanosheet%5BTitle%5D)+AND+%22Bioploymers%3A+Peptide+Science%22%5BJournal%5D)">Folding of a single-chain, information-rich polypeptoid sequence into a highly-ordered nanosheet.</a> Bioploymers: Peptide Science. 96, 586-595 (2011).</li>
<li>Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Zuckermann, R., Pohl, N., Kirshenbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+multistep+synthesis+of+a+bioactive+peptidomimetic+oligomer+for+the+undergraduate+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Ed%22%5BJournal%5D)">Rapid multistep synthesis of a bioactive peptidomimetic oligomer for the undergraduate laboratory.</a> J. Chem. Ed. 87, 637-639 (2010).</li>
<li>Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-function+relationships+in+peptoids%3A+Recent+advances+toward+deciphering+the+structural+requirements+for+biological+function%5BTitle%5D)+AND+%22Org.+Biomol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function.</a> Org. Biomol. Chem. 7, 1508-1524 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+as+potential+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Op.+Mol.+Ther%22%5BJournal%5D)">Peptoids as potential therapeutics.</a> Curr. Op. Mol. Ther. 11, 299-307 (2009).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> , 105-2794 (2008).</li>
<li>Yam, A. Y., Wang, X., Gao, C., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Bleua, T., Halla, J., Fedynyshyn, J., Allauzen, S., Peretz, D., Salisbury, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Universal+method+for+detection+of+amyloidogenic+misfolded+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem%22%5BJournal%5D)">A Universal method for detection of amyloidogenic misfolded proteins.</a> Biochem. 50, 4322-4329 (2011).</li>
<li>Huang, C. -Y., Uno, T., Murphy, J. E., Lee, S., Hamer, J. D., Escobedo, J. A., Cohen, F. E., Radhakrishnan, R., Dwarki, V., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lipitoids+-+novel+cationic+lipids+for+cellular+delivery+of+plasmid+DNA+in+vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Biol%22%5BJournal%5D)">Lipitoids - novel cationic lipids for cellular delivery of plasmid DNA in vitro.</a> Chem. Biol. 5, 345-354 (1998).</li>
<li>Schroeder, T., Niemeier, N., Afonin, S., Ulrich, A. S., Krug, H. F., Bräse, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoidic+amino-+and+guanidinium-carrier+systems%3A+Targeted+drug+delivery+into+the+cell+cytosol+or+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptoidic amino- and guanidinium-carrier systems: Targeted drug delivery into the cell cytosol or the nucleus.</a> J. Med. Chem. 51, 376-379 (2008).</li>
<li>Murnen, H. K., Rosales, A. M., Jaworski, J. N., Segalman, R. A., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hierarchical+self-assembly+of+a+biomimetic+diblock+copolypeptoid+into+homochiral+super+helices%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Hierarchical self-assembly of a biomimetic diblock copolypeptoid into homochiral super helices.</a> J. Am. Chem. Soc. 132, 16112-16119 (2010).</li>
<li>Nam, K. T., Shelby, S. A., Marciel, A. B., Choi, P. H., Chen, R., Tan, L., Chu, T. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Free-floating+ultra-thin+two-dimensional+crystals+from+sequence-specific+peptoid+polymers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature.+Mater%22%5BJournal%5D)">Free-floating ultra-thin two-dimensional crystals from sequence-specific peptoid polymers.</a> Nature. Mater. 9, 454-460 (2010).</li>
<li>Burkoth, T. S., Beausoleil, E., Kaur, S., Tang, D., Cohen, F. E., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+The+Discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chemistry+%26+Biology%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: The Discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chemistry & Biology. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Murphy, J. E., Uno, T., Hamer, J. D., Cohen, F. E., Dwarki, V., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Combinatorial+approach+to+the+discovery+of+efficient+cationic+peptoid+reagents+for+gene+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">A Combinatorial approach to the discovery of efficient cationic peptoid reagents for gene delivery.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95, 1517-1522 (1998).</li>
<li>Mora, P. uig, Masip, I. sabel, Cortés, N. uria, Marquina, R. egina, Merino, R. amón, Merino, J. esús, Carbonell, T. eresa, Mingarro, I. smael, Messeguer, A. ngel, Pérez-Payá, E. nrique <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+from+a+positional+scanning+peptoid+library+of+in+vivo+active+compounds+that+neutralize+bacterial+endotoxins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification from a positional scanning peptoid library of in vivo active compounds that neutralize bacterial endotoxins.</a> J. Med. Chem. 48, 1265-1268 (2005).</li>
<li>Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+nanomolar+ligands+for+7-transmembrane+G-protein+coupled+receptors+from+a+diverse+%28N-substituted%29glycine+peptoid+Library%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Discovery of nanomolar ligands for 7-transmembrane G-protein coupled receptors from a diverse (N-substituted)glycine peptoid Library.</a> J. Med. Chem. 37, 2678-2685 (1994).</li>
<li>Alluri, P., Liu, B., Yu, P., Xiao, X., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+coactivator-binding+peptoids+from+a+combinatorial+library%5BTitle%5D)+AND+%22Moleular+Biosystems%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of coactivator-binding peptoids from a combinatorial library.</a> Moleular Biosystems. 2, 568-579 (2006).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-%28substituted%29glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-(substituted)glycine peptoid libraries.</a> Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Culf, A. S., Ouellette, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+synthesis+of+N-substituted+glycine+oligomers+%28%26alpha%3B+peptoids%29+and+derivatives%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Solid-phase synthesis of N-substituted glycine oligomers (&alpha; peptoids) and derivatives.</a> Molecules. 15, 5282-5335 (2010).</li>
<li>Burkoth, T. S., Fafarman, A. T., Charych, D. H., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incorporation+of+unprotected+heterocyclic+side+chains+into+peptoid+oligomers+via+solid-phase+submonomer+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Incorporation of unprotected heterocyclic side chains into peptoid oligomers via solid-phase submonomer synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 125, 8841-8845 (2003).</li>
</ol>

Biz ifşa etmek başka bir şey var.

Uygulamalar ve Önemi Bu protokol peptoid sentezi ve nanosheets peptoids öz-montaj sulu basit ve verimli bir yöntem açıklanır. En laboratuarlar kolay, ucuz malzemeler, temel uzmanlık ve basit teknikleri 4 kullanılmaktadır çünkü peptoids sentezleme yeteneğine sahiptir . Aynı şekilde, ultra-ince, yüksek sipariş nanosheets öz-montaj sadece seyreltik sulu peptoid çözüm 2 tekrarlanan eğerek bir şişe gerektirir. Sağlam ve sentetik esnek henüz 5 sıra-özel ve son derece ayarlanabilir çünkü Peptoids biyomedikal ve nanobilim araştırma için malzeme umut vericidir . Peptoids hiyerarşik nanoyapıların 3, 11-14 biyolojik aktivitesi (terapötikler 6,7, teşhis 8, hücre içi teslimat 9-10) ve katlama göstermiştir. Modüler sentezi, kombinatoryal peptoid LiBr nedeniyleKoç 15-19 kolayca sentezlenen ve faaliyetleri veya özellikleri geniş bir serisi için taranmalıdır. Özellikle nanosheets, iki boyutlu görüntüleme iskeleler, membran mimetikler, biyolojik sensörler, protein mimetikler ve cihaz imalat için potansiyel bir platform olarak hizmet vermektedir. Mümkün olan en pratik tükenmez farklı dizileri ile peptoid araştırma alanı hızla genişlemektedir. Polypeptoids katı faz submonomer sentezi Değişkenler Çünkü inanılmaz derecede geniş ve çeşitli monomerlerin 20 alfabesinden seçme yeteneği, submonomer yöntemi her adımın kaplin verimliliğin artırılması, genel ürün verimi artıracak durumlar için zaman zaman değişiklikler gerekiyor . Kuruluş korumasız heterosiklik yan zincirler yerine bromoacetic asit 21 chloroacetic asit kullanımını gerektirir. Genişletilmiş deplasman kez ve daha yüksekamin konsantrasyonları genellikle uzun peptoid dizileri veya daha az nükleofilik aminler için yaklaşık 20 kaplinler sonra istihdam edilmektedir. Reaksiyon kabı Isıtma - 35 ° C, su ceketli bir reaksiyon kabı kullanarak, reaksiyon sürücüye yardımcı olur. Isopropylamine gibi son derece uçucu aminler, bakım buharlaşmasını önlemek için alınması gerekir. T-butil beta-alanin HCl HCl tuzu şeklinde Aminler, yerinden tepki olarak önce serbest tabanlı olması gerekir. Bu erime veya DCM (~ 5g amine/25 ml DKMP) amin askıya almak, ayırma hunisi, sulu sodyum hidroksit ekimolar çözeltisi ile nötralize elde edilebilir. DCM katmanı toplanır ve sulu tabaka ek DCM ile yıkanır. Kombine DCM katmanları sodyum sülfat üzerinden kurutulur ve önceden tartılmış yuvarlak alt balona filtre. Bir yağ verimi için döner buharlaşma ile solvent çıkarın ve ürün ağırlığı kaydetmek. During bölünme adım, TFA bölünme kokteyl ve bölünme zamanı, kullanılan grupların korunması sayısı ve çeşitliliği bağlıdır. Bölünme kokteyller Rehberi geleneksel peptid deprotection bölünmelere 1 &#39;e benzer. Genellikle, 10 dakika inkubasyon birkaç yüksek asit labil koruyucu gruplar (örneğin BOC, trityl) grupları veya dizileri korumak dizileri için gereklidir. İki saatlik inkubasyon her zincir tam deprotection sağlamak için daha zor koruyucu gruplar (örneğin t-bütil ester, Mtr, PBF) veya birçok koruyucu gruplar dizileri dizileri için tavsiye edilir. Ham peptoid ürünleri genellikle asetonitril eriyecektir: su 1:1 (v / v), ancak daha yüksek asetonitril oranlarda yüksek bir genel hidrofobik yan zincirleri ile ortak.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktifi Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Dimethylformamide </td><td> EMD </td><td> EM-DX1726P-1 </td><td> 99 +% </td></tr><tr><td> N-methylpyrrolidinone </td><td> BDH </td><td> BDH1141-4LP </td><td> % 99 </td></tr><tr><td> Bromoacetic Asit </td><td> Acros Organics </td><td> 200000-106 </td><td> % 99 </td></tr><tr><td> 4-Methylpiperidine </td><td> Sigma Aldrich </td><td> M73206 </td><td> % 96 </td></tr><tr><td> N, N&#39;-diisopropylcarbodiimide </td><td> Chem-Impex </td><td> 001100 </td><td> % 99.5 </td></tr><tr><td> Diklorometan </td><td> EMD </td><td> EMD-DX0835 </td><td> ACS derece </td></tr><tr><td> Asetonitril </td><td> EMD </td><td> EM-AX0145P-1 </td><td> % 99.8 </td></tr><tr><td> Trifloroasetik asit </td><td> Sigma Aldrich </td><td> T6508 </td><td> % 99 </td></tr><tr><td> Triisopropylsilane </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 233.781 -10G </td><td> TFA bölünme için </td></tr><tr><td> 1,2-dikloretan </td><td> JT Baker </td><td> JTH076-33 </td><td> Cam reaksiyon damarları siliconization için </td></tr><tr><td> Fenetilamin </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 407.267-100ML </td><td> &gt;% 99.5 Hidrofobik yan zinciri amin </td></tr><tr><td> Boc-etilendiamin </td><td> CNH Teknolojileri </td><td> C-1112 </td><td> Katyonik yan zinciri amin </td></tr><tr><td> t-Butil beta-alanin HCl </td><td> Chem-Impex International </td><td> 04407 </td><td> Anyonik yan zinciri amin </td></tr><tr><td> α-cyano-4-hydroxycinnamic asit </td><td> Sigma Aldrich </td><td> C8982-10X10MG </td><td> MALDI matris için </td></tr><tr><td> Nil Kırmızı </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 19.123-10mg </td><td> Floresans görüntüleme için </td></tr><tr><td> Dichlorodimethylsilane </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 80.430-500G-F </td><td> Cam reaksiyon damarları siliconization için </td></tr><tr><td> Tek kullanımlık PP fritted sepetisırt </td><td> Uygulamalı Ayrımları </td><td> 2416 </td><td> 20 mm PE frit ile 6 ml polipropilen kartuş </td></tr><tr><td> Tek kullanımlık 3 yollu döner adaptör </td><td> Cole Parmer </td><td> 31200-80 </td><td> Tek elle sentez reaksiyon kabı için Musluk </td></tr><tr><td> Luer Lock ringi </td><td> Cole Parmer </td><td> 45503-19 </td><td> ¼ &quot;tek elle sentez reaksiyonu gemi için uydurma </td></tr><tr><td> Luer Parçaları </td><td> Cole Parmer </td><td> 45500-20 </td><td> ¼ &quot;tek elle sentez reaksiyonu gemi için uydurma </td></tr><tr><td> Tek kullanımlık PP pipetleri </td><td> VWR </td><td> 16001-194 </td><td> TFA transferleri için </td></tr><tr><td> Luer kilit plastik şırınga </td><td> Ulusal Bilimsel </td><td> S7515-5 </td><td> 6 ml Şırınga </td></tr><tr><td> 1 dram cam flakon </td><td> VWR </td><td> 66011-041 </td><td> Fenolik polivinil yüzlü hamuru liner ile vidalı kapaklı kalıp ile </td></tr><tr><td> 20 ml scintillation flakon </td><td> VWR </td><td> 66022-060 </td><td> Ekli PP kapak ve kağıt hamuru folyo ile </td></tr><tr><td> Güvenli-Seal yapışkan ayırıcı </td><td> Invitrogen </td><td> S-24.736 </td><td> Floresans görüntüleme için </td></tr><tr><td> Cam slaytlar </td><td> Elektron Mikroskopi Bilimleri </td><td> 63411 </td><td> Floresans görüntüleme için </td></tr><tr><td> Kayma Kapak </td><td> VWR </td><td> 48366-067 </td><td> Floresans görüntüleme için </td></tr><tr><td> 4 &quot;Silikon gofret </td><td> Ted Pella </td><td> 16007 </td><td> 5x7 mm fiş Ön-zar </td></tr><tr><td> 0.45 filtre </td><td> VWR, Acrodisc </td><td> 28143-924 </td><td> HPLC için. PTFE membran </td></tr><tr><td> Agaroz </td><td> BD </td><td> 212272 </td><td> Floresans görüntüleme için </td></tr><tr><td> SPE Vakum Manifold </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 57044 </td><td> Örnek SPE vakum manifoldu </td></tr><tr><td> Fritted bir cam kap, </td><td> Ace cam </td><td> 6402-12 </td><td> Gözeneklilik Cçini hamuru </td></tr><tr><td> Plazma Temizleyici / Sterilizatör </td><td> Harrick Plazma </td><td> PDC-32G </td><td> SEM için silikon yongaları hazırlamak için plazma temizleyici Örneği </td></tr></tbody></table>

yüksek sıralı nanosheets peptoid polimerler ve self-meclis solid-faz submonomer sentezi

Solid-phase Submonomer Synthesis of Peptoid Polymers and their Self-Assembly into Highly-Ordered Nanosheets

Peptoids yüksek mertebeden nanoyapıların halinde bir roman biomimetic, doğal olmayan, sınıf dizisi özel proteoliz karşı heteropolymers, güçlü biyolojik aktivite gösterirler ve katlama. Peptidler için yapısal olarak benzer, peptoids yan zincirleri alfa-karbon yerine nitrojen bağlı poli N-sübstitüe Glycines. Sentezi ve yapısal çeşitliliği kolaylığı temel tasarım ilkeleri test de novo yeni biyolojik aktif ve nano malzemelerin tasarımı ve mühendislik sürücü sağlar. Burada, basit bir el peptoid sentezi protokol mükemmel verim uzun zincirli polypeptoids sentezi (kadar 50mers) izin veren sunulmaktadır. Sadece temel donanımları, basit teknikleri (örneğin sıvı transferi, filtrasyon), ve piyasada bulunan reaktifler peptoids birçok araştırmacı &#39;toolkit erişilebilir bir ek yapmak gereklidir. Peptoid omurgası bir zaman v bir monomer büyüdüasilleşme ve yerinden iki adım monomer ek döngüsü oluşur submonomer yöntemi ia. İlk olarak, bromoacetic asit, N in situ aktif N&#39;-diisopropylcarbodiimide reçine bağlı ikincil amin acylates. Bir birincil amin bromür İkincisi, nükleofilik deplasman yan zinciri tanıtmak için izler. Iki adım döngüsünde istenen zincir uzunluğu ulaşılana kadar tekrarlanır. Bu iki adım döngüsünün kaplin verimliliği rutin olarak% 98 oranında aştığı ve 50 artıkları gibi sürece peptoids sentezini sağlar. Yüzlerce hazır birincil aminler doğrudan dahil edilmesi gibi son derece ayarlanabilir hassas ve kimyasal çeşitli dizileri submonomer yöntemi ile ulaşılabilir. Peptoids çünkü bunların sentetik esneklik, sağlamlık nanobioscience araştırma için çok yönlü bir biomimetic malzemesi olarak ortaya çıkan ve atomik düzeyde sipariş. Tek bir zincir, A&#39;nın, bilgi katlamaSon zamanlarda bir çok sipariş nanosheet içine TION zengin polypeptoid gösterildi. Bu peptoid ile sadece üç farklı ticari monomerlerin oluşan bir 36-mer: hidrofobik, katyonik ve anyonik. Iyonik amin ve karboksil yan zincirler hidrofilik yüzleri hizalamak ise, hidrofobik feniletil yan zincirler nanosheet çekirdek içinde gömülüdür. Peptoid nanosheets membran mimetikler, protein mimetiklerle, cihaz imalat ve sensörler için potansiyel bir platform olarak hizmet vermektedir. Peptoid sentezi, levha oluşumu ve mikroskopi görüntüleme yöntemleri açıklanan ve gelecek peptoid nanosheet tasarımları sağlamak için basit bir yöntem sağlar.

Peptoids çoğu laboratuarlarda kolayca sentezlenebilir sağlayan temel ekipman ve piyasada bulunan reaktifler içeren basit ve genel bir manuel peptoid sentez yöntemi özetlenmiştir. Amfifilik peptoid 36mer sentezi, saflaştırma ve karakterizasyonu yanı sıra, yüksek sıralı nanosheets olarak kendi montaj olarak açıklanmıştır.

Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi

Peptoidler; proteolize direnç gösteren, güçlü biyolojik aktivite sergileyen ve ... olan biyomimetik, doğal olmayan, sekans spesifik yeni bir heteropolimer sınıfıdır.

Bu prosedürün genel amacı, katı faz peptit sentezi ve peptitlerin yüksek derecede düzenli nano tabakalar halinde sulu ortamda kendi kendine montajı için basit ve verimli bir yöntemi tanımlamaktır. Polipeptitlere yapısal olarak benzer olan peptitler, yan zincirlerin alfa karbonu yerine azota bağlı olduğu sübstitüe glisin polimerleridir. Süreç, diğer alt monomer yöntemi aracılığıyla belirli bir peptit dizisinin sentezlenmesiyle başlar.Alt monomer yöntemi, her bir monomerin zincire sırayla eklenmesini sağlayan iki basit kimyasal adımdan oluşur. İlk olarak, katı bir desteğe bağlı olan amin bromo asetillenir. İkinci olarak, bromür bir primer amin ile yer değiştirir.Bu adımlar, istenen zincir uzunluğuna ulaşılana kadar tekrarlanır. Zincir uzamasının ardından peptit, katı destekten ayrılır ve elde edilen ham peptit yağı, peptitlerin nano tabakalar halinde kendi kendine düzenlenmesini başlatmak amacıyla HPLC ile saflaştırılarak karakterize edilir. Peptidin seyreltik bir sulu tampon çözeltisi cam bir şişede hazırlanır ve nazikçe karıştırılır. Son adım olarak.Nano tabakalar mikroskop altında incelenir. Sonuçlar, iki basit kimyasal adımdan oluşan tekrarlayan bir döngünün, kendiliğinden nano tabakalara şeklinde kendi kendine organize olan diziye özgü bir polimer üretebileceğini göstermektedir. Peptitler, özellikleri proteinler ile geleneksel polimerler arasında olan, biyolojik ilhamlı yeni bir polimer sınıfıdır.Geleneksel polimerler gibi dayanıklı ve sentetik olarak çok yönlü olan, ancak proteinler ve DNA gibi yüksek derecede ayarlanabilir ve sekans spesifik olan peptidler; biyoaktif ilaçların tanımlanması veya yapay proteinlerin tasarımı gibi biyotıp ve malzeme bilimindeki temel sorunları çözmek için gelişmiş bir malzeme olarak ortaya çıkmaktadır. Peptidlerin temel avantajları arasında hassas sekans kontrolü, inanılmaz derecede çeşitli yapı taşlarının mevcudiyeti, verimli sentez ve proteaz stabilitesi yer alır. Temel ekipmanlar ve ticari olarak temin edilebilen reaktifleri içeren genel peptid manuel sentez yöntemi, peptidlerin çoğu laboratuvarda kolayca sentezlenmesine olanak sağlayacak şekilde ana hatlarıyla açıklanmıştır.Sentetik adımların görsel gösterimi kritik öneme sahiptir ve katı faz sentezi alanına giren kişiler için değerli bir referans kaynağı oluşturur. Burada ilk kez, amfifilik bir 36'lı peptid saflaştırması ve karakterizasyonu ile bu peptidlerin yüksek derecede düzenli nano tabakalar halinde kendi kendine birleşimi açıklanmaktadır. Bu protokole, yazılı protokolde belirtilen deneysel düzeneğin kurulmasıyla başlayın.Netlik sağlamak amacıyla, aşağıdaki adımlar tek kullanımlık polipropilen fritli kartuş yerine cam bir reaksiyon kabında gerçekleştirilecektir. 100 mg R amit reçinesinin fritli bir reaksiyon kabına yerleştirilmesinin ardından, iki mL dimetil formamid veya DMF ekleyerek reçineyi şişirin ve 10 dakika boyunca kabarcıklandırma yoluyla karıştırın. Ardından, şişmiş reçineyi izole etmek için çözeltiyi vakumla süzün.Ardından, FM O grubunu korumasız hale getirmek için DMF içinde %20'lik full metil piridin'den bir mililitre ekleyin. İki dakika boyunca karıştırın ve süzün. Bu işlemi 12 dakika boyunca tekrarlayın, ardından reçineyi iki mililitre DMF ekleyip 15 saniye karıştırıp süzerek durulayın.Bromoasetilasyon ve yer değiştirme adımlarını içeren ilk alt monomer döngüsü ile peptit zincirinin büyütülmesine başlayın. Bromoasetilasyon için, DMF içerisinde 0,6 molar bromoasetik asitten bir mililitre ve 86 mikrolitre diizopropilkarbamid ekleyin. 30 dakika boyunca karıştırıldıktan sonra, sıvıyı boşaltın ve iki mililitre DMF ile durulayın.Ardından, N-metilpiroglutamat içindeki bir ila iki molar aminden bir mililitre ekleyerek yer değiştirme işlemini gerçekleştirin ve 30 ila 120 dakika inkübe edin; inkübasyonun ardından boşaltın ve iki mililitre DMF ile durulayın. Ardından, alt monomer döngüsünü tekrarlayarak peptit zincirini büyütmeye devam edin. Son yer değiştirme işlemi tamamlandıktan sonra iki mililitre DMF ile durulayın.Bunu bir diora metan yıkama kapağıyla takip edin ve reaksiyon kabını kesim işlemine kadar saklayın. Kesim işlemine başlamak için, tüm kurutulmuş reçineyi bir çeker ocak içinde ve uygun kişisel koruyucu ekipman kullanarak 20 milliliter'lik bir sintilasyon cam şişesine aktarın; sintilasyon cam şişesine dört milliliter trifloroasetik asit veya TFA kesim kokteyli ekleyin ve kapağını kapatın. Oda sıcaklığında 10 dakika ile iki saat arasında sıkıca karıştırın.Alternatif olarak, çözeltiyi karıştırmak için döner bir çalkalayıcı kullanın. Reçineyi tek kullanımlık polipropilen sinterli bir kartuş aracılığıyla önceden tartılmış yeni bir 20 mililitrelik sintilasyon cam şişesine süzerek TFA cleavage çözeltisini toplayın. Ardından, reçineyi durulamak ve kalan peptidleri toplamak için bir mililitre taze cleavage kokteyli ekleyin.Bu işlemi iki kez durulayarak tekrarlayın. TFA'yı, hafif bir nitrojen akımı üfleyerek veya bir biot charge V 10 evaporatör kullanarak uçurun; ardından ham yağı, bir bir oranında asetonitril ve su içeren altı mililitre çözeltide çözün.Ardından örneği dondurun ve liyofilize edin. Bu işlem, ikinci liyofilizasyonun ardından bir kez daha tekrarlanmalıdır. Ham ürünün ağırlığını kaydedin ve ürünü -20 °C'de kuru toz olarak saklayın; saflık kontrolünü modifiye analitik HPLC ve/veya elektrospray LCMS kombinasyonu ile gerçekleştirin.Ham ürünün saflığı ve istenen moleküler ağırlığın mevcut olup olmadığı, metinde belirtilen prosedürler takip edilerek belirlenebilir. Ham peptit karışımı daha sonra yazılı prosedüre uygun olarak ters faz preparatif HPLC ile saflaştırılabilir. Bu bölüm, tek zincirli sekansa özgü amfifilik 36 me peptidinden tabakalar oluşturma protokolünü açıklamaktadır.Peptit zinciri sentezlendikten, saflaştırıldıktan ve liyofilize edildikten sonra, elde edilen beyaz toz, 2 milimolar stok çözelti hazırlamak için DMSO içinde çözülür. Ardından, 20 mikromolar peptit çözeltisi hazırlamak için bir Dr.Glass dosyası temin edin. İlk olarak, 445 mikrolitre milli Q su ve 50 mikrolitre 10 x sheet formation buffer ekleyin.Karıştırmak için flakonu vorteksleyin. Ardından, iki millimolar peptide stok çözeltisinden beş microliters ekleyin ve hafifçe şişirin. Oluşan çözelti tabakaları, seyreltilmiş sulu peptide çözeltisinin hafifçe çalkalanmasıyla meydana gelir.Kapağı kapalı cam şişe, yatay konumdan dikey konuma doğru yavaşça eğilir. Bu işlem tabakalar oluşmasını sağlar; hafifçe sallamak da aynı şekilde tabakalar üretir. Ancak, yüksek kaliteli birçok tabaka için, sallama yöntemiyle elde edilenlerin daha küçük olma ve daha az düz kenara sahip olma eğiliminde olduğu görülür.Nano sayfaların floresan boyanması için cam şişeleri bir tüp rotatörü veya özel bir sallayıcı kullanarak bir gün boyunca yatay eksende yavaşça döndürün; 1 µM final konsantrasyon elde etmek için 100 µL nano sayfa çözeltisine 100 µM'lık Nile red'den 1 µL ekleyin. Nile red, hidrofobik ortamlarda lokalize olduğunda floresans yoğunluğu artan, çevreye duyarlı bir boyadır. Ardından, sıcak suda %1'lik bir agaroz çözeltisi hazırlayın ve plastik bir Petri kabına dökün.Aros çözeltisinin yaklaşık bir sekizde bir inç kalınlığında olduğundan emin olun ve çözeltinin düz bir yüzey üzerinde, rahatsız edilmeden soğumasını bekleyin. Aros donduktan sonra, bir spatula kullanarak bir santimetreye bir santimetrelik kareler kesin. Ardından, kesilen kareleri aynı düzlemde toplamak için bir lam üzerine aktarın ve aros parçasının üzerine bir mikrolitre çözelti damlatın.İki dakika sonra, aroslar tampon çözeltiyi emmeli ve tabakalar yüzeyde kalmalıdır. Tabakanın görüntülemesini 15 dakika içinde gerçekleştirin. Alternatif olarak, tabakaları ve çözeltiyi görüntülemek için bir cam lam üzerindeki 20 mm çaplı 0,12 mm'lik contanın içine 15 µL yükleyin.Örneklemi bir lamel ile örtün ve nano tabakaların SEM görüntülemesini gerçekleştirmek için birkaç gün içinde görüntüleme yapın. Öncelikle, nano tabakaların tutunmasını kolaylaştırmak için silikon çipleri plazma ile aşındırın. Ardından, plazma işleminden geçmiş silikon substrat üzerine 20 µL peptit tabaka çözeltisi damlatın ve çözeltinin üç dakika boyunca beklemesini sağlayın; fazla çözeltiyi bir Kim wipe ucuyla alın, yüzeye 20 µL su damlatın ve tampon çözeltiyi ve tuzları uzaklaştırmak için fazla sıvıyı tekrar emdirerek temizleyin.Alternatif olarak, tampon ve tuzu uzaklaştırmak için peptid tabaka çözeltileri suya karşı diyalize edilir. Bu durumda, diyalize edilmiş tabaka çözeltisinden 20 µL, plazma işleminden geçirilmiş silikon alt tabakalara damlatılabilir ve havada kurumaya bırakılabilir. Tabaka çözeltisi plazma işleminden geçirilmiş silikon alt tabakalar üzerinde kuruduktan sonra, tabaka, 1 kV ile 5 kV arasındaki demet enerjilerinde lens içi bir detektör kullanılarak SEM ile görüntülenebilir.Yüksek derecede düzenli iki boyutlu bir nano tabaka şeklinde katlanan, diziye özgü 36 me blok yüklü bir peptidin sentezi, karakterizasyonu ve saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. 36 me blok yüklü peptidin sentezinde kullanılan aminler; etilen diamini, fenetil amini ve t bütil beta alanini kapsamaktadır. Sentezin ardından, ham peptid %95 sulu TFA ile reçineden ayrılmıştır.TFA çözeltisi toplandıktan ve buharlaştırıldıktan sonra, ham 36 me blok yüklü peptit ters faz HPLC ile saflaştırıldı. Saflaştırılmış blok yüklü peptidin kütlesi daha sonra MALDI ile doğrulandı.Gözlemlenen 4981.2 kütlesi, hesaplanan 4981.74 kütlesi ile yakından örtüşmektedir. Liyofilize toz, iki millimolar stok çözelti hazırlamak için DMSO içerisinde çözülmüş ve dört degrees Celsius'ta saklanmıştır. Lamlar yukarıda belirtilen protokol ile hazırlanmış ve floresan optik mikroskobu ile görüntülenmiştir.Özellik boyutları 300 mikrona kadar ulaşan çeşitli şekiller gözlemlenmiş olup, özellikle düz kenarlar belirgindir. Tabakaların görüntülenmesi için SEM de kullanılmış ve benzer şekilde belirgin düz kenarlar ortaya çıkarılmıştır. Bu video, peptidlerin katı faz sentezi ve peptidlerin sulu ortamda nano tabakalar halinde kendi kendine düzenlenmesi için basit ve verimli bir protokolü açıklamaktadır.Kelimenin tam anlamıyla yüzlerce amino asit yapı taşı kolayca temin edilebildiği ve bu protokolde kullanılabildiği için, polipeptitlerle erişilebilen tasarım alanı pratik olarak sınırsızdır. Peptitler; sentetik esneklikleri, dayanıklılıkları ve düzenlenebilir yapıları nedeniyle biyomedisin ve nanobilim araştırmaları için gelecek vadeden malzemelerdir. Özellikle atomik düzeyde, nano tabakalar iki boyutlu görüntüleme iskeleleri, membran mimetikleri, biyolojik sensörler, protein mimetikleri ve cihaz üretimi için potansiyel bir platform görevi görür.Trior, asetik asit ve bromo asetik asit gibi korozif reaktiflerle çalışmak son derece tehlikelidir; yaralanmaları önlemek için tüm reaksiyonları bir çeker ocakta gerçekleştirin ve uygun kişisel koruyucu donanım kullanın.

solid-phase-submonomer-synthesis-peptoid-polymers-their-self-assembly

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Bu makalede, kendi kendine bir araya iki bloklu kopolimer esaslı supramolecules elde edilen nano gözenekli şablon üzerine akımsız metal kaplama ile de sıralı nikel nanofoams hazırlanmasını tarif etmektedir.

Buradaki iki bloklu kopolimer Supramolecules ikinci Gyroid Nikel Nanoyapılar

Bu çalışma, kendi kendine düzeneğinin kendiliğinden işlemi ile yüksek sıralı peptit bazlı yapıların oluşumunu tarif eder. Yöntem, ticari olarak temin edilebilen ve bilinen peptidler laboratuar ekipmanları kullanır. Bu teknik, peptidlerin büyük bir çeşitlilik uygulanabilir ve yeni peptid-bazlı düzeneklerinin keşfine yol açabilir.

Kısa Peptidlerinin Self-meclisi tarafından Sıralı Biyomoleküler Yapıların Oluşumu

Çeşitli polimer kapsüllenmiş metal nanopartikül türlerini "homo-" ve "ko-polimerler" oluşan uzun zincirlere "polimerize etmek" için protokoller rapor ediyoruz.

Polistiren kullanma<em&gt; Bloğu</em&gt; -poli (Akrilik asit) Bunların homo- ve ko-polimerizasyon için monomer olarak metal Nanopartiküller -kaplı

Burada, biz hazırlamak ve ikincil yapılar görselleştirmek için bir protokol mevcut (örneğin, lifler, toroid mimariler ve nano-küreler) sarmal polikarbodiimidler türetilmiş. Her iki atomik kuvvet mikroskobu (AFM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile karakterize morfoloji moleküler yapı, konsantrasyon ve seçim çözücü bağlı olduğu gösterilmiştir.

Sarmal polikarbodiimidden Kopolimer ve Bunların Triazole Türevleri elde edilen kendinden montaj morfolojileri

Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Polyamine tabanlı peptid amphiphiles (PPAs) sentezi gruplar bu reaktif işlevler maske korumanın akılcı kullanımı gerektiren birden çok Amin nitrogens, varlığı nedeniyle önemli bir sorundur. Bu yazıda, bu yeni sınıf kendi kendine montaj moleküllerin hazırlanması için facile yöntemi açıklanmaktadır.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

1,2-dithiolane sentezi için bir protokol peptid ve peptid kendinden montajlı kaynaklanan supramolecular yapıları karakterizasyonu değiştiren.

1,2-Dithiolane malzemelerin ve kendi kendine montaj peptidler değiştirilme tarihi

Kristalizasyon odaklı Self-montaj (CDSA), dar uzunlukta dağılımların silindirik nanoyapılarını üretebilmek için benzersiz bir yetenek gösterir. Ε-kapolakton ve Metil metakrilat ve n, n-dimetil akrilamid sonraki zincir uzantılarının organokatalyzed halka açma polimerizasyonu gösterilmiştir. 500 Nm uzunluğa kadar Monodisperse silindirleri üreten bir canlı CDSA Protokolü özetlenmiştir.

Biodegradable blok kopolimerlerin kristalizasyon Driven kendinden montajı ile Monodisperse silindirik Nanopartiküllerin sentezini

Bir protokol bilgi kodlanmış peptoid oligomers sentezi için ve dinamik kovalent reaktan çiftleri ve Lewis asidik nadir toprak olarak aminler ve aldehitler kullanarak moleküler merdivenler içine bu peptoidlerin dizi yönelimli kendini montaj için sunulmaktadır metal çok rol reaktifler olarak triflates.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

Bu makalede, organik çözücü karışımlarında gama modifiye peptit nükleik asit oligomerlerinden nanoyapıların tasarımı ve kendi kendine montajı için protokoller sağlandığı belirtilmiştir.

Organik Çözücü Karışımlarında Gama Modifiye Peptit Nükleik Asitlerin Kompleks Nanoyapılara Kendi Kendine Montajı

Polimer aşılı, metal-organik çerçeve (MOF) kristalleri kullanılarak kendinden montajlı metal-organik çerçeve tek katmanlarının sentezi ve karakterizasyonu için bir protokol sağlanır. Prosedür, polimer aşılı MOF parçacıklarının, taramalı elektron mikroskobu görüntüleme ile kanıtlandığı gibi, iyi şekillendirilmiş, serbest duran, tek katmanlı yapılarla sonuçlanan bir hava-su arayüzünde kendi kendine monte edilebileceğini göstermektedir.

Polimer kaplı parçacıklar kullanılarak kendinden montajlı metal-organik çerçeve tek tabakalarının sentezi ve karakterizasyonu

Keşfedin peptoid nanosheets sentezi ve self-assembly yöntemini. Submonomer yaklaşımıyla katı faz sentezi, nanobilim ve biyomedikal uygulamalar için yüksek düzenli nanoyapılar oluşturur.

Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi

Daha fazla video keşfet