Fenotypisk variasjon for trekk kan skyldes mutasjoner i cis-regulerende element (CRE) sekvenser som kontrollerer genuttrykk mønstre. Metoder utledet for bruk i Drosophila melanogaster kan kvantitativt sammenligne nivåene av romlige og tidsmessige mønstre av genuttrykk mediert av modifisert eller naturlig forekommende CRE varianter.