October 28th, 2011
一个简单的程序执行自定义的microRNA微阵列实验描述。这些步骤包括隔离RNA,标签的RNA和参照DNA样本,杂交到芯片,芯片扫描,量化和分析杂交信号。
该程序的总体目标是进行 micro RNA 微阵列实验。这是通过首先获取包含微 RNA 探针库的打印微阵列载玻片并制备具有适当质量和数量的 RNA 样品来实现的。接下来,用荧光染料标记 RNA 和 A 对照 DNA 样品。
然后将标记的核酸加入微阵列玻片中进行杂交。最后,洗涤和扫描微阵列载玻片并再生载玻片。最终,通过分析单个 micro RNA 探针的杂交强度,可以获得显示 microRNA 全基因组表达的结果。
这种方法可以帮助回答基因表达领域的关键问题,例如正常的生理条件或病理条件差异如何影响全球范围内的表达微观需求。微阵列芯片制造的质量是微阵列实验成功的最关键因素之一。使用保留小 RNA 的方法分离 RNA 并以等于或大于 2 毫克/毫升的浓度悬浮 RNA 后,首先将约 25 微克总 RNA 与 0.5 微克五重 P-C-U-D-Y 5 7 7 3 引物混合在一个补充有 T 四 RNA 连接酶 1D TT 的 X HEPs 缓冲液中,以 20 微升反应体积标记 RNA, 和一个 TP。如果可用的 RNA 较少,请缩小 RNA 和反应的量。
如果 RNA 非常稀,则添加酵母、TRNA 等载体以帮助沉淀,在冰箱内将反应物在冰上孵育 2 至 24 小时。接下来,加入乙酸钠至 0.3 摩尔,然后加入 3 体积的乙醇,并在负 20 摄氏度下沉淀 RNA 过夜。首次使用玻片时,请在 37 摄氏度下将玻片预杂交在三种 XSSC、0.1% SDS 和 0.2% BSA 的过滤溶液中 30 至 60 分钟。
接下来,将载玻片浸入水中几次。然后在异丙醇中,使用带有载玻片适配器的离心机在 22 摄氏度下以 100 倍 G 的速度干燥载玻片 5 分钟。用水冲洗提升条。
然后在乙醇中干燥,然后在空气中干燥,将载玻片放入微阵列杂交室底座内,并在载玻片顶部放置升降片,使升降片覆盖探针区域及其白色条带。在黑暗中接触载玻片,旋转沉淀的标记 RNA,用 70% 乙醇洗涤一次,然后风干沉淀。颗粒的颜色应该是微红色的。
每个 RNA 样品使用 15 到 100 体积的纯化标记参比 DNA 制备杂交溶液用约 60 微升杂交溶液完全溶解 RNA 沉淀,以确保杂交溶液不会变干。在孵育过程中,向每个加湿井中加入 20 微升水。在微阵列杂交室底座中。
将标记的 RNA 和参比 DNA 的混合物添加到载玻片中。使用细移液器吸头,轻轻触摸升降滑片的边缘并吸取。让溶液进入升降滑和滑移之间的空间。
将杂交室盖在底座上。然后用金属夹密封腔室。将整个腔室放入腔室盒随附的塑料袋中。
最后,将腔室盒放入装有湿纸巾的容器中。然后用保鲜膜盖住容器,并将其放入 37 摄氏度潮湿的细胞培养箱中约 24 小时。为了在杂交后处理载玻片,将腔室盒一个一个地拆卸,将载玻片浸入其中,并在 22 摄氏度下将其升降滑移放入两个 XSSC 中。
升降片会自然地从载玻片上脱落,在 0.8 XSSC 中洗涤载玻片两次,然后在 0.4 XSSC 中洗涤三次,总共 1 到 2 分钟。使用带有载玻片适配器的离心机干燥载玻片。接下来,用微阵列扫描仪扫描载玻片,并使用 blue fuse 等程序量化图像文件中的强度。
检查单个斑点以排除通常由孔载玻片打印或载玻片处理引起的异常斑点杂交后。对于数据分析和演示,请使用 gene springing 和 excel 等程序来重复使用微阵列。用水冲洗玻片,然后将其浸入预热的 1 毫摩尔 NAOH 和 0.1 XSSC 的染色皿中,在 62 摄氏度下浸泡 10 至 20 分钟。
再次重复孵育。在水中洗涤玻片数次,最多 60 分钟,并在 22 摄氏度下轻轻摇晃。使用离心机干燥载玻片并储存 22 摄氏度。
载玻片无需预杂交即可使用。该图显示了微阵列的扫描图像,显示了非常精确和强的杂交信号。红点是来自 DY 5 47 标记的 RNA 样品的参考 DNA 绿点杂交的结果,黄点是 DNA 和 RNA 与相同探针杂交的结果。
微阵列杂交技术重复之间的 Pearson 相关系数约为 0.99,表明具有出色的重现性。观看此视频后,您应该对如何进行自定义微射线实验有很好的了解,该实验不仅用于定量微细酶,还用于定量其他类型的核酸,例如 mRNA。
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本文描述了进行定制microRNA微阵列实验的程序。该过程包括RNA分离、标记RNA以及参考DNA、样品与微阵列杂交以及分析所得杂交信号。