Name: Şekil Morfometrik Analizleri: Zebrafishte Kraniofasiyal Şekil Nicelesi için Analiz Yazılımı Araç Kutusu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 3 s
Description: Öğrenin, zebrafish larvalarında etanol ve bmp7a etkileşimlerinin neden olduğu kraniofasiyal şekil değişikliklerini morfometrik yazılım araçlarıyla nicelendirmeyi. Bu yöntem, gelişimsel biyoloji ve toksikoloji araştırmalarında hassas fenotipik varyasyonları tespit etmeye yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>May, P. A., Baete, A., Russo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prevalence+and+characteristics+of+fetal+alcohol+spectrum+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Pediatrics%22%5BJournal%5D)">Prevalence and characteristics of fetal alcohol spectrum disorders.</a> Pediatrics. 134 (5), 855-866 (2014).</li>
<li>May, P. A., Gossage, J. P., Kalberg, W. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prevalence+and+epidemiologic+characteristics+of+FASD+from+various+research+methods+with+an+emphasis+on+recent+in-school+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Disabil+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Prevalence and epidemiologic characteristics of FASD from various research methods with an emphasis on recent in-school studies.</a> Dev Disabil Res Rev. 15 (3), 176-192 (2009).</li>
<li>Klingenberg, C. P., Wetherill, L., Rogers, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prenatal+alcohol+exposure+alters+the+patterns+of+facial+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol%22%5BJournal%5D)">Prenatal alcohol exposure alters the patterns of facial asymmetry.</a> Alcohol. 44 (7-8), 649-657 (2010).</li>
<li>Smeriglio, P., Zalc, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cranial+neural+crest+cells+contribution+to+craniofacial+bone+development+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Osteoporos+Rep%22%5BJournal%5D)">Cranial neural crest cells contribution to craniofacial bone development and regeneration.</a> Curr Osteoporos Rep. 21 (5), 624-631 (2023).</li>
<li>Smith, S. M., Garic, A., Flentke, G. R., Berres, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neural+crest+development+in+fetal+alcohol+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Birth+Defects+Res+C+Embryo+Today%22%5BJournal%5D)">Neural crest development in fetal alcohol syndrome.</a> Birth Defects Res C Embryo Today. 102 (3), 210-220 (2014).</li>
<li>Vo, H. D. L., Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ethanol+induces+craniofacial+defects+in+Bmp+mutants+independent+of+nkx2.3+by+elevating+cranial+neural+crest+cell+apoptosis%5BTitle%5D)+AND+%22Biomedicines%22%5BJournal%5D)">Ethanol induces craniofacial defects in Bmp mutants independent of nkx2.3 by elevating cranial neural crest cell apoptosis.</a> Biomedicines. 13 (3), (2025).</li>
<li>Brooks, E. R., Islam, M. T., Anderson, K. V., Zallen, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sonic+hedgehog+signaling+directs+patterned+cell+remodeling+during+cranial+neural+tube+closure%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Sonic hedgehog signaling directs patterned cell remodeling during cranial neural tube closure.</a> Elife. 9, e60234(2020).</li>
<li>Eberhart, J. K., Parnell, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetics+of+fetal+alcohol+spectrum+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+Clin+Exp+Res%22%5BJournal%5D)">The genetics of fetal alcohol spectrum disorders.</a> Alcohol Clin Exp Res. 40 (6), 1154-1165 (2016).</li>
<li>Fish, E. W., Murdaugh, L. B., Sulik, K. K., Williams, K. P., Parnell, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+vulnerabilities+to+prenatal+alcohol+exposure%3A+Limb+defects+in+sonic+hedgehog+and+GLI2+heterozygous+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Birth+Defects+Res%22%5BJournal%5D)">Genetic vulnerabilities to prenatal alcohol exposure: Limb defects in sonic hedgehog and GLI2 heterozygous mice.</a> Birth Defects Res. 109 (11), 860-865 (2017).</li>
<li>Klem, J. R., Schwantes-An, T. H., Abreu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+the+bone+morphogenetic+protein+signaling+pathway+sensitize+zebrafish+and+humans+to+ethanol-induced+jaw+malformations%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">Mutations in the bone morphogenetic protein signaling pathway sensitize zebrafish and humans to ethanol-induced jaw malformations.</a> Dis Model Mech. 18 (4), dmm052223(2025).</li>
<li>Swartz, M. E., Lovely, C. B., McCarthy, N., Kuka, T., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+ethanol-sensitive+mutants+identified+in+an+F3+forward+genetic+screen%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+Clin+Exp+Res%22%5BJournal%5D)">Novel ethanol-sensitive mutants identified in an F3 forward genetic screen.</a> Alcohol Clin Exp Res. 44 (1), 56-65 (2020).</li>
<li>Swartz, M. E., Wells, M. B., Griffin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+screen+of+zebrafish+mutants+identifies+ethanol-sensitive+genetic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+Clin+Exp+Res%22%5BJournal%5D)">A screen of zebrafish mutants identifies ethanol-sensitive genetic loci.</a> Alcohol Clin Exp Res. 38 (3), 694-703 (2014).</li>
<li>Fernandes, Y., Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+models+of+fetal+alcohol+spectrum+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Genesis%22%5BJournal%5D)">Zebrafish models of fetal alcohol spectrum disorders.</a> Genesis. 59 (11), e23460(2021).</li>
<li>Howe, K., Clark, M. D., Torroja, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).</li>
<li>Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Animal+models+of+gene-alcohol+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Birth+Defects+Res%22%5BJournal%5D)">Animal models of gene-alcohol interactions.</a> Birth Defects Res. 112 (4), 367-379 (2020).</li>
<li>Lovely, C. B., Fernandes, Y., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fishing+for+fetal+alcohol+spectrum+disorders%3A+Zebrafish+as+a+model+for+ethanol+teratogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Zebrafish%22%5BJournal%5D)">Fishing for fetal alcohol spectrum disorders: Zebrafish as a model for ethanol teratogenesis.</a> Zebrafish. 13 (5), 391-398 (2016).</li>
<li>Marrs, J. A., Sarmah, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genius+of+the+zebrafish+model%3A+Insights+on+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Biomedicines%22%5BJournal%5D)">The genius of the zebrafish model: Insights on development and disease.</a> Biomedicines. 9 (5), 577(2021).</li>
<li>Gray, R., Lloyd, A., Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interactions+between+the+bone+morphogenetic+protein+and+the+planar+cell+polarity+pathways+lead+to+distinctive+ethanol-induced+facial+defects%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol+Clin+Exp+Res+%28Hoboken%29%22%5BJournal%5D)">Interactions between the bone morphogenetic protein and the planar cell polarity pathways lead to distinctive ethanol-induced facial defects.</a> Alcohol Clin Exp Res (Hoboken). 49 (11), 2502-2519 (2025).</li>
<li>Mutsvangwa, T., Douglas, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphometric+analysis+of+facial+landmark+data+to+characterize+the+facial+phenotype+associated+with+fetal+alcohol+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Anat%22%5BJournal%5D)">Morphometric analysis of facial landmark data to characterize the facial phenotype associated with fetal alcohol syndrome.</a> J Anat. 210 (2), 209-220 (2007).</li>
<li>Klingenberg, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MorphoJ%3A+An+integrated+software+package+for+geometric+morphometrics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">MorphoJ: An integrated software package for geometric morphometrics.</a> Mol Ecol Resour. 11 (2), 353-357 (2011).</li>
<li>Rohlf, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Tps+series+of+software%5BTitle%5D)+AND+%22Hystrix%22%5BJournal%5D)">The Tps series of software.</a> Hystrix. 26, 1-4 (2015).</li>
<li>Hammer, O., Harper, D., Ryan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PAST%3A+Paleontological+statistics+software+package+for+education+and+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Palaeontol+Electron%22%5BJournal%5D)">PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis.</a> Palaeontol Electron. 4, 1-9 (2001).</li>
<li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWesterfield%2C+M+%22The+Zebrafish+Book.+A+Guide+for+the+Laboratory+Use+of+Zebrafish+%28Danio+rerio%29%22">The Zebrafish Book. A Guide for the Laboratory Use of Zebrafish (Danio rerio)</a>. , 5th edition, University of Oregon Press. Eugene. (2007).</li>
<li>Dick, A., Hild, M., Bauer, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Essential+role+of+Bmp7+%28snailhouse%29+and+its+prodomain+in+dorsoventral+patterning+of+the+zebrafish+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Essential role of Bmp7 (snailhouse) and its prodomain in dorsoventral patterning of the zebrafish embryo.</a> Development. 127 (2), 343-354 (2000).</li>
<li>Aharon, D., Marlow, F. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sexual+determination+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Sexual determination in zebrafish.</a> Cell Mol Life Sci. 79 (1), 8(2021).</li>
<li>Walker, M. B., Kimmel, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+two-color+acid-free+cartilage+and+bone+stain+for+zebrafish+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22Biotech+Histochem%22%5BJournal%5D)">A two-color acid-free cartilage and bone stain for zebrafish larvae.</a> Biotech Histochem. 82 (1), 23-28 (2007).</li>
<li>McGurk, P. D., Lovely, C. B., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+craniofacial+morphogenesis+in+zebrafish+using+4D+confocal+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Analyzing craniofacial morphogenesis in zebrafish using 4D confocal microscopy.</a> J Vis Exp. (83), e51190(2014).</li>
<li>Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+ethanol+levels+in+zebrafish+embryos+using+head+space+gas+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Quantification of ethanol levels in zebrafish embryos using head space gas chromatography.</a> J Vis Exp. (156), e60766(2020).</li>
<li>Klem, J. R., Gray, R., Lovely, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+zebrafish+Tol2+system%3A+A+modular+and+flexible+gateway-based+transgenesis+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">The zebrafish Tol2 system: A modular and flexible gateway-based transgenesis approach.</a> J Vis Exp. (189), e64679(2022).</li>
<li>Suttie, M., Foroud, T., Wetherill, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Facial+dysmorphism+across+the+fetal+alcohol+spectrum%5BTitle%5D)+AND+%22Pediatrics%22%5BJournal%5D)">Facial dysmorphism across the fetal alcohol spectrum.</a> Pediatrics. 131 (3), e779-e788 (2013).</li>
<li>Lovely, C. B., Swartz, M. E., McCarthy, N., Norrie, J. L., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bmp+signaling+mediates+endoderm+pouch+morphogenesis+by+regulating+Fgf+signaling+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Bmp signaling mediates endoderm pouch morphogenesis by regulating Fgf signaling in zebrafish.</a> Development. 143 (11), 2000-2011 (2016).</li>
<li>Sheehan-Rooney, K., Swartz, M. E., Lovely, C. B., Dixon, M. J., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bmp+and+Shh+signaling+mediate+the+expression+of+satb2+in+the+pharyngeal+arches%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bmp and Shh signaling mediate the expression of satb2 in the pharyngeal arches.</a> PLoS One. 8 (3), e59533(2013).</li>
<li>Dong, X. R., Wan, S. M., Zhou, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+differentiation+of+BMP7+genes+in+zebrafish%3A+bmp7a+for+dorsal-ventral+pattern+and+bmp7b+for+melanin+synthesis+and+eye+development%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Functional differentiation of BMP7 genes in zebrafish: bmp7a for dorsal-ventral pattern and bmp7b for melanin synthesis and eye development.</a> Front Cell Dev Biol. 10, 838721(2022).</li>
<li>McCarthy, N., Wetherill, L., Lovely, C. B., Swartz, M. E., Foroud, T. M., Eberhart, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pdgfra+protects+against+ethanol-induced+craniofacial+defects+in+a+zebrafish+model+of+FASD%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Pdgfra protects against ethanol-induced craniofacial defects in a zebrafish model of FASD.</a> Development. 140 (15), 3254-3265 (2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>tpsUtil, tpsDig2, MorphoJ</td><td><a href="https://sbmorphometrics.org/">https://sbmorphometrics.org</a></td><td></td><td>Ücretsiz Yazılım - indirme için yönetici izinleri gerekebilir</td></tr><tr><td>GEÇMIŞ</td><td><a href="https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/">https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/</a></td><td></td><td>Ücretsiz Yazılım - indirme için yönetici izinleri gerekebilir</td></tr><tr><td>Bileşik Parlak Alan Mikroskobu</td><td>Olympus</td><td>BX53</td><td></td></tr></tbody></table>

Şekil morfometrik analizleri: zebrafish'te kraniofasiyal Şekil nicelesi için analiz yazılımı araç kutusu

Morphometric Analyses of Shape: The Analysis Software Toolbox for Craniofacial Shape Quantification in Zebrafish

Şekil Morfometrik Analizleri: Zebrafish'te Kraniofasiyal Şekil Nicelesi için Analiz Yazılımı Araç Kutusu

Fetal alcohol spectrum disorders (FASD) are characterized by a varying set of physical, cognitive, and behavioral disabilities caused by prenatal ethanol ...

morphometric-analyses-shape-analysis-software-toolbox-for

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Gelişim Biyolojisi

Biz tek hücrelerin üç boyutlu konfokal floresans alınan tanımsız bir şekil morfolojisi değişiklikleri ölçmek için Imaris Nörobilim, ImarisXT ve MATLAB kullanan bir yazılım platformu geliştirdi. Bu yeni yaklaşım, reseptör aktivasyonunu takiben hücre şekli değişiklikleri ölçmek için kullanılır ve bu nedenle ilaç keşfi için olası ek bir araç temsil edilebilir.

Üç boyutlu Floresans Images Hücresel Morfoloji Değişiklikleri rakamlarla Analitik Aracı

Deneysel verilerin görselleştirilmesi bilimsel topluluk sonuçların sunulması önemli bir unsur haline gelmiştir. Büyüyen embriyoların canlı time-lapse kayıt Üretimi karmaşık bir gelişimsel süreçlerinin daha iyi tanıtımı ve anlaşılmasına katkıda bulunmaktadır. Bu protokol Zebrafish kaede protein Fotoçevrim yoluyla hücre etiketleme için bir adım-adım bir kılavuzdur.

Sox10 içinde Kraniyofasiyal Kalkınma Görselleştirme: kaede Transgenik Zebra balığı Hattı Time-lapse konfokal mikroskopi kullanılarak

Zaman atlamalı konfokal görüntüleme embriyo gelişimini karakterize etmek için yararlı olan bir güçlü bir tekniktir. Burada, yöntemini açıklar ve iskeletsel vahşi tür morfolojilerinden yanı sıra, PDGFRA, smad5 ve smo mutant embriyolar karakterize eder.

4D konfokal mikroskopi kullanılarak Zebra balığı Kranyofasiyel morfogenez Analizi

Xenopus laevis embriyoların hastanın ağız boyutunu ve şeklini ölçmek için bir yöntem geliştirilmiştir. Bu protokol, geleneksel boyutu ölçümleri, hastanın ağız geliştirme ve kusur daha sofistike analizlerine olanak sağlamak için geometrik morfometrik ile birleştirilir.

Orofasial fenotipleri Niceleme Xenopus

Sonlu Elemanlar Analizi, yapıların yük altındaki mekanik performansını araştırmak için sıkça kullanılan bir araçtır. Burada, zebra balığı çenesinin biyomekaniğini modellemek için kullanımını uyguluyoruz.

Zebra balığı Çeneli Biyomekanik Araştırma Sonlu Elemanlar Modelleri Bina

Birçok biyolojik yapılar zor, modern morfometrik yöntemleri uygulamak için yapım, kolayca tanımlanabilir yerlerinden yoksundur. İşte biz boyutunu ölçmek ve varyasyonu şekillendirmek için kullanılan yarı işaretlerini belirlemek için hesaplama yöntemleri takip diseksiyon ve MikroBT'lerin tarama dahil fare baculum (penis bir kemik), çalışma yöntemleri göstermektedir.

Baculum diseksiyonu, mikroBT Tarama ve Morfometrik Analizleri

Açık yazılım kullanarak görüntü bölümlemesi ve otomatik bir modelleme paketi kullanarak daha fazla grup-bilge şekil analizi de dahil olmak üzere beyin yapıları üzerinde şekil analizi için yarı otomatik bir protokol sıyoruz. Burada, beyin MR görüntülerinden hipokampal segmentasyon ile 3D şekil analizi protokolünün her adımını gösteriyoruz.

Beyin Yapılarının Üç Boyutlu Şekil Modellemesi ve Analizi

Burada, biz normal gelişimsel süreçleri bozmadan zebra balığı embriyo boyutunu azaltmak için bir yöntem açıklanmaktadır. Bu teknik, boyut değişikliklere karşı desen ölçekleme ve gelişimsel sağlamlık etüdünü sağlar.

Embriyonik desen ölçekleme çalışma için zebrafish cerrahi boyutu azaltma

Burada, farelerde kraniyomaksillofasiyal kemik gelişiminin mevcut yöntemlerle mümkün olandan daha iyi değerlendirilmesi için farelerde kraniyomaksillofasiyal kemiklerin 3D modellerini segmentlere ayırmak ve ölçmek için mikrobilgisayarlı tomografiye dayanan bir yöntemi derinlemesine açıklıyoruz.

Üç Boyutlu Mikrobilgisayarlı Tomografi Kullanılarak Farelerde Kraniyomaksillofasiyal Malformasyonların Analizi

Burada açıklanan protokol, 5 günlük bir zebra balığı larvasında kraniyofasiyal kıkırdakların boyanması ve diseksiyonu için basit ve takip etmesi kolay bir prosedür sunmaktadır. Çeşitli gelişim koşulları altında bu yapıların anatomisini, şeklini ve boyutunu incelemek için kullanılabilir.

Zebra Balığı Kraniyofasiyal Dokularının Alcian Mavisi ile Boyanması Üzerine Diseksiyonu

Öğrenin, zebrafish larvalarında etanol ve bmp7a etkileşimlerinin neden olduğu kraniofasiyal şekil değişikliklerini morfometrik yazılım araçlarıyla nicelendirmeyi. Bu yöntem, gelişimsel biyoloji ve toksikoloji araştırmalarında hassas fenotipik varyasyonları tespit etmeye yardımcı olur.

Şekil Morfometrik Analizleri: Zebrafish'te Kraniofasiyal Şekil Nicelesi için Analiz Yazılımı Araç Kutusu

Daha fazla video keşfet