Det här protokollet beskriver en enda genomströmning för kompletterande analytiska och omics tekniker som kulminerade i en fullt inkopplade karakterisering av naturligt organiskt material och mikrobiell proteomik i olika ekosystem. Denna metod tillåter robust jämförelser för att identifiera metaboliska vägar och transformationer som är viktiga för att beskriva växthus gasproduktion och förutsäga Svaren till miljöförändringar.