Name: La Lambda selezionare cII , sistema di rilevazione di mutazione (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-26T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 8 s
Description: Scopri il saggio di mutazione Lambda Select cII per la ricerca sulle mutazioni utilizzando cellule di roditori transgenici. Questo metodo consente di valutare la potenza mutagena di composti chimici e fisici.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Vorremmo riconoscere i contributi di tutti i colleghi e collaboratori per i nostri studi originali, i cui risultati sono stati denominati in questo manoscritto (a scopo esemplificativo). Lavoro degli autori è sostenuto da borse di studio dal National Institute of Dental e Craniofacial Research del National Institutes of Health (1R01DE026043) di AB e dall'Università di programma di ricerca di malattia di California Tobacco-Related a (AB TRDRP-26IR-0015) e ST (TRDRP-25IP-0001). Gli sponsor dello studio non avevano alcun ruolo nel disegno dello studio, raccolta dati, analisi dei dati, interpretazione dei dati, scrittura della relazione, o nella decisione di presentare per la pubblicazione.

1. isolamento genomic del DNA da fibroblasti embrionali del Mouse
Nota: Fibroblasti embrionali del mouse primario sono isolate da embrioni ottenuti da topi transgenici BB con background genetico C57BL/6, secondo il protocollo pubblicato53. Il materiale di partenza per questo protocollo è costituito da 1 x 106 a 1 x 107 embrionali del fibroblasto cellule trattate con un test composto rispetto al controllo. La raccolta e il conteggio di queste cellule, utilizzando metodi standard sono descritti in riferimenti10,54,55.
<ol><li>Preparare buffer un (0,3 M saccarosio 60 mM KCl, 15 mM NaCl, 60 mM Tris-HCl, pH 8.0, spermidina 0,5 mM, spermina 0,15 mM e 2 mM EDTA), B (150 mM NaCl e 5 mM EDTA, pH 7,8) del buffer e buffer C (20 mM Tris-HCl, pH 8.0 20 mM NaCl, 20 mM EDTA e 1% SDS) in anticipo e conservare a temperatura ambiente (TA) per fino a un anno54,55.</li>
	<li>Risospendere le cellule in 2 – 4 mL in una provetta conica per centrifuga 15 mL pipettando ripetutamente su e giù utilizzando un ampio foro punta della pipetta 1.000 µ l di tampone.</li>
	<li>Aggiungere un volume (2 – 4 mL) tampone A contenente 1% octylphenoxypolyethoxyethanol (ad es., Nonidet P40) usando una pipetta sierologica di vetro.</li>
	<li>Incubare la provetta in ghiaccio per 5 min.</li>
	<li>Centrifugare la provetta a 1.000 x g per 5 minuti a TA.</li>
	<li>Scartare il surnatante e lavare la pallina con 10 – 15 mL di tampone per un utilizzo di una pipetta sierologica di vetro.</li>
	<li>Risospendere il pellet in 2 – 4 mL di tampone B.</li>
	<li>Aggiungere un volume (2 – 4 mL) tampone C contenente 600 µ g/mL proteinasi K.</li>
	<li>Incubare la provetta per 3 h a 37 ° C.</li>
	<li>Aggiungere la RNasi A una concentrazione finale di 100 µ g/mL.</li>
	<li>Incubare la provetta per un ulteriore 1 h a 37 ° C.</li>
	<li>Aggiungere un fenolo di volume (2 – 4 mL) (saturi in 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0):chloroform:isoamyl alcol (25:24:1 vol/vol). Nota: Fenolo può rappresentare un pericolo per la salute gravi e dovrà essere maneggiato con estrema cautela. Fenolo è altamente corrosivo per la pelle e facilmente assorbito attraverso di essa e presenta altri effetti. Quando Gestione fenolo, utilizzare sempre doppia calzata, indossare occhiali protettivi e lavorare in una cappa chimica.</li>
	<li>Mescolare bene capovolgendo la provetta per 5 minuti sull'agitatore tubo a 4 ° C.</li>
	<li>Centrifugare la provetta a 1.000 x g per 5 min a 4 ° C.</li>
	<li>Rimuovere la fase acquosa (strato superiore) ad un nuovo tubo usando una pipetta sierologica di vetro.</li>
	<li>Ripetere fenolo: cloroformio: isoamil alcool estrazione da 1 a 3 volte fino a quando la fase acquosa è chiara e l'interfaccia non è più torbida.</li>
	<li>Aggiungere 1/10 di volume (200 – 400 µ l) 3M sodio acetato, pH 5.2.</li>
	<li>Aggiungere 2,5 volume (5 – 10 mL) di 100% di etanolo (refrigerato) e capovolgere la provetta delicatamente a mano per 2 – 3 min.</li>
	<li>Lo spooling il DNA con un gancio di vetro e trasferirlo in una nuova provetta contenente 1 – 5 mL 70% etanolo e lavarlo con cura. In alternativa, centrifugare la provetta a velocità elevata (3.500 x g) a 4 ° C per il DNA di pellet e lavarlo accuratamente con 1 – 5 mL 70% etanolo.</li>
	<li>Centrifugare la provetta a velocità elevata (3.500 x g) a RT, rimuovere il supernatante e asciugare all'aria il DNA per 10-15 min.</li>
	<li>Sciogliere il DNA in 10 – 100 µ l di tampone di TE (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 7.5) e conservare a 4 ° C (per breve deposito fino ad un mese) o a-20 ° C (per il periodo di conservazione più lungo). La concentrazione ottimale per il DNA per il dosaggio di Select cII λ è 0,5 – 1,0 µ g / µ l (nel buffer di TE)56.</li>
</ol>2. in Vitro Packaging reazione
<ol><li>Per una reazione di imballaggio, aggiungere ~ 5 µ g di DNA genomico (volume finale: 8 – 12 µ l, il DNA di genomic è stato isolato nella sezione 1 del mouse fibroblasti embrionali trattate in vitro con una sostanza in esame o controllo) ad un tubo del microcentrifuge contenente il primo miscela di reazione (~ 10 µ l). Nota: In-House preparati o λ commercialmente disponibili imballaggio estratti sono utilizzati in laboratori diversi. Nella confezione commerciale Estratto kit utilizzato qui56 (Vedi la Tabella materiali), tubi rossi conteneva la prima miscela di reazione (~ 10 µ l) e tubi blu conteneva il mix di reazione secondo (~ 70 µ l per almeno 5 reazioni).</li>
	<li>Incubare la provetta per 90 min a 30 ° C.</li>
	<li>Aggiungere il volume richiesto (~ 12 µ l) del secondo mix di reazione per il tubo.</li>
	<li>Incubare la provetta per altri 90 minuti a 30 ° C.</li>
	<li>
Aggiungere 1,1 mL di tampone di SM al tubo. Nota: 1 mL di questa soluzione (cioè, miscela di reazione di imballaggio) verrà utilizzato per lo screening di λ cII-mutanti. Il resto servirà per titolazione.<ol>
<li>Preparare il tampone di SM mescolando 5,8 g NaCl, 2,0 g MgSO4.7h2O, 50 mL 1 M Tris-HCl (pH 7.5) e 5 mL 2% (p/v) gelatina. Aggiungere dH2O ad un volume finale di 1 litro, autoclave per 30 min. Store a temperatura ambiente per fino a 1 anno.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Vortice nella provetta contenente il campione di DNA confezionato per 10 s a RT (vigoroso Vortex).</li>
	<li>Impulso girare il tubo in un microcentrifuge e conservare il ghiaccio fino all'uso. Se il campione non sta per essere utilizzato entro il giorno stesso del packaging, aggiungere 50 µ l di cloroformio di DNA confezionato per mL del campione, vortice delicatamente e conservare a 4 ° C fino a 2 settimane.</li>
</ol>3. preparare la coltura batterica di e. coli G1250
<ol><li>
Almeno due giorni prima della placcatura, fare qualche striatura batterica tavole da Escherichia coli (Escherichia coli) G1250 su piastre di agar TB1-kanamicina.
	<ol>
<li>Preparare piatti di agar TB1-kanamicina come segue. Mescolare 5,0 g di NaCl, 10,0 g peptone di caseina e 12,0 g di agar. Aggiungere il cloridrato della tiamina di 800ml dH2O. aggiungere 1 mL 0,1%. Regolare il pH a 7.0 con NaOH o HCl. Aggiungi dH2O ad un volume finale di 1 litro.</li>
		<li>Mescolare bene e autoclave per 30 min. Consenti raffreddare a 55 ° C. Aggiungere 50,0 mg kanamicina e mescolare. Versare in capsule di Petri sterili 100 mm (20 – 25 mL per ogni piatto). Conservare le piastre a 4 ° C fino a due settimane.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Incubare le piastre di striatura batterica in un incubatore stazionario 30 ° C per almeno 24 h.</li>
	<li>
Un giorno prima della placcatura, combinare 10 mL di terreno liquido TB1 con 100 µ l di soluzione di 20% (p/v) maltosio-1 M MgSO4 in un tubo conico di sterile 50 mL con tappo a vite.
	<ol>
<li>Preparare il mezzo liquido TB1 come segue. Mix 5.0 g NaCl e peptone di caseina 10,0 g, aggiungere mL 800 dH2O, cloridrato di tiamina 0,1% 1 mL, quindi regolare il pH a 7.0 con NaOH o HCl. Quindi aggiungere dH2O ad un volume finale di 1 litro, mescolare bene e autoclave per 30 min. memorizzare il mezzo al RT fino a tre mesi.</li>
		<li>Preparare il 20% (p/v) di maltosio-1 M MgSO4 come segue. Mescolare 20,0 g maltosio e 24,6 g MgSO4. 7H2O, quindi aggiungere dH2O ad un volume finale di 100 mL. Filtro sterilizzare e conservare a 4 ° C fino a 6 mesi.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Inoculare il mezzo liquido con diverse colonie dalla piastra batterica striatura utilizzando una sterile inoculando ciclo56.</li>
	<li>Incubare la coltura liquida pernottamento in a 30 ° C in agitazione incubatrice con agitazione vigorosa (250 – 300 giri/min).</li>
	<li>Il giorno di placcatura, centrifugare la provetta conica contenente la coltura liquida di G1250 a 1.500 x g per 10 min a RT per agglomerare le cellule batteriche.</li>
	<li>Eliminare il supernatante e risospendere il pellet cellulare in 10 mL di 10 mM MgSO4.</li>
	<li>Misurare l'assorbanza di una 01:10 diluizione della sospensione delle cellule a lunghezza d'onda 600 nm utilizzando un UV-Vis spettrofotometro (ad es., 100 µ l cella sospensione + 900 µ l 10 mM MgSO4)56.</li>
	<li>Diluire la sospensione cellulare a un finale OD600 di 0,5 con 10mm MgSO4. La soluzione ricostituita di G1250 e. coli con OD600 = 0,5 è indicato come 'la cultura di placcatura di G1250'.</li>
	<li>Conservare la cultura di placcatura di G1250 sul ghiaccio e usare entro 1-2 h.</li>
</ol>4. i campioni di DNA confezionati di placcatura
<ol><li>
Per un pacchetto campione di DNA, preparare sedici sterile 14 x 100 mm2 turno-fondo tubi e piastre di agar sedici TB1. Dieci da ogni set servirà per lo screening e sei per titolazione (tre per titolo 20) e tre per titolo 100.
	<ol>
<li>Preparare piatti di agar TB1 come segue. Mix 5.0 g NaCl, peptone di caseina g 10,0 e 12,0 g Agar, quindi aggiungere 800 mL dH2O e 1 mL 0,1% Tiamina cloridrato. Regolare il pH a 7.0 con NaOH o HCl e aggiungere dH2O ad un volume finale di 1 L.</li>
		<li>Mescolare bene e autoclave per 30 min. lasciar raffreddare a 55 ° C, poi versarlo in capsule di Petri sterili 100 mm (20 – 25 mL per ogni piatto). Conservare le piastre a 4 ° C fino a due settimane. Nota: Piastre di agar TB1 dovrebbero essere preparate almeno 24 ore prima dell'uso.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aliquotare e 200 µ l della cultura di placcatura di G1250 in ogni provetta di turno-fondo.</li>
	<li>
Per titolazione, fare una diluizione 1: 100 del campione del DNA confezionato e mescolare bene nel Vortex (vale a dire, 10 µ l confezionato DNA campione + 990 µ l di tampone di SM).</li>
	<li>Aggiungere 20 µ l della diluizione 1: 100 per ciascuna delle tre titolo 20 provette.</li>
	<li>Aggiungere 100 µ l della diluizione 1: 100 per ciascuna delle tre titolo 100 provette.</li>
	<li>
Per lo screening, aggiungere 100 µ l dei 'non diluito ' confezionati campione di DNA per ciascuna delle dieci screening provette.</li>
	<li>Elaborare tutte le titolazione e screening tubi (tubi di 2 x 3 + 10 = 16), come segue: mescolare bene su vortex per circa 10 s e poi incubare a temperatura ambiente per 30 min consentire all'host di e. coli di adsorbire i fagi.</li>
	<li>
Aggiungere 2,5 mL scaldati TB1 fuso top agar (raffreddato a 55 ° C) ad ogni titolo o tubo, schermante mescolare immediatamente nel Vortex (delicatamente), e riversando il titolo appropriato o piastre di agar TB1 di screening.
	<ol>
<li>Preparare TB1 top agar come segue. Mix 5.0 g NaCl, peptone di caseina 10,0 g e 7,0 g Agar, quindi aggiungere il cloridrato della tiamina di 800ml dH2O. aggiungere 1 mL 0,1%, quindi regolare il pH a 7.0 con NaOH o HCl. Infine, aggiungere dH2O ad un volume finale di 1 litro.</li>
		<li>Mescolare bene e autoclave per 20 – 25 min. Store a temperatura ambiente fino a tre mesi.</li>
		<li>Prima dell'uso, sciogliere l'agar di top TB1 preparato in un forno a microonde, mescolare bene e lasciare per raffreddare a 55 ° C in un bagno d'acqua. Nota: Parte superiore di TB1 fuso e raffreddato viene aggiunto al contenuto di ogni titolo o tubo schermante e dopo la miscelazione, viene versato nel titolo appropriato o piastre di agar di screening TB1.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Lasciate le piastre a riposare per 15-30 min a temperatura ambiente, con il coperchio socchiuso per evitare la condensazione.</li>
	<li>Invertire le piastre e posizionare le piastre di dieci schermatura in un incubatore stazionario 24 ° C e incubare per 46 – 48 h (cioè, condizioni selettive) e le sei piastre di titolo in un incubatore stazionario 37 ° C ed incubare per 24 h/pernottamento (vale a dire, condizioni di non-selettivi). Nota: Per garanzia della qualità e la standardizzazione dei risultati, controllo disponibile sul mercato dei fagi soluzioni contenenti una miscela di wildtype e mutante cII con frequenza mutante nota sono placcate al fianco di campioni del DNA confezionati e incluso in tutti i l'analisi viene eseguito56.</li>
</ol>5. esaminare il titolo e piastre di Screening per determinare la cII frequenza mutante
<ol><li>Dopo l'incubazione 24 h/notte a 37 ° C, il numero delle placche formate in ciascuna delle tre titolo 20 piastre e titolo 100 piastre. Per identificare più facilmente le placche, tenere la piastra accanto a una finestra di luce bianca e su uno sfondo scuro con il coperchio rimosso (Vedi Figura 2).</li>
	<li>Fare una media (media) del numero delle placche conteggiata in ogni set di piastre 20 titolo e titolo 100 (in triplice copia, ciascuno).</li>
	<li>Scegliere il numero medio dal set di piastre di titolo che cade più vicino alla gamma di placche di 50 – 200 per piastra insieme.</li>
	<li>Calcolare il numero totale delle placche proiettato nelle piastre di dieci screening come segue: Totale targhe proiettati = (numero medio di placche nel set selezionato di titolo piastre ÷ numero di µ l della diluizione utilizzato per ogni piastra selezionate) x fattore di diluizione x numero di µ l di campione di DNA confezionato per lo screening di piastra [100 µ l/piastra] x numero di piastre [10] di screening. Nota: ad esempio, se il numero medio delle placche per piastra nel set di titolo 20 piastre è 128 e il numero corrispondente nel set di titolo 100 piastre è 478, numero 128 verrà essere utilizzato per il calcolo del numero totale delle placche proiettato , come segue: (128 ÷ 20) x 100 [fattore di diluizione] x 100 [µ l/piastra] x 10 [piastre] = 640.000 Questa operazione equivale a moltiplicare il numero medio delle placche di 5.000 o 1.000, se il numero medio è basato su conti dal titolo 20 piastre o titolo 100 piastre, rispettivamente.</li>
	<li>46 – 48 ore di incubazione a 24 ° C, a seguito di contare il numero totale delle placche formate nelle piastre di dieci screening (seguire le istruzioni fornite nel paragrafo 5.1). Nota: La frequenza mutante cII è calcolata dividendo il numero totale delle placche formate nelle piastre di screening per il numero totale delle placche proiettato. Utilizzando l'esempio precedente, se il numero totale delle placche contato nelle piastre di dieci screening è 112, la frequenza dei mutanti cII per questo campione di DNA sarebbe 112 ÷ 640.000 = 17,5 x 10-5.</li>
</ol>6. Verifica dei putativi λ cII mutanti, l'amplificazione di PCR e sequenziamento del DNA
<ol><li>La placca in questione con una punta di pipetta sterile, wide-bore di base ed espellerla (pipettando su e giù) in una provetta da microcentrifuga sterile contenente 500 µ l di tampone sterile SM.</li>
	<li>Incubare per almeno 2 ore a temperatura ambiente o a 4 ° C durante la notte, per consentire le particelle dei fagi eluire da agar spina.</li>
	<li>In un tubo di turno-fondo sterile 14 x 100 mm2 , mescolare 200 µ l della cultura di placcatura di G1250 con 1 µ l della soluzione dei fagi animato e incubare per 30 minuti a TA.</li>
	<li>Piastra campione con 2,5 mL di 55 ° C fuso TB1 top agar e incubare la piastra a 24 ° C per 46 – 48 h (condizioni selettive), come descritto nelle sezioni 4.8 – 4,10.</li>
	<li>Una volta che hanno formato le placche secondarie, è possibile utilizzare un puntale per scegliere attentamente un singolo ben isolato verificato λ cII-placca mutante (evitare di toccare l'agar inferiore). Nota: Ricromatura le placche mutante presunto cII serve a due scopi: (i) placcatura manufatti può a volte sbagliarsi le placche di piccole dimensioni; e (ii) un nucleo di agarosio prelevato da una piastra di screening può contenere non mutante phage(s) insieme a un mutante dei fagi. Le piastre secondarie da una bassa densità ricromatura fornirà un modello mutante incontaminato per successiva analisi di sequenza del DNA e di PCR.</li>
	<li>Trasferire la placca a un tubo del microcentrifuge contenente acqua bidistillata di 25 µ l pipettando su e giù.</li>
	<li>Posizionare il tubo in acqua bollente per 5 min.</li>
	<li>Centrifugare a massima velocità (18.000 x g) per 3 minuti a TA.</li>
	<li>Trasferire 10 µ l del surnatante immediatamente ad un nuovo tubo del microcentrifuge contenente 40 µ l di una PCR mastermix in cui le concentrazioni finali dei reagenti sono tampone PCR Taq 1x, 10 pmol ogni dei primer forward e reverse, 12,5 nmol di ogni dNTP e 2,5 U di Taq DNA polimerasi. Nota: Il primer forward e reverse sono come segue: 5'-CCACACCTATGGTGTATG-3' (posizioni -68 a -50 rispetto al cII avviare codone) e 5'-CCTCTGCCGAAGTTGAGTAT-3' (posizioni + 345 a 365 rispetto il codone di inizio cII ), rispettivamente.</li>
	<li>Amplificare il modello utilizzando i seguenti parametri in bicicletta: una denaturazione di 3 min a 95 ° C, seguita da 30 cicli di 30 s a 95 ° C, 1 min a 60 ° C e 1 min a 72 ° C, con un'estensione finale di 10 min a 72 ° C.</li>
	<li>Purificare il prodotto di PCR di bp 432 contenente il gene cII e fiancheggianti regioni utilizzando kit di purificazione di PCR commercialmente disponibili, secondo le istruzioni del produttore.</li>
	<li>Eseguire il sequenziamento del DNA utilizzando una piattaforma di sequenziamento appropriato e analizzare le sequenze di DNA risultanti per rilevare le mutazioni nel transgene cII (vedere la nota qui sotto). Nota: Ciò si ottiene tramite l'allineamento con la sequenza di cII di riferimento utilizzando il software, ad esempio il basati su web server allineamento di sequenza T-caffè. Per istruzioni su come utilizzare il programma, visitare: <a href="http://tcoffee.crg.cat/">http://tcoffee.crg.cat/</a>
</li>
</ol>

Tutti gli autori non dichiarano alcun conflitto di interessi.

Il dosaggio di Select cII λ viene utilizzato per il rilevamento delle mutazioni nel transgene cII recuperato dal DNA genomico delle cellule derivate da organi/tessuti di BB roditori3. Il genoma di questi animali transgenici contiene più tandem copie del vettore navetta cromosomicamente integrato λLIZ, che trasporta il cII (294 bp) e lacI (1.080 bp) transgeni, come il reporter mutazionale di geni1, 2 <sup...

Una vasta gamma di modelli animali transgenici e sistemi di rilevazione di mutazione sono stati sviluppati per il test di mutagenicità degli agenti cancerogeni in cellule di mammifero. Di questi, topi transgenici Big Blue (di seguito chiamato BB) e λ Select cII sistema di rilevazione di mutazione sono stati impiegati per esperimenti di mutagenesi da questo gruppo e molti altri ricerca gruppi in tutto il mondo1,2, 3,4,5,6,7,8,9. Per i 16 anni, abbiamo studiato gli effetti mutageni di vari agenti chimici e/o fisici, utilizzando questi animali transgenici o loro colture di cellule embrionali del fibroblasto corrispondente trattato con un composto in esame e successivamente analizzato il fenotipo e genotipo del transgene cII dal saggio Select cII λ e sequenziamento del DNA, rispettivamente10,11,12,13,14 , 15 , 16 , 17 , 18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24. il genoma di questi animali transgenici contiene un vettore navetta λ di batteriofago (λLIZ) integrato sul cromosoma 4 come multi-copia testa-coda concatemer1,2,25. Il vettore λLIZ navetta trasporta due geni reporter mutazionale, vale a dire i lacI e cII transgeni1,2,25,26,27, 28,29,30,31,32,33,34,35,36, 37,38,39,40,41,42,43,44,45 , 46 , 47. il saggio di Select cII λ si basa sul recupero dei vettori navetta λLIZ dal DNA genomico delle cellule derivate da tessuti o organi di animali transgenici1,2,25 . I vettori di navetta λLIZ recuperati vengono quindi assemblati in teste di fago λ in grado di infettare un ospite indicatore Escherichia coli. Successivamente, i batteri infetti sono coltivati in condizioni selettive per consentire per il punteggio e l'analisi delle mutazioni in cII transgene1,3.
Qui, descriviamo un protocollo dettagliato per il dosaggio di Select cII λ, che consiste di isolamento del DNA genomico da cellule/organi di animali transgenici trattati in vitro/in vivo con un test composto, recupero della λLIZ navetta vettori da DNA genomic, imballaggio dei vettori in fagi λ infettiva, infezione dell'ospite e. coli con batteriofagi, identificazione di cII-mutanti sotto condizioni selettive per determinare la frequenza mutante cII , e Analisi di sequenza del DNA per stabilire lo spettro di mutazione di cII . Il protocollo può essere applicato a transgenici topo/ratto cell culture trattate in vitro con un agente chimico/fisiche di interesse, o tessuti/organi degli animali corrispondenti trattati in vivo con il test chimico/agente1, 2,4,48,49,50,51,52. Una presentazione schematica del dosaggio Select cII λ è illustrata nella Figura 1.

<table><tbody><tr><td>Agar</td><td>MO Bio Laboratories, Inc.</td><td>12112-05</td><td></td></tr><tr><td>Kit di sequenziamento del ciclo BigDye Terminator v3.1</td> di grado batteriologico <td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4337455</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Caseina Peptone</td><td>Alfa Aesar</td><td>H26557</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Gelatina</td><td>J. T. Baker</td><td>2124-01</td><td></td></tr><tr><td>Polvere Glicerolo</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP 229-1 / M-13750</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>LB Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP 9724-500</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Kit di purificazione PCR QIAquick</td><td>Qiagen</td><td>8104</td><td>50 Reazioni di purificazione PCR</td></tr><tr><td>Acetato di sodio triidrato</td><td>Fisher Scientific</td><td>M-15756</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Taq5000 DNA polimerasi&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>201207</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Tiamina cloridrato</td><td>Macron Fine Chemicals</td><td>2722-57</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Transpack Imballaggio Estratto</td><td>Stratagene Corp., acquisito da BioReliance | Sigma-Aldrich Corp.</td><td>200223</td><td>50 reazioni di imballaggio</td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP 152-1 / EC 201-064-4</td><td>Nessuno</td></tr><tr><td>Trypton</td><td>Biosciences</td><td>RC-110</td><td>Nessuno</td></tr></tbody></table>

la lambda selezionare cii , sistema di rilevazione di mutazione

The Lambda Select cII Mutation Detection System

Una serie di modelli animali transgenici e sistemi di rilevazione di mutazione è stata sviluppata per il test di mutagenicità degli agenti cancerogeni in cellule di mammifero. Di questi, topi transgenici e la Lambda (λ) Select cII sistema di rilevazione di mutazione sono stati impiegati per esperimenti di mutagenesi da molti gruppi di ricerca in tutto il mondo. Qui, descriviamo un protocollo dettagliato per il Lambda selezionare cII test di mutazione, che può essere applicato alle cellule coltivate di topi/ratti transgenici o gli animali corrispondenti trattati con un agente chimico/fisiche di interesse. Il protocollo prevede i passaggi seguenti: (1) isolamento di DNA genomic dalle cellule o tessuti o organi di animali transgenici trattati in vitro o in vivo, rispettivamente, con un composto in esame; (2) il recupero del vettore navetta lambda portatrice di un gene reporter mutazionale (cioè, cII transgene) dal DNA genomico; (3) imballaggio dei vettori hanno salvati in infettivi batteriofagi; (4) che infetta un batterio ospite e coltura in condizioni selettive per consentire la propagazione delle mutazioni indotte cII ; e (5) segnando il cII-analisi per determinare la frequenza dei mutanti cII e spettro di mutazione, rispettivamente di sequenza del DNA e mutanti.

A seconda della distribuzione dei dati, parametrici o non parametrici test vengono utilizzati per determinare il significato di differenza nella frequenza mutante cII tra gruppi di controllo e trattamento (cioè, indotta contro frequenze mutante spontanee) . Confronto delle frequenze mutante indotto cII attraverso diversi gruppi di trattamento è fatto da varie (pairwise) test statistici, come applicabile. La prova di ipergeometrica di Adams e Skopek comunemente v...

Descriviamo un protocollo dettagliato per l'analisi di mutazione di Lambda selezionare cII in cellule coltivate di roditori transgenici o corrispondenti animali trattati con un agente chimico/fisiche di interesse. Questo approccio è stato ampiamente utilizzato per il test di mutagenicità degli agenti cancerogeni in cellule di mammifero.

La Lambda selezionare cII , sistema di rilevazione di mutazione

A number of transgenic animal models and mutation detection systems have been developed for mutagenicity testing of carcinogens in mammalian cells. Of ...

L'obiettivo generale di questo protocollo è quello di visualizzare le procedure graduali coinvolte nel saggio di mutazione Lambda Select cII in cellule coltivate di roditori transgenici o nei corrispondenti animali trattati con agenti chimici e fisici di interesse. Questo metodo di test può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo della ricerca sulle mutazioni, come ad esempio: un composto di prova è mutageno? E se è così, quanto è potente un mutageno?Induce mutazioni sequenza-specifiche? Il vantaggio principale di questa tecnica è che è un composto di prova minimo rispetto a qualsiasi altro composto di prova. Il metodo può essere utilizzato per i test di mutagenicità nelle cellule di mammifero utilizzando un gene reporter cromosomicamente integrato.Per costituire una singola reazione di impacchettamento, aggiungere cinque microgrammi di DNA genomico in una provetta da microcentrifuga contenente la prima miscela di reazione. Quindi incubare la provetta a 30 gradi Celsius per 90 minuti. Dopo l'incubazione, aggiungere 12 microlitri della seconda miscela di reazione alla provetta e lasciare agire per altri 90 minuti a 30 gradi Celsius.Dopo 90 minuti, aggiungere 1,1 millilitri d

the-lambda-select-cii-mutation-detection-system

Research

Ricerca

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologia e Infezioni

Qui mostriamo un semplice protocollo per creare una libreria casuale mutante per una sequenza bersaglio determinato. Mostriamo come questo metodo, che viene eseguita in vivo in Escherichia coli, possono essere accoppiati con selezioni funzionali ad evolvere nuove attività enzimatiche.

Protocolli di selezione mutagenesi e funzionale per l&#39;evoluzione Regia di proteine ​​in E. coli</em

Questo video dimostra il ruolo della reazione a catena della polimerasi digitale nell'identificazione della mutazione indel in un campione di DNA. L'elevata precisione e sensibilità della ddPCR consentono di rilevare in modo accurato e coerente le mutazioni rare presenti in un campione, anche a bassi livelli. È in grado di identificare e quantificare le mutazioni indel in diverse regioni del genoma, fornendo preziose informazioni sui meccanismi di mutazione e sulle conseguenze funzionali di...

Reazione a catena della polimerasi digitale a goccioline per il rilevamento della mutazione Indel nei geni bersaglio

Qui si descrive in vivo mutagenesi saggio per un piccolo numero di cellule ematopoietiche purificate utilizzando il modello di topo transgenico LacI. Il gene LacI può essere isolato per determinare la frequenza, la posizione ed il tipo di mutanti DNA sorto spontaneamente o dopo l'esposizione a genotossine.

L&#39;identificazione del DNA Mutazioni in depurata ematopoietiche cellule staminali / progenitrici

Questo manoscritto descrive una tecnica per la rilevazione di mutazioni di bassa frequenza in ctDNA, ER-segg. Questo metodo si differenzia per il suo uso unico di correzione degli errori di bi-direzionale, un fondo speciale filtro ed efficiente acquisizione molecolare.

Rilevazione di mutazioni Rare in CtDNA mediante sequenziamento di nuova generazione

Sequenziamento di nuova generazione (NGS) è un potente strumento per la caratterizzazione genomica che è limitato per l'alto tasso di errore della piattaforma (~0.5–2.0%). Descriviamo i nostri metodi di sequenziamento di correzione d'errore che ci permettono di ovviare il tasso di errore NGS e rilevare le mutazioni alle frazioni di variante allele rare come 0,0001.

Rilevamento di eventi rari utilizzando la sequenza di RNA e DNA di correzione d'errore

Quantitativa delle cellule di assassino immunoglobulina-come recettore (KIR) semi-automatica digitando (qKAT) sono un metodo semplice, ad alta velocità e costi contenuto per copiare il numeri geni KIR di tipo per la loro applicazione negli studi di associazione di popolazione e la malattia.

qKAT: Quantitative sulla tipizzazione di assassino-cellula immunoglobulina-come geni del ricevitore

Questo protocollo dimostra l'uso del saggio di legatura di prossimità per sondare le interazioni proteina-proteina in situ nella germinale C. elegans.

In Situ Detection of Ribonucleoprotein Complex Assembly nella C. elegans Germline utilizzando Proximity Ligation Assay

Questo articolo introduce l'applicazione di un metodo di rilevamento a bassa frequenza basato sul sequenziamento Sanger nel linfoma angioimmunoblastico. Fornire una base per l'applicazione di questo metodo ad altre malattie.

PCR bloccante wild-type combinata con sequenziamento Sanger per il rilevamento di mutazioni somatiche a bassa frequenza

Questo protocollo descrive un semplice nastro adesivo a base di approccio per il campionamento di pomodoro e di altre superfici di prodotti freschi, seguita da una rapida individuazione cellule intere...

Combinazione di nastro adesivo a base di campionamento e di fluorescenza In situ</emIbridazione> per il rilevamento rapido di Salmonella Su prodotti freschi

Il presente articolo descrive i passaggi necessari per isolare e caratterizzare l'RNA polimerasi varianti fedeltà dei virus a RNA e come utilizzare i dati di frequenza di mutazione per confermare le modifiche fedeltà in coltura.

Isolamento di varianti di virus RNA Fidelity e caratterizzazione di frequenza Virus Mutation

Scopri il saggio di mutazione Lambda Select cII per la ricerca sulle mutazioni utilizzando cellule di roditori transgenici. Questo metodo consente di valutare la potenza mutagena di composti chimici e fisici.

La Lambda selezionare cII , sistema di rilevazione di mutazione

Esplora altri video