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Computergestützte Vorhersage der Aminosäurepräferenzen potenziell multispezifischer Peptidbindung...
Computergestützte Vorhersage der Aminosäurepräferenzen potenziell multispezifischer Peptidbindung...
JoVE Journal
Biochemistry
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JoVE Journal Biochemistry
Computational Prediction of Amino Acid Preferences of Potentially Multispecific Peptide-Binding Domains Involved in Protein-Protein Interactions

Computergestützte Vorhersage der Aminosäurepräferenzen potenziell multispezifischer Peptidbindungsdomänen, die an Protein-Protein-Wechselwirkungen beteiligt sind

Full Text
2,623 Views
06:50 min
January 26, 2024

DOI: 10.3791/66314-v

Héctor Cruz1,2, Alejandro Llanes2,3, Patricia L. Fernández2,3

1Facultad de Ciencias y Tecnología,Universidad Tecnológica de Panamá (UTP), 2Centro de Biología Molecular y Celular de Enfermedades,Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología AIP (INDICASAT AIP), 3Sistema Nacional de Investigación de Panamá (SNI)

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Wir beschreiben eine auf Sequenzdiversifikation basierende Methodik zur Abschätzung der Aminosäurepräferenzen multispezifischer Bindungsstellen in Protein-Protein-Wechselwirkungen (PPIs). Bei dieser Strategie werden Tausende von potentiellen Peptidliganden erzeugt und in silico gescreent, wodurch einige Einschränkungen der verfügbaren experimentellen Methoden überwunden werden.

Wir schlagen ein Protokoll zur rechnergestützten Vorhersage von Aminosäurepräferenzen in spezifischeren Protein-Protein-Wechselwirkungen vor. Dieses Protokoll kann als ein erster Schritt bei der Gestaltung von Vermittlern dieser Wechselwirkungen angesehen werden. Wir sind daran interessiert, diese Mediatoren als potenzielle Inhibitoren für spezifische Wechselwirkungen zu verwenden, in der Immunologietechnologe.

Unsere Implementierer, die zur Charakterisierung der Aminosäurepräferenzen unter den spezifischen Bindungsstellen verwendet werden, sind teuer und umständlich. Unser Protokoll ist eine biogestützte Technologie, die auf Effizienz und Serienbetrieb basiert. Diese Strategie hat das Potenzial, eine große Anzahl von Liniensequenzen zu verarbeiten, was zu einer vollständigen und konsistenten Differenz der Aminosäurepräferenzen führt.

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Schlüsselwörter: Computational Prediction Aminosäurepräferenzen Peptid-Bindungsdomänen Protein-Protein-Interaktionen Multispezifische Bindung Interferon Regulatory Factor 5 (IRF5) Position-Weight-Matrix (PWM) Flexibles Rückgrat-Peptid-Docking Rosetta Molecular Modeling

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