Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 MicroARN-194 Es Un Objetivo Del Factor De Transcripción 1 (Tcf1, HNF1α) En Adultos Expresión De Hígado Y Controles De Crispado-6 Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 Sarcoma De Kaposi Herpesvirus MicroRNAs Objetivo Caspasa 3 Y Regula La Apoptosis PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5, Una Poly(A) Noncanonical Polimerasa Con Un Motivo De Unión De ARN Inusual RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 MicroRNAs 103 Y 107 Regulan La Sensibilidad a La Insulina Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 Un Análisis Cuantitativo De Los Métodos CLIP Para Identificar Sitios De Unión De Proteínas De Unión De ARN Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 Conservado Generación De Productos Cortos En PiRNA Lugares Geométricos BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ: Una Base De Datos Y Análisis De Entorno Por Sitios De Unión Determinado Experimentalmente De Proteínas De Unión De ARN Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 Análisis De Los Objetivos Del Pre-mRNA in Situ Del Factor Humano De Empalme SF1 Revelan Una Función En El Splicing Alternativo Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 Descifrar El Papel De Las Proteínas De Unión De ARN En El Control Postranscripcional De La Expresión Génica Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 Proteómica De Expresión De La Caída De UPF1 En Células HeLa Revela La Autoreglamentación De HnRNP A2/B1 Mediada Por Resultando Empalme Alternativo En Decaimiento Absurdo-mediado Del MRNA BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 Transcriptoma En Toda La Identificación De La Proteína De Unión Al ARN Y Los Sitios De Destino MicroARN Por PAR-CLIP Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 Se Suprime La Actividad De MicroRNA En Ovocitos De Ratón Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 El SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) Se Transforma En Pequeños RNAs Y Regula Splicing Alternativo Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 Contribución Relativa De Características De La Secuencia Y Estructura a La Unión Del MRNA De Argonaute/EIF2C-miRNA Complejos Y La Degradación De MiRNA Objetivos Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 Expresión Y Procesamiento De Un ARN Nucleolar Pequeño Desde El Genoma Del Virus Epstein - Barr PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 MirZ: Integrado MicroRNA Expresión Atlas Y Destino Predicción Recurso Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 La Red Transcripcional Que Controla La Detención Del Crecimiento Y La Diferenciación En Una Línea De Células De Leucemia Mieloide Humana Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 MiR-375 Mantiene La Masa De Células Alfa Y Beta Pancreática Normal Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 MIRNA Hibridación in Situ En Formaldehído Y Los Tejidos Fijados Con EDC Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 Caracterización Molecular De Los Humanos Ribonucleoprotein Complejos Argonaute Que Contienen Y Sus MRNAs Diana Enlazados RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 Análisis Comparativo De Objetivos De MRNA De Proteínas Humanas De PUF-familia Sugieren Amplia Interacción Con El Sistema Regulador De MiRNA PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 Elevada Expresión De La Polycistron MiR-17-92 Y El MIR De 21 En El Carcinoma Hepatocelular Hepadnavirus Asociada Contribuye Al Fenotipo Maligno The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 Los MicroRNA Controlan De Novo Metilación Del ADN a Través De La Regulación De Represores Transcripcionales En Células Madre Embrionarias De Ratón Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 Análisis Computacional De CDNAs Completos Revelan Frecuente Acoplamiento Entre Programas Transcripcionales Y Empalmes DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 Análisis Computacional De ARN Pequeño Clonación De Datos Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 Capítulo Específico De 5'-O-metilación De SiRNA Duplexes Controles Guía De Selección De Strand Y Especificidad Orientación RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 Regulación De La Sintasa ácido Delta-aminolevulínico De Hígado Humano Por Los ácidos Biliares Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 Cofactores Celulares Que Afectan a Virus De La Hepatitis C Y La Replicación Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 Un MicroARN Mamíferos Atlas De Expresión Basado En Pequeños RNA Secuencia Biblioteca Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 Tipo 2 (MDV-2) Del Virus De La Enfermedad De Marek-codificados MicroRNAs No Mostrar Conservación De La Secuencia Con Los Codificados Por MDV-1 Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 Inferencia De Destinos De MiRNA Mediante Análisis Evolutivo De La Conservación Y El Camino BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 Tecnologías Cuantitativa Establezca Un Perfil De MicroARN Novela De La Leucemia Linfocítica Crónica Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 Efectos De Dicer Y Argonaute Abajo-regulación En Los Niveles De MRNA En Células HEK293 Humanas Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 Una Nueva Clase De Pequeños ARNs Enlazar a La Proteína En Ratones De MILI Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 Los Tipos Y Prevalencia De Alternativa Empalme Formas Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 Un Modelo Físico Simple Predice Variaciones De Longitud Pequeña Exón PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 SPA: Un Algoritmo Probabilista Para Alineación Empalmado PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 Virus-codificado MicroRNAs: Nuevos Reguladores De La Expresión Génica Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 Firmas De Célula-tipo-específicas De MicroRNAs En La Expresión Del MRNA De Destino Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 Identificación De MicroRNAs En Cluster Utilizando Un Método De Predicción Ab Initio BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 Los Perfiles De MiARN Del Desarrollo Del Pez Cebra Como Se Determina Por Small Clonación De ARN Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 Identificación De Los MicroARNs De La Familia De Los Herpesvirus Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 Análisis De Virus De Inmunodeficiencia Humana Cytopathicity Utilizando Un Nuevo Método Para La Cuantificación De La Dinámica Viral En Cultivo Celular Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 Identificación De Virus Codificados MicroARNs Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 SMASHing Sitios Regulatorios En ADN Por Comparaciones De La Secuencia De Humanos Del Ratón Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 El Pequeño Perfil ARN Durante El Desarrollo De Drosophila Melanogaster Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 Las Tasas De Los MRNAs Humana Del Decaimiento: Correlación Con Las Características Funcionales Y Atributos De La Secuencia Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 Caracterización Sistemática De Las Proteínas Que Contienen Cinc-dedo En El Transcriptoma De Ratón Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 Impacto De Iniciación Alternativa, Empalme Y Terminación En La Diversidad De Las Transcripciones De MRNA Codificado Por El Transcriptoma De Ratón Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 Empalme Variación En Ratón Integral CDNAs Identificados Por El Mapeo Del Genoma Del Ratón Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 Agrupamiento Probabilística De Secuencias: Inferir Nuevo Regulons Bacteriana Por Genómica Comparativa Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 Extremo 3' secuencia biblioteca elaboración con Sec2 A Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology PAR-Clip - un método para identificar transcriptoma en todo los sitios de unión de las proteínas de unión a ARN Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology
Extremo 3' secuencia biblioteca elaboración con Sec2 A Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology
PAR-Clip - un método para identificar transcriptoma en todo los sitios de unión de las proteínas de unión a ARN Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology