Denne protokol beskriver et enkelt gennemløb for supplerende analytiske og omik teknikker kulminerede i en fuldt parret karakterisering af naturligt organisk materiale og mikrobielle proteomics i forskellige økosystemer. Denne fremgangsmåde tillader robust sammenligninger til identifikation af metaboliske reaktionsveje og transformationer vigtigt til at beskrive greenhouse gasproduktion og forudsige svar til miljøændringer.