Name: Perfil espacial completo de transcriptomas independientes de la especie a través de Stereo-seq (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 22 s
Description: Aprenda a realizar perfilado transcriptómico espacial completo de tejidos fijados en formalina usando Stereo-seq. Este método de alta resolución permite mapear transcriptomas diversos preservando la arquitectura tisular para investigación oncológica.

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<ol><li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Lähnemann, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eleven+grand+challenges+in+single-cell+data+science%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Eleven grand challenges in single-cell data science.</a> Genome Biol. 21 (1), 31(2020).</li>
<li>Molla Desta, G., Birhanu, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancements+in+single-cell+RNA+sequencing+and+spatial+transcriptomics%3A+transforming+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Biochim+Pol%22%5BJournal%5D)">Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research.</a> Acta Biochim Pol. 72, 1-12 (2025).</li>
<li>Fang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+approaches+and+challenges+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics+Proteomics+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Computational approaches and challenges in spatial transcriptomics.</a> Genomics Proteomics Bioinformatics. 21 (1), 24-47 (2023).</li>
<li>Chen, G., Ning, B., Shi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+technologies+and+related+computational+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq technologies and related computational data analysis.</a> Front Genet. 10, 317(2019).</li>
<li>Burja, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+tissue+dissociation+protocol+for+single-cell+RNA+sequencing+analysis+of+fresh+and+cultured+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">An optimized tissue dissociation protocol for single-cell RNA sequencing analysis of fresh and cultured human skin biopsies.</a> Front Cell Dev Biol. 10, 882114(2022).</li>
<li>Yu, X., Abbas-Aghababazadeh, F., Chen, Y. A., Fridley, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+and+bioinformatics+analysis+of+data+from+bulk+and+single-cell+RNA+sequencing+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical and bioinformatics analysis of data from bulk and single-cell RNA sequencing experiments.</a> Methods Mol Biol. 2194, 143-175 (2021).</li>
<li>Ma, Y., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+informed+cell-type+deconvolution+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (9), 1349-1359 (2022).</li>
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<li>Wei, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+charting+of+single-cell+transcriptomes+in+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues.</a> Nat Biotechnol. 40 (8), 1190-1199 (2022).</li>
<li>Cheng, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved+transcriptomics%3A+a+comprehensive+review+of+their+technological+advances%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Genet+Genomics%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges.</a> J Genet Genomics. 50 (9), 625-640 (2023).</li>
<li>To, A., Yu, Z., Sugimura, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advancement+in+the+spatial+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Recent advancement in the spatial immuno-oncology.</a> Semin Cell Dev Biol. 166, 22-28 (2025).</li>
<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
<li>McKellar, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+the+total+transcriptome+by+in+situ+polyadenylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation.</a> Nat Biotechnol. 41 (4), 513-520 (2023).</li>
<li>Kuemmerle, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probe+set+selection+for+targeted+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.</a> Nat Methods. 21 (12), 2260-2270 (2024).</li>
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<li>Zhou, Y., Jia, E., Pan, M., Zhao, X., Ge, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+method+of+single-cell+spatial+transcriptomics+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Encoding method of single-cell spatial transcriptomics sequencing.</a> Int J Biol Sci. 16 (14), 2663-2674 (2020).</li>
<li>Patel, P. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reliability+and+performance+of+commercial+RNA+and+DNA+extraction+kits+for+FFPE+tissue+cores%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Reliability and performance of commercial RNA and DNA extraction kits for FFPE tissue cores.</a> PLoS One. 12 (6), e0179732(2017).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereo-seq+V2%3A+Spatial+mapping+of+total+RNA+on+FFPE+sections+with+high+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution.</a> Cell. , (2025).</li>
<li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slide-tags+enables+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Slide-tags enables single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li>
<li>Stenbeck, L., Taborsak-Lines, F., Giacomello, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+automated+and+reproducible+spatially+resolved+transcriptomics+at+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale.</a> Heliyon. 8 (6), e09651(2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Vol.+Rev+A%22">Vol. Rev A</a>. , 10X Genomics. Pleasanton, CA. (2022).</li>
<li>Su, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+multi-omics+sequencing+for+fixed+tissue+via+DBiT-seq%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq.</a> STAR Protoc. 2 (2), 100532(2021).</li>
<li>Stickels, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+spatial+transcriptomics+at+near-cellular+resolution+with+Slide-seqV2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2.</a> Nat Biotechnol. 39 (3), 313-319 (2021).</li>
<li>Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N., Zatloukal, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+storage+conditions+on+the+quality+of+nucleic+acids+in+paraffin+embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues.</a> PLoS One. 13 (9), e0203608(2018).</li>
<li>Yi, Q. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+preservation+time+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissues+on+extractable+DNA+and+RNA+quantity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Int+Med+Res%22%5BJournal%5D)">Effect of preservation time of formalin-fixed paraffin-embedded tissues on extractable DNA and RNA quantity.</a> J Int Med Res. 48 (6), 030006052093125(2020).</li>
<li>Eccher, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathology+laboratory+archives%3A+Conservation+quality+of+nucleic+acids+and+proteins+for+NSCLC+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pers+Med%22%5BJournal%5D)">Pathology laboratory archives: Conservation quality of nucleic acids and proteins for NSCLC molecular testing.</a> J Pers Med. 14 (4), 333(2024).</li>
<li>Chen, T. Y., You, L., Hardillo, J. A. U., Chien, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic technologies.</a> Cells. 12 (16), 2042(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nat Biotechnol. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
<li>Janesick, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+mapping+of+the+tumor+microenvironment+using+integrated+single-cell%2C+spatial+and+in+situ+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis.</a> Nat Commun. 14 (1), 3602(2023).</li>
<li>You, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+sequencing-based+spatial+transcriptomic+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods.</a> Nat Methods. 21 (9), 1743-1754 (2024).</li>
<li>Chen, K. H., Boettiger, A. N., Moffitt, J. R., Wang, S., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved%2C+highly+multiplexed+RNA+profiling+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells.</a> Science. 348 (6233), aaa6090(2015).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+intact-tissue+sequencing+of+single-cell+transcriptional+states%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states.</a> Science. 361 (6400), eaat5691(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,5 mL tubos centrífugos DNAse/RNAsa regular</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>3456</td><td>Para mezclar reactivos (otras bandas están bien)&nbsp;</td></tr><tr><td>100% etanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td>Grado molecular</td></tr><tr><td>Tubos centrífugos cónicos estériles de polipropileno de 15 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339650</td><td>Usado para alicuotas&nbsp;</td></tr><tr><td>20x Concentrado&nbsp; Amortiguador de citrato de sodio salino (SSC)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6639-1L</td><td>Se usaba para fabricar 5 veces SSC para teñir y 1 SSC para pasos de lavado y retirar la cubierta.</td></tr><tr><td>Instrumento bioanalizador 2100</td><td>Agilent</td><td>Descontado</td><td>Instrumento: Bioanalizador</td></tr><tr><td>Cámara de 3 pozos, extraíble</td><td>Ibidi</td><td>80381</td><td>Cámara de silicona para reducir volúmenes durante la rehidratación y la fijación de metanol.</td></tr><tr><td>Fuente de luz ultravioleta de 405nm</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Para curar resina UV</td></tr><tr><td>Tubos centrífugas cónicos estériles de polipropileno de 50 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339652</td><td>Usado para alicuotas y para deparafinización&nbsp;</td></tr><tr><td>Alcohol isopropanol estéril al 70%</td><td>Texwipe&nbsp;</td><td>TX3270</td><td>Para la descontaminación superficial &nbsp;</td></tr><tr><td>Kit de ADN de Alta Sensibilidad Agilent</td><td>Agilent</td><td>5067-4626</td><td>Para la caracterización de ADNc y bibliotecas por bioanalizadores</td></tr><tr><td>Agilent RNA 6000 Pico Kit</td><td>Agilent</td><td>5067-1513</td><td>Para la caracterización de ARN por bioanalizadores</td></tr><tr><td>Lámina de aluminio</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Para cubrir la lámina durante la tinción de ssDNA.</td></tr><tr><td>Beckman Coulter SPRIselect</td><td>Beckman Coulter Ciencias de la Vida &nbsp;</td><td>B23317/B23318/B23319</td><td>Limpieza de cuentas de SPRI cDNA y biblioteca</td></tr><tr><td>Lejía</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Limpieza de la estación de trabajo eliminando la contaminación por microbioma</td></tr><tr><td>Hisopos de espuma sellados CONSTIX</td><td>Contec</td><td>19161023</td><td>Para una limpieza precisa con resina</td></tr><tr><td>Cubierta</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>BR470045-2000EA</td><td></td></tr><tr><td>Paquetes desecantes</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Paquetes desecantes sin RNasa y sin polvo.</td></tr><tr><td>Mascarilla facial desechable</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>12-888-001</td><td>Protección, contaminación por ARNasa y esterilidad&nbsp;</td></tr><tr><td>Toallitas de borrado de ADN</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060-250EA</td><td>Descontaminación limpiando superficies (toallitas húmedas)</td></tr><tr><td>Tubos de unión de ADN 1,5 mL</td><td>Eppendorf y Eppendorf;</td><td>22431021</td><td>Usado para la recopilación de ADNc y amplificaciones posteriores a la biblioteca.</td></tr><tr><td>Tubos de unión de ADN 2 mL</td><td>Eppendorf y Eppendorf;</td><td>22431048</td><td>Se utiliza para la recogida de ADNc antes de la amplificación.</td></tr><tr><td>DNBSEQ OneStep DNB Make Reactive Kit</td><td>Genómica completa</td><td>940-001891-00</td><td>Reactivos para la preparación y amplificación de nanobolas de ADN (DNB)</td></tr><tr><td>Kit de reactivos de limpieza DNBSEQ-T7RS</td><td>Genómica completa</td><td>940-001903-00</td><td>Cartucho para lavado tras completar la secuenciación</td></tr><tr><td>Kit de reactivos de carga DNBSEQ-T7RS DNB</td><td>Genómica completa</td><td>940-001894-00</td><td>Reactivos y placas para cargar los DNB en la celda de flujo</td></tr><tr><td>Celda de flujo de secuenciación DNBSEQ-T7RS</td><td>Genómica completa</td><td>940-001902-00</td><td>1 carril/celda de flujo</td></tr><tr><td>Kit de reactivos para visualización estéreo-seq DNBSEQ-T7RS</td><td>Genómica completa</td><td>940-001893-00</td><td>El cartucho y los reactivos para secuenciar.</td></tr><tr><td>Sistema DNBSEQ-T7RS</td><td>Genómica completa</td><td></td><td>Este conjunto de visualización estéreo-seq utiliza la tecnología DNBSEQ. Una secuenciación comienza con la hibridación de un ancla de ADN, luego se une una sonda fluorescente al DNA Nanoball (DNB) mediante la química combinatoria de secuenciación de ancla de sonda (cPAS). Finalmente, el sistema de imagen de alta resolución captura la señal fluorescente. Tras el procesamiento digital de la señal óptica, el secuenciador genera información de secuenciación de alta calidad y precisa.</td></tr><tr><td>Aire comprimido para desempolvar</td><td>Matin</td><td>M-6318</td><td>Es importante usar esta marca o una con propelente similar.</td></tr><tr><td>Cuchillas de Microtomo Rito de Filo</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>4280L</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>Congelador a prueba de explosiones</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Para enfriar el metanol antes y durante la fase de fijación del metanol.</td></tr><tr><td>Pinceles de histología</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>Ácido clorhídrico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>2104-50ML</td><td>Para diluir la enzima de premuliablización en 0,01 N HCl (pH 2). La concentración estándar de stock para la solución de HCl es 0,1 N. </td></tr><tr><td>Sistema de imagen</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>GC Stomics Imager, Lecia, Evo Revolution</td></tr><tr><td>Solución de descontaminación RNaseZap RNasa Invitrogen</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9780</td><td>Limpieza de la estación de trabajo eliminando la contaminación por ARNAsa</td></tr><tr><td>Limpiaparabrisas delicados Kimtech &nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34155</td><td>Para secar bancos, equipos, pipetas, etc.</td></tr><tr><td>Bata de laboratorio</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Equipo de Protección Personal (EPI)</td></tr><tr><td>Papel para lentes</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>11-997</td><td>Diversas obras para secar las láminas sin hacer sheading</td></tr><tr><td>Toallitas de borrado de ADN Lookout</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060</td><td>Limpieza de estación de trabajo eliminando la contaminación por PCR</td></tr><tr><td>Rack de Separación Magentic 5uL - 0,2&nbsp;</td><td>Permagen Labware</td><td>MSRLV08</td><td>Para la separación de perlas en tubos de PCR</td></tr><tr><td>Rack Magjet 12x1,5 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>MR02</td><td>Para la separación de perlas en tubos de 1,5 mL</td></tr><tr><td>Microtomo Rotatorio Manual</td><td>Leica</td><td>RM2235</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>Methonal &ge; 99,9%, adecuado para inmunofluorescencia, HPLC</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>34860</td><td>Para la fijación (debe ser de grado HPLC)</td></tr><tr><td>Pinzas microdisecadoras</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F4142-1EA</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>Micropipeta</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Agua sin nucleasas de grado molecular no tratada con DPEC</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Diluciones y elución de cuentas</td></tr><tr><td>Guantes de nitrilo</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>EPI</td></tr><tr><td>Horno</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Para hornear chips</td></tr><tr><td>Tubos PCR 0,2 mL con condensadores acoplados</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Para aplicaciones de PCR</td></tr><tr><td>Cubiertas de PCR &nbsp;</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Reemplazo si el adhesivo de la cubierta proporcionada es débil</td></tr><tr><td>Campana y capucha PCR Estación de trabajo</td><td>Mystaire</td><td>MY-PCR24-010</td><td>Para los pasos de pre-PCR (ARN a ADNc)</td></tr><tr><td>Medidor de pH</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Medidor de pH para confirmar el pH del HCl.</td></tr><tr><td>Solución de poli-L-lisina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A005-C</td><td>Opcional para aumentar la adhesión tisular a la astilla</td></tr><tr><td>Fluorómetro Qubit 4</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>P33226</td><td>Uterización; Medición de cantos de ADN</td></tr><tr><td>Kits de cuantificación de dsDNA de qubits</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>P32851</td><td>Para medir cuantificaciones de ADNc y bibliotecas</td></tr><tr><td>Kit de ensayo de ADN ssDNA de qubit</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>P10212</td><td>Tinción de ssDNA (Solo se utilizó el tinte)</td></tr><tr><td>Bloque de hielo sin ARN</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Histología - Se utiliza al seccionar muestras para hidratar bloques antes de seccionar</td></tr><tr><td>Solución de descontaminación RNasa RNaseZap</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9782</td><td>Una solución de descontaminación superficial que destruye ARNs</td></tr><tr><td>RNeasy FFPE Kit</td><td>Qiagen</td><td>73504 & 19093</td><td>Para la extracción de ARN y la extracción de ARN Medición DV200 &nbsp;</td></tr><tr><td>Sculpt Ultra White Resin</td><td>Siraya Tech</td><td>N/A</td><td>Resina curable por UV resistente a altas temperaturas</td></tr><tr><td>Kit de preparación de biblioteca de códigos de barras Stereo-seq 16</td><td>STOmics / Genómica Completa</td><td>111KL160</td><td>Para construir la biblioteca OMNI FFPE estéreo de secuencia</td></tr><tr><td>Kit de accesorios FFPE estéreo de seguimiento</td><td>STOmics / Genómica Completa</td><td>310AK002</td><td>Piezas de accesorios espaciales OMNI del kit 211SN114</td></tr><tr><td>Corredera de chip N-seq estéreo (1cm x 1cm)</td><td>STOmics / Genómica Completa</td><td>210CN114</td><td>Chip espacial OMNI parte del kit 211SN114</td></tr><tr><td>Adaptador PCR estéreo-seq&nbsp;</td><td>STOmics / Genómica Completa</td><td>301AUX001</td><td>Para los pasos de hibridación PCR modificados para encajar tres, similares al adaptador de hibridación Situ PCRmax</td></tr><tr><td>Kit de transcriptómica estéreo-seq N</td><td>STOmics / Genómica Completa</td><td>211KN114</td><td>Parte del kit 211SN114 del OMNI Espacial</td></tr><tr><td>Diseño quirúrgico cuchilla industrial de afeitar de propósito general</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-812-236</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>pH de la solución tampón de TE 8.0</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>8890</td><td>Para eluir cDNA y bibliotecas</td></tr><tr><td>Cicladores térmicos</td><td>BioRad / varios</td><td>1861096 /12015392 / varios</td><td>Máquina PCR con tapa manual o opciones de pozo profundo (T100 Thermal Cycler / PTC Tempo Deepwell Thermal Cycler, etc.)</td></tr><tr><td>Kits de tampón de pH todo en uno Thermo Scientific Orion</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-624-500</td><td></td></tr><tr><td>Baño de flotación de tejidos - Digital XH-1003</td><td>Estreno</td><td>NC0779538</td><td>Histología - Usada al seccionar muestras</td></tr><tr><td>Gafas con protección UV</td><td>Varios</td><td>N/A</td><td>Por seguridad durante el curado UV</td></tr><tr><td>Xilenos</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>247642</td><td>Para la deparafinización</td></tr></tbody></table>

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Se utilizaron análisis de ARN de secuenciación y bioinformática para identificar factores de transcripción expresados ​​diferencialmente significativamente y en subpoblaciones Lin-CD34 + y Lin-CD34 de ratón EMLcells. Estos factores de transcripción que podrían desempeñar un papel importante en la determinación del cambio entre las células Lin-CD34- auto-renovación de Lin-CD34 + y parcialmente diferenciado.

Identificación de los factores clave que regula la auto-renovación y diferenciación de las células precursoras hematopoyéticas EML por análisis de secuenciación de ARN-

Este protocolo describe un flujo de trabajo comparativo de anotación y ensamblaje de transcriptomas de novo para bioinformáticos novatos. El flujo de trabajo está disponible de forma gratuita en su totalidad a través de CyVerse y conectado por el almacén de datos. Se utilizan interfaces gráficas de usuario y de línea de comandos, pero todo el código necesario está disponible para copiar y pegar.

Aprovechando los recursos de CyVerse para<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptómica Comparativa de los Organismos de Discapacidad (no Modelos)

Este protocolo describe el uso combinatorio de ChIP-seq, 4sU-seq, total RNA-seq y perfiles para las líneas celulares y células primarias del ribosoma. Permite el seguimiento de cambios en el factor de transcripción vinculante, novo de transcripción, procesamiento de RNA, rotación y traducción con el tiempo y viendo el curso general de los acontecimientos en las células activadas o cambiantes.

Análisis en tiempo real del Factor de transcripción vinculante, transcripción, traducción y rotación para mostrar los eventos globales durante la activación celular

Este protocolo describe el proceso general y control de calidad controles necesarios para la preparación de células sanas de mamíferas adultos solo para preparaciones de RNA-Seq de celulares solo basada en gota, alto rendimiento. Secuenciación parámetros, lea alineación y análisis Bioinformático unicelular aguas abajo también se proporcionan.

Transcriptómica de célula basada en código de barras gotita de tejidos mamíferos adultos

Aquí presentamos un método de secuenciación de ARNm de una sola célula multiplexado para perfilar la expresión génica en tejidos embrionarios de ratón. El método de secuenciación de mRNA de una sola célula basada en gotas (scRNA-Seq) en combinación con estrategias de multiplexación puede perfilar celdas individuales de varias muestras simultáneamente, lo que reduce significativamente los costos de reactivos y minimiza los efectos experimentales por lotes.

Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

Aquí, los autores muestran la utilidad de MULTI-seq para fenotipar y posteriormente emparejar scRNA-seq y scATAC-seq en la caracterización de los perfiles de accesibilidad transcriptómica y cromatina en la retina.

Análisis multiplexado de la expresión génica de la retina y la accesibilidad a la cromatina utilizando scRNA-Seq y scATAC-Seq

El protocolo presentado aquí describe una tubería completa para analizar los datos del transcriptoma de secuenciación de ARN desde lecturas sin procesar hasta análisis funcionales, incluidos los pasos de control de calidad y preprocesamiento para enfoques analíticos estadísticos avanzados.

Análisis de transcriptoma de alto rendimiento para investigar las interacciones huésped-patógeno

Aquí, describimos un protocolo para ajustar las regiones de interés (ROI) para las tecnologías de Spatial Omics para caracterizar mejor el microambiente tumoral e identificar poblaciones celulares específicas. Para los ensayos proteómicos, los protocolos personalizados automatizados pueden guiar la selección del ROI, mientras que los ensayos transcriptómicos se pueden ajustar utilizando ROI tan pequeños como 50 μm.

Perfil espacial de la expresión de proteínas y ARN en tejidos: un enfoque para ajustar la microdisección virtual

Este estudio presenta un protocolo multioma espacial Trekker–CUT&amp;Tag que combina codificación de barras espacial directa de una sección tisular con análisis multioma de célula única. Este enfoque permite simultáneamente un perfilado espacial de expresión génica en células individuales y la modificación de la histona H3K27ac, ofreciendo conocimientos mecanicistas sobre la regulación génica en el contexto de la microanatomía tisular.

Perfilado multiómico integrado de célula única y resuelto espacialmente del transcriptoma y objetivos epigenómicos en secciones de tejido congelado

Aprenda a realizar perfilado transcriptómico espacial completo de tejidos fijados en formalina usando Stereo-seq. Este método de alta resolución permite mapear transcriptomas diversos preservando la arquitectura tisular para investigación oncológica.

Perfil espacial completo de transcriptomas independientes de la especie a través de Stereo-seq

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