/

/

In Vivo RNA: RNA Interactions Using the SCRAP Bioinformatics Pipeline

/

ذروة الاتصال والتعليق التوضيحي في SCRAP للحمض النووي الريبي الصغير غير المشفر: دراسات تفاعل الحمض النووي الريبي المستهدف

JoVE Journal
Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biology

Peak Calling and Annotation in SCRAP for Small Noncoding RNA: Target RNA Interaction Studies

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

ذروة الاتصال والتعليق التوضيحي في SCRAP للحمض النووي الريبي الصغير غير المشفر: دراسات تفاعل الحمض النووي الريبي المستهدف

In Vivo RNA: RNA Interactions Using the SCRAP Bioinformatics Pipeline

DOI:

10.3791/200890-v

•

02:13 min

•

December 01, 2023

•

Sreenivas Eadara, Xinbei Li, Emily A. Eiss, Mollie K. Meffert²

¹Department of Biological Chemistry,Johns Hopkins University School of Medicine, ²Solomon H. Snyder Department of Neuroscience,Johns Hopkins University School of Medicine

Tags

Peak_calling_directory=/path/to/sample/folders Adapter_file=/path/to/adapter.fasta Min_reads=10 Min_samples=2 Require_same_family=True Reference_dir=/path/to/reference/directory Mirbase_abbr=hsa Genome_abbr=hg38 Peak_file=/path/to/resulting/peaks.bed Bam_file=/path/to/merged.bam Sorted_bam=/path/to/sorted.bam Indexed_bam=/path/to/sorted.bam.bai

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

برنامج تعليمي للتحليل الحسابي للحمض النووي الريبي الصغير غير المشفر الوهمي: مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبي المستهدفة

تركيب وتشغيل SCRAP لتحليل تفاعل RNA-mRNA الصغير غير المشفر

ذروة الاتصال والتعليق التوضيحي في SCRAP للحمض النووي الريبي الصغير غير المشفر: دراسات تفاعل الحمض النووي الريبي المستهدف

Read Article