Búsqueda basada en el patrón de datos epigenómica GeNemo

El objetivo general de este vídeo es mostrar a los investigadores en el campo del estudio epigenético cómo utilizar el programa GeNemo para obtener regiones de similitud entre diferentes marcas epigenéticas y diferentes tipos de células. Nuestro objetivo al crear este programa era permitir a los investigadores comparar las funciones de sus celdas de datos con sus vastas bases de datos públicas conocidas, como Encode y Mousington. Búsqueda informativa con investigación típica a través de palabras clave.

Al borde de la celda, hay tres primaciones K4 u otras curvas específicas. Si bien estos líos son útiles, GeNemo también puede buscar complementos en los datos reales, en lugar de similitudes en la descripción de los datos. Supongamos que tiene una nueva proteína que combate el ADN con poco o ningún conocimiento a priori sobre qué tipo de modificaciones epigenéticas o recuentos celulares esperan relacionarse.

GeNemo todavía puede ayudar a reducir los objetivos potenciales. GeNemo puede leer archivos en una variedad de formatos, incluyendo matemáticas y griego, y utilizará diferentes métodos de coincidencia de patrones. También resolverá las regiones de salida en función de su puntuación de similitud y proporciona opciones de exportación de datos. Y ahora, vamos a mostrar cómo realizar una búsqueda de GeNemo.

Para usar GeNemo, necesitará su propio archivo de datos y BED, o formato de peluca grande, que se puede convertir a partir de datos experimentales en bruto con herramientas bioinformáticas comunes, como el navegador del genoma UCSC. Primero, vaya a GeNemo.org. En la página principal, verá un cuadro de búsqueda con opciones de especificación.

Elija con qué especies comparar sus datos. Para este tutorial, usaremos homosapiens como especie de referencia. A continuación, elige tu propio archivo para subirlo a GeNemo.

Este archivo puede estar alojado en línea o en su unidad local. Copie y pegue la URL en este cuadro si sus datos están en línea. O haga clic en el botón de abajo para cargar un archivo de datos local.

Para este tutorial, usaremos un archivo de muestra. A veces, las búsquedas pueden tardar mucho tiempo en completarse. Si no desea esperar, puede proporcionar su dirección de correo electrónico en este cuadro.

Y recibirá un correo electrónico con un enlace a los resultados cuando finalice la búsqueda. Si proporciona sus propios datos en formato BED, hay otra URL para cargar un archivo de peluca grande solo con fines de visualización. También puede especificar un rango de búsqueda en este cuadro.

Para especificar un rango de búsqueda, debe especificar el número de cromosomas, así como el rango de pares de bases. Las siguientes dos entradas se leerían de la misma manera. Cromosoma 1:1-1000000. O sustituyendo los signos de puntuación por espacios, que es el formato de archivo BED.

Cromosoma 1 1 1000000. Ahora, haga clic en el botón de selección de datos para seleccionar los tipos de pistas que desea buscar. Puede hacer clic en las casillas de verificación junto a cada muestra de datos para buscarla, pero también hay una función de filtro.

La función de filtro es útil para seleccionar muchas pistas al mismo tiempo. Aquí, puede seleccionar la categoría desde la que filtrar, así como utilizar los botones de la parte inferior de la pestaña. Los tres primeros botones se explican por sí mismos.

El filtro hace que todas las pistas que no pertenezcan a las categorías seleccionadas se desmarquen. Algo así como una puerta y. Por otro lado, excluir hace que las categorías seleccionadas se desmarquen.

Como una puerta de no. Cuando esté listo, haga clic en el botón de búsqueda para iniciar la búsqueda. Si está buscando muchas pistas y/o no ha especificado un rango de búsqueda más pequeño, la búsqueda puede tardar un poco.

En el cuadro de resultados, verá varias secciones del genoma en las que su archivo de datos y especies de búsqueda son similares en una o más de las secuencias de seguimiento que especificó. Puede hacer clic en descargar archivo BED para descargar un archivo que contenga una lista de regiones coincidentes. Haga clic en el botón Mostrar en cada cuadro para visualizar la sección coincidente.

En la sección de visualización, verá su propia pista de archivos de datos, así como la pista o pistas correspondientes. Puede moverse aguas arriba o aguas abajo deslizando la barra en la parte superior con las etiquetas del par base. Como puedes ver en este ejemplo, la montaña aquí es una similitud entre las dos pistas.

Después de ver este video, deberías tener una buena idea de cómo obtener regiones de similitud entre diferentes marcadores epigenéticos usando GeNemo. Los resultados de la búsqueda de GeNemo incluirán marcadores epigenéticos, factores de transcripción, hallazgo, metilación del ADN, accesibilidad de cromógenos u otros tipos de señales en varios tipos de tejidos que tienen patrones similares en ciertas ubicaciones genómicas a sus datos de interés. A partir de ahí, es posible que pueda notar si esta proteína de unión al ADN puede interactuar con algún factor transcripcional, algunos elementos reguladores o tener algo que ver con la estructura de la cromatina, etcétera.

Además, puede observar qué tipos de tejidos tienen la mayor similitud con su conjunto de datos, lo que puede aplicar la función de desarrollo de su proteína de interés. Al realizar este tipo de búsqueda amplia, GeNemo puede devolver las regiones tentativas, los fabricantes y/o los tipos de células en un período de tiempo relativamente corto. A partir de estos resultados, también sería posible acotar las posibles áreas de interés para derivar futuros experimentos, como la elección de la línea celular adecuada para la proteína en cuestión, la prueba de interacciones con factores transcripcionales específicos o la modificación epigenética mediante Co IP, 30C, 4C, 5C o HiC.

Esperamos que este tutorial haya sido útil, y estamos trabajando constantemente para mejorar GeNemo. Con este fin, agradecemos cualquier comentario.