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DOI: 10.3791/51372-v
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La modélisation précise des structures nanohelical est important pour les études de simulation prédictive de déboucher sur des applications de la nanotechnologie. Actuellement, des logiciels et des codes sont limités dans la création de modèles hélicoïdaux atomiques. Nous présentons deux procédures visant à créer des modèles de nanohelical atomiques pour les simulations, et une interface graphique pour améliorer la recherche grâce à la visualisation.
L’objectif global de cette procédure est de créer des modèles atomistiques d’hélices, de nanoressorts et de nanorubans à l’aide d’un code open source pour la dynamique moléculaire ou les simulations MD. Cette vidéo décrit comment préparer des modèles de nano-ressorts en verre de silice en préparant d’abord un fichier d’entrée de silice atomistique en vrac approprié, ainsi que les fichiers de programme open source nano springing carver. La deuxième étape consiste à démarrer MATLAB sur un PC Linux et à utiliser l’interface utilisateur graphique du nano-ressort-ressorteur pour générer le modèle de nano-ressort souhaité.
Ensuite, les résultats du nanos springing carver sont vérifiés dans un visualiseur open source. La dernière étape consiste à utiliser les résultats dans des simulations de traction MD de ressorts. En fin de compte, une variété de modèles nano-hélicoïdaux bien définis et évolutifs peuvent être générés efficacement pour les simulations de DM vers la recherche sur l’innovation des matériaux.
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