Name: Plazmid kökenli Uygulama Kimyasal Reaksiyon Ağları için DNA Strand Deplasman kapıları (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-11-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Öğrenin bakteri plazmidlerinden DNA iplik değiştirme kapıları türetme ve floresans kinetiği ile test etme yöntemini. Bu teknik moleküler devreler için sağlam kapılar üretir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Şekiller 1, 2, 3, 4, 6, 8 ve Tablolar 2, 3, 10, 15, 16 Ref 29 modifiye edilmiştir. Bu çalışma, Ulusal Bilim Vakfı tarafından desteklenmiştir (NSF-CCF 1117143 ve GS NSF-CCF 1162141 hibe). Y.-JC Tayvanlı hükümet Bursu ile desteklenmiştir. SDR Ulusal Bilim Vakfı Lisansüstü Araştırma Bursu Programı (GRFP) tarafından desteklenmiştir.

<ol><li>Zhang, D. Y., Seelig, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+DNA+nanotechnology+using+strand-displacement+reactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Chem%22%5BJournal%5D)">Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions.</a> Nat. Chem. 3, 103-113 (2011).</li>
<li>Krishnan, Y., Simmel, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleic+acid+based+molecular+devices%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed.+Engl%22%5BJournal%5D)">Nucleic acid based molecular devices.</a> Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 50, 3124-3156 (2011).</li>
<li>Zhang, D. Y., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+DNA+strand+displacement+kinetics+using+toehold+exchange%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Control of DNA strand displacement kinetics using toehold exchange.</a> J. Am. Chem. Soc. 131, 17303-17314 (2009).</li>
<li>Qian, L., Winfree, E., Bruck, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neural+network+computation+with+DNA+strand+displacement+cascades%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Neural network computation with DNA strand displacement cascades.</a> Nature. 475, 368-372 (2011).</li>
<li>Qian, L., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scaling+up+digital+circuit+computation+with+DNA+strand+displacement+cascades%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Scaling up digital circuit computation with DNA strand displacement cascades.</a> Science. 332, 1196-1201 (2011).</li>
<li>Zadegan, R. M., Jepsen, M. D., Hildebrandt, L. L., Birkedal, V., Kjems, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+fuzzy+and+boolean+logic+gates+based+on+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Small%22%5BJournal%5D)">Construction of a fuzzy and boolean logic gates based on DNA.</a> Small. 11, 1811-1817 (2015).</li>
<li>Seelig, G., Soloveichik, D., Zhang, D. Y., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzyme-free+nucleic+acid+logic+circuits%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Enzyme-free nucleic acid logic circuits.</a> Science. 314, 1585-1588 (2006).</li>
<li>Zadegan, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+4+zeptoliters+switchable+3D+DNA+box+origami%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Construction of a 4 zeptoliters switchable 3D DNA box origami.</a> ACS Nano. 6, 10050-10053 (2012).</li>
<li>Andersen, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-assembly+of+a+nanoscale+DNA+box+with+a+controllable+lid%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Self-assembly of a nanoscale DNA box with a controllable lid.</a> Nature. 459, 73-76 (2009).</li>
<li>Zhang, D. Y., Hariadi, R. F., Choi, H. M., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+DNA+strand-displacement+circuitry+with+DNA+tile+self-assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Commun%22%5BJournal%5D)">Integrating DNA strand-displacement circuitry with DNA tile self-assembly.</a> Nat. Commun. 4, (1965).</li>
<li>Yurke, B., Turberfield, A. J., Mills, A. P., Simmel, F. C., Neumann, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+DNA-fuelled+molecular+machine+made+of+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A DNA-fuelled molecular machine made of DNA.</a> Nature. 406, 605-608 (2000).</li>
<li>Green, S. J., Lubrich, D., Turberfield, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+hairpins%3A+fuel+for+autonomous+DNA+devices%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">DNA hairpins: fuel for autonomous DNA devices.</a> Biophys. J. 91, 2966-2975 (2006).</li>
<li>Venkataraman, S., Dirks, R. M., Rothemund, P. W., Winfree, E., Pierce, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+autonomous+polymerization+motor+powered+by+DNA+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">An autonomous polymerization motor powered by DNA hybridization.</a> Nat. Nanotechnol. 2, 490-494 (2007).</li>
<li>Green, S. J., Bath, J., Turberfield, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coordinated+chemomechanical+cycles%3A+a+mechanism+for+autonomous+molecular+motion%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">Coordinated chemomechanical cycles: a mechanism for autonomous molecular motion.</a> Phys. Rev. Lett. 101, 238101(2008).</li>
<li>Omabegho, T., Sha, R., Seeman, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+bipedal+DNA+Brownian+motor+with+coordinated+legs%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A bipedal DNA Brownian motor with coordinated legs.</a> Science. 324, 67-71 (2009).</li>
<li>Turberfield, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+fuel+for+free-running+nanomachines%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">DNA fuel for free-running nanomachines.</a> Phys. Rev. Lett. 90, 118102(2003).</li>
<li>Dirks, R. M., Pierce, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggered+amplification+by+hybridization+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Triggered amplification by hybridization chain reaction.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101, 15275-15278 (2004).</li>
<li>Seelig, G., Yurke, B., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Catalyzed+relaxation+of+a+metastable+DNA+fuel%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Catalyzed relaxation of a metastable DNA fuel.</a> J. Am. Chem. Soc. 128, 12211-12220 (2006).</li>
<li>Zhang, D. Y., Turberfield, A. J., Yurke, B., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+entropy-driven+reactions+and+networks+catalyzed+by+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Engineering entropy-driven reactions and networks catalyzed by DNA.</a> Science. 318, 1121-1125 (2007).</li>
<li>Yin, P., Choi, H. M., Calvert, C. R., Pierce, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Programming+biomolecular+self-assembly+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Programming biomolecular self-assembly pathways.</a> Nature. 451, 318-322 (2008).</li>
<li>Chen, X., Briggs, N., McLain, J. R., Ellington, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stacking+nonenzymatic+circuits+for+high+signal+gain%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Stacking nonenzymatic circuits for high signal gain.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 110, 5386-5391 (2013).</li>
<li>Phillips, A., Cardelli, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+programming+language+for+composable+DNA+circuits%5BTitle%5D)+AND+%22J.+R.+Soc.+Interface%22%5BJournal%5D)">A programming language for composable DNA circuits.</a> J. R. Soc. Interface. 6, Suppl 4. S419-S436 (2009).</li>
<li>Lakin, M. R., Youssef, S., Polo, F., Emmott, S., Phillips, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visual+DSD%3A+a+design+and+analysis+tool+for+DNA+strand+displacement+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Visual DSD: a design and analysis tool for DNA strand displacement systems.</a> Bioinformatics. 27, 3211-3213 (2011).</li>
<li>Lakin, M. R., Youssef, S., Cardelli, L., Phillips, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abstractions+for+DNA+circuit+design%5BTitle%5D)+AND+%22J.+R.+Soc.+Interface%22%5BJournal%5D)">Abstractions for DNA circuit design.</a> J. R. Soc. Interface. 9, 470-486 (2012).</li>
<li>Zhang, D. Y., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robustness+and+modularity+properties+of+a+non-covalent+DNA+catalytic+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Robustness and modularity properties of a non-covalent DNA catalytic reaction.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4182-4197 (2010).</li>
<li>Ducani, C., Kaul, C., Moche, M., Shih, W. M., Hogberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+production+of+%27monoclonal+stoichiometric%27+single-stranded+DNA+oligonucleotides%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Enzymatic production of 'monoclonal stoichiometric' single-stranded DNA oligonucleotides.</a> Nat. Methods. 10, 647-652 (2013).</li>
<li>Lin, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+cloning+of+artificial+DNA+nanostructures%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">In vivo cloning of artificial DNA nanostructures.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 17626-17631 (2008).</li>
<li>Bhatia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Icosahedral+DNA+nanocapsules+by+modular+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed.+Engl%22%5BJournal%5D)">Icosahedral DNA nanocapsules by modular assembly.</a> Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 48, 4134-4137 (2009).</li>
<li>Chen, Y. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Programmable+chemical+controllers+made+from+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">Programmable chemical controllers made from DNA.</a> Nat. Nanotechnol. 8, 755-762 (2013).</li>
<li>Arkin, A., Ross, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+functions+in+biochemical+reaction+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Computational functions in biochemical reaction networks.</a> Biophys. J. 67, 560-578 (1994).</li>
<li>Érdi, P., Tóth, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3a%C3%89rdi%2C+P+%22Mathematical+models+of+chemical+reactions%3A+theory+and+applications+of+deterministic+and+stochastic+models%22">Mathematical models of chemical reactions: theory and applications of deterministic and stochastic models</a>. , Manchester University Press. (1989).</li>
<li>Magnasco, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+kinetics+is+Turing+universal%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">Chemical kinetics is Turing universal.</a> Phys. Rev. Lett. 78, 1190(1997).</li>
<li>Oishi, K., Klavins, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomolecular+implementation+of+linear+I%2FO+systems%5BTitle%5D)+AND+%22IET+Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">Biomolecular implementation of linear I/O systems.</a> IET Syst. Biol. 5, 252-260 (2011).</li>
<li>Senum, P., Riedel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rate-independent+constructs+for+chemical+computation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rate-independent constructs for chemical computation.</a> PLoS One. 6, (2011).</li>
<li>Soloveichik, D., Cook, M., Winfree, E., Bruck, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computation+with+finite+stochastic+chemical+reaction+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Natural+Computing%22%5BJournal%5D)">Computation with finite stochastic chemical reaction networks.</a> Natural Computing. 7, 615-633 (2008).</li>
<li>Soloveichik, D., Seelig, G., Winfree, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+as+a+universal+substrate+for+chemical+kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">DNA as a universal substrate for chemical kinetics.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 107, 5393-5398 (2010).</li>
<li>Tyson, J. J., Chen, K. C., Novak, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sniffers%2C+buzzers%2C+toggles+and+blinkers%3A+dynamics+of+regulatory+and+signaling+pathways+in+the+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">Sniffers, buzzers, toggles and blinkers: dynamics of regulatory and signaling pathways in the cell.</a> Curr. Opin. Cell. Biol. 15, 221-231 (2003).</li>
<li>Cardelli, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-domain+DNA+strand+displacement%5BTitle%5D)+AND+%22Math.+Struct.+Comput.+Sci%22%5BJournal%5D)">Two-domain DNA strand displacement.</a> Math. Struct. Comput. Sci. 23, 247-271 (2013).</li>
<li>Angluin, D., Aspnes, J., Eisenstat, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+population+protocol+for+fast+robust+approximate+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Distrib.+Comput%22%5BJournal%5D)">A simple population protocol for fast robust approximate majority.</a> Distrib. Comput. 21, 87-102 (2008).</li>
<li>Cardelli, L., Csikasz-Nagy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cell+cycle+switch+computes+approximate+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">The cell cycle switch computes approximate majority.</a> Sci. Rep. 2, 656(2012).</li>
<li>Zadeh, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NUPACK%3A+Analysis+and+design+of+nucleic+acid+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comput.+Chem%22%5BJournal%5D)">NUPACK: Analysis and design of nucleic acid systems.</a> J. Comput. Chem. 32, 170-173 (2011).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J. Vis. Exp. , (2012).</li>
<li>Gibson, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+assembly+of+DNA+molecules+up+to+several+hundred+kilobases%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases.</a> Nat. Methods. 6, 343-345 (2009).</li>
<li>Froger, A., Hall, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transformation+of+plasmid+DNA+into+E.+coli+using+the+heat+shock+method%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Transformation of plasmid DNA into E. coli using the heat shock method.</a> J. Vis. Exp. , e253(2007).</li>
<li>Lessard, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transformation+of+E.+coli+via+electroporation%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Transformation of E. coli via electroporation.</a> Methods Enzymol. 529, 321-327 (2013).</li>
<li>Nasri, M., Thomas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alteration+of+the+specificity+of+PvuII+restriction+endonuclease%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Alteration of the specificity of PvuII restriction endonuclease.</a> Nucleic Acids Res. 15, 7677-7687 (1987).</li>
<li>Dalchau, N., Seelig, G., Phillips, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+design+of+reaction-diffusion+patterns+using+DNA-based+chemical+reaction+networks%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Computing+and+Molecular+Programming%22%5BJournal%5D)">Computational design of reaction-diffusion patterns using DNA-based chemical reaction networks.</a> DNA Computing and Molecular Programming. , 84-99 (2014).</li>
<li>Scalise, D., Schulman, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Designing+modular+reaction-diffusion+programs+for+complex+pattern+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Technology%22%5BJournal%5D)">Designing modular reaction-diffusion programs for complex pattern formation.</a> Technology. 2, 55-66 (2014).</li>
</ol>

Yazarlar herhangi bir rakip mali çıkar beyan etmemektedir.

Bu çalışma, yüksek derecede saf plazmid DNA&#39;sından ndsDNA kapıları çıkarmak için bir yöntem tarif eder. Ayrıca, bir protokol bir floresan kinetik analizi kullanılarak kapı performansını karakterize etmek için sunulmuştur. Deneysel veriler, sentetik sistemi poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile arıtılmış, şeritlerin monte bile plasmid türevli sistemi sentetik muadili daha iyi performans göstermektedir. Olasılıkla, plazmid kaynaklı kapılarının geliştirilmiş performans biyolojik DNA çok yüksek saflıkta öncelikle kaynaklanmaktadır. Sentetik DNA, tipik olarak bütünüyle PAGE ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC), saflaştırma prosedürleri kaldırılmaz uzunluğu n-1, ve bu tür yan ürünlerin oligonükleotidlerin neden, özellikle silme hataların çeşitli içerir. Burada bildirilenlere benzer gelişmeler de biyolojik kaynaklardan elde edilen 21 DNA kullanılan katalize firkete yükseltecinin bir önceki çalışmada tespit edilmiştir. <p class = &quot;jove_content&quot;&gt; Ancak, plazmid kaynaklı kapılarının kullanımı bile tamamen en az iki nedeni vardır hangi kapı performans hataları, yok edemez: çok olan kapıları yol açabilir ilk aşırı sindirim ya da kesilmiş hassasiyet eksikliği Yanlış pozisyonlarda çentik veya çentikler. Her iki durumda da, kapılar arzu edilmeyen reaksiyonlara katılma olasılığı daha yüksektir. Bu tür sorunlar, kullanılan enzim miktarı (bakınız Şekil 4) optimize hafifletti edilebilir. İkinci olarak, bu deneylerde, en fazla giriş ve yardımcı şeritler sentetik DNA ve dolayısıyla silmeler ve mutasyonlar ihtiva etmiştir. Prensip olarak, her tek sarmallı giriş ve yardımcı şeritler, ayrıca ön-kodlanmış m13 viral genomun 26 bir çentikleme enzimi sindirimi yoluyla fajemid DNA elde edilebilir. Belki de devresi performansı, bakteriyel genom türetilmiş ssDNA kullanılarak geliştirilebilir. Plasmid türevli kapılarının kullanımı devre performansını geliştirdiği bulunmuştur birlikte, bir analizmaliyet ve üretim koşulları kez ya plasmid türevli kapıların üretimi biraz daha ucuz (Tablo 15) ise, bu ticari olarak sentezlenir oligolar (Tablo 16) için montaj ve kapılar saflaştırılması göre işlem süresi 2-3 kat daha uzun sürer olduğunu ortaya koymuştur. Plasmid türevli kapılarının primer maliyetleri gen sentezi ve sınır enzimleri kullanımı vardır. (30 nM&#39;de 15 reaksiyonlar için yeterli) kapıları 300 pmol için kapıları Üyelik için tahmini maliyeti nedeniyle farklı nicklemek enzimlerin kullanımına yaklaşık 170 $ ve Çatal kapıları, varlık maliyet farkı 200 $ olduğunu. Buna karşılık, bir SAYFA arıtma ücreti dahil 260 $ civarında, aynı kapı masrafları için şeritlerin kimyasal sentez. Plazmid kaynaklı kapıları için birincil saat maliyeti sadece DNA sentezi gibi, bir gen sentezi şirkete taşeron olabilir, klonlama prosedürü yer almaktadır. Bununla birlikte, bir kez monte plasmid türevli kapıları konakçı plasmidler kolayca çoğaltılabilir avantajınd bakteriyel gliserol stokları halinde saklanabilir. Bu mümkün üzerinde Gates birçok kez yeniden yapar. İleriye yönelik olarak, plazmid kaynaklı kapılarının iyileştirilmiş performans deneysel kadar DNA CRNs ile ortaya konmuştur daha dinamik davranışları çok daha büyük bir yelpazede sağlayabilir. Örneğin, son teorik çalışma 47,48 makro ölçekte kendi kendine organize mekansal desen bir reaksiyon difüzyon mekanizması aracılığıyla DNA CRNs ile gerçekleştirilebilir önerdi. Burada sunulan yöntem, öz-desenlendirme DNA malzemeler için altta yatan moleküler bileşenleri oluşturmak için uygun bir yol sağlar. Zorlu olsa da, programlanabilir bir şekilde makro ölçekli morfolojileri gelişmekte biyomalzemeler araştırma rejeneratif tıp kadar alanlarda önemli etkileri olacaktır.

Watson-Crick baz eşleşmesi öngörülebilirliği dinamik DNA nanoteknoloji dinamik özelliklerinin 1,2 ile moleküler cihazlar tasarlamak için programlanabilir bir yolu olarak ortaya sağladı. Özellikle, DNA zinciri değiştirme - programlanabilir, rekabetçi melezleme tepki - Dinamik DNA sistemleri mühendisliği için güçlü bir mekanizma olduğunu kanıtlamıştır. Bir DNA sarmal yer değiştirme reaksiyonunda, gelen bir oligonükleotid, bir tamamlayıcı bağlama ortağı ile ilgili daha önce bağlanmış &quot;Çıkış&quot; strand değiştirir. Birden tür reaksiyonlar düzen ve bireysel tepki zamanlaması 3. adımları üzerinde kontrol yüksek derecede çok adımlı reaksiyon kaskadları halinde bir araya zincirleme olabilir. DNA zincir değiştirme kaskadları dijital ve analog devreler moleküler 4-7, değiştirilebilir nano 8-10, özerk moleküler motorlar 11-15 ve non-kovalent katalitik yükselticiler 13,16-21 oluşturmak için kullanılmıştır. Ayrıca, DŞerit değiştirme reaksiyonları kullanılarak NA cihazlar simüle ve bilgisayar destekli tasarım yazılımı kullanılarak 22-24 farklı uygulamalar için dizayn edilebilir. Şu anda, kimyasal olarak sentezlenmiş DNA, DNA nanoteknoloji ana malzeme olarak işlev görür. Bununla birlikte, DNA sentezi işleminde hatalar ve elde edilen kusurlu oligonükleotitler, yanlış bir yan reaksiyonların neden olarak, dinamik bir DNA cihazların performansı sınırladığına inanılır. Örneğin, &quot;kaçak&quot; reaksiyonlar, hatta bir reaksiyon tetikleyici yokluğunda bir çıkış oligonükleotidin serbest bırakılması ile sonuçlanabilir. Bu etkiler ilk sızıntı bile az miktarda sonunda çağlayan 19,20 tam aktivasyonuna neden olur otokatalitik tepki kaskadları en ortada. Tersine, tepkiler genellikle bazı bileşenler bile amaçlanan giriş 7,25 varlığında tetiklemek çünkü aktivasyon beklenen seviyeye ulaşmak için başarısız. Performansını yapmak için DNA temellibiyolojik protein bazlı muadillerine karşılaştırılabilir nanoaygıtlar, böyle bir hata modları önemli ölçüde azalır gerekmektedir. Bakteriyel plazmidler veya diğer biyolojik DNA nanoteknoloji uygulamaları için, son derece saf bir DNA nispeten ucuz kaynağı olarak hizmet edebilir. DNA&#39;nın büyük miktarlarda bakteri de kopyalama ile üretilmiş olabilir ve canlı sistemlerin içsel düzeltme okuması özellikler elde edilen DNA saflığı sağlamak. Aslında, birçok yeni belgeler nanoteknoloji uygulamaları 21,26-28 biyolojik DNA potansiyel yarar tanıdı. Bununla birlikte, plasmid DNA, tam çift sarmal yapısı şimdiye kadar, tipik olarak çok sayıda oligonükleotitlerin oluşur ve Çift dallı ve tek dallı domeynini içeren dinamik bir DNA aygıtları yapmak için bir malzeme olarak kullanımı yasaklamıştır. Son kağıdı 29 bu konu ele alındı ​​ve öncelikle çentikli çift iplikli DNA (ndsDNA) oluşan yeni bir DNA kapı mimarisinde tanıtmak oldud. Önemlisi, ndsDNA kapıları sistemleri herhangi bir resmi kimyasal reaksiyon ağı (CRN) 29 tarafından belirlenen dinamikleri fark etmesi dizayn edilebilir. ndsDNA kapıları böylece salınımları ve kaos, İki sabit ve hafıza, Boole mantığı veya algoritmik davranışlar sergilemek 30-38 dinamik sistemler oluşturmak için prensipte kullanılabilir. Örneğin, Ref. 29, bir &quot;konsensüs&quot; protokol bir molekül uygulanması, dağıtık bilgisayar algoritması 29,39,40 bir tür mesafede üç Reaksiyon CRN gösterdi. Bu çalışma ilk olarak hızla fonksiyonel moleküler sistemleri (Şekil 1A) sentezlemek için bir &quot;programlama dili&quot; olarak CRN biçimcilik için yeni bir kullanım göstermiştir. Burada, plasmid DNA ndsDNA kapıları türetmek için detaylı bir protokol verilmektedir. İlk dizi tasarım sürecinin bir yorum olduğunu. Daha sonra içeren ne kadar, sentetik oligonükleotidlerin bir açıklama aşağıdaKapı dizileri plasmidler klonlanır ve sekansı doğrulanır ve bakteri kültürü ile amplifiye edilmiştir. NdsDNA kapılar, enzimatik işlemle plazmidlerden türetilebilir kadar Daha sonra, gösterilir (bakınız Şekil 2). Son olarak, flüoresan kinetik analizleri kullanılarak kapı davranışı test etmek için bir yöntem, ana hatlarıyla verilmiştir. Reaksiyon mekanizması Bir örnek olarak, iletişim kuralı, katalitik kimyasal reaksiyon A + B-&gt; B + C yöneliktir. Türleri A, B, ve C (&quot;sinyalleri&quot;, Şekil 1B) her biri farklı bir tek sarmallı bir DNA molekülüne karşılık gelir. Bu moleküllerin dizileri tamamen bağımsızdır ve şeritler birbirleriyle doğrudan reaksiyona girmeyen. Tüm sinyaller sekansları, yani, iki farklı fonksiyonel alanları, sarmal yer değiştirme reaksiyonlarında birlikte hareket dizilerine sahiptir: 1) kısa bir toehold alanı (etiketler sarmal yer değiştirme r başlatılması için kullanılır, tb, tc) taeaction ve 2) uzun bir etki (a, b, c) sinyal kimliğini belirleyen etiketler. Sinyal teller arasındaki etkileşimler tırtıklı çift iplikli DNA (ndsDNA) kapı kompleksleriyle ve yardımcı tek sarmallı türler (&lt;tr r&gt;, &lt;tb c&gt; ve &lt;tr b&gt; &lt;i tc (denilen AB ve Çatal BC Katıl) aracılık &gt;). + B-&gt; B + C formal Reaksiyon bir biçimde her bir reaksiyon aşaması, bir sonraki reaksiyon (Şekil 1B) bir toehold ortaya sarmal yer değiştirme reaksiyon aşamalarının, bir dizi yürütülür. Sinyal Cı çatal geçidine bağlıdır Bu örnekte, A ve B sinyalleri ilk solüsyonda serbest olan. Reaksiyon B ve C sonunda çözelti içinde bulunmaktadır. Daha genel olarak, bir kapı bağlı olan sinyaller solüsyonda serbest olan sinyaller etkin iken, yani, bir sarmal yer değiştirme reaksiyonu olarak katılabilir inaktiftirBir giriş. Reaksiyon süresi programı bir flüoresan raportör stratejisi (Şekil 1C) ile takip edilir. Önceki çalışmaları 29, bu reaksiyon mekanizmaları doğru stoikiometriyi yanı sıra hedef reaksiyon kinetiklerini fark sadece bu gösterilmiştir.

<table><tbody><tr><td>HF Tamponlu Phusion Yüksek Kaliteli PCR Master Karışımı</td><td>NEB</td><td>M0531S</td><td></td></tr><tr><td>PvuII-HF</td><td>NEB</td><td>R3151L</td><td></td></tr><tr><td>PstI-HF</td><td>NEB</td><td>R3140S</td><td></td></tr><tr><td>Gibson Assembly Master Mix</td><td>NEB</td><td>E2611S</td><td></td></tr><tr><td>Müthiş Et Suyu, Modifiye</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>T0918-250G</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep Spin Miniprep Kiti (250)</td><td>QIAGEN</td><td>27106</td><td></td></tr><tr><td>QIAGEN Hispeed Maxi-hazırlık Kiti</td><td>QIAGEN</td><td>12662</td><td></td></tr><tr><td>Nb.BsrDI</td><td>NEB</td><td>R0648L</td><td></td></tr><tr><td>Nt.BstNBI</td><td>NEB</td><td>R0607L</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop 2000c</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Çift Sarmallı Genomik Bloklar</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Horiba Jobin-Yvon Spex Florolog-3 Florimetre</td><td>Horiba/Jobin Yvon</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sentetik Kuvars Hücreleri&nbsp;</td><td>Starna</td><td>23-5.45-S0G-5</td><td></td></tr><tr><td>QIAGEN Jel Ekstraksiyon Kiti</td><td>QIAGEN</td><td>28706</td><td></td></tr><tr><td>Plazmid Omurgaları</td><td>BioBrick</td><td>E0240-pSB1A2</td><td>Ampisilin dirençli yüksek kopya sayılı plazmit. Sıra şuradan bulunabilir: http://parts.igem.org</td></tr></tbody></table>

plazmid kökenli uygulama kimyasal reaksiyon ağları için dna strand deplasman kapıları

Plasmid-derived DNA Strand Displacement Gates for Implementing Chemical Reaction Networks

DNA nanoteknolojisi, mühendislik malzemesi olarak büyük miktarlarda yüksek saflıkta DNA gerektirir. Plazmid DNA, yüksek sadakatle replike edildiği, bakteri kültürü yoluyla kolayca amplifiye edildiği ve bakteri gliserol stokları şeklinde süresiz olarak saklanabildiği için bu ihtiyacı karşılayabilir. Bununla birlikte, plazmit DNA'nın çift sarmallı doğası, şimdiye kadar DNA nanoyapılarının veya tipik olarak tek sarmallı veya dallı alanlar içeren cihazların inşası için verimli kullanımını engellemiştir. Son çalışmalarda, çentikli çift sarmallı DNA (ndsDNA) iplikçik yer değiştirme kapılarının plazmit DNA'dan kaynaklanabileceği bulundu. Aşağıda, bu ndsDNA kapılarının plazmitlerde nasıl verimli bir şekilde kodlanabileceğini ve az sayıda enzimatik işleme adımı yoluyla plazmitlerden türetilebileceğini ayrıntılarıyla anlatan bir protokol yer almaktadır. Ayrıca, floresan kinetik ölçümleri kullanılarak ndsDNA kapılarını test etmek için bir protokol de verilmiştir. NdsDNA kapıları, keyfi kimyasal reaksiyon ağlarını (CRN'ler) uygulamak için kullanılabilir ve böylece CRN formalizminin kuralcı bir moleküler programlama dili olarak kullanılmasına yönelik bir yol sağlar. Bu teknolojiyi göstermek için, katalitik kinetikli çok aşamalı bir reaksiyon kaskadı oluşturulmuştur. Ayrıca, plazmidden türetilmiş bileşenlerin, sentetik DNA'dan birleştirilen aynı bileşenlerden daha iyi performans gösterdiği gösterilmiştir.

Bu protokol, plazmitlerden DNA ipliği yer değiştirme kapıları türetmek ve bunları floresan kinetik ölçümleri kullanarak test etmek için bir yöntemi açıklar. Gates, resmi kimyasal reaksiyon ağlarının (CRN) davranışını yaklaşık olarak tahmin etmek için modüler olarak çok bileşenli sistemlere birleştirilebilir ve bu da CRN'lerin moleküler bir programlama dili olarak yeni bir kullanımını gösterir.

Plazmid kökenli Uygulama Kimyasal Reaksiyon Ağları için DNA Strand Deplasman kapıları

DNA nanotechnology requires large amounts of highly pure DNA as an engineering material. Plasmid DNA could meet this need since it is replicated with high ...

Bu prosedürün genel amacı, bakteri plazmitlerinden DNA ipliği yer değiştirme kapıları türetmektir. Bu tekniğin ana avantajı, sağlam DNA kapıları oluşturmak için oldukça saf bir kaynak olarak bakteri plazmidini kullanmasıdır. Bu prosedürü gösteren meslektaşlarım Sam Dip ve ben olacağız: Toplu üretime başlamak ve daha sonra ekteki metin protokolünde açıklandığı gibi ve üreticinin talimatlarına uygun olarak DNA izolasyon kitlerini kullanarak içeren DNA kapılarını izole etmek.Standart teknikler kullanarak plazmit DNA konsantrasyonunu ölçün. Daha sonra, plazmidin her miligramı için dört birim kısıtlama enzimi PV U2 HF ekleyerek DNA'yı sindirin. Ardından, numuneye iki eşdeğer hacimde buz gibi mutlak etanol ekleyin.DNA'yı çökeltmek için karışımı eksi 80 santigrat derecede en az bir saat inkübe edin. Daha sonra, numuneyi 30 dakika boyunca 10.000 ila 14.000 kez G ve sıfır santigrat derecede santrifüjleyerek çökeltilmiş DNA'yı peletleyin. SNAT'ı çıkarın ve numuneye 1000 mikrolitre oda sıcaklığında% 95 etanol ekleyin.Daha sonra numuneyi 10 ila 15 kez ters çevirin, numuneyi 10 dakika boyunca 10.000 ila 14.000 kez G ve dört santigrat derecede santrifüjleyin. Bittiğinde, süpernatanı çıkarın ve DNA'yı bir tezgahta 10 ila 20 dakika havayla kurutun. Süpernatanı çökelmiş DNA'dan çıkarırken, peleti rahatsız etmemeye dikkat edin, aksi takdirde verim önemli ölçüde azalacaktır.Kuruduktan sonra, DNA peletini 200 mikrolitreye kadar nükleaz içermeyen suda yeniden askıya alın ve karıştırmak için girdap yapın. 200 mikrolitreden fazla su eklemek genellikle numunenin kullanım için seyreltilmesini sağlar. Kinetik deneylerde, üreticinin talimatlarını izleyerek bir spektrofotometre kullanarak yeniden askıya alınan DNA'yı ölçün.Daha sonra, bir mikrogram plazmid başına bir tane olmak üzere dört birim çentikleme enzimi M-B-B-S-R-D ekleyin ve karşılık gelen enzim tamponunu ekleyin. Eklem kapılarını sindirmek için numuneyi 65 santigrat derecede bir saat inkübe edin. Daha sonra, bir mikrogram plazmit başına bir tane olmak üzere sekiz birim çentikleme enzimi NT BST mb ve karşılık gelen enzim tamponu ekleyerek çatal kapılarını sindirin.Numuneyi 55 santigrat derecede bir saat inkübe edin. Floresan raportörleri hazırlamak için önce Resus, numuneleri ekteki metin protokolünde açıklandığı gibi askıya alın ve nicelleştirin. Daha sonra 10 mikrolitre muhabirin alt ipliği ile 13 mikrolitre üst söndürücü ipliği 12.5 milimolar magnezyum içeren tris asetat EDTA tamponunda karıştırın.Tüm floranın, etiketli dört ipliğin söndürüldüğünden emin olmak için, söndürücü etiketli ipliğin% 30'undan fazlası eklenmelidir. Ardından, bir termal döngüleyici kullanarak muhabir C kompleksini anil. Numuneyi dakikada bir santigrat derece hızında 95 santigrat dereceden 20 santigrat dereceye kadar soğutun.Bittiğinde, kalibrasyonu takiben numuneyi dört santigrat derecede saklayın. Sıcaklık stabilize olurken önce sıcaklık kontrol cihazını 25 santigrat dereceye ayarlayarak floresan ölçümlerine başlayın. Veri toplama yazılımında kinetik ölçümler için uygun parametreleri ayarlayın.Spektral florimetre için yazılımı açtıktan sonra, hem uyarma hem de emisyon monokrom için kayma genişliğini 2,73 nanometre olarak ayarlayın. Ardından entegrasyon süresini her 10. zaman noktası için 62 saniyeye ayarlayın ve toplam ölçüm süresini 24 saate ayarlayın. Son olarak, uyarma ve emisyon dalga boylarını deneyde kullanılan flora ormanına uyacak şekilde ayarlayın.Daha sonra, sentetik bir kuvars hücreye 410.2 mikrolitre nükleaz içermeyen su ve 125 milimolar magnezyum içeren 52.8 mikrolitre 10 ekstra asetat EDTA tamponu ekleyin. Ayrıca iki mikrolitre 300 milimolar poli T ipliği ekleyin ve ardından sentetik kuvars hücresini 10 ila 15 saniye boyunca girdaplayın. Daha sonra, 10 mikromolar'da raportör ipliklerinin dokuz mikrolitresinde ve 10 mikromolar'da her yardımcı iplikçikten altı mikrolitre.Daha sonra hem eklem hem de çatal kapaklarının 45 mikrolitresinde bir mikromolar halinde ve çözeltiyi en az 20 kez yukarı ve aşağı pipetleyerek nazikçe karıştırın. Son olarak, dokuz mikrolitrede% 10 sodyum,% 0.15'lik bir nihai konsantrasyon elde etmek için duktal sülfat yapın,% 0.15'lik bir nihai konsantrasyon elde etmek için, en az 20 kez yukarı ve aşağı pipetleyerek reaksiyonu nazikçe karıştırın, sentetik litre hücrelerini hemen spektrum oluk odasına yerleştirin ve kinetik ölçümü başlatın. Beş dakikalık ölçümden sonra, giriş tellerinden üç mikrolitre ekleyin.Sentetik litre hücresine 10 mikromolar ekleyin. Veri toplama programı duraklatıldığında, reaksiyonu en az 20 kez yukarı ve aşağı pipetleyerek nazikçe karıştırın ve ardından ışık kapağını kapatın ve sabit olana kadar reaksiyon kinetiğini kaydetmeye devam edin. Plazmadan türetilen kapılar ve sentezlenen kapılar için durum kinetik verileri burada deneylerde gösterilmiştir.Sinyal dizisi A'nın konsantrasyonu sabittir, katalitik sinyal B'nin miktarı değişirken. C sinyali, reaksiyonun ilerlemesini kesintiye uğratmadan okumak için kullanılır. Katalitik döngü devri, belirli bir zamanda her bir katalizör B için üretilen C sinyalinin miktarı olarak tanımlanır.İdeal bir katalitik sistem için, bu devir sayısı zamanla doğrusal olarak artmalı ve substrat sınırlayıcı olmadığı sürece katalizör miktarından bağımsız olmalıdır. Burada, sentezlenen sistemin, plazmadan türetilen sistemden çok daha önce ideal doğrusal devir artışından saptığı ve katalizörün istenmeyen bir yan reaksiyon yoluyla sekestrasyonunu gösterdiği gözlenmektedir. Hem plazmadan türetilen hem de sentezlenen kapıların devre sızıntısı burada karşılaştırılır ve plazmadan türetilen kapılar kullanılarak yapılan sızıntı sinyalinin oranının, 10 saatlik reaksiyondan sonra sentezlenen kapılar kullanılandan yaklaşık %8 daha az olduğu gözlemlenir.Bu videoyu izledikten sonra, bakteri plazmidinden sağlam DNA kapılarının nasıl oluşturulacağını ve kapıları floresan kinetik ölçümlerini kullanarak nasıl test edeceğinizi iyi anlamış olmalısınız.

plasmid-derived-dna-strand-displacement-gates-for-implementing

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

DNA origami DNA moleküllerinin kendi kendini montaj programlayarak hassas nano nesneler imalatı için güçlü bir yöntemdir. Burada, DNA origami biyolojik ipuçları algılama ve şekli daha sonra istediğiniz bir etkisi geçirilen, kaydırarak cevap verebilen bir robot robot tasarımı için kullanılabilir açıklanmıştır.

DNA Origami bir Bio-duyarlı Robot Tasarımı

Özel plazmitlerin sentezi emek ve zaman alıcıdır. Bu protokol, özel DNA klonlama prosedürünün işini ve süresini azaltmak için Gibson montaj klonlamasının kullanımını açıklar. Açıklanan protokol ayrıca, geleneksel kes ve yapıştır DNA klonlamasına benzer maliyetle memeli ekspresyonu için güvenilir etiketli protein yapıları üretir.

Plazmid vektörler oluşturulması Gibson tertibatı kullanılarak insan uzama faktör-1α bir promotörün regülasyonu altında FLAG-etiketli Proteinlerinin İfade

Sıvı işleme robotlar üzerinde modüler bir klon DNA derleme yöntemi kullanılarak modüler DNA "aygıt" derleme gerçekleştirmek için otomatik bir iş akışı burada anlatılan. Protokol bir sezgisel yazılım aracı kullanarak iki sıvı taşıma platformları göstermek Kombinatorik DNA aygıt kitaplığı oluşturma için sıvı işleyicisi picklists üretmek için kullanır.

Robot sıvı işleme derleme modüler DNA cihazların otomatik

Bu yazıda mühendislik hücreleri ve sentetik kontrol ve programlanabilir malzeme yüzeylerini işlemek için E. coli mühendislik enable işlevselleştirilmiş yüzeylerin geliştirilmesi için bir dizi protokol sunar.

Yaşayan Hücreleri Mühendise Sentetik Biyoloji kullanarak That Programlanabilir Malzemelerle Arayüzü

Biz tasarım, simülasyon, ıslak-laboratuvar deneyleri ve analiz için 6 6 kafesleri reconfigurable bir DNA akordeon raf için detaylı iletişim kuralı tanımlamak.

Tasarım ve Reconfigurable DNA akordeon raf sentezi

Biz bir basit tekniğinde gen uzunluğunda DNA moleküllerinin immobilizasyon için boş hücre gen ifade deneyler biochips üzerinde gerçekleştirmek için kullanılan bir yüzey üzerinde açıklayınız.

Genlerin Multistep Strand deplasman litografi kullanarak işlevsel yüzey immobilizasyon

Burada, i) CyanoGate modüler klonlama araç kiti kullanarak kendi kendini çoğaltan bir vektör monte etmek açıklayan bir protokol sokulması, ii) konjugasyon ile bir siyanobakteriyel konak içine vektör tanıtmak ve iii) transgenik siyanobakteri suşları karakterize bir plaka okuyucu veya akış sitometri.

CyanoGate Modüler Klonlama Araç Kiti Kullanılarak Konjugasyon ile Siyanobakterilerin Genetik Modifikasyonu

Bu protokolün amacı, Golden Gate klonlamaya dayalı modüler klonlama sistemini kullanarak çok genli yapıların montajı için ayrıntılı, adım adım bir kılavuz sağlamaktır. Ayrıca, deneyimlerimize göre en iyi montajı sağlamak için kritik adımlar hakkında önerilerde bulunmaktadır.

Modüler Altın Kapı Klonlama Kullanılarak Çok Genli Yapıların Hızlı Montajı

In vitro transkripsiyon reaksiyonlarını düzenlemek için yeni bir DNA bağlı T7 RNA polimerazının mühendisliğini anlatıyoruz. Protein sentezi ve karakterizasyonu için adımları tartışıyoruz, kavram kanıtı transkripsiyonel düzenlemeyi doğrulıyoruz ve moleküler bilgi işlem, teşhis ve moleküler bilgi işlemedeki uygulamalarını tartışıyoruz.

Programlanabilir In vitro Transkripsiyon ve Moleküler Hesaplama için DNA-Bağlı RNA Polimeraz

CRISPR-Cas sistemleri ve anti-CRISPR proteinleri, Saccharomyces cerevisiae'deki Boole kapılarının şemasına entegre edildi. Yeni küçük mantık devreleri iyi performans gösterdi ve hem dCas9 / dCas12a tabanlı transkripsiyon faktörlerinin hem de anti-CRISPR proteinlerinin özelliklerinin anlaşılmasını derinleştirdi.

CRISPR-Cas Sistemlerine ve Anti-CRISPR Proteinlerine Dayalı Gen Dijital Devreleri

İn vivo montaj, DNA parçalarını homolog rekombinasyon yoluyla birleştirmek için bakterilerdeki içsel DNA onarım enzimlerine dayanan, ligasyondan bağımsız bir klonlama yöntemidir. Bu protokol hem zaman hem de maliyet etkindir, çünkü az sayıda reaktif gereklidir ve klonlama verimliliği %99'a kadar çıkabilir.

Yüksek Verimli Plazmid Yapımı için In Vivo Montaj Kullanımı

Öğrenin bakteri plazmidlerinden DNA iplik değiştirme kapıları türetme ve floresans kinetiği ile test etme yöntemini. Bu teknik moleküler devreler için sağlam kapılar üretir.

Plazmid kökenli Uygulama Kimyasal Reaksiyon Ağları için DNA Strand Deplasman kapıları

Daha fazla video keşfet