Name: Évaluation de l’innocuité microbienne des laiteries à l’aide du profilage protéomique bactérien via l’approche MALDI (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-07T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 31 s
Description: Découvrez une méthode rapide d'identification microbienne dans les produits laitiers par MALDI-TOF MS et culturomique. Cette approche offre une analyse précise et économique pour renforcer la sécurité alimentaire.

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<ol><li>Savage, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+three+bacterial+identification+systems+for+species+identification+of+bacteria+isolated+from+bovine+mastitis+and+bulk+tank+milk+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Foodborne+PathogDis%22%5BJournal%5D)">Evaluation of three bacterial identification systems for species identification of bacteria isolated from bovine mastitis and bulk tank milk samples.</a> Foodborne PathogDis. 14 (3), 177-187 (2017).</li>
<li>Holt, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHolt%2C+JG+%22Bergey%27s+manual+of+determinative+bacteriology%22">Bergey's manual of determinative bacteriology</a>. , 9th ed, Lippincott Williams & Wilkins. Philadelphia, PA. (2000).</li>
<li>Franco-Duarte, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+chemical+and+biological+methods+to+identify+microorganisms-from+past+to+present%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Advances in chemical and biological methods to identify microorganisms-from past to present.</a> Microorganisms. 7 (5), 130(2019).</li>
<li>Czeszewska-Rosiak, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+usefulness+of+the+MALDI-TOF+MS+technique+in+the+determination+of+dairy+samples%27+microbial+composition%3A+Comparison+of+the+new+EXS+2600+system+with+MALDI+Biotyper+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The usefulness of the MALDI-TOF MS technique in the determination of dairy samples' microbial composition: Comparison of the new EXS 2600 system with MALDI Biotyper platform.</a> Arch. Microbiol. 206, 172(2024).</li>
<li>Wilson, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Test+agreement+among+biochemical+methods%2C+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%2C+and+16S+rRNA+sequencing+for+identification+of+microorganisms+isolated+from+bovine+milk%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Test agreement among biochemical methods, matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, and 16S rRNA sequencing for identification of microorganisms isolated from bovine milk.</a> J Clin Microbiol. 57 (3), e01381-e01418 (2019).</li>
<li>Barreiro, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+communication%3A+Identification+of+subclinical+cow+mastitis+pathogens+in+milk+by+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Dairy+Sci%22%5BJournal%5D)">Short communication: Identification of subclinical cow mastitis pathogens in milk by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> J Dairy Sci. 93 (12), 5661-5667 (2010).</li>
<li>Vithanage, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species-level+discrimination+of+psychrotrophic+pathogenic+and+spoilage+gram-negative+raw+milk+isolates+using+a+combined+MALDI-TOF+MS+proteomics-bioinformatics-based+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Species-level discrimination of psychrotrophic pathogenic and spoilage gram-negative raw milk isolates using a combined MALDI-TOF MS proteomics-bioinformatics-based approach.</a> J Proteome Res. 16 (6), 2188-2203 (2017).</li>
<li>Ashfaq, M. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+MALDI-TOF+MS+for+identification+of+environmental+bacteria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Environ+Manage%22%5BJournal%5D)">Application of MALDI-TOF MS for identification of environmental bacteria: A review.</a> J Environ Manage. 305, 114359(2022).</li>
<li>Sugajski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+sources+of+lactic+acid+bacteria+with+potential+antibacterial+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">New sources of lactic acid bacteria with potential antibacterial properties.</a> Arch Microbiol. 204 (349), 1-13 (2022).</li>
<li>Lagier, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rebirth+of+culture+in+microbiology+through+the+example+of+culturomics+to+study+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota.</a> Clin Microbiol Rev. 28 (1), 237-264 (2015).</li>
<li>Złoch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culturomics+approach+to+identify+diabetic+foot+infection+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Culturomics approach to identify diabetic foot infection bacteria.</a> Int J Mol Sci. 22 (17), 9574(2021).</li>
<li>Bilen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contribution+of+culturomics+to+the+repertoire+of+isolated+human+bacterial+and+archaeal+species%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The contribution of culturomics to the repertoire of isolated human bacterial and archaeal species.</a> Microbiome. 6 (94), 1-11 (2018).</li>
<li>Bourassa, L., Butler-Wu, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+for+microorganism+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Method+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry for microorganism identification.</a> Method Microbiol. 42, 37-85 (2015).</li>
<li>Janiszewska, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implications+of+sample+preparation+methods+on+the+MALDI-TOF+MS+identification+of+spore-forming+bacillus+species+from+food+samples%3A+A+closer+look+at+Bacillus+licheniformis%2C+Peribacillus+simplex%2C+Lysinibacillus+fusiformis%2C+Bacillus+flexus%2C+and+Bacillus+marisflavi%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Omega%22%5BJournal%5D)">Implications of sample preparation methods on the MALDI-TOF MS identification of spore-forming bacillus species from food samples: A closer look at Bacillus licheniformis, Peribacillus simplex, Lysinibacillus fusiformis, Bacillus flexus, and Bacillus marisflavi.</a> ACS Omega. 8 (38), 34982-34994 (2023).</li>
<li>Valentine, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+culture+conditions+on+microorganism+identification+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Effect of culture conditions on microorganism identification by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (1), 58-64 (2005).</li>
<li>Wragg, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Biolog+GEN+III+MicroStation+semi-automated+bacterial+identification+system+with+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry+and+16S+ribosomal+RNA+gene+sequencing+for+the+identification+of+bacteria+of+veterinary+interest%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Comparison of Biolog GEN III MicroStation semi-automated bacterial identification system with matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and 16S ribosomal RNA gene sequencing for the identification of bacteria of veterinary interest.</a> J Microbiol Methods. 105, 16-21 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>70 % d’acide formique</td><td>Chempur</td><td>115676307</td><td></td></tr><tr><td>Acétonitrile</td><td>Merck KGaA</td><td>1.00014.1011</td><td></td></tr><tr><td>Agar APT</td><td>Merck KGaA</td><td>1.10453.0500</td><td></td></tr><tr><td>Norme de test bactérien</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8255343</td><td></td></tr><tr><td>Agar CBL (Agar lactose bleu de Chine)</td><td>Merck KGaA</td><td>1.02348.0500</td><td></td></tr><tr><td>Agar de sang de Columbia &nbsp ;</td><td>Oxoïde</td><td>CM0331B</td><td></td></tr><tr><td>Agar M17</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lag Count Agars (MPCA)</td><td>Oxoïde</td><td>CM0681</td><td></td></tr><tr><td>MRS agar (de Man, Rogosa et Sharpe Agar)</td><td>Merck KGaA</td><td>1.10660.0500</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 cible l’acier poli BC</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8280800</td><td></td></tr><tr><td>Eau à peptons</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>70179</td><td></td></tr><tr><td>Agar de Scheadler</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>91019</td><td></td></tr><tr><td>Sang de mouton</td><td>Biomaxima</td><td>SL0160-100</td><td></td></tr><tr><td>Acide trifluoroacétique</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>Agar de soja tryptique (TSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>22091</td><td></td></tr><tr><td>Eau</td><td>Merck KGaA</td><td>1.15333.2500</td><td></td></tr><tr><td>&alpha ;-Cyano-4-hydroxycinnamique</td><td>Bruker Daltonik GmbH</td><td>8201344</td><td></td></tr></tbody></table>

Évaluation de l’innocuité microbienne des laiteries à l’aide du profilage protéomique bactérien via l’approche maldi

Evaluation of Microbial Safety of Dairies using Bacterial Proteomic Profiling via MALDI Approach

Évaluation de l’innocuité microbienne des laiteries à l’aide du profilage protéomique bactérien via l’approche MALDI

We present a protocol using the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS, hereinafter referred to as ...

evaluation-microbial-safety-dairies-using-bacterial-proteomic

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Biology

Biologie

Les macrophages sont les cellules clés impliquées dans la pathogénicité de l’hôte. Les macrophages présentent une diversité phénotypique et fonctionnelle qui peut être analysée et détectée par analyse protéomique. Cet article décrit comment réaliser l’électrophorèse 2D de cultures primaires de macrophages humains différenciés en phénotype M1 ou M2.

Protéomique profilage des macrophages par électrophorèse 2D

Ce protocole permet l’extraction et la concentration de protéines et d’ADN à partir de biomasse microbienne prélevée dans l’eau de mer, suivie de la génération de peptides tryptiques adaptés à l’analyse protéomique basée sur la spectrométrie de masse en tandem.

Un microbienne aquatique métaprotéomique Workflow: à partir de cellules à tryptique peptides appropriés pour l&#39;analyse comparative-spectrométrie de masse en tandem

La spectrométrie de masse à temps de vol laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS) et les techniques moléculaires (séquençage du gène de l’ARNr 16S) permettent d’identifier des pathogènes bactériens rares dans les diagnostics de routine. L’objectif de ce protocole réside dans la combinaison des deux techniques qui permet d’obtenir des données plus précises et plus fiables.

Identification des bactéries pathogènes rares par 16S ARNr Gene Séquençage et MALDI-TOF MS

Mass phyloproteomics la spectrométrie (MSPP) a été utilisé pour taper une collection de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolats au niveau de la souche par rapport à multilocus sequence typing (MLST).

typage de<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Les isolats utilisant PhyloProteomics basés sur la spectrométrie de masse (MSPP)

On pense que les bactériocines jouent un rôle clé dans la définition de la diversité microbienne dans différentes niches écologiques. Ici, nous décrivons une procédure efficace pour évaluer comment les bactériocines affectent la composition de microbiota intestinal dans un modèle animal.

Une méthode pour évaluer les effets de la bactériocine sur le microbiota intestinal des souris

Un workflow semi-automatisé est présenté pour le séquençage des ARNr 16 s de lait maternel et d’autres types d’échantillons de faible biomasse ciblé.

Une méthode de séquençage ciblé 16 s d’échantillons de lait maternel

IDBac est un pipeline bioinformatique à base de spectrométrie de masse open source qui intègre des données provenant à la fois de protéines intactes et de spectres de métabolites spécialisés, recueillis sur des matériaux cellulaires extraits de colonies bactériennes. Le pipeline permet aux chercheurs d'organiser rapidement des centaines à des milliers de colonies bactériennes en groupes taxonomiques putatifs, et de les différencier davantage en fonction de la production spécialisée de...

Utilisation du pipeline Open-Source MALDI TOF-MS IDBac pour l'analyse des protéines microbiennes et des données spécialisées sur les métabolites

Ce protocole couvre une analyse détaillée de la composition du peptidoglycane à l’aide de la spectrométrie de masse par chromatographie liquide couplée à un logiciel avancé d’extraction de caractéristiques et d’analyse bioinformatique.

Analyse semi-quantitative du peptidoglycane par chromatographie liquide Spectrométrie de masse et bioinformatique

Ici, nous présentons un protocole optimisé de digestion sur filtre avec des informations détaillées sur les éléments suivants : digestion des protéines, purification du peptide et analyse d’acquisition indépendante des données. Cette stratégie est appliquée à l’analyse des échantillons de sécrétions prostatiques exprimées-urine et permet une couverture protéome élevée et un profilage sans étiquette de faible valeur manquante du protéome urinaire.

Profil protéomique de l’EPS-Urine grâce à la digestion FASP et à l’analyse indépendante des données

Nous présentons ici un protocole pour l’identification rapide des protéines produites par des bactéries pathogènes séquencées génomiquement en utilisant la spectrométrie de masse en tandem MALDI-TOF-TOF et l’analyse protéomique descendante avec un logiciel développé en interne. Les ions protéiques métastables se fragmentent en raison de l’effet acide aspartique et cette spécificité est exploitée pour l’identification des protéines.

Identification des protéines d’immunité antibactérienne chez Escherichia coli à l’aide de MALDI-TOF-TOF-MS/MS et d’une analyse protéomique descendante

La métaprotéomique clinique offre un aperçu du microbiome humain et de ses contributions à la maladie. Nous avons exploité la puissance de calcul de la plateforme Galaxy pour développer un flux de travail bioinformatique modulaire qui facilite l’analyse métaprotéomique complexe basée sur la spectrométrie de masse et la caractérisation de divers types d’échantillons cliniques pertinents pour les études de maladies.

Un flux de travail de métaprotéomique clinique mis en œuvre au sein de la plateforme bioinformatique Galaxy pour analyser les interactions hôte-microbiome sous-jacentes aux maladies humaines

Découvrez une méthode rapide d'identification microbienne dans les produits laitiers par MALDI-TOF MS et culturomique. Cette approche offre une analyse précise et économique pour renforcer la sécurité alimentaire.

Évaluation de l’innocuité microbienne des laiteries à l’aide du profilage protéomique bactérien via l’approche MALDI

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