Name: Profilazione spaziale completa di trascrittomi indipendenti dalla specie tramite Stereo-seq (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 22 s
Description: Scopri la profilazione spaziale completa del trascrittoma con Stereo-seq su tessuti FFPE. Questo metodo consente la mappatura ad alta risoluzione di RNA virali, fungini e del microbioma preservando l'architettura tissutale.

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<ol><li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Lähnemann, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eleven+grand+challenges+in+single-cell+data+science%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Eleven grand challenges in single-cell data science.</a> Genome Biol. 21 (1), 31(2020).</li>
<li>Molla Desta, G., Birhanu, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancements+in+single-cell+RNA+sequencing+and+spatial+transcriptomics%3A+transforming+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Biochim+Pol%22%5BJournal%5D)">Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research.</a> Acta Biochim Pol. 72, 1-12 (2025).</li>
<li>Fang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+approaches+and+challenges+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics+Proteomics+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Computational approaches and challenges in spatial transcriptomics.</a> Genomics Proteomics Bioinformatics. 21 (1), 24-47 (2023).</li>
<li>Chen, G., Ning, B., Shi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+technologies+and+related+computational+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq technologies and related computational data analysis.</a> Front Genet. 10, 317(2019).</li>
<li>Burja, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+tissue+dissociation+protocol+for+single-cell+RNA+sequencing+analysis+of+fresh+and+cultured+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">An optimized tissue dissociation protocol for single-cell RNA sequencing analysis of fresh and cultured human skin biopsies.</a> Front Cell Dev Biol. 10, 882114(2022).</li>
<li>Yu, X., Abbas-Aghababazadeh, F., Chen, Y. A., Fridley, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+and+bioinformatics+analysis+of+data+from+bulk+and+single-cell+RNA+sequencing+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical and bioinformatics analysis of data from bulk and single-cell RNA sequencing experiments.</a> Methods Mol Biol. 2194, 143-175 (2021).</li>
<li>Ma, Y., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+informed+cell-type+deconvolution+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (9), 1349-1359 (2022).</li>
<li>Zhou, Z., Zhong, Y., Zhang, Z., Ren, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+deconvolution+at+single-cell+resolution+using+Redeconve%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve.</a> Nat Commun. 14 (1), 428(2023).</li>
<li>Wei, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+charting+of+single-cell+transcriptomes+in+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues.</a> Nat Biotechnol. 40 (8), 1190-1199 (2022).</li>
<li>Cheng, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved+transcriptomics%3A+a+comprehensive+review+of+their+technological+advances%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Genet+Genomics%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges.</a> J Genet Genomics. 50 (9), 625-640 (2023).</li>
<li>To, A., Yu, Z., Sugimura, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advancement+in+the+spatial+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Recent advancement in the spatial immuno-oncology.</a> Semin Cell Dev Biol. 166, 22-28 (2025).</li>
<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
<li>McKellar, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+the+total+transcriptome+by+in+situ+polyadenylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation.</a> Nat Biotechnol. 41 (4), 513-520 (2023).</li>
<li>Kuemmerle, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probe+set+selection+for+targeted+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.</a> Nat Methods. 21 (12), 2260-2270 (2024).</li>
<li>Gong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((an+efficient+and+accurate+data+analysis+workflow+for+stereo-seq+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Gigabyte%22%5BJournal%5D)">an efficient and accurate data analysis workflow for stereo-seq spatial transcriptomics.</a> Gigabyte. 2024, 1-12 (2024).</li>
<li>Zhou, Y., Jia, E., Pan, M., Zhao, X., Ge, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+method+of+single-cell+spatial+transcriptomics+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Encoding method of single-cell spatial transcriptomics sequencing.</a> Int J Biol Sci. 16 (14), 2663-2674 (2020).</li>
<li>Patel, P. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reliability+and+performance+of+commercial+RNA+and+DNA+extraction+kits+for+FFPE+tissue+cores%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Reliability and performance of commercial RNA and DNA extraction kits for FFPE tissue cores.</a> PLoS One. 12 (6), e0179732(2017).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereo-seq+V2%3A+Spatial+mapping+of+total+RNA+on+FFPE+sections+with+high+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution.</a> Cell. , (2025).</li>
<li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slide-tags+enables+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Slide-tags enables single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li>
<li>Stenbeck, L., Taborsak-Lines, F., Giacomello, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+automated+and+reproducible+spatially+resolved+transcriptomics+at+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale.</a> Heliyon. 8 (6), e09651(2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Vol.+Rev+A%22">Vol. Rev A</a>. , 10X Genomics. Pleasanton, CA. (2022).</li>
<li>Su, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+multi-omics+sequencing+for+fixed+tissue+via+DBiT-seq%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq.</a> STAR Protoc. 2 (2), 100532(2021).</li>
<li>Stickels, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+spatial+transcriptomics+at+near-cellular+resolution+with+Slide-seqV2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2.</a> Nat Biotechnol. 39 (3), 313-319 (2021).</li>
<li>Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N., Zatloukal, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+storage+conditions+on+the+quality+of+nucleic+acids+in+paraffin+embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues.</a> PLoS One. 13 (9), e0203608(2018).</li>
<li>Yi, Q. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+preservation+time+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissues+on+extractable+DNA+and+RNA+quantity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Int+Med+Res%22%5BJournal%5D)">Effect of preservation time of formalin-fixed paraffin-embedded tissues on extractable DNA and RNA quantity.</a> J Int Med Res. 48 (6), 030006052093125(2020).</li>
<li>Eccher, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathology+laboratory+archives%3A+Conservation+quality+of+nucleic+acids+and+proteins+for+NSCLC+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pers+Med%22%5BJournal%5D)">Pathology laboratory archives: Conservation quality of nucleic acids and proteins for NSCLC molecular testing.</a> J Pers Med. 14 (4), 333(2024).</li>
<li>Chen, T. Y., You, L., Hardillo, J. A. U., Chien, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic technologies.</a> Cells. 12 (16), 2042(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nat Biotechnol. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
<li>Janesick, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+mapping+of+the+tumor+microenvironment+using+integrated+single-cell%2C+spatial+and+in+situ+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis.</a> Nat Commun. 14 (1), 3602(2023).</li>
<li>You, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+sequencing-based+spatial+transcriptomic+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods.</a> Nat Methods. 21 (9), 1743-1754 (2024).</li>
<li>Chen, K. H., Boettiger, A. N., Moffitt, J. R., Wang, S., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved%2C+highly+multiplexed+RNA+profiling+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells.</a> Science. 348 (6233), aaa6090(2015).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+intact-tissue+sequencing+of+single-cell+transcriptional+states%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states.</a> Science. 361 (6400), eaat5691(2018).</li>
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<table><tbody><tr><td>Tubi centrifughe da 1,5 mL DNAsi/RNAsi regolari</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>3456</td><td>Per mescolare i reagenti (le altre bande vanno bene) e nbsp;</td></tr><tr><td>100% etanolo</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td>Grado molecolare</td></tr><tr><td>Tubi centrifughe sterili conici in polipropilene da 15 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339650</td><td>Utilizzato per aliquote&nbsp;</td></tr><tr><td>20x Concentrate&nbsp; Tampone di citrato di sodio salino (SSC)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6639-1L</td><td>Usato per fare 5 SSC per le macchie e 1 SSC per i passaggi di lavaggio e la rimozione del sottovesto.</td></tr><tr><td>Strumento bioanalizzatore 2100</td><td>Agilent</td><td>Scontati</td><td>Strumento: Bioanalizzatore</td></tr><tr><td>Camera a 3 pozzi, rimovibile</td><td>Ibidi</td><td>80381</td><td>Camera in silicone per ridurre i volumi durante la reidratazione e la fissazione del metanolo.</td></tr><tr><td>Sorgente di luce UV da 405nm</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Per la polimerizzazione della resina UV</td></tr><tr><td>Tubi centrifughe sterili conici in polipropilene da 50 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339652</td><td>Utilizzato per aliquote e per la deparaffinizzazione&nbsp;</td></tr><tr><td>Alcol isopropanolo sterile al 70%</td><td>Texwipe&nbsp;</td><td>TX3270</td><td>Per la decontaminazione superficiale&nbsp;</td></tr><tr><td>Kit di DNA ad alta sensibilità Agilent</td><td>Agilent</td><td>5067-4626</td><td>Per la caratterizzazione da bioanalizzatore di cDNA e librerie</td></tr><tr><td>Agilent RNA 6000 Pico Kit</td><td>Agilent</td><td>5067-1513</td><td>Per la caratterizzazione dell'RNA da bioanalizzatore</td></tr><tr><td>Lamina di alluminio</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Per coprire il vetrino durante la colorazione con ssDNA.</td></tr><tr><td>Beckman Coulter SPRIselect</td><td>Beckman Coulter Scienze della Vita &nbsp;</td><td>B23317/B23318/B23319</td><td>SPRI Beads cDNA e pulizia della biblioteca</td></tr><tr><td>Candeggina</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Pulizia della postazione di lavoro per rimuovere la contaminazione da microbioma</td></tr><tr><td>Tamponi in schiuma sigillati CONSTIX</td><td>Contec</td><td>19161023</td><td>Per una pulizia precisa con resina</td></tr><tr><td>Copertura</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>BR470045-2000EA</td><td></td></tr><tr><td>Pacchetti Desiccanti</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Impacchi essiccanti senza RNasi, senza polvere.</td></tr><tr><td>Mascherina usa e getta</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>12-888-001</td><td>Protezione, contaminazione da RNAse e sterilità&nbsp;</td></tr><tr><td>Salviette per la cancellazione del DNA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060-250EA</td><td>Decontaminazione pulendo le superfici (salviette umide)</td></tr><tr><td>Tubi di legame con DNA 1,5 mL</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431021</td><td>Utilizzato per la raccolta di cDNA e amplificazioni post-biblioteca.</td></tr><tr><td>Tubi di legame con DNA 2mL</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431048</td><td>Utilizzato per la raccolta del cDNA prima dell'amplificazione.</td></tr><tr><td>DNBSEQ OneStep Kit di Reagenti DNB Make</td><td>Genomica completa</td><td>940-001891-00</td><td>Reagenti per la preparazione e amplificazione delle nanosfere di DNA (DNB)</td></tr><tr><td>Kit per reagenti detergenti DNBSEQ-T7RS</td><td>Genomica completa</td><td>940-001903-00</td><td>Cartuccia per lavare dopo il completamento della sequenziazione</td></tr><tr><td>Kit di reagenti di carico DNBSEQ-T7RS DNB</td><td>Genomica completa</td><td>940-001894-00</td><td>Reagenti e piastre per caricare i DNB verso la cella di flusso</td></tr><tr><td>Cella di Flusso a Sequenziamento DNBSEQ-T7RS</td><td>Genomica completa</td><td>940-001902-00</td><td>1 corsia/cella di flusso</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Kit di visualizzazione stereo-seq per la visualizzazione</td><td>Genomica completa</td><td>940-001893-00</td><td>La cartuccia e i reagenti per il sequenziamento.</td></tr><tr><td>Sistema DNBSEQ-T7RS</td><td>Genomica completa</td><td></td><td>Questo set di visualizzazione stereo-seq utilizza la tecnologia DNBSEQ. Una corsa di sequenziamento inizia con l'ibridazione di un ancoraggio di DNA, poi una sonda fluorescente viene collegata al DNA Nanoball (DNB) utilizzando la chimica combinatoria del sequenziamento dell'ancora della sonda (cPAS). Infine, il sistema di imaging ad alta risoluzione cattura il segnale fluorescente. Dopo l'elaborazione digitale del segnale ottico, il sequencer genera informazioni di sequenziamento di alta qualità e accurate.</td></tr><tr><td>Aria compressa con polvere</td><td>Matin</td><td>M-6318</td><td>È importante usare questo marchio o uno con propellente simile e nbsp;</td></tr><tr><td>Lame Microtome Edge-Rite</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>4280L</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>Congelatore a prova di esplosioni</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Raffreddare il metanolo prima e durante la fase di fissazione del metanolo.</td></tr><tr><td>Pennelli istologici</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>Acido cloridrico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>2104-50ML</td><td>Per diluire l'enzima di premuliablizzazione in 0,01 N HCl (pH 2). La concentrazione standard di stock per la soluzione di HCl è 0,1 N. </td></tr><tr><td>Sistema di imaging</td><td>vari</td><td>N/A</td><td>GC Stomics Imager, Lecia, Evo Revolution</td></tr><tr><td>Soluzione di decontaminazione RNaseZap RNase Invitrogen</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9780</td><td>Pulizia della postazione di lavoro rimuovendo la contaminazione da RNAse</td></tr><tr><td>Kimtech Delicate Task Tergicristalli &nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34155</td><td>Per asciugare banche, attrezzature, pipette, ecc.</td></tr><tr><td>Camice da laboratorio</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Dispositivi di Protezione Personale (DPI)</td></tr><tr><td>Carta per obiettivi</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>11-997</td><td>Vari lavori per asciugare i vetri senza sheading</td></tr><tr><td>Salviette per la cancellazione del DNA Lookout</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060</td><td>Pulizia della postazione di lavoro per rimuovere la contaminazione da PCR</td></tr><tr><td>Rack di separazione Magentic 5uL - 0.2&nbsp;</td><td>Permagen Labware</td><td>MSRLV08</td><td>Per la separazione delle perle nei tubi PCR</td></tr><tr><td>Rack Magjet 12x1,5 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>MR02</td><td>Per la separazione delle perline in tubi da 1,5 mL</td></tr><tr><td>Microtomo rotatorio manuale</td><td>Leica</td><td>RM2235</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>Methonal &ge; 99,9%, adatto all'immunofluorescenza, HPLC</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>34860</td><td>Per fissare (deve essere di grado HPLC)</td></tr><tr><td>Pinze microdissecanti</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F4142-1EA</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>Micropipetta</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Acqua di grado molecolare senza nucleasi non trattata con DPEC</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Diluizioni ed eluzione delle perle</td></tr><tr><td>Guanti in nitrilo</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>PPE</td></tr><tr><td>Forno</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Per cuocere le patatine</td></tr><tr><td>Tubi PCR 0,2 mL con tappi attaccati</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Per applicazioni PCR</td></tr><tr><td>Coperture PCR &nbsp;</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Sostituzione se l'adesivo sulla copertura fornita è debole</td></tr><tr><td>Cappuccia PCR e Postazione di lavoro</td><td>Mystaire</td><td>MY-PCR24-010</td><td>Per i passaggi pre-PCR (RNA a cDNA)</td></tr><tr><td>Misuratore di pH</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Misuratore di pH per confermare il pH HCl.</td></tr><tr><td>Soluzione di poli-L-lisina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A005-C</td><td>Opzionale per aumentare l'adesione dei tessuti alla scheggiatura</td></tr><tr><td>Fluorometro Qubit 4</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>D33226</td><td>Inuterment; Misurazione delle quante del DNA</td></tr><tr><td>Kit di quantificazione del dsDNA per qubit</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>Q32851</td><td>Per la misurazione del cDNA e delle quantificazioni delle librerie</td></tr><tr><td>Kit per il test di qubit ssDNA</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>D10212</td><td>Colorazione ssDNA (Solo colorante utilizzato)</td></tr><tr><td>Blocco di ghiaccio senza RNAsi</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Istologia - Utilizzata per sezionare i campioni per idratare i blocchi prima di sezionare</td></tr><tr><td>Soluzione di decontaminazione RNase RNaseZap</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9782</td><td>Una soluzione di decontaminazione superficiale che distrugge gli RNA</td></tr><tr><td>RNeasy FFPE Kit</td><td>Qiagen</td><td>73504 & 19093</td><td>Per l'estrazione di RNA e l'estrazione di RNA Misurazione DV200 &nbsp;</td></tr><tr><td>Sculpt Ultra White Resin</td><td>Siraya Tech</td><td>N/A</td><td>Resina polimerabile ai raggi UV resistente ad alte temperature</td></tr><tr><td>Kit di preparazione della libreria di codici a barre Stereo-seq 16</td><td>STOmics / Genomica Completa</td><td>111KL160</td><td>Per la costruzione della libreria OMNI FFPE a sequenze stereo</td></tr><tr><td>Kit accessorio FFPE Stereo-seq</td><td>STOmics / Genomica Completa</td><td>310AK002</td><td>Parti accessorie spaziali OMNI del kit 211SN114</td></tr><tr><td>Slide stereo-seq N-chip (1cm x 1cm)</td><td>STOmics / Genomica Completa</td><td>210CN114</td><td>Chip OMNI spaziale parte del kit 211SN114</td></tr><tr><td>Adattatore PCR stereo-seq&nbsp;</td><td>STOmics / Genomica Completa</td><td>301AUX001</td><td>Per i passaggi di ibridazione PCR modificati per adattarne tre, simili all'adattatore di ibridazione Situ PCRmax</td></tr><tr><td>Stereo-seq Transcriptomics N Kit</td><td>STOmics / Genomica Completa</td><td>211KN114</td><td>Parte del kit 211SN114 Spatial OMNI regent</td></tr><tr><td>Progettazione chirurgica Lama di Rasoio Industriale Generale</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-812-236</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>pH della soluzione tampone TE 8.0</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>8890</td><td>Per eluzione di cDNA e librerie</td></tr><tr><td>Ciclatori termici</td><td>BioRad / vari</td><td>1861096 /12015392 / vari</td><td>Macchina PCR con coperchio manuale o opzioni di pozzo profondo (T100 Thermal Cycler / PTC Tempo Deepwell Thermal Cycler, ecc.)</td></tr><tr><td>Kit tampone di pH All-in-One Thermo Scientific Orion</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-624-500</td><td></td></tr><tr><td>Bagno di galleggiamento tessuti - Digital XH-1003</td><td>Prima</td><td>NC0779538</td><td>Istologia - Utilizzata durante la sezionazione dei campioni</td></tr><tr><td>Occhiali protettivi UV</td><td>Vari</td><td>N/A</td><td>Per sicurezza durante l'indurimento UV</td></tr><tr><td>Xileni</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>247642</td><td>Per la deparaffinizzazione</td></tr></tbody></table>

profilazione spaziale completa di trascrittomi indipendenti dalla specie tramite stereo-seq

Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq

Profilazione spaziale completa di trascrittomi indipendenti dalla specie tramite Stereo-seq

The spatial composition of cells within the host, as well as the bacteria or viral loads within the tissue, can impact the interaction of cell types and ...

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Questo video mostra i passaggi di base per eseguire l'analisi dell'intero trascrittoma su campioni di midollo spinale embrionale di pollo sezionati dopo la trasfezione con elettroporazione in ovo.

RNA-Seq Analisi di espressione genica differenziale in elettroporate Chick embrionali del midollo spinale

RNA-sequenziamento e bioinformatica analisi sono stati utilizzati per identificare i fattori di trascrizione espressi in maniera significativa e differenziale in Lin-CD34 + e CD34- Lin-sottopopolazioni di EMLcells mouse. Questi fattori di trascrizione potrebbero svolgere un ruolo importante nel determinare lo switch tra le cellule Lin-CD34- auto-rinnovamento Lin-CD34 + e parzialmente differenziato.

Identificazione dei fattori chiave di regolazione auto-rinnovamento e differenziazione in cellule ematopoietiche precursori EML da Analysis RNA-sequencing

Questo protocollo delinea un flusso di lavoro comparativo de novo per l'assemblaggio e l'annotazione del trascrittoma per i bioinformatici alle prime armi. Il flusso di lavoro è disponibile gratuitamente tramite CyVerse e collegato dal Data Store. Vengono utilizzate la riga di comando e le interfacce utente grafiche, ma tutto il codice necessario è disponibile per il copia e incolla.

Utilizzare risorse CyVerse per<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptomics comparativi degli organismi non sottoposti a modellazione (non modello)

Questo protocollo descrive l'uso combinatoria di ChIP-seq, 4sU-seq, totale RNA-seq e profilatura per linee cellulari e cellule primarie del ribosoma. Esso consente di tenere traccia delle modifiche in fattore di trascrizione binding, trascrizione de novo , elaborazione di RNA, fatturato e traduzione nel corso del tempo e la visualizzazione il corso generale degli eventi in cellule attivate e/o cambiare rapidamente.

In tempo reale analisi del fattore di trascrizione associazione, trascrizione, traduzione e fatturato per visualizzare eventi globali durante l'attivazione cellulare

Questo protocollo descrive le procedure generali e controlli di qualità necessari per la preparazione di cellule singole mammifera adulte sane per le preparazioni di RNA-Seq unicellulare gocciolina-based, alta velocità di trasmissione. Parametri di sequenziazione, leggi l'allineamento e l'analisi bioinformatica di cella singola a valle sono inoltre forniti.

Gocciolina basati su codici a barre singola cella trascrittomica dei tessuti dei mammiferi adulti

Qui abbiamo presentato un metodo di sequenziamento dell'mRNA a singola cellula multiplexed per profilare l'espressione genica nei tessuti embrionali del topo. Il metodo di sequenziamento dell'mRNA a singola cellula (scRNA-Seq) basato su droplet in combinazione con strategie di multiplexing può profilare singole cellule da più campioni contemporaneamente, riducendo significativamente i costi del reagente e riducendo al minimo gli effetti batch sperimentali.

Analisi del sequenziamento dell'mRNA a cella singola multiplexed delle cellule embrionali del topo

Qui, gli autori mostrano l'utilità di MULTI-seq per la fenotipizzazione e il successivo accoppiato scRNA-seq e scATAC-seq nel caratterizzare i profili di accessibilità trascrittomica e cromatina nella retina.

Analisi multiplexata dell'espressione genica retinica e dell'accessibilità alla cromatina utilizzando scRNA-Seq e scATAC-Seq

Il protocollo qui presentato descrive una pipeline completa per analizzare i dati del trascrittoma di sequenziamento dell'RNA dalle letture grezze all'analisi funzionale, compresi i passaggi di controllo della qualità e pre-elaborazione per approcci analitici statistici avanzati.

Analisi del trascrittoma ad alto rendimento per indagare le interazioni ospite-patogeno

Qui, descriviamo un protocollo per la messa a punto delle regioni di interesse (ROI) per le tecnologie di omiche spaziali per caratterizzare meglio il microambiente tumorale e identificare specifiche popolazioni cellulari. Per i saggi di proteomica, i protocolli personalizzati automatizzati possono guidare la selezione del ROI, mentre i saggi di trascrittomica possono essere ottimizzati utilizzando ROI di soli 50 μm.

Profilazione spaziale dell'espressione di proteine e RNA nei tessuti: un approccio alla messa a punto della microdissezione virtuale

Questo studio presenta un protocollo multioma spaziale Trekker–CUT&amp;Tag che combina il codice a barre spaziale diretto di una sezione tissutale con l'analisi multioma a singola cellula. Questo approccio consente contemporaneamente la profilazione spaziale dell'espressione genica a singola cellula e la modifica dell'istone H3K27ac, offrendo intuizioni meccanicistiche sulla regolazione genica nel contesto della microanatomia tissutale.

Profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato

Scopri la profilazione spaziale completa del trascrittoma con Stereo-seq su tessuti FFPE. Questo metodo consente la mappatura ad alta risoluzione di RNA virali, fungini e del microbioma preservando l'architettura tissutale.

Profilazione spaziale completa di trascrittomi indipendenti dalla specie tramite Stereo-seq

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