Name: Umfassendes räumliches Profiling von spezies-agnostischen Transkriptomen mittels Stereo-Seq (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 22 s
Description: Erfahren Sie das Stereo-Seq-Protokoll für räumliches Transkriptom-Profiling von FFPE-Gewebeschnitten. Diese Methode ermöglicht hochauflösende Kartierung diverser RNA bei Erhaltung der Gewebearchitektur für Biomarker-Entdeckung.

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<ol><li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
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<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
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<li>Zhou, Y., Jia, E., Pan, M., Zhao, X., Ge, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+method+of+single-cell+spatial+transcriptomics+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Encoding method of single-cell spatial transcriptomics sequencing.</a> Int J Biol Sci. 16 (14), 2663-2674 (2020).</li>
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<li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slide-tags+enables+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Slide-tags enables single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li>
<li>Stenbeck, L., Taborsak-Lines, F., Giacomello, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+automated+and+reproducible+spatially+resolved+transcriptomics+at+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale.</a> Heliyon. 8 (6), e09651(2022).</li>
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<li>Stickels, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+spatial+transcriptomics+at+near-cellular+resolution+with+Slide-seqV2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2.</a> Nat Biotechnol. 39 (3), 313-319 (2021).</li>
<li>Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N., Zatloukal, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+storage+conditions+on+the+quality+of+nucleic+acids+in+paraffin+embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues.</a> PLoS One. 13 (9), e0203608(2018).</li>
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<li>Chen, T. Y., You, L., Hardillo, J. A. U., Chien, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic technologies.</a> Cells. 12 (16), 2042(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nat Biotechnol. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
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<li>You, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+sequencing-based+spatial+transcriptomic+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods.</a> Nat Methods. 21 (9), 1743-1754 (2024).</li>
<li>Chen, K. H., Boettiger, A. N., Moffitt, J. R., Wang, S., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved%2C+highly+multiplexed+RNA+profiling+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells.</a> Science. 348 (6233), aaa6090(2015).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+intact-tissue+sequencing+of+single-cell+transcriptional+states%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states.</a> Science. 361 (6400), eaat5691(2018).</li>
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<table><tbody><tr><td>1,5 mL Zentrifugenröhren mit normalem DNAse/RNAse</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>3456</td><td>Um Reagenzien einzumischen (andere Bands sind in Ordnung)&nbsp;</td></tr><tr><td>100 % Ethanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td>Molekularqualität</td></tr><tr><td>15-mL konische, sterile Polypropylen-Zentrifugenröhren</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>339650</td><td>Verwendet für aliquots&nbsp;</td></tr><tr><td>20x Konzentrat&nbsp; Kochsalz-Natriumcitrat (SSC) Puffer</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6639-1L</td><td>Früher wurden 5x SSC zum Flecken und 1x SSC für Waschschritte und Deckrutschentfernung hergestellt.</td></tr><tr><td>2100 Bioanalysator-Instrument</td><td>Agilent</td><td>Reduziert</td><td>Instrument: Bioanalysator</td></tr><tr><td>3. Brunnenkammer, abnehmbar</td><td>Ibidi</td><td>80381</td><td>Silikonkammer zur Reduzierung der Volumina während der Rehydration und der Methanolfixierung.</td></tr><tr><td>405nm UV-Lichtquelle</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Zum Aushärten von UV-Harz</td></tr><tr><td>50 ml konische, sterile Polypropylen-Zentrifugenröhren</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>339652</td><td>Verwendet für Aliquots und Deparaffinisierung&nbsp;</td></tr><tr><td>70 % steriler Isopropanolalkohol</td><td>Texwipe&nbsp;</td><td>TX3270</td><td>Für Oberflächendekontamination &nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent Hochsensitivitäts-DNA-Kit</td><td>Agilent</td><td>5067-4626</td><td>Für die Charakterisierung von cDNA und Bibliotheken durch Bioanalysatoren</td></tr><tr><td>Agilent RNA 6000 Pico Kit</td><td>Agilent</td><td>5067-1513</td><td>Zur Charakterisierung von RNA durch Bioanalysatoren</td></tr><tr><td>Alufolie</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Um den Objektträger während der ssDNA-Färbung zu bedecken.</td></tr><tr><td>Beckman Coulter SPRIselect</td><td>Beckman Coulter Life Sciences&nbsp;</td><td>B23317/B23318/B23319</td><td>SPRI Beads cDNA und Bibliotheksreinigung</td></tr><tr><td>Bleichmittel</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Reinigung der Arbeitsstation zur Entfernung der Mikrobiomkontamination</td></tr><tr><td>CONSTIX versiegelte Schaumstoffabstöcker</td><td>Contec</td><td>19161023</td><td>Für präzise Harzreinigung</td></tr><tr><td>Coverslip</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>BR470045-2000EA</td><td></td></tr><tr><td>Trockenmittelpackungen</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>RNase-freie, staubfreie Trockenmittelpackungen.</td></tr><tr><td>Einweg-Gesichtsmaske</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>12-888-001</td><td>Schutz, RNAse-Kontamination und & Sterilität&nbsp;</td></tr><tr><td>DNA-Löschtücher</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060-250EA</td><td>Dekontamination durch Abwischen von Oberflächen (feuchte Feuchttücher)</td></tr><tr><td>DNA-LoBind-Röhren 1,5 mL</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431021</td><td>Verwendet zur Sammlung von cDNA und Bibliotheks-Post-Amplifikationen.</td></tr><tr><td>DNA-LoBind-Röhren 2 ml</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431048</td><td>Wird zur Sammlung von cDNA vor der Amplifikation verwendet.</td></tr><tr><td>DNBSEQ OneStep DNB Make Reagenz-Kit</td><td>Vollständige Genomik</td><td>940-001891-00</td><td>Reagenzien für die Herstellung und Amplifikation von DNA-Nanoball (DNB)</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Reinigungs-Reagenz-Kit</td><td>Vollständige Genomik</td><td>940-001903-00</td><td>Kartusche zum Waschen nach Abschluss der Sequenzierung</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS DNB Load Reagenz-Kit</td><td>Vollständige Genomik</td><td>940-001894-00</td><td>Reagenzien und Platten zum Laden von DNBs an die Durchflusszelle</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Sequenzierungsstromzelle</td><td>Vollständige Genomik</td><td>940-001902-00</td><td>1 Spur/Durchflusszelle</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Stereo-seq Visualisierungsreagenz-Kit</td><td>Vollständige Genomik</td><td>940-001893-00</td><td>Die Patrone und Reagenzien für die Sequenzierung.</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS-System</td><td>Vollständige Genomik</td><td></td><td>Dieses Stereo-Seq-Visualisierungsset nutzt DNBSEQ-Technologie. Ein Sequenzierungslauf beginnt mit der Hybridisierung eines DNA-Ankers, dann wird eine fluoreszierende Sonde mittels kombinatorischer Probe-Anker-Sequenzierung (cPAS) an den DNA-Nanoball (DNB) angeschlossen. Schließlich erfasst das hochauflösende Bildgebungssystem das fluoreszierende Signal. Nach der digitalen Verarbeitung des optischen Signals erzeugt der Sequenzer hochwertige und genaue Sequenzierungsinformationen.</td></tr><tr><td>Staubabdruckluft</td><td>Matin</td><td>M-6318</td><td>Es ist wichtig, diese Marke oder eine mit ähnlichem Treibmittel zu verwenden;</td></tr><tr><td>Edge-Rite Mikrotom-Klingen</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>4280L</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>Explosionssicherer Gefrierschrank</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Um Methanol vor und während der Methanolfixierung zu kühlen.</td></tr><tr><td>Histologie-Pinsel</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>Salzsäure</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>2104-50ML</td><td>Zur Verdünnung des Premuliablisationsenzyms in 0,01 N HCl (pH 2). Die Standardkonzentration für HCl-Lösung beträgt 0,1 N. </td></tr><tr><td>Bildbildsystem</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>GC Stomics Imager, Lecia, Evo Revolution</td></tr><tr><td>Invitrogen RNaseZap RNase-Dekontaminationslösung</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>AM9780</td><td>Reinigungsarbeitsstation zur Entfernung von RNAse-Kontamination</td></tr><tr><td>Kimtech Delicate Task Wipers&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34155</td><td>Um Bänke, Geräte, Pipetten usw. zu trocknen.</td></tr><tr><td>Labkittel</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Persönliche Schutzausrüstung (PSA)</td></tr><tr><td>Linsenpapier</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>11-997</td><td>Verschiedene Arbeiten zum Trocknen von Objektträgern ohne Sheading</td></tr><tr><td>Lookout DNA-Löschtücher</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060</td><td>Reinigungsarbeitsstation zur Entfernung von PCR-Verunreinigungen</td></tr><tr><td>Magentic Separation Rack 5 μL - 0,2 ml & lbs;</td><td>Permagen Labware</td><td>MSRLV08</td><td>Zur Perlentrennung in PCR-Röhrchen</td></tr><tr><td>Magjet-Rack 12x1,5 mL</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>MR02</td><td>Für die Perlentrennung in 1,5-mL-Röhren</td></tr><tr><td>Manuelles Rotierendes Mikrotom</td><td>Leica</td><td>RM2235</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>Methonal &ge; 99,9 %, geeignet für Immunfluoreszenz, HPLC</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>34860</td><td>Zur Fixierung (Muss HPLC-Grad sein)</td></tr><tr><td>Mikro-Sezierende Zange</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F4142-1EA</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>Mikropipette</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Molekulares nukleasefreies Wasser, nicht DPEC-behandeltes Wasser</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Verdünnungen und Eluation von Perlen</td></tr><tr><td>Nitrilhandschuhe</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>PSA</td></tr><tr><td>Ofen</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Um Pommes zu backen</td></tr><tr><td>PCR 0,2 mL Röhren mit angebrachten Kondensatoren</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Für PCR-Anwendungen</td></tr><tr><td>PCR-Abdeckungen&nbsp;</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Ersatz, wenn der Klebstoff auf der mitgelieferten Abdeckung schwach ist</td></tr><tr><td>PCR-Haube & Arbeitsstation</td><td>Mystaire</td><td>MY-PCR24-010</td><td>Für Pre-PCR-Schritte (RNA zu cDNA)</td></tr><tr><td>pH-Meter</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>pH-Meter zur Bestätigung des HCl-pH-Werts.</td></tr><tr><td>Poly-L-Lysin-Lösung</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A005-C</td><td>Optional, um die Gewebeadhäsion zum Chip zu erhöhen</td></tr><tr><td>Qubit 4 Fluorometer</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>Q33226</td><td>Insuterment; DNA-Quantienmessung</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA-Quantifizierungs-Assay-Kits</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>Q32851</td><td>Zur Messung von cDNA und Bibliotheksquantifizierungen</td></tr><tr><td>Qubit ssDNA Assay Kit</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>Q10212</td><td>ssDNA-Färbung (Nur verwendeter Farbstoff)</td></tr><tr><td>RNAse-freier Eisblock</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Histologie – Wird beim Schneiden von Proben verwendet, um Blöcke vor dem Schneiden zu hydratisieren</td></tr><tr><td>RNaseZap RNase-Dekontaminationslösung</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>AM9782</td><td>Eine Oberflächendekontaminationslösung, die RNAses zerstört</td></tr><tr><td>RNeasy FFPE-Kit</td><td>Qiagen</td><td>73504 & 19093</td><td>Für RNA-Extraktion & DV200-Messung&nbsp;</td></tr><tr><td>Sculpt Ultra White Resin</td><td>Siraya Tech</td><td>N/A</td><td>Hochtemperaturbeständiges, UV-härtendes Harz</td></tr><tr><td>Stereo-seq 16 Barcode-Bibliotheksvorbereitungsset</td><td>STOmics / Vollständige Genomik</td><td>111KL160</td><td>Zum Aufbau einer Stereo-seq OMNI FFPE-Bibliothek</td></tr><tr><td>Stereo-seq FFPE-Zubehörset</td><td>STOmics / Vollständige Genomik</td><td>310AK002</td><td>Räumliche OMNI-Zubehörteile des 211SN114-Kits</td></tr><tr><td>Stereo-seq N-Chip-Schlitten (1 cm x 1 cm)</td><td>STOmics / Vollständige Genomik</td><td>210CN114</td><td>Räumlicher OMNI-Chip Teil des 211SN114-Kits</td></tr><tr><td>Stereo-seq PCR-Adapter&nbsp;</td><td>STOmics / Vollständige Genomik</td><td>301AUX001</td><td>Für PCR-Hybridisierungsschritte, die auf drei angepasst wurden, ähnlich wie der PCRmax Situ Hybridization Adapter</td></tr><tr><td>Stereo-seq Transkriptomik N Kit</td><td>STOmics / Vollständige Genomik</td><td>211KN114</td><td>Räumlicher OMNI-Regent-Teil des 211SN114-Kits</td></tr><tr><td>Chirurgisches Design Allzweck-Industrierasierklinge</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>13-812-236</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>TE-Pufferlösung pH 8,0</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>8890</td><td>Zum Eluieren von cDNA und Bibliotheken</td></tr><tr><td>Thermische Zykler</td><td>BioRad / verschiedene</td><td>1861096 /12015392 / verschiedene</td><td>PCR-Maschine mit manuellem Deckel oder Tiefbrunnenoptionen (T100 Thermal Cycler / PTC Tempo, Deepwell Thermal Cycler usw.)</td></tr><tr><td>Thermo Scientific Orion All-in-One-pH-Puffer-Kits</td><td>Thermo Fisher Wissenschaftlich / Invitrogen</td><td>13-624-500</td><td></td></tr><tr><td>Gewebeflotationsbad – Digital XH-1003</td><td>Uraufführung</td><td>NC0779538</td><td>Histologie – Verwendet beim Schneiden von Proben</td></tr><tr><td>UV-schützende Brillen</td><td>Verschiedene</td><td>N/A</td><td>Zur Sicherheit während der UV-Aushärtung</td></tr><tr><td>Xylenes</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>247642</td><td>Für die Deparaffinisierung</td></tr></tbody></table>

umfassendes räumliches profiling von spezies-agnostischen transkriptomen mittels stereo-seq

Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq

Umfassendes räumliches Profiling von spezies-agnostischen Transkriptomen mittels Stereo-Seq

The spatial composition of cells within the host, as well as the bacteria or viral loads within the tissue, can impact the interaction of cell types and ...

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Forschung

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Cancer Research

Krebsforschung

Dieses Video zeigt die grundlegenden Schritte zur Durchführung einer Gesamttranskriptomanalyse an präparierten embryonalen Rückenmarksproben von Küken nach der Transfektion mit In-Ovo-Elektroporation.

RNA-Seq Analyse der differentiellen Genexpression in elektroporiertem Küken Embryonale Spinal Cord

RNA-Sequenzierung und Bioinformatik-Analysen wurden verwendet, um deutlich und differentiell exprimiert Transkriptionsfaktoren in Lin-CD34 + und Lin-CD34- Subpopulationen von Maus EMLcells identifizieren. Diese Transkriptionsfaktoren könnten eine wichtige Rolle bei der Bestimmung der Wechsel zwischen Selbsterneuerung Lin-CD34 + und teilweise differenziert Lin-CD34- Zellen spielen.

Identifizierung von Schlüsselfaktoren Regelselbsterneuerung und Differenzierung in EML hämatopoetischen Vorläuferzellen durch RNA-Sequenzierungsanalyse

Dieses Protokoll beschreibt einen vergleichenden Arbeitsablauf für die Assemblierung und Annotation von De-novo-Transkriptomen für unerfahrene Bioinformatiker. Der Workflow ist vollständig über CyVerse kostenlos verfügbar und über den Data Store verbunden. Es werden Befehlszeilen und grafische Benutzeroberflächen verwendet, aber der gesamte benötigte Code steht zum Kopieren und Einfügen zur Verfügung.

Nutzung von CyVerse Resources für<em&gt; De Novo</em&gt; Vergleichende Transkriptomik von unversicherten (Nicht-Modell-) Organismen

Dieses Protokoll beschreibt die kombinatorische Verwendung von ChIP-Seq, 4sU-Seq, total RNA-Seq und Ribosom profiling für Zelllinien und Primärzellen. Nachverfolgen von Änderungen im Transkriptionsfaktor verbindlich, de Novo Transkription, RNS-Verarbeitung, Umsatz und Übersetzung im Laufe der Zeit und zeigt den gesamten Verlauf der Ereignisse in aktivierten und/oder sich rasch verändernden Zellen ermöglicht.

Echtzeit-Analyse des Transkriptionsfaktors verbindlich, Transkription, Übersetzung und Umsatz, globale Ereignisse während der zellulären Aktivierung anzuzeigen

Hier präsentierten wir eine multiplexierte einzellige mRNA-Sequenzierungsmethode, um die Genexpression in embryonalen Geweben der Maus zu profilieren. Die tropfenbasierte einzelzellbasierte mRNA-Sequenzierung (scRNA-Seq) in Kombination mit Multiplexing-Strategien kann Einzelne Zellen aus mehreren Proben gleichzeitig profilieren, was die Reagenzkosten deutlich reduziert und experimentelle Chargeneffekte minimiert.

Multiplexed Single Cell mRNA Sequenzierungsanalyse von Mausembryonalzellen

Hier zeigen die Autoren den Nutzen von MULTI-seq für die Phänotypisierung und nachfolgende gepaarte scRNA-seq und scATAC-seq bei der Charakterisierung der transkriptomischen und chromatinischen Zugänglichkeitsprofile in der Netzhaut.

Multiplexe Analyse der retinalen Genexpression und der Chromatinzugänglichkeit mittels scRNA-seq und scATAC-seq

Das hier vorgestellte Protokoll beschreibt eine komplette Pipeline zur Analyse von RNA-Sequenzierungs-Transkriptomdaten von Rohlesungen bis hin zur Funktionsanalyse, einschließlich Qualitätskontroll- und Vorverarbeitungsschritten bis hin zu fortschrittlichen statistischen Analyseansätzen.

Hochdurchsatz-Transkriptomanalyse zur Untersuchung von Wirt-Pathogen-Interaktionen

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Feinabstimmung von Regions of Interest (ROIs) für Spatial Omics-Technologien, um die Tumormikroumgebung besser zu charakterisieren und spezifische Zellpopulationen zu identifizieren. Für Proteomik-Assays können automatisierte, angepasste Protokolle die ROI-Auswahl leiten, während Transkriptomik-Assays mit ROIs von nur 50 μm fein abgestimmt werden können.

Räumliches Profiling der Protein- und RNA-Expression im Gewebe: Ein Ansatz zur Feinabstimmung der virtuellen Mikrodissektion

Dieses Protokoll stellt einen reproduzierbaren Arbeitsablauf zur Analyse von räumlichen Transkriptomik-Daten vor und führt die Nutzer von der öffentlichen Datenerfassung und der Seurat-basierten Qualitätskontrolle über Integration, Detektion räumlicher Merkmale, Dekonvolution von Zelltypen, Annotation von Regionen von Interesse bis hin zur Analyse der Zell-Zell-Kommunikation, mit praktischen Kontrollpunkten, die eine transparente Durchführung unterstützen.

Ein praktischer Workflow zur Analyse von räumlichen Transkriptomik-Daten: Von der Datenerfassung bis zu fortgeschrittenen Analysen

Diese Studie präsentiert ein räumliches Trekker–CUT&amp;Tag-Multiom-Protokoll, das direkte räumliche Barcodierung eines Gewebeschnitts mit einer Einzelzell-Multiomanalyse kombiniert. Dieser Ansatz ermöglicht räumlich aufgelöste Einzelzellprofilierung der Genexpression und der Histon-H3K27ac-Modifikation gleichzeitig und bietet mechanistische Einblicke in die Genregulation im Kontext der Gewebemikroanatomie.

räumlich aufgelöste, integrierte einzelzellige multiomische Profilierung des Transkriptoms und epigenomischen Zielen in gefrorenen Gewebeschnitten

Erfahren Sie das Stereo-Seq-Protokoll für räumliches Transkriptom-Profiling von FFPE-Gewebeschnitten. Diese Methode ermöglicht hochauflösende Kartierung diverser RNA bei Erhaltung der Gewebearchitektur für Biomarker-Entdeckung.

Umfassendes räumliches Profiling von spezies-agnostischen Transkriptomen mittels Stereo-Seq

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