Name: Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min
Description: Erfahren Sie eine optimierte Methode zur massenspektrometrischen Proteomanalyse in spezifischen Geweberegionen von FFPE-Proben. Diese Technik ermöglicht präzise Proteinuntersuchungen für die Pankreaskrebsforschung.

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<ol><li>Van Maldegem, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+processing+delay%2C+formalin+fixation%2C+and+immunohistochemistry+on+RNA+recovery+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Diagn+Mol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of processing delay, formalin fixation, and immunohistochemistry on RNA recovery from formalin-fixed paraffin-embedded tissue sections.</a> Diagn Mol Pathol. 17 (1), 51-58 (2008).</li>
<li>Fox, C. H., Johnson, F. B., Whiting, J., Roller, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formaldehyde+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Formaldehyde fixation.</a> J Histochem Cytochem. 33 (8), 845-853 (1985).</li>
<li>Fraenkel-Conrat, H., Olcott, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+reaction+of+formaldehyde+with+proteins%3B+cross-linking+between+amino+and+primary+amide+or+guanidyl+groups%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">The reaction of formaldehyde with proteins; cross-linking between amino and primary amide or guanidyl groups.</a> J Am Chem Soc. 70 (8), 2673-2684 (1948).</li>
<li>Basyuni, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+analysis+of+whole+genome+sequencing+data+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+cancer+specimens+demonstrates+preservation+of+clinical+utility%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Large-scale analysis of whole genome sequencing data from formalin-fixed paraffin-embedded cancer specimens demonstrates preservation of clinical utility.</a> Nat Commun. 15 (1), 7731(2024).</li>
<li>Gracia Villacampa, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+spatial+expression+profiling+in+formalin-fixed+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide spatial expression profiling in formalin-fixed tissues.</a> Cell Genomics. 1 (3), 100065(2021).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+genomic+landscape+in+large-scale+Chinese+patients+with+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22EBioMedicine%22%5BJournal%5D)">Characterization of the genomic landscape in large-scale Chinese patients with pancreatic cancer.</a> EBioMedicine. 77, 103897(2022).</li>
<li>Ren, Z., Ordway, B., Lin, P. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Archival+FFPE+blocks%3A+the+gift+that+keeps+giving%5BTitle%5D)+AND+%22Innov%22%5BJournal%5D)">Archival FFPE blocks: the gift that keeps giving.</a> Innov. 5 (1), 100532(2024).</li>
<li>Magdeldin, S., Yamamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+deciphering+proteomes+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.</a> Proteomics. 12 (7), 1045-1058 (2012).</li>
<li>Soni, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+deep+proteomic+profiling+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+specimens+using+a+spectral+library-free+approach%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for deep proteomic profiling of formalin-fixed paraffin-embedded specimens using a spectral library-free approach.</a> STAR Protoc. 4 (3), 102381(2023).</li>
<li>Gustafsson, O. J. R., Arentz, G., Hoffmann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+developments+in+the+analysis+of+formalin-fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+Proteins+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic developments in the analysis of formalin-fixed tissue.</a> Biochim Biophys Acta Proteins Proteomics. 1854 (6), 559-580 (2015).</li>
<li>O'Rourke, M. B., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissue+via+proteomic+techniques+and+misconceptions+of+antigen+retrieval%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue via proteomic techniques and misconceptions of antigen retrieval.</a> Biotechniques. 60 (5), 229-238 (2016).</li>
<li>Ye, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+proteomics+sample+preparation+and+fractionation%3A+method+development+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22TrAC+Trends+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Integrated proteomics sample preparation and fractionation: method development and applications.</a> TrAC Trends Anal Chem. 120, 115667(2019).</li>
<li>Nwosu, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-depth+mass+spectrometry-based+proteomics+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissues+with+a+spatial+resolution+of+50-200+%C2%B5m%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">In-depth mass spectrometry-based proteomics of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues with a spatial resolution of 50-200 µm.</a> J Proteome Res. 21 (9), 2237-2245 (2022).</li>
<li>Coscia, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+streamlined+mass+spectrometry-based+proteomics+workflow+for+large-scale+FFPE+tissue+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pathol%22%5BJournal%5D)">A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large-scale FFPE tissue analysis.</a> J Pathol. 251 (1), 100-112 (2020).</li>
<li>Makhmut, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+ultra-low-input+spatial+tissue+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">A framework for ultra-low-input spatial tissue proteomics.</a> Cell Syst. 14 (11), 1002-1014.e5 (2023).</li>
<li>Shin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+TUBB2A+by+quantitative+proteomic+analysis+as+a+novel+biomarker+for+the+prediction+of+distant+metastatic+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Identification of TUBB2A by quantitative proteomic analysis as a novel biomarker for the prediction of distant metastatic breast cancer.</a> Clin Proteomics. 17 (1), 16(2020).</li>
<li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dual+oxidase+2+%28DUOX2%29+as+a+proteomic+biomarker+for+predicting+treatment+response+to+chemoradiation+therapy+for+locally+advanced+rectal+cancer%3A+using+high-throughput+proteomic+analysis+and+machine+learning+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Dual oxidase 2 (DUOX2) as a proteomic biomarker for predicting treatment response to chemoradiation therapy for locally advanced rectal cancer: using high-throughput proteomic analysis and machine learning algorithm.</a> Int J Mol Sci. 23 (21), 12923(2022).</li>
<li>Tüshaus, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+routine+proteome+profiling+of+FFPE+tissue%3A+insights+from+a+1%2C220-case+pan-cancer+study%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Towards routine proteome profiling of FFPE tissue: insights from a 1,220-case pan-cancer study.</a> EMBO J. 44 (1), 304-329 (2024).</li>
<li>Schweizer, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+multiorgan+proteomics+of+fatal+COVID-19+uncovers+tissue-specific+effects+beyond+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Quantitative multiorgan proteomics of fatal COVID-19 uncovers tissue-specific effects beyond inflammation.</a> EMBO Mol Med. 15 (9), e17459(2023).</li>
<li>Kobayashi, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+profiling+of+FFPE+specimens%3A+discovery+of+HNRNPA2%2FB1+and+STT3B+as+biomarkers+for+determining+formalin+fixation+durations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic profiling of FFPE specimens: discovery of HNRNPA2/B1 and STT3B as biomarkers for determining formalin fixation durations.</a> J Proteomics. 301, 105196(2024).</li>
<li>Kawashima, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-shot+10k+proteome+approach%3A+over+10%2C000+protein+identifications+by+data-independent+acquisition-based+single-shot+proteomics+with+ion+mobility+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Single-shot 10k proteome approach: over 10,000 protein identifications by data-independent acquisition-based single-shot proteomics with ion mobility spectrometry.</a> J Proteome Res. 21 (6), 1418-1427 (2022).</li>
<li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+prognostic+analysis+of+biomarkers+to+predict+the+progression+of+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Identification and prognostic analysis of biomarkers to predict the progression of pancreatic cancer patients.</a> Mol Med. 28 (1), 43(2022).</li>
<li>Martinelli, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA6+regulates+EMT+and+tumour+dissemination%2C+and+is+a+marker+of+response+to+adjuvant+chemotherapy+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">GATA6 regulates EMT and tumour dissemination, and is a marker of response to adjuvant chemotherapy in pancreatic cancer.</a> Gut. 66 (9), 1665-1676 (2017).</li>
<li>Racu, M. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Smad4+positive+pancreatic+ductal+adenocarcinomas+are+associated+with+better+outcomes+in+patients+receiving+FOLFIRINOX-based+neoadjuvant+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Smad4 positive pancreatic ductal adenocarcinomas are associated with better outcomes in patients receiving FOLFIRINOX-based neoadjuvant therapy.</a> Cancers. 15 (15), 3765(2023).</li>
<li>Roy, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MUC1+enhances+invasiveness+of+pancreatic+cancer+cells+by+inducing+epithelial+to+mesenchymal+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">MUC1 enhances invasiveness of pancreatic cancer cells by inducing epithelial to mesenchymal transition.</a> Oncogene. 30 (12), 1449-1459 (2011).</li>
<li>Shi, H., Tsang, Y., Yang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+CEACAM5+as+a+stemness-related+inhibitory+immune+checkpoint+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">Identification of CEACAM5 as a stemness-related inhibitory immune checkpoint in pancreatic cancer.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1291(2022).</li>
<li>Waters, A. M., Der, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((KRAS%3A+the+critical+driver+and+therapeutic+target+for+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22%5BJournal%5D)">KRAS: the critical driver and therapeutic target for pancreatic cancer.</a> Cold Spring Harb Perspect Med. 8 (9), a031435(2018).</li>
<li>Yao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glypican-3+and+KRT19+are+markers+associating+with+metastasis+and+poor+prognosis+of+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Biomark%22%5BJournal%5D)">Glypican-3 and KRT19 are markers associating with metastasis and poor prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> Cancer Biomark. 17 (4), 397-404 (2016).</li>
<li>Zhan, L., Chen, L., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Knockdown+of+FUT3+disrupts+the+proliferation%2C+migration%2C+tumorigenesis+and+TGF%CE%B2+induced+EMT+in+pancreatic+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Oncol+Lett%22%5BJournal%5D)">Knockdown of FUT3 disrupts the proliferation, migration, tumorigenesis and TGFβ induced EMT in pancreatic cancer cells.</a> Oncol Lett. 16 (1), 924-930 (2018).</li>
<li>Frohlich, K., Furrer, R., Schori, C., Handschin, C., Schmidt, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust%2C+precise%2C+and+deep+proteome+profiling+using+a+small+mass+range+and+narrow+window+data-independent-acquisition+scheme%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Robust, precise, and deep proteome profiling using a small mass range and narrow window data-independent-acquisition scheme.</a> J Proteome Res. 23 (3), 1028-1038 (2024).</li>
<li>Li, K. W., Gonzalez-Lozano, M. A., Koopmans, F., Smit, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+developments+in+data+independent+acquisition+%28DIA%29+mass+spectrometry%3A+application+of+quantitative+analysis+of+the+brain+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent developments in data independent acquisition (DIA) mass spectrometry: application of quantitative analysis of the brain proteome.</a> Front Mol Neurosci. 13, 564446(2020).</li>
<li>Searle, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatogram+libraries+improve+peptide+detection+and+quantification+by+data+independent+acquisition+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Chromatogram libraries improve peptide detection and quantification by data independent acquisition mass spectrometry.</a> Nat Commun. 9 (1), 5128(2018).</li>
<li>Prakash, J., Shaked, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interplay+between+extracellular+matrix+remodeling+and+cancer+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">The interplay between extracellular matrix remodeling and cancer therapeutics.</a> Cancer Discov. 14 (8), 1375-1388 (2024).</li>
<li>Perez, V. M., Kearney, J. F., Yeh, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+PDAC+extracellular+matrix%3A+a+review+of+the+ECM+protein+composition%2C+tumor+cell+interaction%2C+and+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Oncol%22%5BJournal%5D)">The PDAC extracellular matrix: a review of the ECM protein composition, tumor cell interaction, and therapeutic strategies.</a> Front Oncol. 11, 751311(2021).</li>
<li>Ferrara, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+in+pancreatic+cancer%3A+description+of+a+complex+network+and+promising+therapeutic+options%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix in pancreatic cancer: description of a complex network and promising therapeutic options.</a> Cancers. 13 (17), 4442(2021).</li>
<li>Weniger, M., Honselmann, K. C., Liss, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+and+pancreatic+cancer%3A+a+complex+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix and pancreatic cancer: a complex relationship.</a> Cancers. 10 (9), 316(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,1 % FA in ACN (LC-MS-Qualität)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS120-212</td><td></td></tr><tr><td>0,1 % FA in Wasser (LC-MS-Qualität)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS118-4</td><td></td></tr><tr><td>0,5 M TCEP</td><td>Thermo Scientific</td><td>77720</td><td></td></tr><tr><td>10 % SDS</td><td>Invitrogen</td><td>2679093</td><td></td></tr><tr><td>1 M TEAB (pH 8,5)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102545001</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-cl (pH 8,5)</td><td>BIOSOLUTION</td><td>BTO21</td><td></td></tr><tr><td>A-14C Zentrifuge</td><td>Satorious</td><td>167709</td><td></td></tr><tr><td>Aceton (HPLC-Qualität)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A949-4</td><td></td></tr><tr><td>ACN (HPLC-Qualität)</td><td>J.T.Baker</td><td>9017-88</td><td></td></tr><tr><td>CHCl3 (HPLC-Qualität)</td><td>Thermo Scientific</td><td>022920.k2</td><td></td></tr><tr><td>CR-Papier</td><td>ADVANTEC</td><td>70406001</td><td></td></tr><tr><td>DIA-NN ver 1.9&nbsp;</td><td>Open Source&nbsp;</td><td>https://github.com/vdemichev/DiaNN</td><td>Proteomik-Suchmaschine&nbsp;</td></tr><tr><td>EPOCH2 Mikroplatten-Reader</td><td>Agilent&nbsp;</td><td></td><td></td>2106208</tr><tr><td>Ethanol</td><td>MERCK</td><td>K50505283 836</td><td></td></tr><tr><td>FA (LC-MS-Qualität)</td><td>Fisher Chemical</td><td>A117-50</td><td></td></tr><tr><td>Ingenuity Pathway Analysis (IPA)</td><td>QIAGEN</td><td>830018</td><td>Bioinformatik-Tool</td></tr><tr><td>Lyophilisierer (SRF110R+Vaper-Trap)</td><td>Thermo Scientific</td><td>SRF-110-115</td><td></td></tr><tr><td>MeOH (HPLC-Qualität)</td><td>MERCK</td><td>UN1230</td><td></td></tr><tr><td>Mikroplatte BCA-Protein-Assay-Kit – kompatibel mit Reduktionsmittel</td><td>Thermo Scientific</td><td>23252</td><td></td></tr><tr><td>MSConvert&nbsp;</td><td>Open Source&nbsp;</td><td>http://proteowizard.sourceforge.net/tools.shtml</td><td>MS Datentransformationssoftware</td></tr><tr><td>Orbitrap Exploris 480</td><td>Thermo Scientific</td><td>MA10813C</td><td>MS</td></tr><tr><td>PepMAP RSLC C18 Trennsäule&nbsp;</td><td>Thermo Scientific</td><td>ES903</td><td></td></tr><tr><td>Perseus</td><td>Open Source</td><td>https://cox-labs.github.io/coxdocs/perseus_instructions.html</td><td>Statistisches Tool</td></tr><tr><td>PIERCE Chloracetamid No-Weigh Format</td><td>Thermo Scientific</td><td>A39270</td><td></td></tr><tr><td>PIERCE Quantitativer kolorimetrischer Peptid-Assay</td><td>Thermo Scientific</td><td>23275</td><td></td></tr><tr><td>Plattenschüttler</td><td>Green SSeriker</td><td>VS-202D</td><td></td></tr><tr><td>Sonden-Ultraschallgerät</td><td>VibraCellTM</td><td>VCX750</td><td></td></tr><tr><td>Protein LoBind Tube 1,5</td><td>mL Eppendorf</td><td>22431081</td><td></td></tr><tr><td>QSP 10 &micro; L Pipettenspitze</td><td>Thermo</td><td>Scientific TLR102RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>QSP 300 & micro; L Pipettenspitze</td><td>Thermo Scientific</td><td>TLR106RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>Skalpell</td><td>Bard-Parker</td><td>372615</td><td></td></tr><tr><td>S-Trap: Schnelle universelle MS-Probenvorbereitung</td><td>PROTIFI</td><td>CO2-mini-40</td><td></td></tr><tr><td>SureSTART Vial 0,2 mL</td><td>Thermo Scientific</td><td>6pk1655</td><td></td></tr><tr><td>TFA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102614284</td><td></td></tr><tr><td>ThermoMixer C</td><td>Eppendorf</td><td>5382</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin/Lys-C (LC-MS-Qualität)</td><td>Promega</td><td>V5073</td><td></td></tr><tr><td>Vanquish NEO</td><td>Thermo Scientific</td><td>8348249</td><td>LC</td></tr><tr><td>Wasser (HPLC-Qualität)</td><td>Honeywell</td><td>AH365-4</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur ver 4.7</td><td>Thermo Scientific</td><td>30966</td><td>MS Datenerfassungssoftware</td></tr><tr><td>Xylol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102033629</td><td></td></tr></tbody></table>

ein optimierter ansatz für die massenspektrometrische proteomik unter verwendung ausgewählter geweberegionen

A Streamlined Approach for Mass Spectrometry-Based Proteomics Using Selected Tissue Regions

Die etablierte Proteomik-Probenvorbereitung auf Basis von Suspensionsfallenfiltern, kombiniert mit markierungsfreier Quantifizierung mittels datenunabhängiger Single-Shot-Erfassung, wurde auf pankreaszystische FFPE-Gewebe angewendet (Abbildung 1). Eine präzise ROI-Isolierung während der FFPE-Gewebeaufbereitung wurde über verschiedene pankreaszystische FFPE-Gewebe hinweg erreicht (Abbildung 2A), was zur Aufnahme reproduzierbarer Gesamtionenchromatogramme zwischen...

Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen

Mass spectrometry (MS)-based proteomics enables comprehensive proteome analysis across a wide range of biological samples, including cells, tissues, and ...

a-streamlined-approach-for-mass-spectrometry-based-proteomics-using

Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Eingehende Analysen von Krebszellproteomen erleichtern die Identifizierung neuer Wirkstoffziele und diagnostischer Biomarker. Wir beschreiben einen experimentellen Workflow zur quantitativen Analyse von (Phospho-)Proteomen in Krebszell-Subpopulationen, die aus flüssigen und festen Tumoren stammen. Dies wird durch die Kombination von zellulären Anreicherungsstrategien mit quantitativer Super-SILAC-basierter Massenspektrometrie erreicht.

Quantitative massenspektrometrische Analyse von Krebs-Zellen-Proteome Abgeleitet von Liquid und soliden Tumoren

Wir präsentieren Ihnen ein Protokoll, um präzise quantitate Proteine mit Isobaren Kennzeichnung, umfangreiche Fraktionierung, Bioinformatik und Qualitätskontrolle Schritte in Kombination mit Flüssigkeitschromatographie eine Schnittstelle zu einem hochauflösenden Massenspektrometer.

Tiefen Proteom Profilierung durch isobare Kennzeichnung, umfangreiche Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie und softwaregestützte Quantifizierung

Hier präsentieren wir Ihnen eine zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) gekoppelt mit Massenspektrometrie (MS) zu trennen und menschlichen Hypophysen Adenom Gewebe Proteom, stellt eine gute und reproduzierbare 2DE Muster identifizieren. Viele Proteine werden in jedem 2DE Fleck beobachtet, bei der Analyse von komplexen Krebs Proteome mit dem Einsatz von hochempfindlichen MS.

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom

Wir präsentieren ein optimiertes Tandem-Massen-Tag-Etikettierungsprotokoll (TMT), das detaillierte Informationen für jeden der folgenden Schritte enthält: Proteinextraktion, Quantifizierung, Niederschlag, Verdauung, Etikettierung, Einreichung an eine Proteomik-Anlage und Datenanalysen.

TMT-Beispielvorbereitung für proteomics Facility Submission und nachfolgende Datenanalyse

Das beschriebene Protokoll bietet eine optimierte quantitative Proteomik-Analyse von Gewebeproben mit zwei Ansätzen: markierungsbasierte und markierungsfreie Quantifizierung. Markierungsbasierte Ansätze haben den Vorteil einer genaueren Quantifizierung von Proteinen, während ein markierungsfreier Ansatz kostengünstiger ist und zur Analyse von Hunderten von Proben einer Kohorte verwendet wird.

Umfassender Workflow der massenspektrometrischen Schrotflintenproteomik von Gewebeproben

Das Protokoll zielt darauf ab, die Verwendung eines Dreifach-Quadrupol-Massenspektrometers für die Mehrfachreaktionsüberwachung (MRM) von Proteinen aus klinischen Proben einzuführen. Wir haben einen systematischen Workflow von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse für klinische Proben mit allen notwendigen Vorsichtsmaßnahmen bereitgestellt.

Quantitativer Proteomik-Workflow mit multipler Reaktionsüberwachung basierender Detektion von Proteinen aus menschlichem Hirngewebe

Die Protein-Arginin (R)-Methylierung ist eine weit verbreitete posttranslationale Modifikation, die mehrere biologische Signalwege reguliert. Die Massenspektrometrie ist die beste Technologie, um das R-Methylproteom global zu profilieren, wenn es mit biochemischen Ansätzen zur modifizierten Peptidanreicherung gekoppelt ist. Der Arbeitsablauf für die hochzuverlässige Identifizierung der globalen R-Methylierung in menschlichen Zellen wird hier beschrieben.

Ein massenspektrometrie-basierter Proteomik-Ansatz für die globale und hochzuverlässige Protein-R-Methylierungsanalyse

Sphingolipide sind bioaktive Metaboliten mit einer gut etablierten Rolle bei menschlichen Erkrankungen. Die Charakterisierung von Veränderungen in Geweben mit Massenspektrometrie kann Rollen in der Krankheitsätiologie aufdecken oder therapeutische Ziele identifizieren. Die OCT-Verbindung, die für die Kryokonservierung in Biorepositorien verwendet wird, stört jedoch die Massenspektrometrie. Wir skizzieren Methoden zur Analyse von Sphingolipiden in menschlichen Geweben, die in OCT mit...

Vorbereitung von menschlichem Gewebe, eingebettet in die optimale Schnitttemperaturmischung für die massenspektrometrische Analyse

Massenspektrometrie-basierte Proteomdaten sind in offenen Datenbanken verfügbar und mit kostenlosen Tools zugänglich. Angesichts der Komplexität von Datenbankrecherchen und -beschreibungen fehlt vielen Biologen das Wissen, um diese Datensätze zu nutzen. Hier finden Sie eine Anleitung zur Verwendung kostenloser Tools für die grundlegende Suche nach proteomischen Daten.

Navigieren in den massenspektrometrischen Proteomdaten mit kostenlosen Berechnungswerkzeugen

Konformationsänderungen Flexibilität spielt eine entscheidende Rolle bei der Proteinfunktion. Hier beschreiben wir die Verwendung von zeitaufgelöster Elektrospray-Ionisations-Massenspektrometrie gekoppelt Wasserstoff-Deuterium-Austausch für die schnellen Strukturveränderungen Sondieren, die Funktion in geordneten und ungeordneten Proteinen treiben.

Zeitaufgelöste Elektrospray-Ionisations Wasserstoff-Deuterium-Austausch-Massenspektrometrie zur Struktur Protein Studium und Dynamik

Erfahren Sie eine optimierte Methode zur massenspektrometrischen Proteomanalyse in spezifischen Geweberegionen von FFPE-Proben. Diese Technik ermöglicht präzise Proteinuntersuchungen für die Pankreaskrebsforschung.

Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen

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