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代谢组学是识别和量化细胞内存在的代谢物的研究。为了制备样品，首先将乳腺癌细胞与生长培养基一起接种在两个标记为测试和对照的板中。在 37 摄氏度下孵育 3 天。现在，取出培养基，在测试板中加入含有雌二醇的新鲜培养基，在对照板中加入普通培养基。
雌二醇与乳腺癌细胞中的雌激素受体 α 结合以诱导某些表达，从而导致代谢物组成发生变化。将板孵育所需的持续时间。用冰冷的磷酸盐缓冲盐水或 PBS 替换培养基以洗涤细胞，然后加入冰冷的丙酮。冰冷的试剂可阻止蛋白酶的作用，从而防止蛋白质降解。
现在使用刮刀将细胞从板上分离，并在移液管的帮助下将它们转移到试管中。取 20 微升这种细胞悬液到血细胞计数器上，计数细胞数。将样品储存在零下 80 摄氏度，直到用于进一步分析。在以下方案中，我们从 MCF-7 细胞中制备样品，用于气相色谱和质谱分析。
使用根据文本方案培养的 MCF-7 细胞，向板中加入 5 毫升冰冷的 1x PBS。然后在取出 PBS 之前将板倾斜数次。最后一次洗涤后，再重复两次，去除尽可能多的 PBS。向每个板中加入 750 μL 预冷的丙酮并刮擦细胞，然后将两个板中的细胞合并到冰上的 2 mL 管中。
为了计数细胞进行标准化，对于每次处理，使用两个额外的板进行细胞定量。然后，要从板中分离细胞，加入 2 ml HE 缓冲液并孵育 5 分钟。通过移液 HE 缓冲液彻底混合细胞。
然后在血细胞计数器中使用 20 微升细胞溶液在显微镜下计数细胞数量。在使用气相色谱质谱分析鉴定和定量代谢物之前，将样品储存在负 80 摄氏度。根据文本协议进行整合分析。
