Name: Método de interacción ADN-ADN con cromatina asociada a ARN (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: Aprende el método RDD para mapear interacciones de cromatina ancladas por ARN específico mediante ligadura de proximidad y secuenciación de alto rendimiento. Esta técnica permite estudiar la organización tridimensional del genoma y la regulación génica a larga distancia.

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<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA</td><td>Invitrogen</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M acetato de magnesio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 7,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 8,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>Invitrogen</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS (peso/volumen)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10 y veces; Amortiguador de cola A</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10 y veces; Amortiguador de reparación final</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10 y veces; T4 ADN ligasa tampón</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10 y veces; Búfer TBE</td><td>Invitrogen</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de ensayo de fondo redondo de 14 mL</td><td>Corning</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2 y veces; Mezcla maestra PCR</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20 y más veces; Búfer SSC</td><td>Invitrogen</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-&mu; Tubos L PCR</td><td>Sangon Biotech</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>Botellas de almacenamiento de PET cuadradas de 250 mL</td><td>Corning</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoetanol (&beta;-ME)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250-100 mL</td><td>! PRECAUCIÓN &beta;-ME es tóxico; Úsalo siempre en una campana extractora.</td></tr><tr><td>Tubos de 2 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M Acetato de sodio pH 5,5</td><td>Invitrogen</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M acetato de potasio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>Botellas de almacenamiento PET cuadradas de 500 mL</td><td>Corning</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>Balance analítico</td><td>Sartorius</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>Contador automático de celdas</td><td>Contraestrella</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>Sistema automático de electroforesis capilar</td><td>Bióptico</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>Sondas biotiniladas</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Consulta Tabla 1</td></tr><tr><td>Pólvora bloqueadora</td><td>Invitrogen</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>Enlacer puente oligos</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Consulta Tabla 1</td></tr><tr><td>Incubadora CO2</td><td>Termo Científica</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>Dimetilsulfóxido (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Kit de preparación de biblioteca de ADN V2 para Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>Kit de purificación de ADN</td><td>Zymo</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' Solución salina tamponada con fosfato (DPBS) (1 y veces)</td><td>Gibco</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>Cóctel inhibidor de proteasas sin EDTA</td><td>Roche</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS (Bis[succiniMidylsuccinate])</td><td>Termo Científica</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>Amortiguador de elución</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Alcohol etílico, puro</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>Solución de formaldehído</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47608-250mL-F</td><td>! PRECAUCIÓN: El formaldehído es tóxico; Úsalo siempre en una campana extractora.</td></tr><tr><td>Formamida</td><td>Invitrogen</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>Sistema de imagen en gel</td><td>Tanon</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>Glicina</td><td>Invitrogen</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>Glucógeno con tinte azul</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>Cartucho de alta sensibilidad</td><td>Bióptico</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de bloqueo de fase de alta densidad (1,5 mL)</td><td>Qiagen</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>Kit de ensayo fluorométrico de dsDNA de alta sensibilidad</td><td>Invitrogen</td><td>P32851</td><td></td></tr><tr><td>Index kit V2 para Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetil-PEG2-Biotina (IPB)</td><td>Termo Científica</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>Alcohol isopropílico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9030</td><td>! PRECAUCIÓN: El alcohol isopropílico es tóxico; Úsalo siempre en una campana extractora.</td></tr><tr><td>Cartucho Kilo base</td><td>Bióptico</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>Fragmento de Klenow (3'&rarr; 5' exo-)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>Cuentas magnéticas</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>Rack de separación magnética y nbsp; para tubo de 15 mL</td><td>Invitrogen</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>Rack de separación magnética y nbsp; para tubo de 2 mL</td><td>Invitrogen</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Rack de separación magnética para tubo de PCR</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>Incubadora microbiológica</td><td>Termo Científica</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>Microscopio</td><td>Nikon</td><td>Eclipse TS2</td><td></td></tr><tr><td>Mezclador</td><td>ELMI</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-Dimetilformamida (DMF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>227056-100ML</td><td>! PRECAUCIÓN: El DMF es tóxico; Úsalo siempre en una campana extractora.</td></tr><tr><td>Microcentrífuga no refrigerada</td><td>Eppendorf</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>Agua libre de nucleasa (no tratada con DEPC, 1000 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Agua libre de nucleasa (no tratada con DEPC, 50 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>Cuantificador de ácidos nucleicos</td><td>Invitrogen</td><td>P33226</td><td></td></tr><tr><td>Agitador orbital</td><td>Cristal</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>Fenol:Cloroformo:IAA</td><td>Solarbio</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Solución de proteinasa K</td><td>Invitrogen</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga refrigerada</td><td>Eppendorf</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>Incubadora refrigerada</td><td>Termo Científica</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrífuga refrigerada</td><td>Eppendorf</td><td>5404F1621754</td><td></td></tr><tr><td>Frigorífico</td><td>Haier</td><td>DW-25L262</td><td></td></tr><tr><td>Inhibidor de RNasa</td><td>Ambión</td><td>AM2696</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 15 mL sin RNasa</td><td>Invitrogen</td><td>AM12500</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 50 mL libres de RNasa</td><td>Invitrogen</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Sonics & Materiales</td><td>VCX130</td><td></td></tr><tr><td>Cuentas magnéticas recubiertas de estreptavidina C1</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>Cuentas magnéticas recubiertas de estreptavidina M-280&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>11205D</td><td></td></tr><tr><td>T4 ADN ligasa &nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>ADN polimerasa T4</td><td>NEB</td><td>M0203S</td><td></td></tr><tr><td>pH del tampón TE 8.0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9849</td><td></td></tr><tr><td>Ciclador térmico</td><td>Bio-Rad</td><td>1851148</td><td></td></tr><tr><td>Termomezclador</td><td>Eppendorf</td><td>5382000023</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Acros Organics</td><td>327371000-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Congelador de ultra baja temperatura</td><td>Termo Científica</td><td>995</td><td></td></tr><tr><td>Concentrador de vacío</td><td>TOMY</td><td>MV-100</td><td></td></tr></tbody></table>

método de interacción adn-adn con cromatina asociada a arn

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

Método de interacción ADN-ADN con cromatina asociada a ARN

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

rna-associated-chromatin-dna-dna-interaction-method

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Investigación

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Biología

El método de Hi-C permite la identificación imparcial de todo el genoma de las interacciones entre la cromatina (1). Hi-C parejas ligadura de proximidad y de secuenciación masiva en paralelo. Los datos resultantes se pueden utilizar para estudiar arquitectura genómica a diferentes escalas, los resultados iniciales identificaron características tales como los territorios de cromosomas, la segregación de la cromatina abierta y cerrada, y la estructura de la cromatina en la escala de megabase.

Hi-C: Un método para estudiar la arquitectura tridimensional de los genomas.

La trampa de cromosoma asociados (ACT) de ensayo es un nuevo método imparcial para la identificación de largo alcance interacciones ADN. La caracterización de las interacciones de largo alcance de ADN nos permitirá determinar la relación de la arquitectura nuclear de la expresión génica en la fisiología normal y en estados de enfermedad.

Cromosómicas asociadas trampa para la identificación de largo alcance Interacciones ADN

Análisis de la interacción de la cromatina por género Secuenciación Paired-End (Chia-PET) es un método...

La cromatina Análisis de Interacción con la etiqueta de secuenciación pareadas final (Chia-PET) para el mapeo de la cromatina y la comprensión de las interacciones Reglamento Transcripción

Este video describe el protocolo para el ensayo de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP), que es una técnica clásica para demostrar las interacciones proteína-ADN. Esta técnica se utiliza para identificar genes diana en células de leucemia linfocítica crónica humana.

Ensayo de inmunoprecipitación de cromatina: una técnica para estudiar las interacciones proteína-ADN en células

Aquí se describe un protocolo para la detección simultánea de las modificaciones de histonas por secuencias de ADN de inmunofluorescencia y por FISH de ADN seguido por microscopía 3D y análisis (3D inmuno-ADN FISH).

Inmunofluorescencia y FISH Combinado de ADN en 3D conservados núcleos en interfase para estudiar los cambios en la organización nuclear 3D

Inmunoprecipitación de la cromatina es una técnica poderosa para la identificación de ADN sitios de las proteínas de Arabidopsis unión in vivo. Este procedimiento incluye la cromatina entrecruzamiento y la fragmentación, inmunoprecipitación con anticuerpos selectivos contra la proteína de interés, y el análisis qPCR de ADN unido. Se describe un chip de ensayo sencilla optimizada para plantas de Arabidopsis.

Ensayo de inmunoprecipitación de la cromatina para la Identificación de Arabidopsis proteína-DNA<em&gt; En Vivo</em

Extracción de la sal secuencial de las proteínas de la cromatina obligada es una herramienta útil para la determinación de las propiedades de enlace de los complejos grandes. Este método puede ser empleado para evaluar la función de individuales subunidades o dominios en la total afinidad de una proteína compleja a la cromatina.

Extracciones secuenciales de sal para el análisis de la cromatina a granel enlace propiedades de cromatina, complejos de modificar

Este protocolo se centra en la preparación de cromatina a partir de tejidos congelados a presión y es adecuado para la inmunoprecipitación de cromatina reticulada (X-ChIP) seguida de un análisis cuantitativo de PCR (X-ChIP-qPCR) o enfoques de secuenciación de próxima generación (X-ChIP-seq).

Extracción de cromatina del tejido hepático quimérico congelado para el análisis de inmunoprecipitación de la cromatina

La interacción de un remodelador de cromatina dependiente de ATP con un ligando de ADN se describe mediante espectroscopia de CD. Los cambios conformacionales inducidos en un promotor génico analizado por los picos generados pueden ser utilizados para comprender el mecanismo de regulación transcripcional.

Espectroscopia de CD para estudiar las interacciones ADN-proteína

La cortina de ADN, una técnica de adquisición de imágenes de molécula única de alto rendimiento, proporciona una plataforma para la visualización en tiempo real de diversas interacciones proteína-ADN. El presente protocolo utiliza la técnica de cortina de ADN para investigar el papel biológico y el mecanismo molecular de Abo1, una ATPasa AAA+ que contiene bromodominio de Schizosaccharomyces pombe .

Descifrando el mecanismo molecular del ensamblaje de histonas mediante la técnica de cortina de ADN

Presentamos un protocolo de tinción y análisis de microscopía de localización de molécula única de cromatina en tres colores (SMLM) que permite el mapeo reproducible de eucromatina, heterocromatina y RNAP II para análisis espacial. Este protocolo permite un marcado multicolor eficiente en entornos nucleares densos, incluyendo objetivos asociados a la cromatina, permitiendo una detección simultánea fiable.

Un protocolo de microscopía de localización de molécula única multimarca para la investigación de la cromatina en el entorno nuclear denso

Aprende el método RDD para mapear interacciones de cromatina ancladas por ARN específico mediante ligadura de proximidad y secuenciación de alto rendimiento. Esta técnica permite estudiar la organización tridimensional del genoma y la regulación génica a larga distancia.

Método de interacción ADN-ADN con cromatina asociada a ARN

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