Desarrollo de un compendio para el carcinoma de células escamosas de esófago

Este estudio se centra en la identificación de genes expresados diferencialmente en el carcinoma de células escamosas de esófago, utilizando recursos abiertos como GEO 2R. En este estudio, utilizando diferentes herramientas y técnicas bioinformáticas, establecimos que un análisis cuidadoso de laboratorio de centeno podría conducir a la identificación de un número significativo de moléculas reguladas diferencialmente entre el cáncer y las condiciones normales.

La literatura contiene datos dispersos de alto rendimiento que se originan utilizando diferentes técnicas. Y el análisis que utiliza diferentes herramientas y técnicas se suma a su variación. En el futuro, consideraremos este enfoque, así como la curación manual, para tener una línea sólida para recolectar DAM, incluidos ADN, ARN, proteínas, metabolitos, ARN largos no codificantes, microARN y ARN circulares.

[Instructor] Para comenzar, ingrese la dirección web de NCBI y haga clic para abrirla. En el sitio del NCBI, vaya a PubMed, situado en la pestaña de todas las bases de datos de la barra lateral izquierda. Ingrese palabras clave relevantes en la barra de búsqueda en PubMed para encontrar artículos apropiados. A continuación, acceda al sitio web de Geo 2R. Ingrese el número de acceso de GSE en el campo de acceso geográfico y haga clic en el botón de configuración. Crea etiquetas, cáncer y luego normal. Para categorizar las muestras, asígneles cáncer y normal. Haga clic en analizar, manteniendo todos los parámetros predeterminados sin cambios. Luego acceda a la página de HPRD y haga clic en el botón de consulta. En la pestaña de búsqueda de HPRD, ingrese el nombre de la proteína o su identificador de HPRD y haga clic en el botón de búsqueda ubicado en la parte inferior de la página. Desplácese hasta la parte inferior de la página y revise la pestaña de localización para localizaciones principales y secundarias. Para determinar el símbolo genético oficial, visite el Comité de Nomenclatura de Genes de Hugo o el sitio web de HGNC. Ingrese el nombre del gen obtenido del análisis GEO 2R en la barra de búsqueda HGNC y luego haga clic en el icono de búsqueda. Ahora, para encontrar el locus genético, visite el sitio web del NCBI y abra la página de genes. Ingrese el símbolo oficial del gen en la barra de búsqueda y haga clic en el botón de búsqueda. Verifique el gen y su organismo asociado en los resultados de búsqueda. Luego haga clic en el enlace para continuar. Después, acceda a la página OMIM. Ingrese el nombre o símbolo del gen para la información del fenotipo del gen. Haga clic en el botón de búsqueda para encontrar información sobre el gen especificado. La distribución cromosómica de genes expresados diferencialmente en cromosomas individuales muestra que el número máximo de genes fue de los cromosomas uno a seis y X. El análisis de vías basadas en la geolocalización brillante identificó varias vías importantes durante el análisis de genes expresados diferencialmente.