Name: פרופיל של מוצין O-גליקנים פרמתילציה באמצעות ספקטרומטריית מסה של זמן טיסה בלייזר בעזרת מטריצה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: למד פרופיל של O-גליקנים ממוצינים באמצעות ספקטרומטריית מסה MALDI-TOF וכלי ביואינפורמטיקה. שיטה זו מאפשרת ניתוח מהיר ואמין של תבניות גליקוזילציה במחקר אינטראקציות מארח-מיקרוב.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bergstrom, K. S. B., Xia, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans+and+their+roles+in+intestinal+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans and their roles in intestinal homeostasis.</a> Glycobiology. 23 (9), 1026-1037 (2013).</li>
<li>Leal, J., Smyth, H. D. C., Ghosh, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physicochemical+properties+of+mucus+and+their+impact+on+transmucosal+drug+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Physicochemical properties of mucus and their impact on transmucosal drug delivery.</a> Int J Pharm. 532 (1), 555-572 (2017).</li>
<li>Ambort, D., Johansson, M. E. V., Gustafsson, J. K., Ermund, A., Hansson, G. C. Perspectives on mucus properties and formation--lessons from the biochemical world. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmbort%2C+D+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22">Cold Spring Harb Perspect Med</a>. 2 (11), a014159(2012).</li>
<li>Cone, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barrier+properties+of+mucus%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Barrier properties of mucus.</a> Adv Drug Deliv Rev. 61 (2), 75-85 (2009).</li>
<li>Kim, Y. S., Ho, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+goblet+cells+and+mucins+in+health+and+disease%3A+recent+insights+and+progress%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Gastroenterol+Rep%22%5BJournal%5D)">Intestinal goblet cells and mucins in health and disease: recent insights and progress.</a> Curr Gastroenterol Rep. 12 (5), 319-330 (2010).</li>
<li>Bell, A., Severi, E., Owen, C. D., Latousakis, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+and+structural+basis+of+sialic+acid+utilization+by+gut+microbes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Biochemical and structural basis of sialic acid utilization by gut microbes.</a> J Biol Chem. 299 (3), 102989(2023).</li>
<li>Shuoker, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sialidases+and+fucosidases+of+Akkermansia+muciniphila+are+crucial+for+growth+on+mucin+and+nutrient+sharing+with+mucus-associated+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.</a> Nat Commun. 14 (1), 1833(2023).</li>
<li>Tailford, L. E., Crost, E. H., Kavanaugh, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin+glycan+foraging+in+the+human+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Mucin glycan foraging in the human gut microbiome.</a> Front Genet. 6, 81(2015).</li>
<li>Fukuda, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Roles+of+mucin-type+O-glycans+in+cell+adhesion%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Roles of mucin-type O-glycans in cell adhesion.</a> Biochim Biophys Acta. 1573 (3), 394-405 (2002).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans%3A+Barrier%2C+microbiota%2C+and+immune+anchors+in+inflammatory+bowel+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans: Barrier, microbiota, and immune anchors in inflammatory bowel disease.</a> J Inflamm Res. 14, 5939-5953 (2021).</li>
<li>Sheng, Y. H., Hasnain, S. Z., Florin, T. H. J., McGuckin, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucins+in+inflammatory+bowel+diseases+and+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gastroenterol+Hepatol%22%5BJournal%5D)">Mucins in inflammatory bowel diseases and colorectal cancer.</a> J Gastroenterol Hepatol. 27 (1), 28-38 (2012).</li>
<li>Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relationship+between+mucosa-associated+gut+microbiota+and+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Soc+Trans%22%5BJournal%5D)">Relationship between mucosa-associated gut microbiota and human diseases.</a> Biochem Soc Trans. 50 (5), 1225-1236 (2022).</li>
<li>Wilkinson, H., Saldova, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+methods+for+the+characterization+of+O-glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Current methods for the characterization of O-glycans.</a> J Proteome Res. 19 (10), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Goso, Y., Kurihara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS%2FMS+analysis+of+permethylated+O-glycan+alditols+released+from+mucins%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS/MS analysis of permethylated O-glycan alditols released from mucins.</a> Methods Mol Biol. 2763, 201-208 (2024).</li>
<li>Kameyama, A., Thet Tin, W. W., Toyoda, M., Sakaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+method+of+liberating+O-linked+glycans+from+glycoproteins+using+hydroxylamine+and+an+organic+superbase%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+and+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">A practical method of liberating O-linked glycans from glycoproteins using hydroxylamine and an organic superbase.</a> Biochem and Biophys Res Commun. 513 (1), 186-192 (2019).</li>
<li>Vos, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+release+of+O-glycans+under+neutral+conditions+for+analysis+of+glycoconjugates+having+base-sensitive+substituents%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Oxidative release of O-glycans under neutral conditions for analysis of glycoconjugates having base-sensitive substituents.</a> Anal Chem. 95 (23), 8825-8833 (2023).</li>
<li>Furuki, K., Toyo'oka, T., Ban, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+glycosylamine+labelling+of+O-glycans+using+non-reductive+%CE%B2-elimination%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive glycosylamine labelling of O-glycans using non-reductive β-elimination.</a> Anal Bioanal Chem. 409 (9), 2269-2283 (2017).</li>
<li>Miura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoblotting-assisted+O-glycomics%3A+ammonium+carbamate+allows+for+highly+efficient+o-glycan+release+from+glycoproteins%5BTitle%5D)+AND+%22Analy+Chemi%22%5BJournal%5D)">Glycoblotting-assisted O-glycomics: ammonium carbamate allows for highly efficient o-glycan release from glycoproteins.</a> Analy Chemi. 82 (24), 10021-10029 (2010).</li>
<li>Annesley, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chemi%22%5BJournal%5D)">Ion suppression in mass spectrometry.</a> Clin Chemi. 49 (7), 1041-1044 (2003).</li>
<li>Harvey, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Derivatization+of+carbohydrates+for+analysis+by+chromatography%3B+electrophoresis+and+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr.+B%2C+Analyt+Technol+Biomed+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Derivatization of carbohydrates for analysis by chromatography; electrophoresis and mass spectrometry.</a> J Chromatogr. B, Analyt Technol Biomed Life Sci. 879 (17-18), 1196-1225 (2011).</li>
<li>Jang-Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycomic+profiling+of+cells+and+tissues+by+mass+spectrometry%3A+fingerprinting+and+sequencing+methodologies%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Glycomic profiling of cells and tissues by mass spectrometry: fingerprinting and sequencing methodologies.</a> Glycobiology. 415, 59-86 (2006).</li>
<li>Zhou, S., Hu, Y., DeSantos-Garcia, J. L., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+permethylated+N-glycans+through+multiple-reaction+monitoring+%28MRM%29+LC-MS%2FMS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Quantitation of permethylated N-glycans through multiple-reaction monitoring (MRM) LC-MS/MS.</a> J Am Soc Mass Spectrom. 26 (4), 596-603 (2015).</li>
<li>Hu, Y., Borges, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spin+column-free+approach+to+sodium+hydroxide-based+glycan+permethylation%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">A spin column-free approach to sodium hydroxide-based glycan permethylation.</a> Analyst. 142 (15), 2748-2759 (2017).</li>
<li>Ceroni, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GlycoWorkbench%3A+a+tool+for+the+computer-assisted+annotation+of+mass+spectra+of+glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">GlycoWorkbench: a tool for the computer-assisted annotation of mass spectra of glycans.</a> J Proteome Res. 7 (4), 1650-1659 (2008).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>פיפטות פסטור זכוכית 150 מ"מ</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>15202699</td><td>מוצרי צריכה הפניה בטקסט (אם רלוונטי): פיפטת זכוכית</td></tr><tr><td>צינורות 5 מ"ל</td><td>אפנדורף</td><td>30122305</td><td>מוצרי צריכה</td></tr><tr><td>לוח חילוץ HLB עם 96 בארות</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>16553290</td><td>מוצרי צריכה</td></tr><tr><td>חומצה אצטית</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>A6283</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>אצטוניטריל</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>15624520</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>DMSO אנהידרוס</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>5.89569</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>מתנול אנהידר</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>5.89596</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>ספקטרומטר מסה אוטופלקס</td><td>ברוקר</td><td></td><td>ציוד</td></tr><tr><td>שרף DOWEX 50w x8, בצורת H+, רשת 200-400</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>44519</td><td>Reagent התייחסות בטקסט (אם רלוונטי): שרף חילוף קטיון</td></tr><tr><td>מחמם בלוק יבש</td><td>גרנט</td><td>QBD2</td><td>ציוד</td></tr><tr><td>אידוי/מרוכז למחממי בלוק</td><td>קול-פאלמר</td><td>WZ-36610-99</td><td>ציוד</td></tr><tr><td>flexAnalysis</td><td>ברוקר</td><td></td><td>תוכנה, קניינית&nbsp;</td></tr><tr><td>flexControl</td><td>ברוקר</td><td></td><td>תוכנה, קניינית&nbsp;</td></tr><tr><td>ז'נבק EZ-2</td><td>ביופרמה</td><td>EZ-2</td><td>ציוד הפניה בטקסט (אם רלוונטי): אידוי צנטריפוגלי</td></tr><tr><td>בקבוקי זכוכית עם פקקי PTFE תואמים (4 מ"ל)</td><td>וויטון</td><td>DWKW224582-144EA</td><td>מוצרי צריכה</td></tr><tr><td>בקבוקי זכוכית עם פקקי PTFE תואמים (8 מ"ל)</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>11587413</td><td>מוצרי צריכה</td></tr><tr><td>צמר זכוכית</td><td>סופלקו</td><td>1.04086</td><td>מוצרי צריכה</td></tr><tr><td>שולחן עבודה גליקו-בלש</td><td>נה</td><td></td><td>תוכנה; להורדה מ-https://glycoworkbench.software.informer.com/</td></tr><tr><td>מחסניות HLB SPE</td><td>סופלקו</td><td>57493-U</td><td>מתכלה, כחלופה ללוח החילוץ HLB עם 96 בארות</td></tr><tr><td>יודומתאן</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>289566</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>לוחית מטרה של MALDI</td><td>ברוקר</td><td></td><td>ציוד</td></tr><tr><td>מייבש הקפאה ModulyoD</td><td>תרמו פישר</td><td>מודוליוD-230</td><td>ציוד הפניה בטקסט (אם רלוונטי): מייבש הקפאה</td></tr><tr><td>NaBH4</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>452882</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>כדורי NaOH</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>567530</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>פתרון NaOH 50%</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>415413</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>מעבד לחץ חיובי-96</td><td>ווטרס</td><td>186006961</td><td>ציוד</td></tr><tr><td>סופר DHB</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>50862</td><td>מגיב</td></tr><tr><td>חומצה טריפלואורואצטית</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>T6508</td><td>מגיב</td></tr></tbody></table>

פרופיל של מוצין o-גליקנים פרמתילציה באמצעות ספקטרומטריית מסה של זמן טיסה בלייזר בעזרת מטריצה

Profiling of Permethylated Mucin O-glycans Using Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry

פרופיל של מוצין O-גליקנים פרמתילציה באמצעות ספקטרומטריית מסה של זמן טיסה בלייזר בעזרת מטריצה

Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a powerful tool for the profiling of mucin glycans that ...

אנו חוקרים את הגליקוביולוגיה של אינטראקציות מיקרובים בין מארח במערכת העיכול עם דגש על תפקיד שכבת הריר המכסה את מערכת העיכול, ובמיוחד על המוקינים והגליקנים שלהם בבריאות ובמחלות. גליקנים מוצינים מוכרים יותר ויותר כגורמים חשובים באינטראקציות בין המארח למיקרובים, שכן הם מספקים חומרים מזינים ואתרי קישור לחיידקים. שינוי בפרופיל הגליקוזילציה עלול לגרום להפרעה בהרכב המיקרוביוטי ולהפך, פנוטיפים הנצפים לעיתים קרובות במצבי מחלה.עם זאת, מוצינים ידועים כמאתגרים במיוחד לחקר כי הם מוגלקים בגליקוזילציה גבוהה. חידושים בטכניקות דגימה ובניתוח ביואינפורמטי מעקב יכולים לקדם את התחום וכן גישות חדשות לעיבוד דגימות להגדלת התפוקה ולהפחתת הזמן מאיסוף הדגימות לתוצאות. טכניקות אנליטיות אחרות מאפשרות אפיון מבני מפורט יותר של גליקנים, אך דורשות זמן עבודה וניתוח ממושכים.הטכניקה המתוארת כאן באמצעות ספקטרומטריית מסה MALDI-TOF מציעה יתרון במהירות, מה שהופך אותה לבעלת תפוקה גבוהה ומתאימה לסינון ופרופיל. כדי להתחיל, ערבבו מוצינים מטוהרים עם 250 מיקרוליטר של בופר בטא-אלימינציה בבקבוקון זכוכית בנפח ארבעה מיליליטר. אטום את הבקבוקון היטב עם כיסוי מצופה פוליטטראפלואוראתילן ודוגר את התגובה בטמפרטורה של 45 מעלות צלזיוס למשך 16 שעות.על קרח, הוסיפו מיליליטר אחד מתמיסת חומצה אצטית 5% לתערובת התגובה בטיפה. להסרת מלח הדגימה, סתום פיפטה מזכוכית בכמות קטנה של צמר זכוכית. הוסיפו 1.5 מיליליטר של מתלי השרף לפיפטה הזכוכית מלמעלה, ואז נותנים לה לשקוע ולנקז.עכשיו, שטוף את השרף עם שני מיליליטרים של חומצה אצטית 5% וזרוק את הזרימה. לאחר מכן, הוסף את דגימת המוטין לעמוד הסרת המלח ואסוף את הזרימה בצינור של חמישה מיליליטר. שטוף את העמודה פעמיים עם מיליליטר אחד של חומצה אצטית 5% כדי לאסוף את הזרימה.לאחר מכן, באמצעות אידוי צנטריפוגלי, הסר את החומצה האצטית ומרכז את הדגימה בטמפרטורה של חמישה מיליבר ו-30 מעלות צלזיוס למשך שעתיים. המיס את הדגימה ב-0.5 מיליליטר של חומצה אצטית מתנולית, וייבש אותה תחת זרם חנקן. באמצעות מזרק זכוכית, הוסף ארבעה מיליליטר DMSO לבקבוקון המכיל נתרן הידרוקסיד ותערובת מתנול.לאחר מערבולת, צנטריפוגה את התמיסה ב-2,000 גרם למשך שתי דקות. פנו בזהירות את הסופרנטנט והסירו את המלחים מבלי להפריע לג'ל. לאחר הבטחת שאין עוד מלחים, החזירו את הג'ל לארבעה מיליליטר של DMSO חסר מים כדי להכין את בסיס הפרמתילציה.לאחר מכן, לדגימת המוטין המיובש, הוסיפו DMSO חסר מים ובסיס פרמתילציה מיד ואחריהם יודומתאן. דגרו את תגובת הפרמתילציה למשך 30 דקות בטמפרטורת החדר עם ניעור חזק. לאחר מכן, הוסיפו 0.5 מיליליטר מים כדי לסיים את התגובה.לאחר שהדגימה הופכת למעוננת, שטפו אותה בחנקן עד שהיא מתבהרת. העמיסו את הדגימה על לוח שאיבה לאיזון ליפופילי הידרופילי ל-96 בארות. יש להפעיל לחץ חיובי כדי לדחוף את הדגימות דרך הפאזה המוצקה בקצב זרימה של כ-מיליליטר אחד לדקה.לאחר השלכת הזרם, שטפו את הבארות פעמיים עם מיליליטר אחד של מים. שחרר את הגליקנים מהצלחת פעמיים עם מיליליטר אחד של מתנול. הפעילו לחץ רק עד שהמתנול מתחיל לצאת מהצלחת, ואז אפשרו לזרימת הכבידה לשמור על הקצב הנדרש.ייבשו את הדגימה באמצעות אידוי צנטריפוגלי והמיסו אותה ב-10 מיקרוליטר של TA50. לאחר ערבוב מיקרוליטר אחד של דגימה עם המטריצה, טען אותה על פלטת מטרה מפלדה מסוג MALDI ומאפשר לה להתייבש. לניתוח נתונים, טען את קובץ ה-ASCII המיוצא של ספקטרום המסה ב-GlycoWorkbench.לאחר ביצוע תיקון קו הבסיס, חשב את מרכזי השיא ובחלון הקופץ בחר את טווח המסה המתאים, יחס האות לרעש המינימלי, ועוצמת השיא המינימלית של ספקטרומטריית מסה. לאחר מכן, השתמשו בכלי Glyco-Peakfinder כדי לזהות את קומפוזיציות המבנים התואמות לרשימת הפסגה. בחר perMe כגזירה, redEnd כקצה המפחית, וקבע את המספר המינימלי והמקסימלי של שאריות צפויות.למוצינים, בחרו הקסוס, N-אצטיל-הקסוסאמין, דאוקסי-הקסוס וחומצה N-אצטילנוראמינית. לגליקנים סולפטיים, השתמשו באפשרות שאריות אחרות עם מסה של 87.9. לנתוני MALDI-TOF, הגדר את מספר יוני הנתרן והמטענים המקסימלי לאחד כל אחד, והגדר את הדיוק ל-0.5 דלטון.בחר את כל ההערות הנכונות עם מקש Control ולחץ על כל אחת מהן. לחץ קליק ימני על ההערות שנבחרו ובחר הוסף לרשימת השיא המוערת. כדי ליצור דוח שמשווה ספקטרום עם הערות מרובים, עבור לכלים ואחריו לדיווח וצור דוח שמשווה פרופילים שונים.הדפיסו את הדוח כ-PDF כדי לשמור אותו. לניתוח ספקטרום פרגמנטציה, טענו את הספקטרום ל-GlycoWorkbench וצרו את רשימת השיא כפי שהודגם קודם. שרטט מבנים גליקניים משוערים התואמים להרכב הגליקני המוער.כדי ליצור פרגמנטים לכל מבנה, לחץ קליק ימני לבחירת Copy fragments to canvas ובחר Compute fragments תחת כלי Fragments. לניתוח פירוק נוסף, לחצו על פיק של עניין בצופה הספקטרום. קליק ימני ובחר 'מצא את כל המבנים התואמים את השיאים כדי לשאול את יחס החיוב הראשי' של השיא שנבחר מול מסדי נתונים מקוונים.בחר מבנים פוטנציאליים מעניינים ולחץ קליק ימני כדי להעתיק אותם לחלון הקנבס עם האפשרות המתאימה. כדי לחשב שברים אפשריים מכל מבנה גליקני, בחר את המבנה בקנבס. לאחר מכן, תחת כלים ופרגמנטים, בחר פרגמנטים חישוביים עבור המבנה הנוכחי.אם חישבו מקטעים ליותר ממבנה גליקן אחד, עבור לתצוגת טבלת השברים תחת לשונית הסיכום כדי לצפות בטבלת ההשוואה. בחר את השברים התואמים לרשימת השיא לכל מבנה גליקני פוטנציאלי. לחץ קליק ימני ובחר 'העתק קטעים לקנבס מהתפריט הנפתח'.לבסוף, בלשונית הכלים, לך ל-Profiler ואחר כך ל-Annotate peaks עם כל המבנים. לאחר מכן בחר כלים, דיווח, וצור דוח של ההערות. הסרת מלח באמצעות חילוף יונים הביאה לשיקום טוב יותר של גליקנים גדולים יותר, כאשר מבנים גדולים אלה מהווים 31% מסך הגליקנים לעומת 21% בהפקת PGC.מבין המבנים הגליקניים שזוהו, גליקן אחד זוהה רק דרך הדגימה המליחה של חילוף היונים. יתרה מזאת, הסרת מלח באמצעות החלפת יונים והסרת בוראט הובילה לספקטרות עם יחס אות לרעש מוגבר לעומת אלו שנוצרו לאחר הסרת מלח באמצעות הפקת פאזה מוצקה באמצעות PGC. זמני תגובת הפרמתילציה של 30 ו-90 דקות הובילו לזיהוי 33 שיאי גליקן, בעוד שתגובה בת חמש דקות זיהתה רק 31 פסגות.

profiling-permethylated-mucin-o-glycans-using-matrix-assisted-laser

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

הדרך המהירה מתואר להשיג תובנות מבנה סוכרים מטריקס תאיים. השיטה מנצלת את הייחודיות של glycosylhydrolases ואת הרגישות של ספקטרומטריית מסה המאפשר כמויות זעירות של חומרים כדי להיות מנותח. טכניקה זו ניתנת להתאמה כדי לשמש ישירות על הרקמה עצמה.

אוליגו פרופיל המוניים (OLIMP) של סוכרים תאית

שיטה ספציפית ורגישה לגיבוש תובנה לפרופיל הביטוי של אנטיגנים glycosphingolipid באיברים ותאי חיסון מתוארת. השיטה מנצלת את ספקטרומטריית מסות מלכודת היונים המאפשר פיצול צעד חכם של מולקולות glycosphingolipid לניתוח מבני בהשוואה לסטנדרטים מסונתזים כימי.

ניתוח ספקטרומטריה של אנטיגנים Glycosphingolipid

על מנת לחקור באופן מקיף את המגוון של גליקנים מקושרים O, הליך חדש לסילוק β רדוקטיבי בתוך הג'ל, בשילוב עם פרמתילציה ושיטת חלוקת פאזה מהירה, מיושם לניתוח גליקנים מקושרים O המשתחררים ישירות מגליקופרוטאינים שנפתרו על ידי SDS-PAGE וניתנים לניתוח גליקומי לאחר מכן על ידי ספקטרומטריית מסה.

השתפר בג&#39;ל Sulfo-glycomics β-ביעור עבור מקיף O צמוד וReductive ידי ספקטרומטריית מסה

פרוטוקול זה מתאר את הטכניקות הספציפיות המשמשות לאפיון מבני של רצפי גליקוזיל מפחיתים (RE) ואזור פנימי של הטרוקסילנים על ידי תיוג ה-RE עם 2 אמינובנזמיד לפני הידרוליזה אנזימטית (אנדוקסילאנאז) ולאחר מכן ניתוח של האוליגוסכרידים המתקבלים באמצעות ספקטרומטריית מסה (MS) ותהודה מגנטית גרעינית (NMR).

רצף של הצמח קיר Heteroxylans שימוש enzymic, כימית (מתילציה) הפיזיקליים (ספקטרומטריית מסה, תהודה מגנטית גרעינית) טכניקות

מאמר זה מציג צורה משופרת של טכניקת גליקומיקה חדשה מלמטה למעלה שנועדה לנתח את פרופיל ההרכב המאוגד של גליקנים בנוזלים ביולוגיים לא מפוצלים באמצעות פירוק כימי של גליקנים לחד-סוכרים ספציפיים לקישור המרכיב אותם לזיהוי על ידי GC-MS. יישומים פוטנציאליים כוללים גילוי מוקדם של סרטן והפרעות אחרות הנוגעות לגליקן.

ניתוח צומת glycan: גישה מלמטה למעלה כדי glycomics

פרוטוקול עבור לייזר בסיוע מטריקס desorption יינון שעת הטיסה ספקטרומטר מסה (MALDI-TOF MS) אפיון של פולימרים סינתטיים מתואר כולל אופטימיזציה של הכנת הדוגמא, רכישת ספקטרלי וניתוח נתונים.

אפיון של פולימרים סינתטיים באמצעות מטריקס בסיוע לייזר Desorption יינון שעת הטיסה (MALDI-TOF) ספקטרומטר מסה

ארגינין חלבון (R)-מתילציה הוא שינוי פוסט-תרגומי נרחב המווסת מסלולים ביולוגיים מרובים. ספקטרומטריית מסות היא הטכנולוגיה הטובה ביותר ליצירת פרופיל עולמי של R-מתיל-פרוטאום, כאשר היא משולבת לגישות ביוכימיות להעשרת פפטידים מותאמים. תהליך העבודה המיועד לזיהוי בביטחון גבוה של מתילציה גלובלית של R בתאים אנושיים מתואר כאן.

גישה פרוטאומיקה מבוססת ספקטרומטריית מסות לניתוח R-מתילציה של חלבונים גלובליים ובביטחון גבוה

פרופיל פולימר Microarray (MAPP) היא טכניקה בעלת תפוקה גבוהה לניתוח הרכב גליקנים בדגימות ביולוגיות.

פרופיל פולימר Microarray (MAPP) לניתוח גליקן בתפוקה גבוהה

פרוטוקול זה מפרט את שיטת הגליקופרוטאומיקה מונחית הגליקומיקה, טכנולוגיית אומיקס משולבת המציעה תובנות מקיפות על הגליקופרוטאום ההטרוגני במיקרו-סביבות גידוליות מורכבות הדרושות להבנה טובה יותר של הגליקוביולוגיה של סרטן.

גליקופרוטאומיקה מונחית גליקומיקס מאפשרת יצירת פרופיל מקיפה של הגליקופרוטאום במיקרו-סביבות גידוליות מורכבות 

פרוטוקול עבור פרופיל מטבולים של דגימות ביולוגיות על ידי ספקטרומטריית אלקטרופורזה-מסת נימים באמצעות עיצוב ממשק טיפ נקבובי sheathless מוצג.

Sheathless נימי אלקטרופורזה-ספקטרומטריית מסה עבור מטבולית Profiling של דגימות ביולוגיות

למד פרופיל של O-גליקנים ממוצינים באמצעות ספקטרומטריית מסה MALDI-TOF וכלי ביואינפורמטיקה. שיטה זו מאפשרת ניתוח מהיר ואמין של תבניות גליקוזילציה במחקר אינטראקציות מארח-מיקרוב.

פרופיל של מוצין O-גליקנים פרמתילציה באמצעות ספקטרומטריית מסה של זמן טיסה בלייזר בעזרת מטריצה

גלה סרטונים נוספים