Name: Atterramento condizionale dellespressione genica in linee cellulari del cancro per studiare il reclutamento dei monociti/macrofagi al microambiente tumorale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-11-23T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 59 s
Description: Scopri il knockdown condizionale dell'espressione genica nelle linee cellulari tumorali per studiare il reclutamento di monociti e macrofagi al microambiente tumorale. Questo metodo Tet-ON permette di generare rapidamente cloni stabili con elevata purezza.

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Gli autori desidera ringraziare Jacqueline Rosenberg per la correzione del manoscritto. Questo lavoro è stato supportato da l'US Department of Health and Human Services/National Institutes of Health con una sovvenzione di YA DeClerck (concedere 5R01 CA 129377) e la Fondazione di Martell TJ. Kubala MH è il destinatario di un premio di sviluppo di carriera di ricercatrice dell'Istituto di ricerca Saban a bambini Hospital Los Angeles.

La sezione di protocollo che utilizza monociti umani ottenuti dai volontari sani segue le linee guida del comitato etico di bambini Ospedale Los Angeles umana ricerca ed è stata approvata dal comitato di revisione istituzionale sotto il materiale umano Numero di protocollo: CCI 08-00208.
1. preparazione di linee cellulari del cancro con tetraciclina-regolato shRNA espressione
<ol><li>Clonazione di shRNA PAI-1 nel vettore di Tet-pLKO-puro 8 , 9<ol>
<li>Progettazione di oligomeri di shRNA contenenti etàio ed EcoRI fenditura sito all'estremità 5', la sequenza di senso, un ciclo di 6 nucleotidi e la sequenza antisenso. Nota: Tipici oligonucleotidi sono progettati come segue: avanti oligo: 5' CCGG - 19-21 bp senso - CTCGAG - 19-21 bp antisenso - TTTTT, Reverse oligo: senso 5' AATTAAAAA-19-21 bp - CTCGAG - 19-21 antisenso bp 3'. Protocollo dettagliato per la progettazione di oligomero può essere trovato in 8. In questo studio 3 sequenze shRNA contro PAI-1 sono stati testati per il più forte effetto di silenziamento: shRNA 132, shRNA 2, shRNA 333e strapazzate33 sono inclusi in tabella 1.</li>
		<li>Tempri gli oligomeri di shRNA e strapazzate shRNA oligomeri.<ol>
<li>Ricostituire oligonucleotidi a 100 µM in acqua e mescolare oligonucleotide in avanti di 1 µ l, oligonucleotide inverso di 1 µ l e 8 µ l H2O.</li>
			<li>Per temprare i oligonucleotides, mescolare le seguenti: 1 µ l del oligonucleotide miscela, 5 µ l tampone 10 mM Tris (idrossimetil) amminometano (Tris) a pH 7.5, 50 mM di cloruro di sodio (NaCl), 10 mM di cloruro di magnesio (MgCl2), 1 mM dithioerythritol (DTE) e 44 µ l H 2 O.</li>
			<li>Incubare la miscela in un termociclatore di reazione a catena (PCR) della polimerasi a 95 ° C per 5 min, spegnere lo strumento e attendere fino a quando viene raggiunta la temperatura ambiente (RT).</li>
		</ol>
</li>
		<li>Precipiti Ricotti oligonucleotidi aggiungendo 5 µ l 3 M µ l di acetato di sodio pH 5.2 a 50 ricotto oligonucleotidi.<ol>
<li>Aggiungere 100 µ l freddo 100% di etanolo (EtOH) ed incubare per 30 min a-80 ° C. Centrifugare in una centrifuga da banco a velocità massima per 30 min a 4 ° C.</li>
			<li>Rimuovere il surnatante, aggiungere 500 µ l freddo 70% EtOH, centrifuga per 30 min, rimuovere il surnatante e sciogliere risospeso in 20 µ l di H2O.</li>
			<li>Valutare la concentrazione di oligonucleotidi Ricotti mediante spettrofotometria, misurando l'assorbanza a 260 nm. Oligonucleotidi diluiti alla concentrazione finale di 1 ng / µ l.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Preparare mezzo Luria Bertani (LB) e piastre di agar LB.<ol>
<li>Per mezzo di LB, sciogliere 10 g triptone, Estratto di lievito 5 g, 10 g di NaCl in 1 L di acqua. Regolare il pH del mezzo a pH 7.0 utilizzando 1 N NaOH e autoclave.</li>
			<li>Per piastre di agar LB, aggiungere 15 g/L di agar in mezzo di LB. Autoclave e raffreddare a circa 50 ° C. Aggiungere Antibiotico e versare le piastre.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Streak batteri trasformati con un vettore di Tet-pLKO-puro (Vedi la Tabella materiali) su LB agarizzato completati con ampicillina di 100 µ g/mL e incubare per una notte (O/N) a 37 ° C.</li>
		<li>Inoculare 100 mL di terreno LB completati con ampicillina 100 µ g/mL (LB/ampicillina) con 1 Colonia dalla piastra e crescere O/N con agitazione a 37 ° C.</li>
		<li>IsolateTet-pLKO-puro da coltura batterica 100 mL utilizzando un kit di isolamento del plasmide.</li>
		<li>Preparare la reazione di restrizione per il vettore di Tet-pLKO-puro con enzimi di restrizione EcoRI e AgeI come segue: 1 µ l EcoRI, 1 µ l AgeI, 5 µ l di tampone di 10x, 1 µ l plasmide DNA (1 µ g), 42 µ l H2O. Incubare 1 h a 37 ° C. Per ottenere abbastanza di vettore spaccati, preparare le reazioni fino a 5 x 50 µ l.</li>
		<li>Utilizzare gel di agarosio 1% per purificare fenduti vettore dal gel dell'agarosi utilizzando un kit di purificazione di DNA. Per aumentare il rendimento del DNA, ridurre al minimo l'agarosio al rapporto di DNA nel gel utilizzando un pettine di gel di agarosio per grandi pozzi e rimuovendo con attenzione la maggior parte dell'agarosi dalla band usando un bisturi.</li>
		<li>Preparare la miscela di reazione di legatura come segue: 1 oligonucleotidi ng ricotto, 50 ng fenduti vettore, 2 µ l tampone di 10x ligasi, 1 della ligasi µ l e acqua fino a 20 µ l. legare il vettore con oligonucleotidi di shRNA ricotto a 16 ° C O/N.<ol>
<li>Inoltre, preparare una reazione di controllo negativo senza oligonucleotidi per contabilizzare il vettore ApoAlert, parzialmente spaccato e auto-legato che si tradurrà in colonie positive false.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Utilizzando tecniche di trasformazione standard, trasformare miscele di legatura in cellule batteriche chimicamente competenti progettate per impedire la ricombinazione omologa di vettori lentivirali contenenti ripetizioni diretti.</li>
		<li>Crescere batteri sui piatti con ampicillina O/N a 37 ° C. Nota: Se si verifica la crescita delle colonie satellitare, ripetere la trasformazione e crescere batteri a 30 ° C per rallentare la crescita e prevenire così colonie satellitare.</li>
		<li>Per verificare il successo legatura, scegliere tra 10-20 singole colonie, inoculando mL 2 LB/ampicillina culture e una piastra di ampicillina come una piastra d'archivio (per essere utilizzato come un clone positivo in seguito). Coltivare colture liquide con agitazione O/N a 37 ° C. Incubare la piastra O/N a 37 ° C.</li>
		<li>Sigillare la piastra con parafilm e conservare a 6 ° C.</li>
		<li>Isolare il DNA del plasmide da colture liquide utilizzando un kit di isolamento del plasmide.</li>
		<li>Eseguire l'analisi di restrizione del DNA del plasmide isolato dalle colonie ampicillina-resistente usando enzima XhoI. Per ogni clone, preparare la seguente miscela di reazione: 0,5 µ l XhoI, 2,5 µ l di tampone 10x, 1 µ l plasmide DNA (0,5 µ g) e 21 µ l H2O. Incubare per 1h a 37 ° C. Analizzare il risultato della reazione di restrizione eseguendo la reazione su un gel di agarosio all'1%. Nota: L'analisi di limitazione del vettore WT spaccato di XhoI genererà 3 frammenti: 8.447, 1.800 e 200 bp. La sequenza di stuffer nel vettore di Tet-pLKO-puro di 1.800 bp non è presente in cloni positivi contenenti shRNA-PAI-1 e il digest XhoI si tradurrà in frammenti di DNA di dimensioni: 8.447, 190 e 130 bp. Come illustrato nella Figura 1, il frammento di bp 2.000 non viene trovato in DNA isolato dal numero di colonie ampicillina resistente: 3, 8 e 11. Secondo il disegno di oligonucleotidi, la lunghezza e il numero di frammenti ottenuti nel DNA da colonie positive possono variare.</li>
		<li>Verificare il corretto inserimento delle sequenze shRNA in vector Tet-pLKO-puro da sequenziamento8,9.</li>
		<li>Inoculare 100 mL cultura LB/ampicillina con la Colonia contenente il clone corretto e crescere O/N a 37 ° C.</li>
		<li>Isolare il DNA del plasmide utilizzando un kit di isolamento del plasmide.</li>
	</ol></li>
	<li>Generazione di particelle lentivirali.
	<ol>
<li>Ricoprire una piastra di coltura del tessuto di 15cm con poli-L-lisina coprendo la superficie del piatto con soluzione di acqua sterile dello 0,01% Poly-L-lisina e incubare a temperatura ambiente per 15 min. eliminare la soluzione tramite aspirazione e asciugare i piatti.</li>
		<li>(HEK293) seme 5 x 106 293 di rene embrionale umano cells nel piatto rivestiti con poli-L-lisina 15 cm, e cultura in medium Medium (DMEM) dell'Aquila di Dulbecco per volta completati con 10% FBS e 1% mix di penicillina/streptomicina (Pen/Strep) a 37 ° C, 5% CO 2 fino a raggiungere confluency di 70%.</li>
		<li>Per produrre particelle virali, transfect cellule HEK293 con 25 µ g pLKO-Tet-su-shRNA, 25 µ g psPAX, (imballaggi plasmide) e 5 µ g pMD2.G plasmidi (plasmide esprimenti busta) usando il reagente di transfezione. Nota: psPAX e pMD2.G plasmidi sono un regalo dal laboratorio Didier Trono (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Svizzera).</li>
		<li>Indurre le cellule HEK293 il giorno successivo modificando il mezzo in DMEM completate con 10 mM di sodio butirrato e 20 mM HEPES pH 7,2 e coltura per 8 h.</li>
		<li>Lavare le cellule con tampone fosfato salino (PBS) e aggiungere 25 mL di fresco DMEM Media contenente 20 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acido (HEPES) pH 7.2. Dopo incubazione a 37 ° C per 48 h, raccogliere con cura i media contenenti virus pipettando; evitare fuoriuscite.</li>
		<li>Il mezzo raccolto filtrare su filtro da 0,45 µM siringa per rimuovere le cellule HEK293. Il supporto che contiene le particelle virali può essere usato immediatamente o conservato a-80 ° C per un uso successivo.</li>
	</ol></li>
	<li>Generazione di linee cellulari trasfettate stabilmente
	<ol>
<li>HCT116 cellule di cancro del colon e le cellule di cancro al seno MDA-MB-231 a 50.000 cellule/pozzetto in medium DMEM completate con 10% siero bovino fetale (FBS) e 1% di semi Pen/Strep in una piastra 12-pozzetti. Incubare a 37 ° C 5% CO2 fino a quando le cellule sono 60-70% confluenti.</li>
		<li>Lavare le cellule con PBS e aggiungere 1 mL di contenenti virus medio al cancro cellule e O/N di incubare a 37 ° C 5% CO2. Come controllo, aggiungere 1 mL di fresco DMEM supplementato con 10% FBS e 1% Pen/Strep a 2 pozzi con le cellule tumorali.</li>
		<li>Rimuovere con cautela contenenti virus medio dall'aspirazione. Lavare le cellule con PBS e modificare il mezzo in DMEM con 10% (v/v) privo di tetraciclina (Tet-libero) FBS e 1% Pen/Strep.</li>
		<li>Dopo 72 h, lavare le cellule con PBS e modificare il mezzo in DMEM 10% FBS Tet-libero 1% Pen/Strep, con puromicina. 1 µ g/mL per la selezione di cellule trasfettate con virus.<ol>
<li>A seconda della linea cellulare utilizzata, regolare la concentrazione con puromicina per ottimale selezione test l'intervallo di concentrazioni con puromicina (0,1, 0,5, 1, 2 e 5 µ g/mL) in cellule non trasdotte e scegliendo la più bassa concentrazione dove non sopravvivono cellule di controllo Dopo 3 giorni di cultura.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Selezionare le cellule trasdotte virus di coltura delle cellule in presenza con puromicina per 3-14 giorni. Come controlli, preparare ulteriori due pozzetti con cellule non trasdotte, uno con mezzo contenente con puromicina e uno senza con puromicina. Osservare parziale uccisione delle cellule con puromicina nel pozzo con cellule trasdotte virus rispetto ai pozzetti di controllo. Nota: Le cellule Non trasdotte non crescerà in presenza con puromicina.</li>
		<li>Verificare l'efficienza del KD condizionale nel tumore del colon con puromicina-resistente HCT116 e cellule di cancro al seno MDA-MB-231. Nota: La concentrazione efficace di doxiciclina varierà con la linea cellulare utilizzata e deve essere titolata (in genere da 100 ng/mL a 2 µ g/mL).<ol>
<li>Determinare la concentrazione di doxiciclina non è tossico per le cellule ma efficace nella downregulating l'espressione della proteina di interesse. In questo protocollo, 1 µ g/mL è stato utilizzato con successo in vitro.</li>
			<li>Coltura delle cellule per 72 h in presenza ed assenza di doxiciclina µ g/mL 0,1, 1 e 2. Verificare il livello di espressione della proteina downregulated (qui, PAI-1) nel lisato cellulare tramite Western blot analisi. Confrontare le cellule HCT116 e MDA-MB-231 condizionalmente esprimono shRNA alle cellule di controllo uova strapazzate.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Preparazione del medium condizionato
	<ol>
<li>Semi 1 x 106 delle cellule transfettate stabile con doxiciclina regolato il lentivirus contenenti pLKO-shRNA in piatti di 10 cm.</li>
		<li>Linee cellulari in mezzo di Roswell Park Memorial Institute (RPMI) con 10% FBS privo di Tet e 1% di crescere Pen/Strep in assenza e in presenza di 1 doxycycline µ g/mL per 72 h a 37 ° C 5% CO2, aggiunta di doxiciclina fresca ogni giorno. Nota: Medium RPMI è compatibile con le condizioni di coltura dei monociti. La doxiciclina è un composto leggero e sensibile. Proteggere le colture cellulari da luce coprendo con carta stagnola ed evitare di lavorare sotto l'esposizione diretta alla luce.</li>
		<li>Raccogliere il mezzo di pipettaggio, filtrare su filtro a 0,45 µm e congelare a-80 ° C in aliquote.</li>
	</ol></li>
</ol>2. isolamento dei monociti da sangue umano
<ol><li>Isolare i monociti da sangue periferico umano. Nota: Monociti umani primari sono isolati da 7 mL di globuli bianchi concentrati in un filtro del leucocita ottenuto da donatori sani della piastrina. A seconda del donatore, un filtro del leucocita produce tra 1 x 109 e 2 x 109 di cellule mononucleari di sangue periferico (PBMCs), circa il 10% di cui costituiscono i monociti.<ol>
<li>Preparare la workstation nel flusso laminare.</li>
		<li>Sterilizzare le forbici e il flusso laminare con luce ultravioletta (UV) per 30 min.</li>
		<li>Spruzzare il filtro del leucocita con 70% EtOH e asciugato all'aria dentro il flusso laminare.</li>
		<li>Entrambe le estremità del filtro del leucocita di tagliare con le forbici e svuotare il contenuto del filtro in una provetta da 50 mL.</li>
		<li>Diluire a 90 mL aggiungendo PBS contenente l'1% (v/v) FBS (PBS/FBS).</li>
		<li>Preparare 3 x 50 mL provette con 15 mL di soluzione gradienti di densità. Strato lentamente 30 mL di PBS/FBS diluito sangue sopra la densità gradiente soluzione usando un pipettatore automatico impostato sul flusso gravitazionale per evitare la miscelazione degli strati.</li>
		<li>Centrifugare in un rotore di swing a 400 x g a RT senza freni per 25 min.</li>
		<li>Lo strato superiore di alienare e trasferire lo strato intermedio contenente PBMCs ad un tubo fresco 50 mL.</li>
		<li>Aggiungere CHE PBS/FBS fino a 50 mL e centrifugare a x 120 g a RT per 10 min. rimuovere il supernatante contenente piastrine. Ripetere questo passaggio altre due volte.</li>
		<li>Risospendere il pellet in 50 mL di PBS/FBS e contare i PBMCs utilizzando un emocitometro. Centrifugare a 120 x g a RT e risospendere il pellet in PBS/FBS contenente 1 millimetro di acido etilendiamminotetraacetico (EDTA) (PBS/FB/EDTA) a una concentrazione finale di 5 x 107 cellule/mL.</li>
		<li>Utilizzare un kit di selezione negativa per arricchire i monociti da svuotamento delle cellule non-monocytic. Nota: Il kit di selezione negativa utilizza un cocktail di anticorpi (CD2, CD3, CD16, CD19, CD20, CD56, CD66b, CD123 e glycophorin A) contro T cellule NK le cellule, neutrofili, B cellule, granulociti ed eritrociti. I complessi anticorpo legano la superficie di queste cellule non-monocytic e per le particelle magnetiche di destrano. Quando il tubo è collocato in un magnete, le perle di aderiscano alle pareti del tubo e rimuovere le cellule non-monocytic dalla soluzione.<ol>
<li>Aggiungere 50 µ l anticorpo cocktail a 1 mL di 5 x 107 PBMCs/mL, mescolare con una pipetta e incubare per 10 min a biglie magnetiche di RT. aggiungere 50 µ l di PBMCs con l'anticorpo cocktail, mescolare con una pipetta e incubare per altri 10 min a TA.</li>
			<li>Aggiungere PBS/FB/EDTA fino a 25 mL e posto la miscela PBMC in un magnete che può ospitare un tubo da 50 mL. Incubare per 10 min a RT. magnetico perline potranno aderire alle pareti del tubo e sequestrare le cellule non-monocytic dalla soluzione.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Utilizzando una pipetta 25 mL, rimuovere la soluzione contenente i monociti dal tubo nel magnete. Fare attenzione a non toccare i lati del tubo con la pipetta.</li>
		<li>Centrifugare la soluzione a 250 x g a RT, rimuovere il supernatante e risospendere il pellet contenente monociti in medium RPMI contenente 10% FBS privo di Tet e 1% Pen/Strep.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. analisi di migrazione di alloggiamento di Boyden
<ol><li>Preparare la soluzione di albumina di siero bovino (BSA) 1% (p/v) sciogliendo 1 g di BSA in 100 mL di acqua ultrapura e filtrare attraverso una dimensione dei pori di 0,2 µm per sterilizzare.</li>
	<li>Incubare il membrana porosa inserti in soluzione sterile 1% BSA O/N per una migliore aderenza dei macrofagi alla membrana. Per i monociti/macrofagi, utilizzare inserti di dimensioni di 5-8 µm poro.<ol>
<li>Riempire un piatto di coltura di tessuto sterile con soluzione di BSA 1% e gli inserti nel piatto. Applicare 200 µ l soluzione di BSA 1% all'interno degli inserti.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Lavare gli inserti due volte mettendoli in un piatto riempito con PBS sterile e applicando PBS all'interno del filtro.</li>
	<li>40.000 cellule HCT116 o MDA-MB-231 in 0,5 mL di terreno RPMI contenente 10% FBS privo di Tet e 1% di semi Pen/Strep per pozzetto, in una piastra a 24 pozzetti, in triplice copia. In alternativa, posizionare 0,5 mL di medium condizionato generato in precedenza nel pozzo come fonte di chemoattractant.</li>
	<li>Il giorno successivo, monociti piastra 8.000 nel preparato inserire in 0,3 mL di volume del medium RPMI contenente 10% FBS privo di Tet e 1% Pen/Strep, in triplice copia e incubare a 37 ° C 5% CO2.</li>
	<li>Raccogliere gli inserti dopo 48 h. Nota: La lunghezza di un esperimento dovrà essere ottimizzata a seconda delle condizioni specifiche e le cellule utilizzate, eseguendo un esperimento di corso di tempo dove inserti sono raccolti a tempi diversi di incubazione.<ol>
<li>Scrollarsi di dosso l'eccesso del prodotto e precisamente strisciare la superficie interna con un applicatore con punta di cotone per rimuovere le cellule che non sono stati migrati.</li>
		<li>Macchia il lato esterno degli inserti utilizzando il metodo di Wright-Giemsa.</li>
		<li>Montare con cura 3 inserti/vetrino in un olio di immersione microscopio ad alta viscosità, assicurandosi che il lato del filtro con i macrofagi migrati rivolto verso l'alto.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Immagine le diapositive utilizzando un microscopio ottico con obiettivo X 20. Scattare foto di 9 campi/filtro. Contare i macrofagi migrati in 9 campi/filtro.</li>
</ol>

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Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Composto da una varietà di tipi cellulari, la TME è cruciale per lo sviluppo del cancro. Per accertare le condizioni di crescita ottimali, le cellule tumorali attraggono i monociti attraverso la secrezione di fattori chemiotattici. Qui presentiamo un protocollo per studiare il meccanismo di reclutamento di monociti di cellule tumorali in vitro. A tale scopo, viene utilizzata una combinazione di sistema di espressione genica viscoelastica, purificazione dei monociti umani primari e come esempio di un test di migr...

Macrofagi tumore associato (TAMs) contribuiscono allo sviluppo del tumore, promuovendo la crescita del tumore, metastasi e che regolano la risposta immunitaria2. Le cellule tumorali infiammatorie monociti recluta, che infiltrano il tumore e differenziano in pro-cancerogeno TAMs3. Infiltrazione del tumore con TAMs correla con risultato clinico difficile ed è stato collegato al ruolo immunosopressivo di macrofagi4,5. Tuttavia, i meccanismi del reclutamento dei macrofagi di tumore non sono ben esplorati e una migliore comprensione delle vie coinvolte è cruciale per l'ulteriore avanzamento del campo e promettenti terapie. Una delle sfide nello studiare le interazioni tra cellule tumorali e cellule normali nel microambiente tumorale (TME) è la complessità dei meccanismi e cellule coinvolte, che richiedono approcci in vitro che consentono la dissezione del crosstalk. Qui presentiamo una metodologia versatile che può essere applicata per studiare l'effetto di paracrine di un cancro cellula-derivato, proteina secernuta sulla migrazione di altri tipi di cellule come i macrofagi, in vitro. Utilizza un sistema in cui l'espressione di shRNA contro una cellula-derivati dalla proteina del cancro coinvolta nel reclutamento dei monociti è sotto il controllo del promotore inducibile tetraciclina, è quantificato l'effetto paracrino della proteina secernuta sui monociti. In questo protocollo, clonazione delle sequenze shRNA nella tetraciclina regolamentato vettoriale è presentato seguita dalla generazione di linee cellulari tumorali stabile. Inoltre, la purificazione di monociti umani primari e un'analisi della camera di Boyden vengono utilizzati per analizzare l'effetto di paracrine di una proteina della cellula tumorale derivata sulla migrazione dei monociti.
Downregulation dei geni di codificazione della proteina è comunemente applicato con tecniche di siRNA e shRNA, anche se non senza limitazioni nel suo utilizzo. Il knock-down a lungo termine (KD) di geni può suscitare risposte adattative secondarie delle cellule che interferiscono con i risultati sperimentali. Mancanza di controllo temporale sull'espressione genica rende impegnativo per studiare il ruolo dinamico di una proteina nel tempo o il ruolo di una proteina fondamentale per la sopravvivenza delle cellule. Questo problema è particolarmente importante nelle impostazioni di in vivo , dove il ruolo di una proteina nello sviluppo del tumore e nella progressione potrebbe richiedere downregulation dell'espressione della proteina di interesse solo dopo che il tumore è stabilito. KD condizionale ha il vantaggio di evitare un effetto letale troppo presto di KD sulle cellule e per attivare l'analisi del ruolo della proteina all'interno di diverse fasi di crescita del tumore, mentre KD incondizionato potrebbe causare mancanza di sviluppo del tumore.
Un numero di condizionale KD sistemi è stato sviluppato per risolvere le limitazioni di KD stabile. I sistemi di espressione genica condizionale includono sistemi di sovraespressione ecdisone-inducibile, sistema induzione del citocromo P-4501, e tetraciclina regolato sistemi di espressione genica. I sistemi di espressione di gene tetraciclina-regolato consentono di controllare l'espressione di shRNA con l'aggiunta della tetraciclina antibiotica (o il suo analogo più stabile - doxiciclina). Nei sistemi di Tet-ON, l'espressione di shRNA è indotta in presenza di tetraciclina/doxiciclina risultante in un'espressione genica KD, mentre nei sistemi di Tet-OFF, l'espressione di shRNA è soppressa in presenza di tetraciclina conseguente espressione genica. Uno svantaggio del sistema tetraciclina-inducibile è precedentemente segnalati a bassi livelli di espressione di shRNA in assenza di doxiciclina - cosiddetto permeabilità6,7. Tet-on sistema descritto qui, somministrazione di tetraciclina, il legame della proteina repressore (TetR) tetraciclina costitutivamente espressa per la sequenza di elementi (TRE) Tet-sensible a reagire all'interno il H1 regione del promotore di shRNA di interesse è soppresso. Questo si traduce in espressione di shRNA e inibizione della traduzione della proteina di interesse in un modo dipendente dalla tetraciclina8,9.
Altri sistemi di Tet-ON disponibili includono knock-in simultanea di TetO sequenza tra TATA box ed elemento sequence prossimale (PSE) e tra trascrizione e TATA box avviare sito sviluppato da Chan et al. 10 questo sistema richiede meno di dosi tossiche di tetraciclina di regolare l'espressione di shRNA, tuttavia, in uno stato indotto non, bassi livelli di shRNA vengono espressi. La casella Krüppel-collegata (KRAB) basato Tet-ON sistema11 include KRAB, una proteina del dito di zinco, che geni soggetti si trovano all'interno di una gamma di 3 kb del sito di legame di KRAB a soppressione trascrizionale. TTRKRAB la proteina chimerica può associare a TetO, e dovuto la vasta gamma di capacità controllabile del DNA, TetO non bisogno essere limitato tra la trascrizione aprire il sito e il promotore hanno basso impatto sull'attività del promotore. Sotto lo stato indotto non, questo sistema di interferenza RNA controllabile è stato segnalato per mostrare un livello inferiore di trapelate espressione di shRNA11,12; Tuttavia, esso richiede un approccio sequenza, due-vettore di clonazione. Rispetto ai sistemi di KD condizionale precedentemente sviluppati come il sistema di sovraespressione ecdisone-inducibile o sistema di induzione del citocromo P-450, il sistema di tetraciclina-regolato ha il vantaggio della sua robustezza e la reversibilità e pertanto è il più usato ordinariamente sistema13. Il sistema utilizzato in questo protocollo ha il vantaggio rispetto il KRAB Tet-ON sistema e TetO knock-in sistema duale in quanto richiede dritto in avanti, singolo vettore clonazione, permettendo la rapida generazione di più cloni, e presenta livelli molto bassi di permeabilità nella assenza di doxiciclina.
TME è fondamentale per lo sviluppo del cancro. Per facilitare la crescita del tumore, le cellule tumorali reclutano infiammatori monociti secernendo proteine chemiotattiche. Reclutati monociti infiltrano il tumore e differenziano in tam pro-cancerogeno che contribuiscono alla crescita del tumore e metastasi. Studi in vitro del reclutamento delle cellule immuni utilizzano saggi di migrazione, con Boyden analisi della camera essendo ampiamente usato14,15,16,17. In questa analisi, la fonte della proteina chemoattractant, ad esempio, le cellule tumorali, o una proteina purificata, viene inserita nella camera inferiore. Le cellule immunitarie sono collocate nella camera superiore separata con membrana porosa dal vano inferiore. La migrazione verso la pendenza crescente di chemoattractant e quelli che si trovano sul lato inferiore della membrana di cellule sono macchiate e conteggiate sotto il microscopio. Qui testiamo la funzione chemoattractant del Plasminogen Activator Inhibitor 1 (PAI-1) sui monociti generando linee cellulari stabili, inducibile cancro dove espressione di PAI-1 è regolata da aggiunta di doxiciclina. Utilizziamo monociti umani primari in analisi migrazione dell'alloggiamento di Boyden per valutare il ruolo di PAI-1 in migrazione di monociti. Differenze tra linee cellulare monocytic ampiamente usato come THP1 e monociti umani primari sono state segnalate e includono diverse citochine espressione modelli18; ad esempio, aumento di 5-10 volte nei livelli di espressione di TNF-α dalle cellule THP1 rispetto ai monociti umani19. Le cellule THP1 sono derivati da cellule monocytic umane di leucemia, sono facili da mantenere e proliferare con una media di 19-50 h20il tempo di raddoppiamento. Al contrario, monociti umani sono caratterizzati da una durata breve in assenza di fattori di crescita. Dal momento che i monociti sono purificati dal sangue dei donatori, una discreta quantità di variabilità si verifica tra gli individui e a seconda del metodo di purificazione, può verificarsi la contaminazione con altri tipi di cellule. Tuttavia, monociti primari sono rilevanti ed è stato raccomandato di utilizzare o confermare i risultati ottenuti con le linee di cellule monocytic utilizzando monociti primari nella ricerca biologica19. Qui descriviamo un protocollo per la purificazione dei monociti umani primari da sangue periferico. Metodi alternativi di purificazione del monocito sono protocolli di adesione e del gradiente di densità e procedura di due step con singoli gradiente di Ficoll-Hypaque seguita da un gradiente di Percoll21. La purezza della popolazione monocito ottenuta da quelle gamme di metodi tra 70-90%. Il metodo qui descritto utilizza un gradiente di densità seguito da una selezione negativa immuni22 e permette la purificazione dei monociti umani senza contatto diretto con gli anticorpi, quindi evitando loro attivazione accidentale e conseguente un > 95% della popolazione di puro dei monociti.
Il protocollo presentato qui è utilizzato per l'impostazione di un sistema funzionale di Tet-ON per l'espressione genica KD in linee cellulari tumorali umane per studiare l'effetto di chemoattractant della proteina secernuta cancro-derivato PAI-1 sui monociti. PAI-1 è overexpressed da una varietà di tumori e la sua espressione paradossalmente correla con risultato clinico difficile23,24. Il ruolo pro-cancerogeno di PAI-1 è un risultato della sua pro-angiogenici e anti-apoptotici funzioni25,26. PAI-1 ha dimostrato di contribuire alla infiammazione promuovendo l'assunzione dei macrofagi al sito di infiammazione27. PAI-1 è stata indicata per promuovere il muscolo liscio cellmigration28,29 e a partecipare al Mac-1 dipendente del macrofago migrazione30. Sovraespressione di PAI-1 ha dimostrata anche di migliorare significativamente l'assunzione dei macrofagi Raw 264.7 in B16F10 del melanoma tumori31. Tuttavia, il ruolo di PAI-1 in migrazione TAM non è stato studiato in dettaglio. Utilizziamo il protocollo descritto per rispondere alla domanda di se PAI-1 attrae i monociti alle cellule tumorali. Questa metodologia consente una dissezione del crosstalk tra tumore e TME silenziamento la proteina secernuta in cellule tumorali ed analizzando le componenti della TME.

<table><tbody><tr><td>Tet-pLKO-puro vettore lentivirale</td><td>Addgene</td><td>21915</td><td></td></tr><tr><td>FBS (senza tetraciclina)</td><td>Omega Scientific</td><td>FB-15</td><td></td></tr><tr><td>Histopaque</td><td>Sigma</td><td>10771-500ML</td><td></td></tr><tr><td>EasySep Kit di arricchimento di monociti umani</td><td>StemCell</td><td>19059</td><td></td></tr><tr><td>EasySep Magnet</td><td>StemCell</td><td>18002</td><td></td></tr><tr><td>EcoRI HF</td><td>NEB</td><td>R3101S</td><td></td></tr><tr><td>AgeI HF</td><td>NEB</td><td>R3552S</td><td></td></tr><tr><td>Cut Smart buffer</td><td>NEB</td><td>B7200S</td><td></td></tr><tr><td>EndoFree Plasmid Maxi Kit</td><td>Qiagen</td><td>12362</td><td></td></tr><tr><td>PROMEGA Wizard SV Gel e PCR Cleanup System</td><td>PROMEGA</td><td>A9281</td><td></td></tr><tr><td>psPAX vector</td><td>Addgene</td><td>12260</td><td></td></tr><tr><td>pMD2.G vector</td><td>Addgene</td><td>12259</td><td></td></tr><tr><td>One Shot Stbl3 Chimicamente Competente&nbsp;E. coli</td><td>Thermo Fisher Scientific C737303</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Set di coloranti Hema 3 per colorazione Wright-Giemsa</td><td>Protocollo</td><td>123-869</td><td></td></tr><tr><td>cellule HEK293</td><td>ATCC</td><td>CRL-1573</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Corning</td><td>21-031-CV</td><td></td></tr><tr><td>Enzima di restrizione XhoI</td><td>NEB</td><td>R0146S</td><td></td></tr><tr><td>Ligasi</td><td>NEB</td><td>M0202S Tampone</td><td></td></tr><tr><td>ligasi</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>EDTA 0,5 M soluzione</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1021</td><td></td></tr><tr><td>Lipofectamina 2000</td><td>Invitrogen</td><td>11668019</td><td></td></tr><tr><td>The Big Easy" EasySep Magnet</td><td>Stem Cell</td><td>18001</td><td></td></tr><tr><td>0,1% Soluzione di poli-L-lisina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8920</td><td></td></tr><tr><td>Acetato di sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7670</td><td></td></tr><tr><td>Butirrato di sodio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B5887</td><td></td></tr><tr><td>0.45 &mu; M filtri per siringhe</td><td>VWR International</td><td>28145-479</td><td></td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S5881-500g</td><td></td></tr><tr><td>Tris(idrossimetil)amminometano (Tris)</td><td>Invitrogen</td><td>15504-020</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro di sodio (NaCl)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653-5 kg</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro di magnesio (MgCl2)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8266-100g</td><td></td></tr><tr><td>ditioeritritolo (DTE)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B8255-5g</td><td></td></tr><tr><td>etanolo (EtOH)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>792780</td><td></td></tr><tr><td>triptone</td><td>Amresco</td><td>J859-500g</td><td></td></tr><tr><td>estratto di lievito</td><td>Fluka</td><td>70161-500g</td><td></td></tr><tr><td>Bacto agar</td><td>BD</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>ampicillina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9393-5g</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' s Aquila modificata' s Medium (DMEM)</td><td>Corning</td><td>10-013-CV</td><td></td></tr><tr><td>soluzione salina tamponata con fosfato (PBS)</td><td>Corning</td><td>21-031-CV</td><td></td></tr><tr><td>4-(2-idrossietil)-1-piperazineacido etansolfonico (HEPES)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>puromicina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P9620</td><td></td></tr><tr><td>doxiciclina iclilato</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D9891-25g</td><td></td></tr><tr><td>Roswell Park Memorial Institute (RPMI)</td><td>Corning</td><td>10-040-CV</td><td></td></tr><tr><td>0.5 M EDTA pH 8.0</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1021</td><td></td></tr><tr><td>Falcon Supporto permeabile per piastra a 24 pozzetti con 8.0&mu; m Membrana in PET trasparente</td><td>Becton Dickinson</td><td>353097</td><td></td></tr><tr><td>Albumina di siero bovino</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A7906</td><td></td></tr><tr><td>Applicatore con punta in cotone&nbsp;</td><td>Medline</td><td>MDS202000</td><td></td></tr><tr><td>Protocollo Hema 3 STAT pack&nbsp;</td><td>Fisher Scientific Company</td><td>123-869</td><td></td></tr><tr><td>Resolve Olio da immersione, alta viscosità</td><td>Richard Allan Scientific</td><td>M4004</td><td></td></tr><tr><td>Penicillina Streptomicina</td><td>Gibco</td><td>15140122</td><td></td></tr></tbody></table>

atterramento condizionale dell'espressione genica in linee cellulari del cancro per studiare il reclutamento dei monociti/macrofagi al microambiente tumorale

Conditional Knockdown of Gene Expression in Cancer Cell Lines to Study the Recruitment of Monocytes/Macrophages to the Tumor Microenvironment

siRNA e abbattere shRNA-mediata di metodi (KD) di regolazione dell'espressione genica sono strumenti preziosi per capire la funzione genica e proteica. Tuttavia, nel caso che il KD della proteina di interesse ha un effetto letale sulle cellule o l'effetto atteso di KD è dipendente dal tempo, incondizionati KD metodi non sono adatti. Sistemi di condizionale sono più adatte in questi casi e sono state oggetto di grande interesse. Questi includono sistemi di sovraespressione ecdisone-inducibile, citocromo P-450 induzione sistema1, e la tetraciclina regolato sistemi di espressione genica.
Il sistema di espressione del gene di tetraciclina regolamentato consente un controllo reversibile l'espressione della proteina di induzione dell'espressione di shRNA in presenza di tetraciclina. In questo protocollo, vi presentiamo un progetto sperimentale utilizzando sistema Tet-ON funzionale in linee cellulari tumorali umane per condizionale regolazione dell'espressione genica. Dimostriamo quindi l'uso di questo sistema nello studio dell'interazione delle cellule-monociti del tumore.

Tre sequenze di shRNA sono stati testati per il più efficiente KD di PAI-1. Per questo, sequenze shRNA contro PAI-1 e uova strapazzate (tabella 1) sono stati clonati nel vettore di espressione di Tet-pLKO-puro seguendo il protocollo descritto in precedenza. La linea di cellule di fibrosarcoma HT-1080 era stabilmente trasfettata con costrutti generati e le cellule sono state trattate con doxiciclina per 3 giorni. L'espressione di PAI-1 è stata verificata mediante Western b...

Questo protocollo serve come uno schema per istituire un sistema funzionale di Tet-ON in linee cellulari del cancro e la successiva utilizzazione, in particolare per studiare il ruolo di proteine derivati da cellule tumorali nel reclutamento dei monociti/macrofagi al microambiente tumorale.

Atterramento condizionale dell'espressione genica in linee cellulari del cancro per studiare il reclutamento dei monociti/macrofagi al microambiente tumorale

siRNA and shRNA-mediated knock down (KD) methods of regulating gene expression are invaluable tools for understanding gene and protein function. However, ...

L'obiettivo generale di questo protocollo è quello di utilizzare il knockdown condizionale dell'espressione genica nelle cellule tumorali per studiare il reclutamento di monociti e macrofagi nel microambiente tumorale in vitro. Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo del microambiente tumorale riguardo alla natura del ceppo incrociato tra le cellule tumorali e le cellule del sistema immunitario. Il vantaggio principale di questa tecnica è che il sistema utilizzato qui richiede la clonazione di un singolo vettore, consente la generazione rapida di cloni multipli e presenta livelli di spessore molto bassi.È stato anche dimostrato un metodo per la purificazione dei monociti umani senza contatto diretto con gli anticorpi, che evita l'attivazione accidentale e si traduce in una popolazione pura di monociti umani per oltre il 95%. Per produrre particelle virali, trasfettare il 70% di piastre confluenti da 150 millimetri di cellule HEK-293 con 25 microgrammi di pLKO-tet-on shRNA, 25 microgrammi del plasmide di imballaggio psPAX e cinque microgrammi del plasmide pMD2 che esprime l'inviluppo. G utilizzando il reagente di trasfezione secondo i protocolli standard.Ag

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Fonte: Kubala, M. H. &amp; DeClerck, Y. A. Silenziamento Condizionale dell'Espressione Genica in Linee Cellulari Tumorali per lo Studio del Reclutamento di Monociti/Macrofagi nel Microambiente Tumorale. J. Vis. Exp. (2017)Questo video illustra la generazione di linee cellulari tumorali con silenziamento genico indotto mediante un sistema lentivirale con shRNA inducibile da Tet. Vengono descritti i passaggi per la trasduzione virale, la selezione antibiotica e il silenziamento genico indotto da...

Generazione di cellule con knockdown condizionale mediante un sistema di espressione lentivirale di shRNA responsive alla tetraciclina

Descriviamo qui un protocollo per studiare la citotossicità di pre-attivato CD8+ T cellule contro le cellule tumorali dalla rilevazione apoptotic microscopia del cancro cellule via in tempo reale. Questo protocollo può studiare i meccanismi dietro la soppressione delle cellule T indotta da cellula mieloide e valutare composti puntati replenishing T cellule tramite blocco delle cellule mieloidi soppressive immuni.

Rilevazione in tempo reale nell'apoptosi delle cellule tumorali in Vitro indotta da CD8+ T cellule per studiare funzioni immuni soppressive di tumore-infiltrazione di cellule mieloidi

Qui presentiamo un protocollo per quantificare l'attività chemiotattica dei monociti del sangue nei modelli murini, per valutare gli effetti degli interventi nutrizionali, farmacologici e genetici sul monocito del sangue e per caratterizzare i monociti del sangue derivati dai macrofagi in modelli murini che utilizzano tappi di gel derivati dalla membrana del basato monocite-chemoattractant-1 (MCP-1).

Quantificazione dell'attività chemiotatica monocite in vivo e caratterizzazione dei macrofagi derivati monociti del sangue

Questo articolo rappresenta un utile saggio in vitro per valutare la capacità del mezzo condizionato dalle cellule tumorali per attirare i macrofagi.

In Vitro Analisi per studiare l'interazione tumora-macrophage

Per testare l'effetto di una chemiochina sul reclutamento di macrofagi in vivo, l'intero montaggio in situ ibridazione è stato utilizzato per rilevare l'espressione ectopica della chemiochina, e l'immunostainizzazione è stata utilizzata per etichettare i macrofagi. L'imaging dal vivo è stato utilizzato per l'osservazione in tempo reale della migrazione dei macrofafi.

Un modello di espressione della chemiochina ectopica per testare il reclutamento macrofrofo in vivo

Qui, presentiamo un metodo utilizzando supporti a membrana permeabili per facilitare lo studio della segnalazione paracrina senza contatto utilizzata dalle cellule tumorali per sopprimere la risposta immunitaria. Il sistema è suscettibile di studiare il ruolo dei fattori secreti sul tumore nell'smorzamento dell'attivazione dei macrofaci.

Studiare gli effetti dei ligandi paracrini setosecreti dal tumore sull'attivazione dei macrofagi utilizzando la co-cultura con i supporti membrana permeabili

Questo protocollo utilizza reporter fluorescenti e ordinamento cellulare per semplificare gli esperimenti knock-in in macrofagi e linee cellulari T. Per questi esperimenti di knock-in semplificati vengono utilizzati due plasmidi, vale a dire un plasmide che esprime CRISPR / Cas9 e DsRed2 e un plasmide donatore di ricombinazione omologa che esprime EBFP2, che è permanentemente integrato nel locus Rosa26 nelle cellule immunitarie.

Gene Knock-in di CRISPR/Cas9 e smistamento cellulare in macrofagi e linee cellulari T

Questo articolo descrive un flusso di lavoro di tecniche impiegate per testare nuovi potenziali mediatori di metastasi del melanoma e i loro meccanismi d'azione.

Una solida piattaforma di scoperta per l'identificazione di nuovi mediatori delle metastasi del melanoma

Qui, presentiamo un protocollo per studiare l'interazione di macrofagi primari derivati da monociti umani con uno sferoide tumorale in una matrice di collagene I tridimensionale (3D), con la possibilità di confrontare l'impatto delle proprietà solubili e fisiche del microambiente sull'invasione cellulare.

Un test di co-invasione di macrofagi-tumori sferoidi

Dati i limitati modelli di xenotrapianto disponibili per studiare le interazioni tra CART umane e cellule mieloidi, abbiamo stabilito modelli in vitro e in vivo per comprendere l'impatto dei macrofagi umani sulle cellule CART. I risultati possono potenzialmente essere generalizzati per valutare i ruoli dei macrofagi nel microambiente tumorale e testare immunoterapie mirate ai macrofagi.

Studio delle interazioni tra cellule mieloidi e cellule CAR T in vitro e in vivo

Scopri il knockdown condizionale dell'espressione genica nelle linee cellulari tumorali per studiare il reclutamento di monociti e macrofagi al microambiente tumorale. Questo metodo Tet-ON permette di generare rapidamente cloni stabili con elevata purezza.

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