Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Shailesh  K. Shahi; Kasra Zarei; Natalya  V. Guseva; Ashutosh K. Mangalam

doi:10.3791/59980

Journal

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Biología

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Análisis de microbiota utilizando PCR de dos pasos y secuenciación genética de rRNA 16S de próxima generación

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

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Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Análisis de microbiota utilizando PCR de dos pasos y secuenciación genética de rRNA 16S de próxima generación

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11:22 min

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October 15, 2019

DOI:

10.3791/59980-v

DOI:

10.3791/59980-v

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11:22 min

October 15, 2019

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Shailesh K. Shahi¹, Kasra Zarei², Natalya V. Guseva¹, Ashutosh K. Mangalam^1,2,3,4

¹Department of Pathology,University of Iowa ²Medical Scientist Training Program,University of Iowa ³Graduate Program in Immunology,University of Iowa ⁴Graduate Program in Molecular Medicine,University of Iowa

Summary

Aquí se describe un procedimiento operativo estándar simplificado para la elaboración de perfiles de microbiomas mediante la secuenciación y el análisis metagenómicos de 16S rRNA utilizando herramientas disponibles gratuitamente. Este protocolo ayudará a los investigadores que son nuevos en el campo del microbioma, así como aquellos que requieren actualizaciones sobre los métodos para lograr el perfilado bacteriano a una resolución más alta.