Eine computergestützte Pipeline für die Quantifizierung intergener/intragener Enhancer-RNA in embryonalen Stammzellen der Maus

Unsere Gruppe untersucht die Epigenetik und Epitranskriptomik von Enhancern und konzentriert sich darauf, eine genaue Methode zur Quantifizierung von Enhancer-RNAs als Indikatoren für Enhancer-Aktivierung zu entwickeln. Da intragenische Enhancer bei den Wirtstranskripten waren, ist es schwierig, Enhancer-DER-Signale zu unterscheiden und präzise zu quantifizieren. Um zu beginnen, öffnen Sie das Terminal und geben Sie den Befehl ein, um die notwendigen Dateien und Referenzen für die Enhancer-Identifikation vorzubereiten.

Geben Sie den Befehl im Terminal ein, um in das Arbeitsverzeichnis einzutreten. Führen Sie dann den Befehl aus, der die Enhancer-Identifikationsskripte in das aktuelle Verzeichnis kopiert. Dann führt man den entsprechenden Befehl aus, um BED-Dateien für Promotorregionen, Genkörper und proteinkodierende Gene mittels Gencode-Annotation zu generieren.