Name: Maddedir asit Ester-bağlama DNA Aptamer seçimi, karakterizasyonu ve elektrokimyasal bir Aptasensor uygulamaya (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-03-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 33 s
Description: Keşfedin hidrofobik küçük moleküllere özgü DNA aptamer seçimi ve karakterizasyonu yöntemlerini. Bu protokol, hassas elektrokimyasal aptasensör geliştirmek için kullanılan SELEX ve biyosensör uygulamalarını kapsar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Maddi destek Ulusal Doğa Bilimleri vakıf (21675112), anahtar proje Pekin Eğitim Komisyonu (KZ201710028027) ve Yanjing genç bilim adamı Program, sermaye Normal Üniversitesi bilim ve teknoloji planının minnettarız.

<ol><li>Vorkamp, K., Riget, F. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+new+and+current-use+contaminants+in+the+Arctic+environment%3A+Evidence+of+long-range+transport+and+indications+of+bioaccumulation%5BTitle%5D)+AND+%22Chemosphere%22%5BJournal%5D)">A review of new and current-use contaminants in the Arctic environment: Evidence of long-range transport and indications of bioaccumulation.</a> Chemosphere. 111, 379-395 (2014).</li>
<li>Net, S., Sempere, R., Delmont, A., Paluselli, A., Ouddane, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence%2C+fate%2C+behavior+and+ecotoxicological+state+of+phthalates+in+different+environmental+matrices%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Occurrence, fate, behavior and ecotoxicological state of phthalates in different environmental matrices.</a> Environ Sci Technol. 49 (7), 4019-4035 (2015).</li>
<li>Xie, Q. L., Liu, S. H., Fan, Y. Y., Sun, J. Z., Zhang, X. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+phthalate+esters+in+edible+oils+by+use+of+QuEChERS+coupled+with+ionic-liquid-based+dispersive+liquid-liquid+microextraction+before+high-performance+liquid+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+BioanalChem%22%5BJournal%5D)">Determination of phthalate esters in edible oils by use of QuEChERS coupled with ionic-liquid-based dispersive liquid-liquid microextraction before high-performance liquid chromatography.</a> Anal BioanalChem. 406 (18), 4563-4569 (2014).</li>
<li>Ierapetritis, I., Lioupis, A., Lampi, E. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/s12161-013-9770-x">Determination of phthalates into vegetable oils by isotopic dilution gas chromatography mass spectrometry.</a> Food Anal Methods. 7 (7), 1451-1457 (2014).</li>
<li>Sun, J. Z., He, H., Liu, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+phthalic+acid+esters+in+Chinese+white+spirit+using+dispersive+liquid-liquid+microextraction+coupled+with+sweeping+beta-cyclodextrin-modified+micellar+electrokinetic+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Sep+Sci%22%5BJournal%5D)">Determination of phthalic acid esters in Chinese white spirit using dispersive liquid-liquid microextraction coupled with sweeping beta-cyclodextrin-modified micellar electrokinetic chromatography.</a> J Sep Sci. 37 (13), 1679-1686 (2014).</li>
<li>Yilmaz, P. K., Ertas, A., Kolak, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+determination+of+seven+phthalic+acid+esters+in+beverages+using+ultrasound+and+vortex-assisted+dispersive+liquid-liquid+microextraction+followed+by+high-performance+liquid+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Sep+Sci%22%5BJournal%5D)">Simultaneous determination of seven phthalic acid esters in beverages using ultrasound and vortex-assisted dispersive liquid-liquid microextraction followed by high-performance liquid chromatography.</a> J Sep Sci. 37 (16), 2111-2117 (2014).</li>
<li>Sun, R., Zhuang, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+ultrasensitive+gold+nanoparticles+improved+real-time+immuno-PCR+assay+for+detecting+diethyl+phthalate+in+foodstuff+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">An ultrasensitive gold nanoparticles improved real-time immuno-PCR assay for detecting diethyl phthalate in foodstuff samples.</a> Anal Biochem. 480, 49-57 (2015).</li>
<li>Sun, R. Y., Zhuang, H. S. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/ay/c4ay02088j">A sensitive heterogeneous biotin-streptavidin enzyme-linked immunosorbent assay for the determination of di-(2-ethylhexyl)phthalate (DEHP) in beverages using a specific polyclonal antibody.</a> Anal Methods. 6 (24), 9807-9815 (2014).</li>
<li>Zhou, L., Lei, Y., Zhang, D., Ahmed, S., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+ultra-sensitive+monoclonal+antibody-based+enzyme-linked+immunosobent+assay+for+dibutyl+phthalate+in+human+urinary%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">An ultra-sensitive monoclonal antibody-based enzyme-linked immunosobent assay for dibutyl phthalate in human urinary.</a> Sci Total Environ. 541, 570-578 (2016).</li>
<li>Shen, J., Li, Y., Gu, H., Xia, F., Zuo, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+development+of+sandwich+assay+based+on+the+nanobiotechnologies+for+proteins%2C+nucleic+Acids%2C+small+Molecules%2C+and+ions%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">Recent development of sandwich assay based on the nanobiotechnologies for proteins, nucleic Acids, small Molecules, and ions.</a> Chem Rev. 114 (15), 7631-7677 (2014).</li>
<li>Yin, X. -B. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165993612000040">Functional nucleic acids for electrochemical and electrochemiluminescent sensing applications.</a> TrAC, Trends Anal Chem. 33, 81-94 (2012).</li>
<li>Nguyen, V. -T., Kwon, Y. S., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamer-based+environmental+biosensors+for+small+molecule+contaminants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Aptamer-based environmental biosensors for small molecule contaminants.</a> Curr Opin Biotechnol. 45, 15-23 (2017).</li>
<li>Groher, F., Suess, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+of+antibiotic-binding+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">In vitro selection of antibiotic-binding aptamers.</a> Methods. 106, 42-50 (2016).</li>
<li>Yang, K. -A., Pei, R., Stojanovic, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+and+amplification+protocols+for+isolation+of+aptameric+sensors+for+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">In vitro selection and amplification protocols for isolation of aptameric sensors for small molecules.</a> Methods. 106, 58-65 (2016).</li>
<li>Jing, M., Bowser, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+measuring+aptamer-protein+equilibria%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">Methods for measuring aptamer-protein equilibria: a review.</a> Anal. Chim. Acta. 686 (1-2), 9-18 (2011).</li>
<li>Mehta, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+and+characterization+of+PCB-binding+DNA+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Selection and characterization of PCB-binding DNA aptamers.</a> Anal Chem. 84 (3), 1669-1676 (2012).</li>
<li>Matsumoto, M., Hirata-Koizumi, M., Ema, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potential+adverse+effects+of+phthalic+acid+esters+on+human+health%3A+A+review+of+recent+studies+on+reproduction%5BTitle%5D)+AND+%22Regul+Toxicol+Pharm%22%5BJournal%5D)">Potential adverse effects of phthalic acid esters on human health: A review of recent studies on reproduction.</a> Regul Toxicol Pharm. 50 (1), 37-49 (2008).</li>
<li>Goodchild, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conjugates+of+oligonucleotides+and+modified+oligonucleotides%3A+a+review+of+their+synthesis+and+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Bioconjug+Chem%22%5BJournal%5D)">Conjugates of oligonucleotides and modified oligonucleotides: a review of their synthesis and properties.</a> Bioconjug Chem. 1 (3), 165-187 (1990).</li>
<li>Brown, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+brief+history+of+oligonucleotide+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Protocols+for+Oligonucleotides+and+Analogs%3A+Synthesis+and+Properties%22%5BJournal%5D)">A brief history of oligonucleotide synthesis.</a> Protocols for Oligonucleotides and Analogs: Synthesis and Properties. , 1-17 (1993).</li>
<li>Reese, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo-and+poly-nucleotides%3A+50+years+of+chemical+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Org+Biomol+Chem%22%5BJournal%5D)">Oligo-and poly-nucleotides: 50 years of chemical synthesis.</a> Org Biomol Chem. 3 (21), 3851-3868 (2005).</li>
<li>Sproat, B., Colonna, F., Mullah, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/15257779508014668">An efficient method for the isolation and purification of oligoribonucleotides.</a> Nucleos Nucleot Nucl. 14 (1-2), 255-273 (1995).</li>
<li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+of+group-specific+phthalic+acid+esters+binding+DNA+aptamers+via+rationally+designed+target+immobilization+and+applications+for+ultrasensitive+and+highly+selective+detection+of+phthalic+acid+esters%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Selection of group-specific phthalic acid esters binding DNA aptamers via rationally designed target immobilization and applications for ultrasensitive and highly selective detection of phthalic acid esters.</a> Anal Chem. 89 (10), 5270-5277 (2017).</li>
<li>Bartlett, J. M. S., Stirling, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+short+history+of+the+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22PCR+protocols%22%5BJournal%5D)">A short history of the polymerase chain reaction.</a> PCR protocols. , 3-6 (2003).</li>
<li>Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2999980">Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia.</a> Science. 230, 1350-1354 (1985).</li>
<li>Albright, L. M., Slatko, B. E. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18428223">Denaturing polyacrylamide gel electrophoresis.</a> Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry. , A. 3B 1-A. 3B 5 (2001).</li>
<li>Summer, H., Grämer, R., Dröge, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Denaturing+urea+polyacrylamide+gel+electrophoresis+%28Urea+PAGE%29%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE%22%5BJournal%5D)">Denaturing urea polyacrylamide gel electrophoresis (Urea PAGE).</a> JoVE. (32), e1485(2009).</li>
<li>Jing, M., Bowser, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+measuring+aptamer-protein+equilibria%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Methods for measuring aptamer-protein equilibria: a review.</a> Anal Chim Acta. 686 (1), 9-18 (2011).</li>
<li>Sharma, T. K., Bruno, J. G., Dhiman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ABCs+of+DNA+aptamer+and+related+assay+development%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">ABCs of DNA aptamer and related assay development.</a> Biotechnol Adv. 35 (2), 275-301 (2017).</li>
<li>Liu, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001346861530551X">Signaling-probe displacement electrochemical aptamer-based sensor (SD-EAB) for detection of nanomolar kanamycin A.</a> Electrochim Acta. 182, 516-523 (2015).</li>
<li>Mendonsa, S. D., Bowser, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+evolution+of+functional+DNA+using+capillary+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">In vitro evolution of functional DNA using capillary electrophoresis.</a> J Am Chem Soc. 126, 20-21 (2004).</li>
<li>Lou, X. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Micromagnetic+selection+of+aptamers+in+microfluidic+channels%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Micromagnetic selection of aptamers in microfluidic channels.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 106 (9), 2989-2994 (2009).</li>
<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+selection+of+DNA+aptamers+through+microfluidic+selection+and+high-throughput+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Quantitative selection of DNA aptamers through microfluidic selection and high-throughput sequencing.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 15373-15378 (2010).</li>
<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+selection+and+parallel+characterization+of+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Nat+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Quantitative selection and parallel characterization of aptamers.</a> Proc Nat Acad Sci USA. 110 (46), 18460-18465 (2013).</li>
<li>Song, K. -M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gold+nanoparticle-based+colorimetric+detection+of+kanamycin+using+a+DNA+aptamer%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Gold nanoparticle-based colorimetric detection of kanamycin using a DNA aptamer.</a> Anal Biochem. 415 (2), 175-181 (2011).</li>
<li>Yang, Z., Ding, X., Guo, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925400517313278">Second generation of signaling-probe displacement electrochemical aptasensor for detection of picomolar ampicillin and sulfadimethoxine.</a> Sens Actuators B. 253 (2017), 1129-1136 (2017).</li>
<li>Lou, X., Zhao, T., Liu, R., Ma, J., Xiao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-assembled+DNA+monolayer+buffered+dynamic+ranges+of+mercuric+electrochemical+sensor%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Self-assembled DNA monolayer buffered dynamic ranges of mercuric electrochemical sensor.</a> Anal Chem. 85 (15), 7574-7580 (2013).</li>
<li>Zhao, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoprobe-enhanced%2C+split+aptamer-based+electrochemical+sandwich+assay+for+ultrasensitive+detection+of+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Nanoprobe-enhanced, split aptamer-based electrochemical sandwich assay for ultrasensitive detection of small molecules.</a> Anal Chem. 87 (15), 7712-7719 (2015).</li>
<li>Lou, X., He, L. A. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925400507006181">Surface passivation using oligo(ethylene glycol) in ATRP-assisted DNA detection.</a> Sens Actuators,B. 129 (1), 225-230 (2008).</li>
</ol>

Yazarlar rakip mali ilgi bildirin.

Antikorlar vivo içinde immunoreactions ile oluşturulan iken SELEX, vitro yöntemle tanımlanır aptamers bir üstün faydası nedir. Bu nedenle, antikorlar için fizyolojik koşullar sınırlı ise aptamers iyi tasarlanmış deneysel koşullarda istenen hedef özgüllük ile seçilebilir.
İlişkili sıralar ayrılığı ücretsiz dizilerinden kolaylaştırmak için çeşitli değiştirilmiş SELEX son zamanlarda bildirilmiştir, hangi Kapiler Elektroforez30, havacilik...

Hızlı ekonomik kalkınma ile birlikte hızlanma sanayileşme ve kentsel inşaat, Çevre kirliliğinin her zamankinden daha şiddetli olduğunu. Tipik Çevresel kirleticiler heavy metal iyonları, toksinler, antibiyotik, tarım ilaçları, Endokrin Bozucular ve kalıcı organik kirleticiler (POPs) içerir. Metal iyonları ve toksinlerin yanı sıra, diğer kirleticilerin küçük moleküllerdir yani oldukça sık sık congeners çeşitli oluşur. Örneğin, en zehirli pop'ları içerir Poliklorlu Bifeniller (PCB), polisiklik aromatik hidrokarbonlar (PAH), polybrominated biphenyl eterler (PBDEs), Poliklorlu dibenzo-p-dioksin (PCDDs), Poliklorlu dibenzofuran (PCDFs) ve phthalic tüm oluşur birçok congeners asit esterleri (PAEs)1,2. Küçük molekül algılama esas olarak Kromatografi/Kütle spektrometresi tabanlı teknikleri nedeniyle onların çeşitlilik uygulamaları3,4,5,6tarafından yapıldı. Yerinde tespitlerde için antikor tabanlı yöntemleri gelişmiş7,8,9son zamanlarda. Bu yöntemler belirli bir türdeş için çok özel olduğu için ancak, birden çok test gerçekleştirilmelidir. Roman congeners kadar çabuk onların antikorlar zamanında oluşturulan uzuyor daha ciddi bir olmasıdır. Bu nedenle, tüm congeners bir testteki toplam düzeyde izlemek için gruba özgü biyosensörler gelişimi çevre kirliliği durumu değerlendirmek için çok değerli bir ölçüsünü sağlayabilir.
Son zamanlarda, nükleik asit aptamers yaygın tanıma öğeleri hedeflerden iyonları ve küçük moleküllerin proteinler ve hücre10,11 için çok çeşitli tanıma onların yeteneği nedeniyle çeşitli biosensing platformlar olarak uygulanmış olan ,12. Aptamers sistematik ligandlar evrimi üstel zenginleştirme (SELEX)13,14tarafından adlı bir vitro yöntemi aracılığıyla tanımlanır. SELEX yaklaşık 1014-1015 dizileri içeren rasgele sentetik tek iplikçik Oligonükleotid kitaplığı ile başlar. Rasgele Kütüphane boyutu RNA veya DNA aday yapıları çeşitlilik sağlar. Kütüphanede dizileri yüksek benzeşme ve hedef özgüllük ile zenginleştirilmiş kadar tipik SELEX işlemi zenginleştirme birden fazla mermi ile oluşur. Son zenginleştirilmiş havuzu sonra sıralı ve bağlama, benzeşim Kromatografi, yüzey ayrılma sabitleri (Kd) ve seçicilik sokan maddeler gibi farklı teknikleri tarafından belirlenir potansiyel karşı filtre Plasmon rezonans (SPR), vs. 15
Son derece kötü su çözünürlük ve Fonksiyonel grupların yüzey immobilizasyon için eksikliği nedeniyle aptamer çıkar teorik olarak zor seçimidir. SELEX için önemli gelişmeler aptamers keşfi kadar hız. Ancak, gruba özel aptamers seçim POP'lar için henüz bildirilmemiştir. Şimdiye kadar sadece PCB-bağlama DNA aptamers bir belirli türdeş için yüksek özgüllük ile tanımlanan16olmuştur. PAEs esas olarak Polivinil klorür malzemeleri, böylece bir Plastifiyan davranan bir elastik plastik sert plastikten Polivinil klorür değiştirme kullanılır. Bazı PAEs Endokrin Bozucular tespit edilmiştir, ciddi hasara neden olabilir karaciğer ve böbrek fonksiyonu, erkeğin sperm hareketliliği azaltmak ve anormal sperm morfolojisi ve testis kanseri17neden olabilir. Bileşik - kendisi ve gruba özgü PAE bağlama aptamers bildirilmiştir.
Bu eser gruba özgü DNA aptamers PAEs, pop'ları temsil eden bir grup gibi son derece hidrofobik küçük moleküllere seçmek için temsil edici bir protokol sağlar için hedeftir. Biz de çevre kirliliği algılama için seçilen aptamer uygulama göstermek. Bu iletişim kuralı, kılavuz ve anlayışlar hidrofobik diğer küçük moleküller aptamer keşfi için sağlar.

<table><tbody><tr><td>UV-2550</td><td>Shimadzu, Japonya</td><td></td><td>protokolü, bölüm 3.8.2</td></tr><tr><td>DNA Engnine Termal döngüleyici, PTC0200</td><td>BIO-RAD</td><td></td><td>bölüm 3.5.1.2 ve 3.5.2</td></tr><tr><td>C1000 Touch</td><td>BIO-RAD</td><td></td><td>bölüm 5.3.6 ve 6.3</td></tr><tr><td>VMP3 çok kanallı potansiyostat</td><td>Bio-Logic Science, Claix, Fransa</td><td></td><td>bölüm 7.4,7.8 ve 7.11</td></tr><tr><td>Epoksi ile aktive edilen Sefaroz 6B</td><td>GE Sağlık (Piscataway, NJ, ABD)</td><td>10220020</td><td>Argaroz boncuklar, bölüm 2.3 ve 3.3</td></tr><tr><td>Dynabeads M-270 karboksilik asit manyetik boncuklar</td><td>Invitrogen, ABD</td><td>420420</td><td>manyetik boncuklar, bölüm 5.2. ve 5.3</td></tr><tr><td>Premiks Taq Sıcak Başlangıç Versiyonu</td><td>Takara, Dalian, Çin</td><td>R028A</td><td>polimeraz, bölüm 3.5.1.1</td></tr><tr><td>PARAFILM Sızdırmazlık Membranı</td><td>Bemis, ABD</td><td>PM-996</td><td>bölüm 3.6.5</td></tr><tr><td>Lambda Eksonükleaz</td><td>Invitrogen, ABD</td><td>EN0561</td><td>bölüm 3.7.1.2.10 &kat; reaksiyon tamponu, sağlayıcı tarafından &lambda; eksonükleaz ile birlikte sağlanır.</td></tr><tr><td>Dr. GenTLE Yağış Taşıyıcı</td><td>Takara, Dalian, Çin</td><td>9094</td><td>bölüm 3.6.2 ve 3.8.1</td></tr><tr><td>UNIQ-10 PAGE DNA kurtarma kiti</td><td>Sangon Biotech (Şangay)</td><td>B511135</td><td>bölüm 4.2</td></tr><tr><td>SYBR Altın nükleik asit jel boyası</td><td>Invitrogen, ABD</td><td>1811838</td><td>nükleik asit leke boyası, bölüm 3.5.1.5</td></tr><tr><td>SYBR Premix Ex Taq II</td><td>Takara, Dalian, Çin</td><td>RR820A</td><td>polimeraz ve dNTP'leri içeren polimeraz karışımı, bölüm 5.3.5</td></tr><tr><td>2- (N-Morfolino) etansülfonik asit (MES)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 1132-61-2</td><td>bölüm 5.2.1</td></tr><tr><td>1-etil-3- (3-dimetilaminopropil) karbodiimid hidroklorür (EDC)</td> <td>Invitrogen, ABD</td><td>CAS: 25952-53-8</td><td>bölüm 5.2.2</td></tr><tr><td>N-hidroksisüksinyum (NHS)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>6066-82-6</td><td>bölüm 5.2.3</td></tr><tr><td>mercaptoheksanol (MCH)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 1633-78-9</td><td>bölüm 7.7</td></tr><tr><td>Altın elektrot</td><td>Şangay Chenhua</td><td>CHI101</td><td>bölüm 7.4. - 7.11</td></tr><tr><td>tris (2-karboksietil) fosfin hidroklorür (TCEP)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 51805-45-9</td><td>bölüm 7.5</td></tr><tr><td>O- (2-Merkaptoetil) -O'-metil-hekza- (etilen glikol)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 651042-82-9</td><td>bölüm 7.7</td></tr><tr><td>dietilheksil ftalat (DEHP)</td><td>Ulusal Metroloji Enstitüsü, Çin</td><td>CAS: 117-81-7</td><td>bölüm 7.11</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 9005-64-5</td><td>polioksieti-len(20) sorbaitan monolaurat</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS: 9002-93-1</td><td>iyonik olmayan yüzey aktif madde</td></tr><tr><td>PBS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5368</td><td>10 mM fosfat tamponu 1 M NaCl içeren, pH 7.4</td></tr></tbody></table>

maddedir asit ester-bağlama dna aptamer seçimi, karakterizasyonu ve elektrokimyasal bir aptasensor uygulamaya

Phthalic Acid Ester-Binding DNA Aptamer Selection, Characterization, and Application to an Electrochemical Aptasensor

Kalıcı organik kirleticiler ana grup maddedir asit esterleri (PAEs) bir. PAEs gruba özgü tespiti son derece congeners hızlı büyüyen nedeniyle isteniyorsa. DNA aptamers giderek Biyoalgılayıcı platformlarda tanıma öğeler olarak uygulamış olan ama PAEs gibi son derece hidrofobik küçük molekül hedefleri doğru seçme aptamers nadiren bildirilmektedir. Bu eser gruba özgü DNA aptamers PAEs için seçmek için tasarlanmış bir boncuk tabanlı yöntemi açıklar. Amino grubu functionalized Dibutil ftalat (DBP-NH2) çapa hedef sentezlenmiş ve epoksi-harekete geçirmek özel boncuk üzerinde immobilize immobilizasyon matris yüzeyde phthalic ester grubu görüntülenmesini sağlayan ve Bu nedenle gruba özel bağlayıcı seçimi. Ayrılma sabitler aptamer adayların nicel polimerizasyon zincirleme reaksiyon manyetik ayırma ile birleştiğinde tarafından belirlenir. Göreli benzeşim ve aptamers için diğer PAEs selectivity rekabetçi deneyleri tarafından belirlenmiştir, nerede aptamer adaylar için DBP-NH2 önceden birbirine bağlanmış manyetik boncuklar bağlı ve süpernatant ile kuluçka üzerine serbest test PAEs ya da diğer potansiyel sokan maddeler. Facile benzeşme karşılaştırma yüzey immobilizasyon için fonksiyonel grup vardı PAEs arasında sağlanan çünkü rekabet tahlil uygulandı. Son olarak, biz bir elektrokimyasal aptasensor imalatı gösterdi ve bis(2-ethylhexyl) ftalat vericiyi ve seçici tespiti için kullanılan. Bu iletişim kuralı anlayışlar hidrofobik diğer küçük moleküller aptamer keşfi için sağlar.

Tasarlanmış ve amino grubu functionalized Dibutil ftalat (DBP-NH2) çapa hedef (şekil 1F) sentezlenmiş. Sonra DBP-NH2 çapa hedef olarak ve ardından klasik hedef immobilizasyon tabanlı yöntemi (Resim 2) kullanarak PAEs DNA aptamer seçimi gerçekleştirilir. Her turda bir pilot PCR PCR (şekil 3) döngüsü sayısı en iyi duruma getirmek için denatüre sayfası kullanılarak gerçekleştirildi...

Vitro seçimi ve gruba özgü maddedir asit ester-bağlama DNA aptamers karakterizasyonu için bir protokol sunulmuştur. Bir elektrokimyasal aptasensor içinde seçilen aptamer uygulanması da dahil edilir.

Maddedir asit Ester-bağlama DNA Aptamer seçimi, karakterizasyonu ve elektrokimyasal bir Aptasensor uygulamaya

Phthalic acid esters (PAEs) areone of the major groups of persistent organic pollutants. The group-specific detection of PAEs is highly desired due to the ...

Bu prosedürün genel amacı, yüksek derecede hidrofobik, küçük moleküllere gruba özgü DNA aptamerlerini seçmek ve seçilen aptameri hassas bir elektrokimyasal biyosensör geliştirmek için kullanmaktır. Bu yöntem, hedefler yüksek derecede hidrofobik moleküller olduğunda gruba özgü aptamerlerin nasıl seçileceği ve karakterize edileceği ile ilgili aptamer seçim alanındaki temel soruları yanıtlamaya yardımcı olabilir. Bu yöntemin en kullanışlı kısmı elektrokimyasal biyosensörlerin geliştirilmesi iken, başlıkların tespiti için de kullanılır.Bu biyosensörler, aptamer afinite ölçümlerimiz için de çalışmalıdır. Reaksiyona başlamak için, saflaştırılmış aptamer PCR ürününe 100 mikrolitre RNaz içermeyen su ekleyin. Çökelti eriyene kadar karışımı vorteksleyin.Lambda eksonükleaz reaksiyonu, tuz konsantrasyonuna duyarlıdır ve etanol çökeltme ile çoğaltılması gereken bir üründür, ancak başka bir izopropanoldür. Beş mikro santrifüj tüpünün her birine, beş mikrolitre aptamer solüsyonu, 11 mikrolitre Rnase içermeyen su ve iki mikrolitre 10x reaksiyon tamponu yerleştirin. Her birine bir tüpe iki mikrolitre Rnase içermeyen su ve iki, beş, sekiz ve 10 birim lambda eksonükleaz çözeltileri ekleyin.Nazik pipetleme ile iyice karıştırın. Tüpleri 37 santigrat derecede 35 dakika ve 80 santigrat derecede 15 dakika inkübe edin. Ardından tüpleri dört santigrat derecede tutun ve %12'lik bir doğal sayfa jeli hazırlayın.Her tüpe bir mikrolitre yükleme boyası ve dört mikrolitre Rnase içermeyen su ekleyin. Karışımları yerel sayfa jelinde 150 voltta 45 dakika çalıştırın. Tek sarmallı DNA'yı tamamen oluşturmak için gereken en düşük lambda eksonükleaz miktarını belirleyin.Tek sarmallı DNA oluşturmak için büyük ölçekli bir reaksiyon gerçekleştirin. Test edilecek her bir bağlanma hedefi için, dönerken oda sıcaklığında bir saat boyunca 500 mikrolitre bir mikromolar DBP-1 çözeltisi ile 10 mikrolitre ortalama işlevselleştirilmiş DBP kodlu manyetik boncukları inkübe edin. Sonra süpernatanı atın.Boncukları 200 mikrolitrelik PAE bağlama tamponu ile dört kez yıkayın ve boncukları 10 mikrolitre PAE bağlama tamponu içinde yeniden süspanse edin. PAE bağlama tamponunda 10 mikromolar bağlanma hedef test dispersiyonu elde edin. PAE bağlayıcı tamponda hidrofobik hedeflerin dağılması harika.Bunu sağlamak için, kütüphanenin zenginleştirilmesi söz konusu olup, afinite testleri altında seçilmiştir. Her hedef test çözeltisinin 10 mikrolitresine 1 mikrolitre DBP-110 kodlu boncuk ekleyin. Karışımları bir saat inkübe edin ve süpernatanları manyetik ayırma ile toplayın.Süpernatanları 100 kat seyreltin ve her kantitatif PCR için üç mikrolitre kullanın. Test numunesinin varlığında salınan DBP-1 sayısını, yalnızca PAE bağlama tamponunda salınan DBP-1 sayısına bölerek nispi afiniteleri hesaplayın. Ölçümleri gerçekleştirmeden önce, DBP-1 bazlı tiyollü çekirdek dizi probunu ve sinyal probunu sentezleyin ve saflaştırın.Tiyollü probu ve sinyal probunu ve nükleaz içermeyen suda 100 mikromolar çözelti olarak sulandırın. Daha sonra, iki milimetre çapında bir altın elektrotu, bir, 0.3 ve 0.5 mikron alümina tozu ve her biri beş dakika boyunca mikrofiber bir bezle ayna benzeri bir yüzeye parlatın. Her parlatmadan sonra elektrodu ultra saf suda beş dakika boyunca sonikasyon.Cilalı elektrodu 0.5 molar sülfürik asit çözeltisine daldırın. Elektrodu, saniyede 100 milivoltta cıva kalomel yerine eksi 0,4 ila pozitif 1,2 volt arasında 35 ardışık döngüsel voltametri taraması ile temizleyin. Daha sonra, ince duvarlı bir santrifüj tüpünde 0.5 mikromolar tiyollü prob DBP-1 karışımını hazırlayın.Ve 100 mikrolitre PBS'de 0.5 mikromolar FC modifiye DBP-1. Karışımı 10 dakika boyunca 95 santigrat dereceye ayarlanmış bir su banyosunda ısıtın. Daha sonra karışımın su banyosunda oda sıcaklığına soğumasını bekleyin.Soğutulmuş karışıma bir mikrolitre 10 milimolar TCEP stok çözeltisi ekleyin ve oda sıcaklığında bir saat bekletin. Daha sonra temiz altın elektrodu oda sıcaklığında 12 saat boyunca karışıma daldırın. Elektrodu PBS ile durulayın ve ardından elektrodu bir saat boyunca PBS'de bir milimolar tiyollü PEG çözeltisine daldırın.Elektrodu hedef serbest PAE bağlayıcı tampon ile iyice durulayın ve elektrodu tampona daldırın. Daha sonra, platin karşı elektrotun elektrolitik hücrelerini ve doymuş bir kalomel referans elektrotunu, her biri ultra saf suda iki dakika boyunca sonikat ve sırayla PAE bağlama tamponu. Voltametri enstrüman yazılımının kare dalgasını açın ve deney parametrelerini girin.Temiz bir elektrolitik hücreyi hedef serbest PAE bağlama tamponu ile doldurun. Üç temiz elektrodu bir potansiyostata bağlayın ve elektrotları tampona daldırın. Bir arka plan SWV taraması edinin.Daha sonra altın çalışma elektrodunu, oda sıcaklığında 30 dakika boyunca PAE bağlayıcı tamponda 10 pikamolar DEHP çözeltisine daldırın. Elektrodu PAE bağlayıcı tampon ile iyice durulayın. Her üç elektrodu da yeni PAE bağlama tamponuna daldırın ve daha önce olduğu gibi aynı parametreleri kullanarak başka bir SWV eğrisi toplayın.Bir titrasyon eğrisi elde etmek için bu işlemi artan DEHP konsantrasyonlarıyla tekrarlayın. Sadece tek iplikli DNA elde etmek için gerekli olan minimum lambda eksonükleaz miktarının, küçük ölçekli reaksiyonlara dayalı olarak iki birim olduğu bulundu. Aptamer adayı DBP-1, SELEX ile tanımlandı ve ardından yüksek verimli dizileme yapıldı.DBP-1, PAE türdeşlerine iyi grup özgüllüğü gösterdi. DBP-1 kullanan bir elektrokimyasal aptasensör, diğer yaygın çevresel kirleticilere göre DEHP'ye seçici olarak yanıt verdi. Aptasensör, 10 pikamolar kadar düşük konsantrasyonlarda yanıt ile DEHP'ye oldukça duyarlıydı.Tehlike hidrofobik küçük moleküller için aptamerlerin seçimi ve karakterizasyonu olan lazer partikülü. PAE gibi hidrofobik küçük moleküllerin aptamerlerinin karakterizasyonu ve buharlaşması, PAE'lerin son derece sınırlı suda çözünürlüğü ve düşük molekül ağırlığı nedeniyle genellikle oldukça zordur. Bu videoyu izledikten sonra, bir elektrokimyasal aptasensörün nasıl yapıldığını ve başlıkları algılamak için nasıl kullanılacağını iyi anlamış olmalısınız.

phthalic-acid-ester-binding-dna-aptamer-selection-characterization

Research

JoVE Journal

Chemistry

Kimya

SELEX protokolleri da rasgele kütüphane bölgeleri kuşatan sabit primer dizilerinden gerektiren bağlı ligandlar, yenilenme gerektiren her hangi seçimin birden fazla mermi, oluşmaktadır. Bu sabit astar dizileri seçim süreci (yanlış pozitif ve negatif) ile karışabilir. Burada bir astar ücretsiz protokol sunuyoruz.

Rastgele bir DNA Kütüphane Kullanımı Primer-Aptamer Seçimi

"E-DNA" sensörleri, reagentless, kan ve diğer karmaşık matrisler doğrudan meydan bile iyi bir performans elektrokimyasal biyosensörler, nükleik asit, protein ve küçük molekül analitler geniş bir algılama için adapte edilmiştir. Burada bu tür sensörlerin üretimi ve kullanımı için genel bir prosedür mevcut.

Nükleik Asitler, Proteinler ve Küçük Moleküller Reagentless Algılama Elektrokimyasal DNA Biyosensörler Fabrikasyon

Biz son zamanlarda basit bir bakteriyel tespiti için floresan assay "mix-ve-okuma" kurmak için uygulanabilir Flourogenik DNAzyme probları üretmek için yeni bir yaklaşım bildirdin. Bu özel DNA sondaları böylece floresans sinyali kuşağa bakteriyel algılama çevirme belirli bakteri tarafından üretilen ham hücre dışı karışımı (CEM) varlığında, bir kromofor-değiştirilmiş-DNA RNA kimerik substratın bölünme katalize. Bu yazıda, "RFD-EC1" ifade belirli bir DNAzyme prob modeli bakterinin tespiti için...

Flourogenik DNAzymes kullanarak Bakterilerin Tespiti

Ayarlanabilir sıkılık manyetik boncuk seçim yöntemine dayalı olarak küçük moleküllü hedefler için yapı anahtarlamalı aptamerleri seçmek için bir protokol sağlanır. Yapı değiştirme özelliklerine sahip olarak seçilen aptamerler, tarif edilen altın nanopartikül tahlili gibi bir hedefin varlığını işaret etmek için konformasyonel bir değişiklik gerektiren tahliller için faydalıdır.

Bir Kolorimetrik Altın Nanopartikül Testi Uygulanan Yapı-anahtarlama aptamers seçilmesi için bir yöntem

MicroScale Thermophoresis (MST), aptamer-hedef etkileşimlerini karakterize etmek için hassas bir teknolojidir. Bu el yazması, aptamer-küçük molekül etkileşimlerini karakterize etmek için bir MST protokolünü açıklamaktadır.

Mikro Termoforesis kullanarak ATP bir aptamer Bağlama Sitesi Haritalama

Vibrio parahaemolyticus algılamak için polylactic asit-sağlamlık, altın nano tanecikleri değiştirilme tarihi, Serigrafi karbon elektrot oluşan bir elektrokimyasal DNA biyoalgılayıcı geliştirilmesi için bir protokol sunulmuştur.

Gıda kaynaklı patojen tespit etmek için bir elektrokimyasal DNA biyoalgılayıcı gelişimi

Değiştirilmiş nükleaz aktivitesi farklı insan koşulları ile ilişkili olmuştur, bir biyomarker olarak potansiyelinin altında yatan. Bu makalede sunulan modüler ve kolay tarama metodolojisi, hastalığın biyobelirteci olarak nükleaz aktivitesinden yararlanmak için spesifik nükleik asit problarının seçilmesine olanak sağlar.

Nükleik Asit Probları Kullanılarak Nükleaz Aktivitesinin Kinetik Taraması

Bu protokol, numune hazırlama, çalışma standartları ve numuneler dahil olmak üzere bir DNA aptamer ve tetrasiklin arasındaki bağlanmanın ilişkisini ve ayrışma kinetiğini analiz etmek için İzotermal Titrasyon Kalorimetrisinin (ITC) kullanımını açıklamaktadır.

İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi Kullanılarak DNA Aptamer ve Tetrasiklinin Termodinamik ve Kinetik İlişkisinin Belirlenmesi

Antikanser aptamer gelişiminde gerekli bir adım, hedefe bağlanmasını test etmektir. Bu bağlanmayı incelemek için akış sitometrik tabanlı bir tahlil gösteriyoruz ve negatif bir kontrol aptamer ve bu belirli protein için pozitif veya negatif olan kanser hücrelerinin dahil edilmesinin önemini vurguluyoruz.

Bir Antikanser Aptamerinin Seçiciliğini ve Özgüllüğünü Değerlendirmek için Akış Sitometrisine Dayalı Hücre Yüzeyi Protein Bağlama Testi

Mevcut protokol, hedefleri tespit etmek için hızlı, 3 aşamalı, aptamer tabanlı üstel amplifikasyon testinin kullanımını göstermektedir. Numune hazırlama, sinyal amplifikasyonu ve renk gelişimi, kafein üzerinde teofilin varlığını tanımak için bu sistemi uygulamak için ele alınmıştır.

Aptamer tabanlı hedef tespiti, 3 aşamalı G-dörtlü izotermal üstel amplifikasyon reaksiyonu ile kolaylaştırılmıştır

Bu protokol, bir sinyal raportörü olarak floresan ışıklı aptamer DAP-10-42 kullanan bölünmüş hibridizasyon problarının tasarımını ve bunların nükleik asit tespiti ve tek nükleotid ikameleri ile hedefler arasında farklılaşma için uygulamalarını ana hatlarıyla belirtir.

Diziye Özgü Nükleik Asit Analizi için Sinyal Raportörü Olarak DNA Floresan Işıklı Aptamer Kullanan Bölünmüş Hibridizasyon Probu

Keşfedin hidrofobik küçük moleküllere özgü DNA aptamer seçimi ve karakterizasyonu yöntemlerini. Bu protokol, hassas elektrokimyasal aptasensör geliştirmek için kullanılan SELEX ve biyosensör uygulamalarını kapsar.

Maddedir asit Ester-bağlama DNA Aptamer seçimi, karakterizasyonu ve elektrokimyasal bir Aptasensor uygulamaya

Daha fazla video keşfet