Name: מיפוי צפיפות ה-DNA המוחלטת בגרעיני התא באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 57 s
Description: למד מיפוי צפיפות DNA מוחלטת בגרעיני תאים באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת וטסלציית Voronoi. שיטה זו מאפשרת חקר מגבלות מרחביות במבני כרומטין וקישור מידע גנטי לשלבי מחזור התא.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Passarge, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emil+Heitz+and+the+concept+of+heterochromatin%3A+longitudinal+chromosome+differentiation+was+recognized+fifty+years+ago%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Human+Genetics%22%5BJournal%5D)">Emil Heitz and the concept of heterochromatin: longitudinal chromosome differentiation was recognized fifty years ago.</a> American Journal of Human Genetics. 31 (2), 106-115 (1979).</li>
<li>Cremer, T., Cremer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosome+territories%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Perspectives+in+Biology%22%5BJournal%5D)">Chromosome territories.</a> Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 2 (3), 003889(2010).</li>
<li>Vecchio, L., Solimando, L., Biggiogera, M., Fakan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+halogenated+precursors+for+simultaneous+DNA+and+RNA+detection+by+means+of+immunoelectron+and+immunofluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Use of halogenated precursors for simultaneous DNA and RNA detection by means of immunoelectron and immunofluorescence microscopy.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 56 (1), 45-55 (2008).</li>
<li>Solimando, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+organization+of+nucleotide+excision+repair+proteins+after+UV-induced+DNA+damage+in+the+human+cell+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">Spatial organization of nucleotide excision repair proteins after UV-induced DNA damage in the human cell nucleus.</a> Journal of Cell Science. 122, 83-91 (2009).</li>
<li>Niedojadlo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcribed+DNA+is+preferentially+located+in+the+perichromatin+region+of+mammalian+cell+nuclei%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Cell+Research%22%5BJournal%5D)">Transcribed DNA is preferentially located in the perichromatin region of mammalian cell nuclei.</a> Experimental Cell Research. 317 (4), 433-444 (2011).</li>
<li>Padeken, J., Heun, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleolus+and+nuclear+periphery%3A+velcro+for+heterochromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Nucleolus and nuclear periphery: velcro for heterochromatin.</a> Current Opinion in Cell Biology. 28, 54-60 (2014).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+histone+modification%5BTitle%5D)+AND+%22Advances+in+Experimental+Medicine+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Overview of histone modification.</a> Advances in Experimental Medicine and Biology. 1283, 1-16 (2021).</li>
<li>Ilango, S., Paital, B., Jayachandran, P., Padma, P. R., Nirmaladevi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+alterations+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Bioscience+%28Landmark+Ed%29%22%5BJournal%5D)">Epigenetic alterations in cancer.</a> Frontiers in Bioscience (Landmark Ed). 25 (6), 1058-1109 (2020).</li>
<li>Saul, D., Kosinsky, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetics+of+aging+and+aging-associated+diseases%29%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Epigenetics of aging and aging-associated diseases).</a> International Journal of Molecular Sciences. 22 (1), 401(2021).</li>
<li>Eckersley-Maslin, M. A., Alda-Catalinas, C., Reik, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+the+epigenetic+landscape+during+the+maternal-to-zygotic+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews%2C+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Dynamics of the epigenetic landscape during the maternal-to-zygotic transition.</a> Nature Reviews, Molecular Cell Biology. 19 (7), 436-450 (2018).</li>
<li>Stevens, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+structures+of+individual+mammalian+genomes+studied+by+single-cell+Hi-C%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C.</a> Nature. 544 (7648), 59-64 (2017).</li>
<li>Lieberman-Aiden, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+mapping+of+long-range+interactions+reveals+folding+principles+of+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.</a> Science. 326 (5950), 289-293 (2009).</li>
<li>Cremer, C., Masters, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolution+enhancement+techniques+in+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22The+European+Physical+Journal+H%22%5BJournal%5D)">Resolution enhancement techniques in microscopy.</a> The European Physical Journal H. 38 (3), 281-344 (2013).</li>
<li>Lelek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Methods+Primers%22%5BJournal%5D)">Single-molecule localization microscopy.</a> Nature Reviews Methods Primers. 1 (1), 39(2021).</li>
<li>Huang, B., Wang, W., Bates, M., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+super-resolution+imaging+by+stochastic+optical+reconstruction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional super-resolution imaging by stochastic optical reconstruction microscopy.</a> Science. 319 (5864), 810-813 (2008).</li>
<li>Szczurek, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+binding+activated+localization+microscopy+through+reversible+change+of+DNA+conformation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Super-resolution binding activated localization microscopy through reversible change of DNA conformation.</a> Nucleus. 9 (1), 182-189 (2018).</li>
<li>Szczurek, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+chromatin+nanostructure+with+binding-activated+localization+microscopy+based+on+DNA+structure+fluctuations%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Imaging chromatin nanostructure with binding-activated localization microscopy based on DNA structure fluctuations.</a> Nucleic Acids Research. 45 (8), 56(2017).</li>
<li>Levet, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SR-Tesseler%3A+a+method+to+segment+and+quantify+localization-based+super-resolution+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">SR-Tesseler: a method to segment and quantify localization-based super-resolution microscopy data.</a> Nature Methods. 12 (11), 1065-1071 (2015).</li>
<li>Roukos, V., Pegoraro, G., Voss, T. C., Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+cycle+staging+of+individual+cells+by+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Cell cycle staging of individual cells by fluorescence microscopy.</a> Nature Protocols. 10 (2), 334-348 (2015).</li>
<li>Stirling, D. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellProfiler+4%3A+improvements+in+speed%2C+utility+and+usability%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">CellProfiler 4: improvements in speed, utility and usability.</a> BMC Bioinformatics. 22 (1), 433(2021).</li>
<li>Team, R. C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTeam%2C+RC+%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing</a>. , (2016).</li>
<li>Thompson, R. E., Larson, D. R., Webb, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Precise+nanometer+localization+analysis+for+individual+fluorescent+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Biophysical+Journal%22%5BJournal%5D)">Precise nanometer localization analysis for individual fluorescent probes.</a> Biophysical Journal. 82 (5), 2775-2783 (2002).</li>
<li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NIH+Image+to+ImageJ%3A+25+years+of+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 671-675 (2012).</li>
<li>Ovesny, M., Krizek, P., Borkovec, J., Svindrych, Z., Hagen, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ThunderSTORM%3A+a+comprehensive+ImageJ+plug-in+for+PALM+and+STORM+data+analysis+and+super-resolution+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ThunderSTORM: a comprehensive ImageJ plug-in for PALM and STORM data analysis and super-resolution imaging.</a> Bioinformatics. 30 (16), 2389-2390 (2014).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Maeshima, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+physical+size+of+transcription+factors+is+key+to+transcriptional+regulation+in+chromatin+domains%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Physics.+Condensed+Matter%22%5BJournal%5D)">The physical size of transcription factors is key to transcriptional regulation in chromatin domains.</a> Journal of Physics. Condensed Matter. 27 (6), 064116(2015).</li>
<li>Itoh, Y., Woods, E. J., Minami, K., Maeshima, K., Collepardo-Guevara, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid-like+chromatin+in+the+cell%3A+What+can+we+learn+from+imaging+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Liquid-like chromatin in the cell: What can we learn from imaging and computational modeling.</a> Current Opinion in Structural Biology. 71, 123-135 (2021).</li>
<li>Strickfaden, H., Xu, Z. Z., Hendzel, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+of+miniSOG+tagged+DNA+repair+proteins+in+combination+with+Electron+Spectroscopic+Imaging+%28ESI%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Visualization of miniSOG tagged DNA repair proteins in combination with Electron Spectroscopic Imaging (ESI).</a> Journal of Visualized Experiments. (103), e52893(2015).</li>
<li>Xie, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BRD2+compartmentalizes+the+accessible+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">BRD2 compartmentalizes the accessible genome.</a> Nature Genetics. 54 (4), 481-491 (2022).</li>
<li>Heo, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+softening+expedites+interstitial+cell+migration+in+fibrous+networks+and+dense+connective+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Advances%22%5BJournal%5D)">Nuclear softening expedites interstitial cell migration in fibrous networks and dense connective tissues.</a> Science Advances. 6 (25), (2020).</li>
<li>Gelléri, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((True-to-scale+DNA-density+maps+correlate+with+major+accessibility+differences+between+active+and+inactive+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">True-to-scale DNA-density maps correlate with major accessibility differences between active and inactive chromatin.</a> bioRxiv. , (2022).</li>
<li>Derenzini, M., Olins, A. L., Olins, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+structure+in+situ%3A+the+contribution+of+DNA+ultrastructural+cytochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Histochemistry%22%5BJournal%5D)">Chromatin structure in situ: the contribution of DNA ultrastructural cytochemistry.</a> European Journal of Histochemistry. 58 (1), 2307(2014).</li>
<li>Cremer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+4D+nucleome%3A+Evidence+for+a+dynamic+nuclear+landscape+based+on+co-aligned+active+and+inactive+nuclear+compartments%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Letters%22%5BJournal%5D)">The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments.</a> FEBS Letters. 589, 2931-2943 (2015).</li>
<li>Shah, F. A., Johansson, B. R., Thomsen, P., Palmquist, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+evaluation+of+shrinkage+artefacts+induced+by+fixatives+and+embedding+resins+on+osteocyte+processes+and+pericellular+space+dimensions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biomedical+Materials+Research+A%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural evaluation of shrinkage artefacts induced by fixatives and embedding resins on osteocyte processes and pericellular space dimensions.</a> Journal of Biomedical Materials Research A. 103 (4), 1565-1576 (2015).</li>
<li>Gavelis, G. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dinoflagellate+nucleus+contains+an+extensive+endomembrane+network%2C+the+nuclear+net%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Dinoflagellate nucleus contains an extensive endomembrane network, the nuclear net.</a> Scientific Reports. 9 (1), 839(2019).</li>
<li>Rouquette, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revealing+the+high-resolution+three-dimensional+network+of+chromatin+and+interchromatin+space%3A+a+novel+electron-microscopic+approach+to+reconstructing+nuclear+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Chromosome+Research%22%5BJournal%5D)">Revealing the high-resolution three-dimensional network of chromatin and interchromatin space: a novel electron-microscopic approach to reconstructing nuclear architecture.</a> Chromosome Research. 17 (6), 801-810 (2009).</li>
<li>Gorisch, S. M., Richter, K., Scheuermann, M. O., Herrmann, H., Lichter, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diffusion-limited+compartmentalization+of+mammalian+cell+nuclei+assessed+by+microinjected+macromolecules%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Cell+Research%22%5BJournal%5D)">Diffusion-limited compartmentalization of mammalian cell nuclei assessed by microinjected macromolecules.</a> Experimental Cell Research. 289 (2), 282-294 (2003).</li>
<li>Lenart, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+envelope+breakdown+in+starfish+oocytes+proceeds+by+partial+NPC+disassembly+followed+by+a+rapidly+spreading+fenestration+of+nuclear+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Nuclear envelope breakdown in starfish oocytes proceeds by partial NPC disassembly followed by a rapidly spreading fenestration of nuclear membranes.</a> The Journal of Cell Biology. 160 (7), 1055-1068 (2003).</li>
<li>Verschure, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Condensed+chromatin+domains+in+the+mammalian+nucleus+are+accessible+to+large+macromolecules%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Reports%22%5BJournal%5D)">Condensed chromatin domains in the mammalian nucleus are accessible to large macromolecules.</a> EMBO Reports. 4 (9), 861-866 (2003).</li>
<li>Strickfaden, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Condensed+chromatin+behaves+like+a+solid+on+the+mesoscale+in+vitro+and+in+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Condensed chromatin behaves like a solid on the mesoscale in vitro and in living cells.</a> Cell. 183 (7), 1772-1784 (2020).</li>
<li>Lin, Y. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((M33+condenses+chromatin+through+nuclear+body+formation+and+methylation+of+both+histone+H3+lysine+9+and+lysine+27%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimica+et+Biophysica+Acta.+Molecular+Cell+Research%22%5BJournal%5D)">M33 condenses chromatin through nuclear body formation and methylation of both histone H3 lysine 9 and lysine 27.</a> Biochimica et Biophysica Acta. Molecular Cell Research. 1868 (11), 119100(2021).</li>
<li>Strickfaden, H., Sharma, A. K., Hendzel, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+charge-dependent+phase+transition+determines+interphase+chromatin+organization%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">A charge-dependent phase transition determines interphase chromatin organization.</a> bioRxiv. , (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><תרבית תאים חזקה> חזקה</חזק></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>&micro;-צלחת 35 מ"מ, תחתית זכוכית גבוהה Grid-500</td><td>איבידי</td><td>81168</td><td></td></tr><tr><td>C3H 10T1/2</td><td>IMB (מעבדת ניירס)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>תרמופישר</td><td>12320032</td><td></td></tr><tr><td>dPBS</td><td>תרמופישר</td><td>14190144</td><td></td></tr><tr><td>FBS</td><td>טכנולוגיות חיים</td><td>16000-044</td><td></td></tr><tr><td>הלה</td><td>מתקן ליבת מיקרוסקופיה (IMB)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>HFB</td><td>IMB (מעבדת קובן)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>L-גלוטמין</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>G7513</td><td></td></tr><tr><td>חומצות ואמינוסים לא חיוניים וויטמינים ל-HFB</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>נתרן פירובאט</td><td>S8636</td><td></td><td></td></tr><tr><td><חזק>הכנת דוגמאות</חזק></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>קטלאז</td><td>מרק</td><td>2593710</td><td></td></tr><tr><td>גלוקוז</td><td>תרמופישר</td><td>241922500</td><td></td></tr><tr><td>גלוקוז אוקסידאז</td><td>מרק</td><td>49180</td><td></td></tr><tr><td>פאראפורמלדהיד</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>158127</td><td></td></tr><tr><td>קוקטייל RNase</td><td>תרמופישר</td><td>AM2286</td><td></td></tr><tr><td>סיטוקס אורנג'</td><td>תרמופישר</td><td>S11368</td><td></td></tr><tr><td>ערכת דגימה למיקרוספירות פלואורסצנטיות של TetraSpeck</td><td>תרמופישר</td><td>T7284</td><td></td></tr><tr><td>טריטון X-100</td><td>תרמופישר</td><td>327372500</td><td></td></tr><tr><td><חזק>תוכנה</חזק></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>BioFormats</td><td>OpenMicroscopy.org</td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://www.openmicroscopy.org/bio-formats/</td></tr><tr><td>CellProfiler v4.2.1</td><td>CellProfiler.org</td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://cellprofiler.org</td></tr><tr><td>פיג׳י</td><td>nih.gov</td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://imagej.net/software/fiji/?Downloads</td></tr><tr><td>ארץ</td><td>nih.gov</td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://github.com/Jan-NM/LAND</td></tr><tr><td>MatLab 2021</td><td>עבודות מתמטיקה</td><td></td><td>תוכנה מסחרית - דורשת "תיבת כלים לעיבוד תמונה"</td></tr><tr><td>R v.4.. 0.3</td><td>r-project.org</td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://www.r-project.org</td></tr><tr><td>ThunderSTORM v1.3</td><td></td><td></td><td>תוכנה בקוד פתוח https://zitmen.github.io/thunderstorm/</td></tr><tr><td><חזק>מיקרוסקופים:</חזק></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AF 7000</td><td>לייקה</td><td></td><td></td></tr><tr><td>לייקה גרמני גרמני</td><td>לייקה</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מיקרוסקופ SMLM</td><td>מעבדת קרמר</td><td></td><td>נבנתה בהתאמה אישית על ידי ד"ר ס-ויי. חן</td></tr></tbody></table>

מיפוי צפיפות ה-dna המוחלטת בגרעיני התא באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת

Mapping Absolute DNA Density in Cell Nuclei using Single-molecule Localization Microscopy

מיפוי צפיפות ה-DNA המוחלטת בגרעיני התא באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת

Within the cell nucleus, silent genes are generally located in chromatin areas of high density called heterochromatin, whereas active genes can be mostly ...

mapping-absolute-dna-density-cell-nuclei-using-single-molecule

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

מיקרוסקופיה מולקולה בודדת approch סיפק תובנות הרומן לתוך התחבורה גרעיני.

מולקולה בודדת הדמיה התחבורה גרעיני

אנו מתארים פרוטוקול חזק ותכליתי לניתוח ארכיטקטורה גרעינית ידי דגי DNA 3D באמצעות בדיקות ניאון שכותרתו ישירות.

דגי ה-DNA 3D חזקים באמצעות בדיקות שכותרתו ישירות

מיקרוסקופיה photoactivated הלוקליזציה (PALM) בשילוב עם מעקב מולקולה בודדת מאפשרת התבוננות ישירה וכימות של אינטראקציות החלבון-DNA בתאי חיידקי Escherichia חיים.

לדמיין אינטראקציות החלבון-DNA בתאים חיידקיים בשידור חי באמצעות מעקב מולקולה בודדת photoactivated

מוצגים הוא עבודה אינפורמטיקה גמישה המאפשרת ניתוח מבוסס תמונת ריבוב של תאים שכותרתו fluorescently. העבודה מכמתת סמנים גרעיניים וcytoplasmic ומחשבה טרנסלוקציה סמן בין תאים אלה. נהלים מסופקים ההפרעות של תאים באמצעות siRNA ומתודולוגיה אמינה לגילוי סמן על ידי immunofluorescence העקיף בפורמטי 96-היטב.

זרימת עבודה עבור גבוהה תוכן, כימות תא יחידה של פלורסנט סמנים מUniversal מיקרוסקופים נתונים, הנתמכים על ידי תוכנות קוד פתוחות

חדשות שהתגלו מחמצנים צורות של 5-methylcytosine (oxi-mCs), 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC), 5-carboxylcytosine (5caC) עשוי לייצג שינויים ברורים DNA עם תפקידים פונקציונליים ייחודיים. כאן מתוארת זרימת עבודה כמותית למחצה עבור ויזואליזציה של התפוצה המרחבית של oxi-mCs, פרופיל עוצמת האות ו colocalization.

Immunostaining עבור שינויים DNA: ניתוח חישובית של תמונות קונפוקלי

3D מיקרוסקופ לוקליזציה יחיד מולקולה מנוצל כדי לחקור את המיקומים מרחבי ומסלולי תנועה של חלבונים המסומנים באנרגיה בתאי בקטריאלי חיים. פרוטוקול ניתוח הנתונים הניסיוני והמידע המתואר להלן קובע את ההתנהגויות התפוצזות הנפוצות של חלבונים ציטוסולמים בהתבסס על מסלולים בעלי מולקולה בודדת.

מיקרוסקופ מעקב חד-מולקולה-כלי לקביעת המדינות התפוצבניות של מולקולות ציטוסולג

3d-DNA דגים ססגוניות מייצג כלי להמחיש המקום גנומית מרובים בתוך גרעיני תלת-ממד משומרים, חד משמעית הגדרת אינטראקציות הדדית שלהם לוקליזציה בתוך החלל הגרעיני ברמת תא בודד. כאן, פרוטוקול צעד אחר צעד מתואר עבור קשת רחבה של תאים ראשוניים אנושיים.

3D מרובת צבעים דג DNA כלי ללמוד אדריכלות גרעינית בתאים ראשוניים אנושיים

פרוטוקול זה מתאר סימון נוגדן יחיד (SAL) לפתרון הארגון המרחבי בקנה מידה ננומטרי של חלבוני ממברנת הפלזמה. על ידי ניצול אינטראקציות מצטברות בין נוגדנים לאפיטופים ברמת המולקולה היחידה, SAL ממברנה (mSAL) ממפה התפלגות אפיטופים מקומיות תוך כדי לכידת התנהגות קשירת נוגדנים בסביבה התאית הטבעית.

מיקרוסקופיית מיקום מולקולה אחת של חלבוני ממברנה באמצעות תיוג נוגדן יחיד

אנו מציגים פרוטוקול צביעה וניתוח מיקרוסקופ מיקום כרומטין חד-מולקולי (SMLM) בשלושה צבעים, המאפשר מיפוי שכפול של אאוכרומטין, הטרוכרומטין ו-RNAP II לניתוח מרחבי. פרוטוקול זה מאפשר תיוג רב-צבעוני יעיל בסביבות גרעיניות צפופות, כולל מטרות הקשורות לכרומטין, ומאפשר גילוי סימולטני אמין.

פרוטוקול מיקרוסקופ מיקום מולקולה בודדת רב-תוויות לחקר כרומטין בסביבה גרעינית צפופה

פרוטוקול זה מספק פעולות מפורטות על הכנת דגימות, איסוף נתונים וניתוח ספקטרום פלואורסצנציה פנימי של DNA.

הדמיה סופר-רזולוציה ספקטרוסקופית של מולקולות DNA באמצעות ניגוד פנימי

פרוטוקול זה מציע תהליך עבודה יעיל להדמיית מיקרוסקופיה בלוקליזציה בודדת של גרעיני ארבידופסיס מבודדים, תוך שימוש בבידוד, קיבוע ותיוג אופטימליים להשגת ויזואליזציה ננומטרית אמינה של כרומטין ו-RNA פולימראז II. גישה זו ניתנת להתאמה קלה לחלבונים אחרים הקשורים לכרומטין או לשינויים בהיסטונים להדמיה ברזולוציה גבוהה.

פרוטוקול יעיל למיקרוסקופיית מיקום מולקולה בודדת בגרעעיני ארבידופסיס

למד מיפוי צפיפות DNA מוחלטת בגרעיני תאים באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת וטסלציית Voronoi. שיטה זו מאפשרת חקר מגבלות מרחביות במבני כרומטין וקישור מידע גנטי לשלבי מחזור התא.

מיפוי צפיפות ה-DNA המוחלטת בגרעיני התא באמצעות מיקרוסקופ לוקליזציה של מולקולה בודדת

גלה סרטונים נוספים