Utilizzo di Scanner Flatbed per la raccolta ad alta risoluzione e ritardi Immagini della Arabidopsis Root gravitropica risposta

Questo protocollo descrive un procedimento per la rapida raccolta di immagini di piantine di Arabidopsis rispondono ad uno stimolo gravità utilizzando commercialmente disponibili scanner piani. Il metodo consente di poco costoso, ad alto volume cattura di immagini ad alta risoluzione possono essere sindacate per algoritmi di analisi a valle.

L'obiettivo generale di questo video è quello di illustrare un metodo basato su scanner per l'acquisizione di immagini ad alta risoluzione della risposta tropica delle radici nell'opsi della pianta modello. Per iniziare questo protocollo, i semi del ceppo di semi designato vengono piantati su piastre di Petri contenenti un mezzo trasparente Dopo che i semi sono germinati per il periodo di tempo designato, le piastre di Petri vengono rimosse dalla camera di crescita, preparate per la scansione, quindi collocate in scanner piani orientati verticalmente. Le lastre vengono quindi ruotate di 90 gradi e scansionate per un periodo di tempo designato.

Le immagini vengono salvate sul computer o su un dispositivo di archiviazione dati e utilizzate successivamente per l'elaborazione delle immagini. Prima dell'acquisizione dell'immagine, preparare le piastre aga contenenti i due tessuti vegetali scansionati B. Per prima cosa, assorbire l'eventuale condensa accumulata sul coperchio e sui lati della piastra AGA con una salvietta kim.

Quindi, applicare una generosa quantità di Triton X 100 per prevenire future condense. Infine, termina questo processo avvolgendo la lastra con del nastro microporoso per fissare il coperchio e consentire la ventilazione per iniziare l'acquisizione dell'immagine. Impostare le cartelle per salvare le immagini nella posizione desiderata.

Ogni nome di cartella è costituito da una raccolta di metadati relativi alle informazioni da scansionare. In questo esempio, l'età dell'identificazione, la dimensione e il ceppo, le dimensioni e le scorte di semi univoci erano dati inclusi nei nomi delle cartelle. Questi metadati possono quindi essere copiati e incollati in un nome di cartella.

Questo protocollo presuppone che venga utilizzato più di uno scanner per raccogliere le immagini e fornisce istruzioni per collegare più scanner a un computer. Per questo motivo, sono state configurate tre cartelle per il salvataggio delle immagini. Il passaggio successivo consiste nell'impostare i timer per un orario di raccolta designato.

Dal momento che c'è ancora un bel po' di preparazione da fare a questo punto, assicurati di impostare i timer per un po' di tempo in più. Quindi, accendi il primo scanner e apri il programma di scansione della vista. Nella scheda di input, imposta l'origine sullo scanner corretto e la casella a discesa di ripetizione automatica su nessuno nella scheda di ritaglio.

Imposta l'area di anteprima su Massimo e premi anteprima. Scegli una casella di ritaglio che catturi la regione di interesse e imposti l'area di anteprima su casella di ritaglio. Quindi visualizza nuovamente l'anteprima dell'immagine.

Per salvare i dati raccolti nella posizione desiderata, premere la scheda di output e trovare i nomi delle cartelle precedentemente creati che corrispondono a ciascuno scanner. Accendi lo scanner successivo e ripeti la scansione della vista. Imposta le indicazioni per gli altri due scanner, assicurandoti di scegliere le cartelle corrette in cui salvare i dati.

È anche importante esaminare ogni scheda e assicurarsi che tutte le impostazioni dello scanner siano quelle desiderate. Il nostro laboratorio ha riscontrato che le seguenti impostazioni funzionano meglio per il tipo di raccolta di immagini che si sta eseguendo. Tuttavia, diversi tipi di raccolta di immagini potrebbero richiedere altre impostazioni.

Dopo aver selezionato tutte le impostazioni, scegli la scheda di input e imposta la casella a discesa di ripetizione automatica su continua su tutti e tre gli scanner. Posizionare le lastre preparate negli scanner con le piantine orientate orizzontalmente e posizionare temporaneamente il lato in feltro dello sfondo contro le piastre per garantire la stabilità nello scanner. Se si esegue questo protocollo con un partner, una persona gira le piastre di 90 gradi e immediatamente lo sfondo percepito, l'altra persona preme il pulsante di scansione ed entrambe fissano lo sfondo allo scanner con una corda elastica.

Ripete questo processo per gli scanner due e tre. Ogni immagine dovrebbe richiedere circa due o tre minuti per essere scansionata completamente. Le immagini finali appariranno come mostrato. È una buona idea controllare le cartelle in cui vengono salvate le immagini per assicurarsi che tutte vengano salvate correttamente.

È ideale per mantenere gli scanner in un'area priva di disturbi per la scansione del tempo designata. È inoltre prudente considerare le condizioni ambientali nell'area di scansione per garantire risposte fenotipiche ideali. Le immagini seguenti sono esempi di quelle raccolte utilizzando il metodo descritto in questo video.

I pannelli A e B e C e D sono la prima e l'ultima immagine di un singolo periodo di scansione. A e B mostrano l'intera area scansionata. Mentre C e D sono una regione ritagliata dell'area scansionata che mostra una singola lastra, si possono osservare diverse incongruenze.

La figura A mostra la variazione nella germinazione e nella traiettoria di crescita. L'immagine B mostra che le lastre possono accumulare condensa, mentre le immagini C e D sono considerate buoni risultati grazie alla robusta crescita delle piantine e alla qualità dell'immagine durante la corsa. La procedura descritta in questo documento si inserisce nella sua nicchia nel mondo dell'imaging radicolare in quanto è ad alta produttività e alta risoluzione, pur essendo relativamente conveniente.

Un ulteriore vantaggio di questo approccio è che può essere facilmente personalizzato per soddisfare le esigenze di imaging di un particolare gruppo di ricerca. Il metodo è stato anche personalizzato per l'imaging di altri.