Name: ניתוח השוואתי של מבנה RNA של תעתיקים צעירים ובוגרים ב-Saccharomyces cerevisiae (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: חקור את שיטת CoSTseq לניתוח מבנה RNA צעיר בזמן תעתיק ב-Saccharomyces cerevisiae. השיטה מאפשרת מיפוי מיקום פולימראז ומצב זיווג בסיסים בו-זמנית, ומספקת תובנות לגבי קיפול RNA במהלך התבגרותו.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Zhang, J., Fei, Y., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+opportunities+in+RNA+structure+experimental+determination+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling.</a> Nature Methods. 19 (10), 1193-1207 (2022).</li>
<li>Bonilla, S. L., Jones, A. N., Incarnato, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+biophysical+dissection+of+RNA+conformational+ensembles%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Structural and biophysical dissection of RNA conformational ensembles.</a> Current Opinion in Structural Biology. 88, (2024).</li>
<li>Bose, R., Saleem, I., Mustoe, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Causes%2C+functions%2C+and+therapeutic+possibilities+of+RNA+secondary+structure+ensembles+and+alternative+states%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Causes, functions, and therapeutic possibilities of RNA secondary structure ensembles and alternative states.</a> Cell Chemical Biology. 31 (1), 17-35 (2024).</li>
<li>Rapakko, J., Scaravilli, M., Änkö, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+RNA-protein+interactions+and+RNA+structures+in+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Open+Bio%22%5BJournal%5D)">Interplay between RNA-protein interactions and RNA structures in gene regulation.</a> FEBS Open Bio. , (2025).</li>
<li>Rodgers, M., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+roadmap+for+rRNA+folding+and+assembly+during+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+biochemical+sciences%22%5BJournal%5D)">A roadmap for rRNA folding and assembly during transcription.</a> Trends in biochemical sciences. 46 (11), 889-901 (2021).</li>
<li>Tomezsko, P., Swaminathan, H., Rouskin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+Genome-Wide+or+Targeted+RNA+Structure+Probing+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for Genome-Wide or Targeted RNA Structure Probing In Vitro.</a> Methods in Molecular Biology. 2254, 219-238 (2021).</li>
<li>Xu, H., Douglas, C. W., Lambowitz, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+TGIRT-seq+methods+for+comprehensive+transcriptome+profiling+with+decreased+adapter+dimer+formation+and+bias+correction%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Improved TGIRT-seq methods for comprehensive transcriptome profiling with decreased adapter dimer formation and bias correction.</a> Scientific Reports. 9 (1), (2019).</li>
<li>Lopes, R., Agami, R., Korkmaz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROseq%2C+A+Tool+for+Identification+of+Transcripts+Regulating+Gene+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+molecular+biology+%28Clifton%2C+N.J%29%22%5BJournal%5D)">GROseq, A Tool for Identification of Transcripts Regulating Gene Expression.</a> Methods in molecular biology (Clifton, N.J). 1543, 45-55 (2017).</li>
<li>Mahat, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Base-Pair+Resolution+Genome-Wide+Mapping+Of+Active+RNA+polymerases+using+Precision+Nuclear+Run-On+%28PROseq%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+protocols%22%5BJournal%5D)">Base-Pair Resolution Genome-Wide Mapping Of Active RNA polymerases using Precision Nuclear Run-On (PROseq).</a> Nature protocols. 11 (8), 1455-1476 (2016).</li>
<li>Schärfen, L., Vock, I. W., Simon, M. D., Neugebauer, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+folding+of+nascent+RNA+regulates+eukaryotic+RNA+biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid folding of nascent RNA regulates eukaryotic RNA biogenesis.</a> Molecular Cell. 85 (8), 1561-1574 (2025).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+steps+in+transcription+initiation+and+reinitiation+from+the+major+late+promoter+in+a+HeLa+nuclear+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Functional steps in transcription initiation and reinitiation from the major late promoter in a HeLa nuclear extract.</a> Journal of Biological Chemistry. 262 (8), 3452-3461 (1987).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+and+partial+characterization+of+three+functional+steps+in+transcription+initiation+by+human+RNA+polymerase+II%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Separation and partial characterization of three functional steps in transcription initiation by human RNA polymerase II.</a> Journal of Biological Chemistry. 260 (13), 8163-8172 (1985).</li>
<li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nature Methods. 14 (1), 75-82 (2017).</li>
<li>Tijerina, P., Mohr, S., Russell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS+foot-printing+of+structured+RNAs+and+RNA-protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">DMS foot-printing of structured RNAs and RNA-protein complexes.</a> Nature Protocols. 2 (10), 2608-2623 (2007).</li>
<li>Liebig, A., Waldsich, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+RNA+structure+within+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+enzymology%22%5BJournal%5D)">Probing RNA structure within living cells.</a> Methods in enzymology. 468, 219-238 (2009).</li>
<li>Pelechano, V., Chávez, S., Pérez-Ortín, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Complete+Set+of+Nascent+Transcription+Rates+for+Yeast+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">A Complete Set of Nascent Transcription Rates for Yeast Genes.</a> PLOS ONE. 5 (11), (2010).</li>
<li>Wery, M., Descrimes, M., Thermes, C., Gautheret, D., Morillon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zinc-mediated+RNA+fragmentation+allows+robust+transcript+reassembly+upon+whole+transcriptome+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq.</a> Methods. 63 (1), 25-31 (2013).</li>
<li>Wang, L. K., Lima, C. D., Shuman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+mechanism+of+T4+polynucleotide+kinase%3A+an+RNA+repair+enzyme%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Structure and mechanism of T4 polynucleotide kinase: an RNA repair enzyme.</a> The EMBO Journal. 21 (14), 3873-3880 (2002).</li>
<li>Köster, J., Rahmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakemake+a+scalable+bioinformatics+workflow+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakemake a scalable bioinformatics workflow engine.</a> Bioinformatics. 28 (19), 2520-2522 (2012).</li>
<li>Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((fastp%3A+an+ultrafast+all-in-one+FASTQ+preprocessor%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">fastp: an ultrafast all-in-one FASTQ preprocessor.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 34 (17), i884-i890 (2018).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAR%3A+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithms+for+efficiently+collapsing+reads+with+Unique+Molecular+Identifiers%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Algorithms for efficiently collapsing reads with Unique Molecular Identifiers.</a> PeerJ. 7, (2019).</li>
<li>Spasic, A., Assmann, S. M., Bevilacqua, P. C., Mathews, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+RNA+secondary+structure+folding+ensembles+using+SHAPE+mapping+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Modeling RNA secondary structure folding ensembles using SHAPE mapping data.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 314-323 (2018).</li>
<li>Saldi, T., Fong, N., Bentley, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcription+elongation+rate+affects+nascent+histone+pre-mRNA+folding+and+3%E2%80%B2+end+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Transcription elongation rate affects nascent histone pre-mRNA folding and 3′ end processing.</a> Genes & Development. 32 (3-4), 297-308 (2018).</li>
<li>Pan, T., Artsimovitch, I., Fang, X., Landick, R., Sosnick, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folding+of+a+large+ribozyme+during+transcription+and+the+effect+of+the+elongation+factor+NusA%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Folding of a large ribozyme during transcription and the effect of the elongation factor NusA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 96 (17), 9545-9550 (1999).</li>
<li>Heilman-Miller, S. L., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+transcription+on+folding+of+the+Tetrahymena+ribozyme%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Effect of transcription on folding of the Tetrahymena ribozyme.</a> RNA. 9 (6), 722-733 (2003).</li>
<li>Yu, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computationally+reconstructing+co-transcriptional+RNA+folding+from+experimental+data+reveals+rearrangement+of+nonnative+folding+intermediates%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Computationally reconstructing co-transcriptional RNA folding from experimental data reveals rearrangement of nonnative folding intermediates.</a> Molecular Cell. 81 (4), 870-883 (2021).</li>
<li>Yu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+probing+of+eukaryotic+nascent+RNA+structure+elucidates+cotranscriptional+folding+and+its+antimutagenic+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+communications%22%5BJournal%5D)">Genome-wide probing of eukaryotic nascent RNA structure elucidates cotranscriptional folding and its antimutagenic effect.</a> Nature communications. 14 (1), (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10mM ATP</td><td>Invitrogen</td><td>18330019</td><td></td></tr><tr><td>10mM ביוטין-11-CTP</td><td>מדעי הביולוגיה של ינה</td><td>NU-831-BIOX</td><td></td></tr><tr><td>10mM GTP</td><td>Invitrogen</td><td>18332015</td><td></td></tr><tr><td>10mM UTP</td><td>Invitrogen</td><td>18333013</td><td></td></tr><tr><td>10X NEBuffer 1</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס</td><td>B7001S</td><td>בשימוש בשלב 7.2.1</td></tr><tr><td>10X מלח מפוזר עם מאגר זרחן (PBS)</td><td>גיבקו</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td>20% SDS</td><td>RPI&nbsp;</td><td>L23100-500</td><td></td></tr><tr><td>פנול חומצי: כלורופורם&nbsp;</td><td>אמביון</td><td>AM9722</td><td></td></tr><tr><td>חרוזי AMPure XP לבחירת גודל</td><td>בקמן קולטר&nbsp;</td><td>A63880</td><td>משמש לבחירת גודל בשלב 7.5.1</td></tr><tr><td>בקטו פפטון</td><td>גיבקו</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>תמצית שמרי בקטו</td><td>גיבקו</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>ביסין</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>B3876-100G</td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>319988</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-גלוקוז</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>G5767-500G</td><td></td></tr><tr><td>דיפקו אגר</td><td>BD DIFCO</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>דימתיל סולפט</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>D186309-5ML</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads & Trade; חרוזי MyOne Streptavidin C1 &nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td>משמש למשיכת ביוטין בסעיף 4.1</td></tr><tr><td>Dynabeads & Trade; mRNA DIRECT&TRADE; ערכת טיהור</td><td>Invitrogen</td><td>61011</td><td>משמש לבחירת Poly A בסעיף 5.1</td></tr><tr><td>EDTA, pH 8, 0.5M</td><td>סיגמא אולדריץ' &nbsp;</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>אתנול</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>גליקובלו</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td>קו-פרספיטנט בשימוש בשלבים 4.2.7 ו-5.2.4</td></tr><tr><td>Induro&reg; &nbsp; טרנסקריפטאז הפוך</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס</td><td>M0681S</td><td>אנזים RT בשימוש בשלב 6.3.1</td></tr><tr><td>אלכוהול איזואמיל</td><td>סיגמא אולדריץ' &nbsp;</td><td>W205710-1KG-K</td><td></td></tr><tr><td>איזופרופנול</td><td>JT-בייקר</td><td>9084-05-01</td><td></td></tr><tr><td>ערכת PCR של KAPA HiFi HotStart &nbsp; &nbsp;</td><td>רוש</td><td>07958889001</td><td>DNA באיכות גבוהה Pol שימש ב-7.3.2 ו-7.4.1 לתגובות PCR</td></tr><tr><td>כלוריד מגנזיום</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>SLCM2154</td><td></td></tr><tr><td>ערכת טיהור PCR MinElute</td><td>קיאגן</td><td>28004</td><td>משמש לניקוי DNA בשלבים 6.3.3 ו-7.2.2</td></tr><tr><td>ליגאס ה-RNA ה-Mth</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס</td><td>M2611A</td><td></td></tr><tr><td>אוליגו קלין & מתרכז</td><td>מחקר זימו</td><td>D4060</td><td>מומלץ לניקוי DNA של אוליגו בשלב 7.1.2</td></tr><tr><td>אשלגן אצטט&nbsp;</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>236497-500G</td><td></td></tr><tr><td>כלוריד אשלגן</td><td>JT בייקר</td><td>3040-01</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן הידרוקסיד</td><td>אוונטור</td><td>6984-04-01</td><td></td></tr><tr><td>RNA Clean & מרוכז-5</td><td>מחקר זימו</td><td>R1014</td><td>ערכת ניקוי RNA ששימשה בשלב 5.3.2 לאחר טיפול PNK</td></tr><tr><td>RNaseOUT&TRADE; מעכב ריבונוקלאז רקומביננטי</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>10777019</td><td>מעכב RNase ששימש בשלב 5.3.1 במהלך טיפול ב-PNK</td></tr><tr><td>סרקוסיל</td><td>IBI Scientific</td><td>IB07080</td><td></td></tr><tr><td>נתרן אצטט</td><td>איכות ביולוגית</td><td>351-035-721</td><td></td></tr><tr><td>כלוריד נתרן</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>S5150-1L</td><td></td></tr><tr><td>נתרן הידרוקסיד&nbsp;</td><td>מקרון</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>SUPERase&MIDDOT; In&Trade; מעכב RNase (20 U/&mu; L)</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>AM2696</td><td>מעכב RNase בשימוש בשלב 6.3.1</td></tr><tr><td>קינאז פולינוקלאוטידי T4</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>תרמוסטביל 5' ליגאז DNA/RNA של אפליקציה</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס</td><td>M0319L</td><td></td></tr><tr><td>טריס-HCl, pH 7.4, 1M</td><td>תרמו-סיינטיפיק</td><td>J60202. K2</td><td></td></tr><tr><td>טריטון X-100</td><td>טקנובה</td><td>T1105</td><td></td></tr><tr><td>טריזול וטרייד; ריאגנט</td><td>Invitrogen</td><td>15596-026</td><td>לגבי שחרור RNA מתחיל בסעיף 4.2; המכונה גם "תגובת RNA" בסעיף 4</td></tr><tr><td>&beta;-מרקפטואנול</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>M6250-1L</td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח השוואתי של מבנה rna של תעתיקים צעירים ובוגרים ב-saccharomyces cerevisiae

Comparative RNA Structure Analysis of Nascent and Mature Transcripts in Saccharomyces cerevisiae

ניתוח השוואתי של מבנה RNA של תעתיקים צעירים ובוגרים ב-Saccharomyces cerevisiae

During transcription, nascent RNA starts base pairing as it exits RNA polymerases (Pols). This base pairing permits the formation of RNA structures that ...

comparative-rna-structure-analysis-nascent-mature-transcripts

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

בפרוטוקול זה, הגן ביטוי שמרים...

Microarray ניתוח עבור Saccharomyces cerevisiae</em

פרוטוקול זה מתאר הליך ניסיוני לביצוע...

הדמיה וניתוח של מולקולות ה-mRNA באמצעות הקרינה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה ב<em&gt; Cerevisiae Saccharomyces</em

רמת המצב היציב של mRNAs הספציפי נקבעת על ידי קצב הסינתזה והריקבון של mRNA. שיעורי השפלה mRNA הגנום או שיעורי הריקבון של mRNAs הספציפי יכולים להימדד על ידי קביעת זמן מחצית חיים mRNA. פרוטוקול זה מתמקד במדידה של שיעורי ריקבון mRNA בSaccharomyces cerevisiae.

מדידת שיעורי ריקבון mRNA ב<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt; שימוש ב<em&gt; Rpb1-1</em&gt; זנים

כאן, אנו מציגים פרוטוקול בעזרת RNA-seq לנטר את רמות ה-mRNA לאורך זמן במהלך התגובה שתקבעו של cerevisiae ס תאים. בשיטה זו ניתן להתאים לנתח ביטוי גנים במהלך כל תגובה תאית.

מדידת רמות ה-mRNA לאורך זמן במהלך שמרים ס' cerevisiae ובשפתיים התגובה

הפרוטוקול המתואר כאן מבוסס על כימות ברמת הגנום של mRNA החדש מסונתז מטוהרים מתאי שמרים עם 4-thiouracil תוויות. שיטה זו מאפשרת למדוד את סינתזת mRNA חשיפות מהשחתה mRNA ומספק, לפיכך, מדידה מדויקת של RNA פולימראז II שעתוק.

שמר האפייה מטבולית תיוג עם 4-thiouracil, כימות של לאחרונה מסונתז mRNA כמדד לפעילות RNA פולימראז II

כאן אנו מציגים פרוטוקול עבור הפצילות תלויי-RNA של רנ א. זה מאפשר ניתוח מהיר ותלוי האתר של RNA 2 '-או-מתילציה. גישה זו יכולה לשמש להערכה ראשונית או מרכזית של פעילות הסנחנה.

ניתוח מותנה של rRNA 2 '-או-מתילציה

הצלבה קינטית וניתוח של cDNA היא שיטה המאפשרת לחקור את הדינמיקה של אינטראקציות חלבון-RNA בתאים חיים ברזולוציה טמפורלית גבוהה. כאן מתואר בפירוט הפרוטוקול, כולל גידול תאי שמרים, הצלבת UV, קציר, טיהור חלבונים ושלבי הכנת ספריית הריצוף של הדור הבא.

ניטור דינמיקת אינטראקציה חלבון-רנ"א ב-Vivo ברזולוציה טמפורלית גבוהה באמצעות χCRAC

פרוטוקול זה מתאר כיצד ליצור פרופיל פוליזום מבלי להשתמש ביצרני שיפועים אוטומטיים או במערכות פיצול הדרגתיות.

פרופיל פוליזום ללא יצרני שיפועים או מערכות פיצול

הפרוטוקול מספק הוראות לשינוי RNA עם דימתיל סולפט לניסויים בפרופיל מוטציות. הוא כולל בדיקה במבחנה ו - in vivo עם שתי שיטות הכנה חלופיות לספרייה.

בדיקת מבנה RNA עם פרופיל מוטציה של דימתיל סולפט עם ריצוף במבחנה ובתאים

פרוטוקול זה מודד כמותית את היציבות ומחצית החיים של RNA מגביר בין-גני ותוך-גני בתאי גזע עובריים בעכבר באמצעות טיפול אקטינומיצין D, RT-qPCR וניתוח רגרסיה לא ליניארית. אסטרטגיות נרמול ספציפיות למיקום משולבות כדי למודל במדויק את דינמיקות דעיכת eRNA באופן תלוי הקשר.

הערכה כמותית אופטימלית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר

אנו מספקים שיטות מפורטות לתיוג מטבולי ולטיהור תמלילים מתחילים לניתוח טרנסקריפטום בעוברים מוקדמים של Xenopus באמצעות 5-אתיניל-אורידין (5-EU).

תיוג מטבולי של הטרנסקריפטום המתהווה בעובריות מוקדמת של Xenopus

חקור את שיטת CoSTseq לניתוח מבנה RNA צעיר בזמן תעתיק ב-Saccharomyces cerevisiae. השיטה מאפשרת מיפוי מיקום פולימראז ומצב זיווג בסיסים בו-זמנית, ומספקת תובנות לגבי קיפול RNA במהלך התבגרותו.

ניתוח השוואתי של מבנה RNA של תעתיקים צעירים ובוגרים ב-Saccharomyces cerevisiae

גלה סרטונים נוספים