Denne protokollen beskriver en enkelt gjennomstrømning for utfyllende analytisk og omics teknikker i fullt sammen karakteristikk av naturlig organisk materiale og mikrobiell Proteomikk i forskjellige økosystemer. Denne tilnærmingen gir robust sammenligninger for å identifisere metabolske veier og transformasjoner viktig for beskriver drivhus gassproduksjon og forutsi svar til miljøproblemene.