Name: SCAnED - Una macro de segmentación de la piel de código abierto para la detección semiautomatizada de células y núcleos en compartimentos epidérmicos y dérmicos de la piel (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 34 s
Description: Aprende a utilizar la macro SCAnED para la segmentación semiautomatizada de células en secciones de piel humana. Este protocolo mejora la precisión en el análisis de inflamación y cáncer cutáneo sin requerir experiencia previa.

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<ol><li>Lichtenberger, B. M., Kasper, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+heterogeneity+and+microenvironmental+control+of+skin+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Intern+Med%22%5BJournal%5D)">Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer.</a> J Intern Med. 289 (5), 614-628 (2021).</li>
<li>Watt, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+skin+cell+biology%3A+at+the+interface+between+laboratory+and+clinic%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Mammalian skin cell biology: at the interface between laboratory and clinic.</a> Science. 346 (6212), 937-940 (2014).</li>
<li>Bergstresser, P. R., Pariser, R. J., Taylor, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Counting+and+sizing+of+epidermal+cells+in+normal+human+skin%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Counting and sizing of epidermal cells in normal human skin.</a> J Invest Dermatol. 70 (5), 280-284 (1978).</li>
<li>Régnier, M., Patwardhan, A., Scheynius, A., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconstructed+human+epidermis+composed+of+keratinocytes%2C+melanocytes+and+Langerhans+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Biol+Eng+Comput%22%5BJournal%5D)">Reconstructed human epidermis composed of keratinocytes, melanocytes and Langerhans cells.</a> Med Biol Eng Comput. 36 (6), 821-824 (1998).</li>
<li>Régnier, M., Staquet, M. J., Schmitt, D., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+Langerhans+cells+into+a+pigmented+reconstructed+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Integration of Langerhans cells into a pigmented reconstructed human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 109 (4), 510-512 (1997).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>McQuin, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellProfiler+3.0%3A+Next-generation+image+processing+for+biology%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology.</a> PLoS Biol. 16 (7), e2005970(2018).</li>
<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">ilastik: interactive machine learning for (bio)image analysis.</a> Nat Methods. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schmidt, U., Weigert, M., Broaddus, C., Myers, G. Cell detection with star-convex polygons. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchmidt%2C+U+%22Medical+Image+Computing+and+Computer+Assisted+Intervention+-+MICCAI+2018%22">Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI 2018</a>. Frangi, A., Schnabel, J., Davatzikos, C., Alberola-Lopez, C., Fichtinger, G. 11071, Springer. Cham. Lecture notes in Computer Science 265-273 (2018).</li>
<li>Google Colab. , Google. 
 <a target="_blank" href="https://colab.research.google.com/">https://colab.research.google.com/</a> (2025).</li>
<li>Balsini, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stiffness-dependent+lysyl+oxidase+regulation+through+hypoxia-inducing+factor+1+drives+extracellular+matrix+modifications+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Stiffness-dependent lysyl oxidase regulation through hypoxia-inducing factor 1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis.</a> J Invest Dermatol. 1145 (7), 1653-1669.e10 (2024).</li>
<li>Mahrle, G., Bolling, R., Osborn, M., Weber, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intermediate+filaments+of+the+vimentin+and+prekeratin+type+in+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Intermediate filaments of the vimentin and prekeratin type in human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 81 (1), 46-48 (1983).</li>
<li>de Waal, R. M., Semeijn, J. T., Cornelissen, M. H., Ramaekers, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidermal+Langerhans+cells+contain+intermediate-sized+filaments+of+the+vimentin+type%3A+an+immunocytologic+study%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Epidermal Langerhans cells contain intermediate-sized filaments of the vimentin type: an immunocytologic study.</a> J Invest Dermatol. 82 (6), 602-604 (1984).</li>
<li>Bata-Csorgo, Z., Hammerberg, C., Voorhees, J. J., Cooper, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flow+cytometric+identification+of+proliferative+subpopulations+within+normal+human+epidermis+and+the+localization+of+the+primary+hyperproliferative+population+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Flow cytometric identification of proliferative subpopulations within normal human epidermis and the localization of the primary hyperproliferative population in psoriasis.</a> J Exp Med. 178 (4), 1271-1281 (1993).</li>
<li>Nakamura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+CD90+on+keratinocyte+stem%2Fprogenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22British+Journal+of+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Expression of CD90 on keratinocyte stem/progenitor cells.</a> British Journal of Dermatology. 154, 1062-1070 (2006).</li>
<li>Wetzel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+neutrophil+adherence+in+psoriasis%3A+role+of+the+human+endothelial+cell+receptor+Thy-1+%28CD90%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Increased neutrophil adherence in psoriasis: role of the human endothelial cell receptor Thy-1 (CD90).</a> J Invest Dermatol. 126 (2), 441-452 (2006).</li>
<li>RRID:SCR_018350. , Indica Labs. 
 <a target="_blank" href="https://www.indicalab.com/halo/">https://www.indicalab.com/halo/</a> (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,3% Triton X&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9284</td><td></td></tr><tr><td>BSA (albúmina sérica bovina)</td><td>Sigma Aldrich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD90</td><td>Señalización celular</td><td>D3V8A</td><td></td></tr><tr><td>DAPI&nbsp;</td><td>Roche</td><td>10236276001</td><td></td></tr><tr><td>Agua desionizada</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>E-cadherina&nbsp;</td><td>Abcam</td><td>ab1416</td><td></td></tr><tr><td>Medio de montaje por fluorescencia &nbsp;</td><td>Dako</td><td>S3023</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario anti-ratón IgG1 adsorbido cruzadamente, Alexa Fluor 488&nbsp; (AF 488 anti-ratón)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21121</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario anti-ratón IgG2a adsorbido cruzadamente, Alexa Fluor 647 (AF 647 anti-ratón)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21241</td><td></td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario adsorbido cruzado anti-conejo IgG (H+L), Alexa Fluor 568 (AF 568 anti-conejo)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-11011</td><td></td></tr><tr><td>Suero de cabra&nbsp;</td><td>Agilent Technologies & Ouml; sterreich GmbH, Dako</td><td>X0907</td><td></td></tr><tr><td>PBS&nbsp;</td><td>Gibco</td><td>14190-094</td><td></td></tr><tr><td>Vimentin&nbsp;</td><td>Dako</td><td>M7020</td><td></td></tr><tr><td><fuerte>Materiales</resistente></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caja de cámara (caja húmeda)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Portadas y boletos de portada;</td><td>Thermo Fisher</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rotulador deslizante repelente de líquidos para teñir (hidrofóbico) y nbsp;</td><td>Daido Sangyo</td><td>Z377821</td><td>24x50mm</td></tr><tr><td><fuerte>Soluciones</fuerte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Buffer de permeabilización (0,3% Tritón X en PBS) & nbsp;</td><td></td><td></td><td>Consulte la Tabla 2</td></tr><tr><td>Amortiguador de tinción (2% BSA en PBS) y nbsp;</td><td></td><td></td><td>Consulte la Tabla 2</td></tr><tr><td><fuerte>software y conjuntos de datos</fuerte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>microscopio láser de barrido confocal &nbsp;</td><td>Olimpo</td><td>FV3000 basado en el IX83 invertido</td><td>equipado con un objetivo de 10x (NA 0,4), 4 líneas láser (405 nm, 488 nm, 561 nm, 640 nm, Coherente)</td></tr><tr><td>Fiyi (ImageJ)&nbsp;</td><td></td><td>V1.54h</td><td></td></tr><tr><td>Google Colab</td><td>Google</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism&nbsp;</td><td>GraphPad Software Inc.</td><td>Prisma 10</td><td>para un análisis estadístico adicional</td></tr><tr><td>HALO</td><td>Indica Labs</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Programa en Python</td><td></td><td>Python 3.11.12</td><td></td></tr><tr><td>QuPath</td><td>software abierto (Bankhead, P. et al, https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5)</td><td>v0.5.1</td><td></td></tr><tr><td>StarDist</td><td></td><td></td><td>Instalar la versión de CPU de TF1.15.0</td></tr></tbody></table>

scaned - una macro de segmentación de la piel de código abierto para la detección semiautomatizada de células y núcleos en compartimentos epidérmicos y dérmicos de la piel

SCAnED - An Open-source Skin Segmentation Macro for Semi-automated Cell and Nuclei Detection in Epidermal and Dermal Skin Compartments

En un estudio anterior, utilizamos con éxito SCAnED para detectar y cuantificar células y niveles de expresión de lisil oxidasa (LOX), una proteína citoplasmática, y el factor de transcripción factor 1 inducible por hipoxia (HIF-1) en células dentro de la dermis de la piel humana12 , destacando la aplicabilidad de esta herramienta para la investigación de la piel.
Para evaluar aún más la precisión de nuestra macro segmentación de la piel en la identificación de células ...

SCAnED - Una macro de segmentación de la piel de código abierto para la detección semiautomatizada de células y núcleos en compartimentos epidérmicos y dérmicos de la piel

The spatial distribution of immune and non-immune cells within tissues and the expression of cell-specific markers provides essential information on cell ...

scaned-an-open-source-skin-segmentation-macro-for-semi-automated-cell

Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

Xenopus epitelios embrionarios son un sistema modelo ideal para estudiar los comportamientos celulares, tales como el desarrollo de la polaridad y cambiar de forma durante la morfogénesis epitelial. Histología tradicional de muestras fijas cada vez se complementa con células vivas de imagen confocal. Aquí se demuestra métodos para aislar los tejidos de rana y visualizar en directo las células epiteliales y su citoesqueleto utilizando células vivas, la microscopía confocal.

Células vivas, imágenes y análisis cuantitativo de las células epiteliales embrionarias en Xenopus laevis</em

Fuente: Hamid, H. S., et al. Imágenes tridimensionales y análisis de mitocondrias dentro de fibras nerviosas intraepidérmicas humanas. J. Vis. Exp. (2017) Este video muestra el método para visualizar mitocondrias específicas del nervio utilizando imágenes tridimensionales. Describe el proceso de adquisición de escaneos secuenciales de fibras nerviosas intraepidérmicas premarcadas y la generación de imágenes de superficie en 3D para aislar y mostrar las mitocondrias en relación con las...

Visualización de las mitocondrias dentro de las fibras nerviosas intraepidérmicas

Se presenta una estrategia para analizar cuantitativamente los datos histológicos en la médula ósea. La microscopía confocal de células marcadas con fluorescencia en secciones de tejido da como resultado imágenes bidimensionales, que se analizan automáticamente. Los análisis de colocalización de diferentes tipos de células se comparan con los datos de imágenes simuladas, lo que proporciona información cuantitativa sobre las interacciones celulares.

Automatizado Cuantificación de células hematopoyéticas - Interacciones de células del estroma en histológicas Imágenes de descalcificados Hueso

Este protocolo utiliza técnicas de análisis y proyección de imagen (3D) tridimensionales para visualizar y cuantificar las mitocondrias del nervio específico. Las técnicas son aplicables a otras situaciones donde una señal fluorescente se utiliza para aislar un subconjunto de los datos de otra señal fluorescente.

Proyección de imagen tridimensional y análisis de las mitocondrias en las fibras de nervio humano Intraepidermal

Aquí describimos un protocolo para la segmentación automática de tejidos fluorescencia etiquetadas en diapositivas, utilizando un sistema de análisis de alto contenido de campo amplio (WHCAS). Este protocolo tiene amplias aplicaciones en cualquier campo que consiste en la cuantificación de marcadores fluorescentes en tejidos biológicos, como las ciencias biológicas, ingeniería médica y Ciencias de la salud.

Análisis automatizado de la diapositiva y segmentación en tejidos marcada con fluorescencia utilizando un sistema de análisis de la Widefield High-contenido

El método presentado aquí utiliza micropatrones junto con imágenes cuantitativas para revelar la organización espacial dentro de los cultivos de mamíferos. La técnica es fácil de establecer en un laboratorio de biología celular estándar y ofrece un sistema manejable para estudiar el patrón in vitro.

Mapeo de la Organización Espacial Emergente de Células De mamíferos usando Micropatrones e Imágenes Cuantitativas

Presentamos un flujo de trabajo de libre disposición construido para la exploración rápida y el análisis preciso de cuerpos celulares en compartimentos celulares específicos en imágenes de microscopía de fluorescencia. Este flujo de trabajo fácil de usar está diseñado en el software de código abierto Icy y también utiliza funcionalidades ImageJ. La canalización es asequible sin conocimientos en el análisis de imágenes.

Analizador de Subestructuras: Un flujo de trabajo amigable para el usuario para la exploración rápida y el análisis preciso de los cuerpos celulares en imágenes de microscopía de fluorescencia

Presentamos un método, que utiliza un enfoque de análisis de imágenes basado en áreas generalizables para identificar los recuentos de células. El análisis de diferentes poblaciones celulares explotó las diferencias significativas de altura y estructura celular entre los distintos tipos de células dentro de un algoritmo adaptativo.

Algoritmo de análisis de imágenes basado en áreas para la cuantificación de cocultivos de macrófagos y fibroblastos

La combinación de blanqueo iterativo-extendido-multiplexidad (IBEX) y un ensayo comercial de etiquetado de nucleótidos (Click-iT EdU) permite la detección y categorización de tipos de células en división en procesos altamente dinámicos en secciones fijas de tejido murino congelado. Además, una novedosa canalización de procesamiento de imágenes de código abierto proporciona adquisición y análisis de imágenes de alto rendimiento.

Flujo de trabajo de imágenes y análisis de alto rendimiento para evaluar los fenotipos de las células de la piel y los estados de proliferación en muestras de tejido

Este protocolo presenta un método comparativo para evaluar rasgos estomales y epidérmicos en dos especies distintas utilizando peelings epidérmicos, técnicas de limpieza y análisis de imágenes asistido por IA. El objetivo es permitir la cuantificación reproducible y de alto rendimiento de las estructuras celulares que subyacen a la función estomática para aplicaciones agrícolas y para la investigación vegetal en general.

Caracterización de rasgos estomales y epidérmicos mediante peelings, limpieza y análisis de imágenes basados en IA

Aprende a utilizar la macro SCAnED para la segmentación semiautomatizada de células en secciones de piel humana. Este protocolo mejora la precisión en el análisis de inflamación y cáncer cutáneo sin requerir experiencia previa.

SCAnED - Una macro de segmentación de la piel de código abierto para la detección semiautomatizada de células y núcleos en compartimentos epidérmicos y dérmicos de la piel (Video) | JoVE Journal

SCAnED - Una macro de segmentación de la piel de código abierto para la detección semiautomatizada de células y núcleos en compartimentos epidérmicos y dérmicos de la piel

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