Name: Vergleichende RNA-Strukturanalyse von entjungen und reifen Transkripten in Saccharomyces cerevisiae (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Erfahren Sie die CoSTseq-Methode zur Analyse von RNA-Strukturen während der Transkription in Saccharomyces cerevisiae. Dieses Verfahren ermöglicht den Vergleich entstehender und reifer Transkripte.

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<ol><li>Zhang, J., Fei, Y., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+opportunities+in+RNA+structure+experimental+determination+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling.</a> Nature Methods. 19 (10), 1193-1207 (2022).</li>
<li>Bonilla, S. L., Jones, A. N., Incarnato, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+biophysical+dissection+of+RNA+conformational+ensembles%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Structural and biophysical dissection of RNA conformational ensembles.</a> Current Opinion in Structural Biology. 88, (2024).</li>
<li>Bose, R., Saleem, I., Mustoe, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Causes%2C+functions%2C+and+therapeutic+possibilities+of+RNA+secondary+structure+ensembles+and+alternative+states%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Causes, functions, and therapeutic possibilities of RNA secondary structure ensembles and alternative states.</a> Cell Chemical Biology. 31 (1), 17-35 (2024).</li>
<li>Rapakko, J., Scaravilli, M., Änkö, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+RNA-protein+interactions+and+RNA+structures+in+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Open+Bio%22%5BJournal%5D)">Interplay between RNA-protein interactions and RNA structures in gene regulation.</a> FEBS Open Bio. , (2025).</li>
<li>Rodgers, M., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+roadmap+for+rRNA+folding+and+assembly+during+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+biochemical+sciences%22%5BJournal%5D)">A roadmap for rRNA folding and assembly during transcription.</a> Trends in biochemical sciences. 46 (11), 889-901 (2021).</li>
<li>Tomezsko, P., Swaminathan, H., Rouskin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+Genome-Wide+or+Targeted+RNA+Structure+Probing+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for Genome-Wide or Targeted RNA Structure Probing In Vitro.</a> Methods in Molecular Biology. 2254, 219-238 (2021).</li>
<li>Xu, H., Douglas, C. W., Lambowitz, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+TGIRT-seq+methods+for+comprehensive+transcriptome+profiling+with+decreased+adapter+dimer+formation+and+bias+correction%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Improved TGIRT-seq methods for comprehensive transcriptome profiling with decreased adapter dimer formation and bias correction.</a> Scientific Reports. 9 (1), (2019).</li>
<li>Lopes, R., Agami, R., Korkmaz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROseq%2C+A+Tool+for+Identification+of+Transcripts+Regulating+Gene+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+molecular+biology+%28Clifton%2C+N.J%29%22%5BJournal%5D)">GROseq, A Tool for Identification of Transcripts Regulating Gene Expression.</a> Methods in molecular biology (Clifton, N.J). 1543, 45-55 (2017).</li>
<li>Mahat, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Base-Pair+Resolution+Genome-Wide+Mapping+Of+Active+RNA+polymerases+using+Precision+Nuclear+Run-On+%28PROseq%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+protocols%22%5BJournal%5D)">Base-Pair Resolution Genome-Wide Mapping Of Active RNA polymerases using Precision Nuclear Run-On (PROseq).</a> Nature protocols. 11 (8), 1455-1476 (2016).</li>
<li>Schärfen, L., Vock, I. W., Simon, M. D., Neugebauer, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+folding+of+nascent+RNA+regulates+eukaryotic+RNA+biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid folding of nascent RNA regulates eukaryotic RNA biogenesis.</a> Molecular Cell. 85 (8), 1561-1574 (2025).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+steps+in+transcription+initiation+and+reinitiation+from+the+major+late+promoter+in+a+HeLa+nuclear+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Functional steps in transcription initiation and reinitiation from the major late promoter in a HeLa nuclear extract.</a> Journal of Biological Chemistry. 262 (8), 3452-3461 (1987).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+and+partial+characterization+of+three+functional+steps+in+transcription+initiation+by+human+RNA+polymerase+II%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Separation and partial characterization of three functional steps in transcription initiation by human RNA polymerase II.</a> Journal of Biological Chemistry. 260 (13), 8163-8172 (1985).</li>
<li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nature Methods. 14 (1), 75-82 (2017).</li>
<li>Tijerina, P., Mohr, S., Russell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS+foot-printing+of+structured+RNAs+and+RNA-protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">DMS foot-printing of structured RNAs and RNA-protein complexes.</a> Nature Protocols. 2 (10), 2608-2623 (2007).</li>
<li>Liebig, A., Waldsich, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+RNA+structure+within+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+enzymology%22%5BJournal%5D)">Probing RNA structure within living cells.</a> Methods in enzymology. 468, 219-238 (2009).</li>
<li>Pelechano, V., Chávez, S., Pérez-Ortín, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Complete+Set+of+Nascent+Transcription+Rates+for+Yeast+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">A Complete Set of Nascent Transcription Rates for Yeast Genes.</a> PLOS ONE. 5 (11), (2010).</li>
<li>Wery, M., Descrimes, M., Thermes, C., Gautheret, D., Morillon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zinc-mediated+RNA+fragmentation+allows+robust+transcript+reassembly+upon+whole+transcriptome+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq.</a> Methods. 63 (1), 25-31 (2013).</li>
<li>Wang, L. K., Lima, C. D., Shuman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+mechanism+of+T4+polynucleotide+kinase%3A+an+RNA+repair+enzyme%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Structure and mechanism of T4 polynucleotide kinase: an RNA repair enzyme.</a> The EMBO Journal. 21 (14), 3873-3880 (2002).</li>
<li>Köster, J., Rahmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakemake+a+scalable+bioinformatics+workflow+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakemake a scalable bioinformatics workflow engine.</a> Bioinformatics. 28 (19), 2520-2522 (2012).</li>
<li>Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((fastp%3A+an+ultrafast+all-in-one+FASTQ+preprocessor%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">fastp: an ultrafast all-in-one FASTQ preprocessor.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 34 (17), i884-i890 (2018).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAR%3A+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithms+for+efficiently+collapsing+reads+with+Unique+Molecular+Identifiers%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Algorithms for efficiently collapsing reads with Unique Molecular Identifiers.</a> PeerJ. 7, (2019).</li>
<li>Spasic, A., Assmann, S. M., Bevilacqua, P. C., Mathews, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+RNA+secondary+structure+folding+ensembles+using+SHAPE+mapping+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Modeling RNA secondary structure folding ensembles using SHAPE mapping data.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 314-323 (2018).</li>
<li>Saldi, T., Fong, N., Bentley, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcription+elongation+rate+affects+nascent+histone+pre-mRNA+folding+and+3%E2%80%B2+end+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Transcription elongation rate affects nascent histone pre-mRNA folding and 3′ end processing.</a> Genes & Development. 32 (3-4), 297-308 (2018).</li>
<li>Pan, T., Artsimovitch, I., Fang, X., Landick, R., Sosnick, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folding+of+a+large+ribozyme+during+transcription+and+the+effect+of+the+elongation+factor+NusA%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Folding of a large ribozyme during transcription and the effect of the elongation factor NusA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 96 (17), 9545-9550 (1999).</li>
<li>Heilman-Miller, S. L., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+transcription+on+folding+of+the+Tetrahymena+ribozyme%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Effect of transcription on folding of the Tetrahymena ribozyme.</a> RNA. 9 (6), 722-733 (2003).</li>
<li>Yu, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computationally+reconstructing+co-transcriptional+RNA+folding+from+experimental+data+reveals+rearrangement+of+nonnative+folding+intermediates%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Computationally reconstructing co-transcriptional RNA folding from experimental data reveals rearrangement of nonnative folding intermediates.</a> Molecular Cell. 81 (4), 870-883 (2021).</li>
<li>Yu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+probing+of+eukaryotic+nascent+RNA+structure+elucidates+cotranscriptional+folding+and+its+antimutagenic+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+communications%22%5BJournal%5D)">Genome-wide probing of eukaryotic nascent RNA structure elucidates cotranscriptional folding and its antimutagenic effect.</a> Nature communications. 14 (1), (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10mM ATP</td><td>Invitrogen</td><td>18330019</td><td></td></tr><tr><td>10mM Biotin-11-CTP</td><td>Jenaer Biowissenschaften</td><td>NU-831-BIOX</td><td></td></tr><tr><td>10mM GTP</td><td>Invitrogen</td><td>18332015</td><td></td></tr><tr><td>10mM UTP</td><td>Invitrogen</td><td>18333013</td><td></td></tr><tr><td>10X NEBuffer 1</td><td>New England Biolabs</td><td>B7001S</td><td>Verwendet in Schritt 7.2.1</td></tr><tr><td>10-fach phosphatgepufferte Kochsalzlösung (PBS)</td><td>Gibco</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td>20 % SDS</td><td>RPI&nbsp;</td><td>L23100-500</td><td></td></tr><tr><td>Saures Phenol: Chloroform&nbsp;</td><td>Ambion</td><td>AM9722</td><td></td></tr><tr><td>AMPure XP-Perlen zur Größenauswahl</td><td>Beckman Coulter&nbsp;</td><td>A63880</td><td>Verwendet für die Größenauswahl in Schritt 7.5.1</td></tr><tr><td>Bacto-Pepton</td><td>Gibco</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>Bacto-Hefeextrakt</td><td>Gibco</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>Bicine</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B3876-100G</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Sigma Aldrich</td><td>319988</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-GLUKOSE</td><td>Sigma Aldrich</td><td>G5767-500G</td><td></td></tr><tr><td>DIFCO AGAR</td><td>BD DIFCO</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>Dimethylsulfat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>D186309-5ML</td><td></td></tr><tr><td>Dynaperlen & Handel; MyOne Streptavidin C1 Perlen&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td>Verwendet für Biotin-Pulldown in Abschnitt 4.1</td></tr><tr><td>Dynaperlen & Handel; mRNA DIRECT&trade; Reinigungskit</td><td>Invitrogen</td><td>61011</td><td>Verwendet für die Poly-A-Auswahl in Abschnitt 5.1</td></tr><tr><td>EDTA, pH 8, 0,5M</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td>Co-Präzipitant verwendet in Schritt 4.2.7 und 5.2.4</td></tr><tr><td>Induro&reg; &nbsp; Umgekehrte Transkriptase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0681S</td><td>RT-Enzym verwendet in Schritt 6.3.1</td></tr><tr><td>Isoamylalkohol</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>W205710-1KG-K</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>JT-BAKER</td><td>9084-05-01</td><td></td></tr><tr><td>KAPA HiFi HotStart PCR Kit&nbsp; &nbsp;</td><td>Roche</td><td>07958889001</td><td>Hochpräzises DNA-Pol, verwendet in 7.3.2 und 7.4.1 für PCR-Reaktionen</td></tr><tr><td>Magnesiumchlorid</td><td>Sigma Aldrich</td><td>SLCM2154</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR-Reinigungskit</td><td>Qiagen</td><td>28004</td><td>Verwendet für die DNA-Bereinigung in Schritt 6.3.3 und 7.2.2</td></tr><tr><td>Mth RNA-Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2611A</td><td></td></tr><tr><td>Oligo Clean & Konzentrator</td><td>Zymo-Forschung</td><td>D4060</td><td>Vorgeschlagen für die DNA-Oligo-Reinigung in Schritt 7.1.2</td></tr><tr><td>Kaliumacetat&nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>236497-500G</td><td></td></tr><tr><td>Kaliumchlorid</td><td>JT Baker</td><td>3040-01</td><td></td></tr><tr><td>Kaliumhydroxid</td><td>Avantor</td><td>6984-04-01</td><td></td></tr><tr><td>RNA Clean & Konzentrator-5</td><td>Zymo-Forschung</td><td>R1014</td><td>RNA-Reinigungskit, das in Schritt 5.3.2 nach der PNK-Behandlung verwendet wird</td></tr><tr><td>RNaseOUT&trade; Rekombinanter Ribonukleaseinhibitor</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10777019</td><td>RNase-Inhibitor verwendet in Schritt 5.3.1 während der PNK-Behandlung</td></tr><tr><td>Sarkosyl</td><td>IBI Scientific</td><td>IB07080</td><td></td></tr><tr><td>Natriumacetat</td><td>Qualitätsbiologisch</td><td>351-035-721</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchlorid</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5150-1L</td><td></td></tr><tr><td>Natriumhydroxid&nbsp;</td><td>Macron</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>SUPERase&middot; In&trade; RNase-Inhibitor (20 U/&mu; L)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2696</td><td>RNase-Inhibitor verwendet in Schritt 6.3.1</td></tr><tr><td>T4-Polynukleotid-Kinase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>Thermostabil 5' App-DNA/RNA-Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0319L</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl, pH 7,4, 1M</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>J60202. K2</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>TEKNOVA</td><td>T1105</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol&trade; Reagenz</td><td>Invitrogen</td><td>15596-026</td><td>Für die entstehende RNA-Elution in Abschnitt 4.2; auch als "RNA-Reagenz" in Abschnitt 4 bezeichnet</td></tr><tr><td>&beta;-Mercapptoethanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M6250-1L</td><td></td></tr></tbody></table>

vergleichende rna-strukturanalyse von entjungen und reifen transkripten in saccharomyces cerevisiae

Comparative RNA Structure Analysis of Nascent and Mature Transcripts in Saccharomyces cerevisiae

Vergleichende RNA-Strukturanalyse von entjungen und reifen Transkripten in Saccharomyces cerevisiae

During transcription, nascent RNA starts base pairing as it exits RNA polymerases (Pols). This base pairing permits the formation of RNA structures that ...

comparative-rna-structure-analysis-nascent-mature-transcripts

Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

In diesem Protokoll, Genexpression in Hefe...

Microarray-Analyse für Saccharomyces cerevisiae</em

Dieses Protokoll beschreibt ein experimentelles Verfahren für die Durchführung...

Visualisierung und Analyse von mRNA Moleküle mittels Fluoreszenz<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisierung in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Die Steady-State-Level spezifischer mRNAs wird durch die Geschwindigkeit der Synthese und der Zerfall der mRNA bestimmt. Genomweite mRNA Abbauraten oder die Zerfallsraten spezifischer mRNAs kann durch Bestimmung mRNA Halbwertszeiten gemessen werden. Dieses Protokoll konzentriert sich auf die Messung der mRNA-Zerfallsraten in Saccharomyces cerevisiae.

Die Messung der mRNA-Abbau Preise in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt; Verwenden<em&gt; Rpb1-1</em&gt; Die Stämme

Hier präsentieren wir ein Protokoll mit RNA-Seq, um mRNA-Niveaus im Laufe der Zeit während der hypoxischen Antwort von S. Cerevisiae Zellen zu überwachen. Diese Methode kann zu analysieren, gen-Expression in eine zelluläre Reaktion angepasst werden.

Messung der mRNA-Niveaus im Laufe der Zeit während der Hefe S. Cerevisiae hypoxischen Antwort

Das hier beschriebene Protokoll basiert auf der genomweiten Quantifizierung der neugebildete mRNA von Hefezellen mit 4-Thiouracil beschriftet gereinigt. Diese Methode ermöglicht die Messung der mRNA-Synthese von mRNA Decay abgekoppelt und schafft somit eine genaue Messung der RNA-Polymerase II Transkription.

Saccharomyces cerevisiae Beschriftung mit 4-Thiouracil und Quantifizierung der metabolischen synthetisiert neu mRNA als Proxy für RNA-Polymerase II Aktivität

Hier stellen wir ein Protokoll zur DNAzyme-abhängigen Spaltung der RNA vor. Dies ermöglicht eine schnelle und standortabhängige Analyse der RNA 2'-O-Methylierung. Dieser Ansatz kann für die vorläufige oder größere Bewertung der SnoRNA-Aktivität verwendet werden.

DNAzyme-abhängige Analyse der rRNA 2'-O-Methylierung

Die kinetische Vernetzung und Analyse von cDNA ist eine Methode, die es ermöglicht, die Dynamik von Protein-RNA-Interaktionen in lebenden Zellen mit hoher zeitlicher Auflösung zu untersuchen. Hier wird das Protokoll detailliert beschrieben, einschließlich des Wachstums von Hefezellen, der UV-Vernetzung, der Ernte, der Proteinreinigung und der Vorbereitungsschritte der Next-Generation-Sequencing-Bibliothek.

Überwachung der Protein-RNA-Interaktionsdynamik in vivo mit hoher zeitlicher Auflösung unter Verwendung von χCRAC

Dieses Protokoll beschreibt, wie ein Polysomenprofil generiert wird, ohne automatisierte Gradientenerzeuger oder Gradientenfraktionierungssysteme zu verwenden.

Polysomenprofilierung ohne Gradientenerzeuger oder Fraktionierungssysteme

Das Protokoll enthält Anweisungen zur Modifizierung von RNA mit Dimethylsulfat für Mutationsprofilierungsexperimente. Es umfasst in vitro und in vivo Sondierung mit zwei alternativen Bibliothekspräparationsmethoden.

Untersuchung der RNA-Struktur mit Dimethylsulfat-Mutationsprofilierung mit Sequenzierung in vitro und in Zellen

Dieses Protokoll misst quantitativ die Stabilität und Halbwertszeit intergener und intragenischer Enhancer-RNAs in embryonalen Mausstammzellen mittels Actinomycin-D-Behandlung, RT-qPCR und nichtlinearer Regressionsanalyse. Positionsspezifische Normalisierungsstrategien werden integriert, um die Zerfallsdynamik von eRNA kontextabhängig genau zu modellieren.

Optimierte quantitative Bewertung der Stabilität der Enhancer-RNA in embryonalen Mausstammzellen

Wir bieten detaillierte Methoden zur metabolischen Markierung und Reinigung von entstehenden Transkriptomen für die Transkriptomanalyse in frühen Xenopus-Embryonen mit 5-Ethynyl-Uridin (5-EU).

Metabolische Markierung des entstehenden Transkriptoms in der frühen Embryogenese von Xenopus

Erfahren Sie die CoSTseq-Methode zur Analyse von RNA-Strukturen während der Transkription in Saccharomyces cerevisiae. Dieses Verfahren ermöglicht den Vergleich entstehender und reifer Transkripte.

Vergleichende RNA-Strukturanalyse von entjungen und reifen Transkripten in Saccharomyces cerevisiae

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