Name: Una pipeline computazionale per la quantificazione dellRNA dellenhancer intergenico/intragenico nelle cellule staminali embrionali di topo (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 2 s
Description: Scopri una pipeline computazionale per quantificare l'RNA dell'enhancer nelle cellule staminali embrionali di topo. Integra dati di accessibilità cromatinica e trascrizione per analizzare l'attività enhancer-specifica con precisione.

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<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Smith, E., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+biology+and+enhanceropathies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer biology and enhanceropathies.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (3), 210-219 (2014).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Whyte, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((transcription+factors+and+mediator+establish+super-enhancers+at+key+cell+identity+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes.</a> Cell. 153 (2), 307-319 (2013).</li>
<li>Plank, J. L., Dean, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+function%3A+mechanistic+and+genome-wide+insights+come+together%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer function: mechanistic and genome-wide insights come together.</a> Mol Cell. 55 (1), 5-14 (2014).</li>
<li>Alexander, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brg1+modulates+enhancer+activation+in+mesoderm+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Brg1 modulates enhancer activation in mesoderm lineage commitment.</a> Development. 142 (8), 1418-1430 (2015).</li>
<li>Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+control+of+enhancer+repertoires+drives+lineage+and+stage-specific+transcription+during+hematopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis.</a> Dev Cell. 36 (1), 9-23 (2016).</li>
<li>Xiong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+and+characterization+of+enhancers+across+10+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification and characterization of enhancers across 10 human tissues.</a> Int J Biol Sci. 14 (10), 1321-1332 (2018).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li>
<li>Creyghton, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K27ac+separates+active+from+poised+enhancers+and+predicts+developmental+state%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state.</a> Proc Natl Acad Sci. 107 (50), 21931-21936 (2010).</li>
<li>Calo, E., Wysocka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+of+enhancer+chromatin%3A+what%2C+how%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Modification of enhancer chromatin: what, how, and why.</a> Mol Cell. 49 (5), 825-837 (2013).</li>
<li>Barakat, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+dissection+of+the+enhancer+repertoire+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Functional dissection of the enhancer repertoire in human embryonic stem cells.</a> Cell Stem Cell. 23 (2), 276-288 (2018).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Melgar, M. F., Collins, F. S., Sethupathy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+active+enhancers+through+bidirectional+expression+of+short+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Discovery of active enhancers through bidirectional expression of short transcripts.</a> Genome Biol. 12 (11), R113(2011).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Hsieh, C. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+participate+in+androgen+receptor-driven+looping+that+selectively+enhances+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs participate in androgen receptor-driven looping that selectively enhances gene activation.</a> Proc Natl Acad Sci. 111 (20), 7319-7324 (2014).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Pnueli, L., Rudnizky, S., Yosefzon, Y., Melamed, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+transcribed+from+a+distal+enhancer+is+required+for+activating+the+chromatin+at+the+promoter+of+the+gonadotropin+%CE%B1-subunit+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">RNA transcribed from a distal enhancer is required for activating the chromatin at the promoter of the gonadotropin α-subunit gene.</a> Proc Natl Acad Sci. 112 (14), 4369-4374 (2015).</li>
<li>Sabari, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coactivator+condensation+at+super-enhancers+links+phase+separation+and+gene+control%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Coactivator condensation at super-enhancers links phase separation and gene control.</a> Science. 361 (6400), eaar3958(2018).</li>
<li>Nair, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+separation+of+ligand-activated+enhancers+licenses+cooperative+chromosomal+enhancer+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Phase separation of ligand-activated enhancers licenses cooperative chromosomal enhancer assembly.</a> Nat Struct Mol Biol. 26 (3), 193-203 (2019).</li>
<li>Lee, J. -H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+m6A+methylation+facilitates+transcriptional+condensate+formation+and+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA m6A methylation facilitates transcriptional condensate formation and gene activation.</a> Mol Cell. 81 (16), 3368-3385 (2021).</li>
<li>Chen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+in+transcriptional+regulation%3A+recent+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs in transcriptional regulation: recent insights.</a> Front Cell Dev Biol. 11, 1205540(2023).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 245, 470(2025).</li>
<li>Tuvikene, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancer+region+governs+transcript-specific+Bdnf+expression+in+rodent+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancer region governs transcript-specific Bdnf expression in rodent neurons.</a> Elife. 10, e65161(2021).</li>
<li>Cheng, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancers+of+the+human+SNCA+gene+predominantly+regulate+its+expression+in+brain+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancers of the human SNCA gene predominantly regulate its expression in brain in vivo.</a> Sci Adv. 8 (47), eabq6324(2022).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117 (2017).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introductory+analysis+and+validation+of+CUT%26RUN+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Introductory analysis and validation of CUT&RUN sequencing data.</a> J Vis Exp. (214), e67359(2024).</li>
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<li>Krueger, F. Trim Galore!: a wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKrueger%2C+F+%22Babraham+Inst%22">Babraham Inst</a>. , (2015).</li>
<li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutadapt+removes+adapter+sequences+from+high-throughput+sequencing+reads%5BTitle%5D)+AND+%22EMBnet+J%22%5BJournal%5D)">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet J. 17 (1), 3(2011).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sequence+alignment%2Fmap+format+and+SAMtools%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The sequence alignment/map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li>
<li>Tarasov, A., Vilella, A. J., Cuppen, E., Nijman, I. J., Prins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sambamba%3A+fast+processing+of+NGS+alignment+formats%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Sambamba: fast processing of NGS alignment formats.</a> Bioinformatics. 31 (12), 2032-2034 (2015).</li>
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<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
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<li>Kent, W. J., Zweig, A. S., Barber, G., Hinrichs, A. S., Karolchik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigWig+and+BigBed%3A+enabling+browsing+of+large+distributed+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets.</a> Bioinformatics. 26 (17), 2204-2207 (2010).</li>
<li>Amemiya, H. M., Kundaje, A., Boyle, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ENCODE+blacklist%3A+identification+of+problematic+regions+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The ENCODE blacklist: identification of problematic regions of the genome.</a> Sci Rep. 9 (1), 9354(2019).</li>
<li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((featureCounts%3A+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li>
<li>Ramírez, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((deepTools2%3A+a+next+generation+web+server+for+deep-sequencing+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis.</a> Nucleic Acids Res. 44, W160(2016).</li>
<li>Wickham, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWickham%2C+H+%22ggplot2%3A+elegant+graphics+for+data+analysis%22">ggplot2: elegant graphics for data analysis</a>. , Springer. 189-201 (2016).</li>
<li>Wilke, C. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cowplot%3A+streamlined+plot+theme+and+plot+annotations+for+ggplot2%5BTitle%5D)+AND+%22CRAN+Contrib.+Packages%22%5BJournal%5D)">cowplot: streamlined plot theme and plot annotations for ggplot2.</a> CRAN Contrib. Packages. , (2015).</li>
<li>Andersson, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+atlas+of+active+enhancers+across+human+cell+types+and+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.</a> Nature. 507 (7493), 455-461 (2014).</li>
<li>Spicuglia, S., Vanhille, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+signatures+of+active+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin signatures of active enhancers.</a> Nucleus. 3 (2), 126-131 (2012).</li>
<li>Zentner, G. E., Tesar, P. J., Scacheri, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+signatures+distinguish+multiple+classes+of+enhancers+with+distinct+cellular+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Epigenetic signatures distinguish multiple classes of enhancers with distinct cellular functions.</a> Genome Res. 21 (8), 1273-1283 (2011).</li>
<li>Blinka, S., Reimer, M. H., Pulakanti, K., Rao, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-enhancers+at+the+Nanog+locus+differentially+regulate+neighboring+pluripotency-associated+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-enhancers at the Nanog locus differentially regulate neighboring pluripotency-associated genes.</a> Cell Rep. 17 (1), 19-28 (2016).</li>
<li>Zhao, S., Ye, Z., Stanton, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Misuse+of+RPKM+or+TPM+normalization+when+comparing+across+samples+and+sequencing+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Misuse of RPKM or TPM normalization when comparing across samples and sequencing protocols.</a> RNA. 26 (8), 903-909 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Utensili da letto</td><td>Quinlan Lab, Università dello Utah & nbsp;</td><td>v2.31.1</td><td>Utility per la modifica dei file BED</td></tr><tr><td>papillon 2</td><td>Langmead Lab, Università Johns Hopkins</td><td>v2.5.4</td><td>Allineatore multithread per la mappatura delle letture su un genoma di riferimento</td></tr><tr><td>Cowplot</td><td>Wilke Lab, Università del Texas</td><td>v1.2.0</td><td>Strumenti per combinare e allineare figure basate su ggplot2</td></tr><tr><td>cutadapt</td><td>Laboratorio Science For Life, Università di Stoccolma</td><td>v5.1</td><td>Adattatore e tagliacoda in poli-A/G</td></tr><tr><td>Deeptools</td><td>Struttura di Bioinformatica, Istituto Max Planck</td><td>v3.5.6</td><td>Strumento di conteggio delle letture per quantificare le letture in regioni genomiche definite</td></tr><tr><td>fastqc</td><td>Babraham Bioinformatica, Istituto Babraham</td><td>v0.12.1</td><td>Controllo qualità per le letture di sequenziamento</td></tr><tr><td>FeatureCounts (sottolettura)</td><td>Shi Lab, Università Monash</td><td>v2.1.1</td><td>Strumenti grezzi di conteggio delle letture per specifiche regioni genomiche</td></tr><tr><td>omero</td><td>Benner Lab, Università della California San Diego (UCSD)</td><td>v5.1</td><td>Toolkit per l'analisi di ChIP-seq, ATAC-seq e RNA nascente; include la creazione di directory di tag e la profilazione del segnale</td></tr><tr><td>Macs3</td><td>Iniziativa Chan Zuckerberg</td><td>v3.0.3</td><td>Chiamata di picco per i dataset ChIP-seq e ATAC-seq</td></tr><tr><td>Pigz</td><td>.</td><td>v2.8</td><td>Strumento di compressione multithread per generare file compressi in gzip</td></tr><tr><td>Sammba</td><td>Università Statale di Petersburg</td><td>v1.0.1</td><td>Toolkit di elaborazione file SAM/BAM multithread</td></tr><tr><td>samtools</td><td>Wellcome Trust Sanger Institute</td><td>v1.22.1</td><td>Strumenti per elaborare e manipolare file SAM/BAM</td></tr><tr><td>SRA-Tools</td><td>Centro Nazionale per l'Informazione Biotecnologica (NCBI)</td><td>v3.2.0</td><td>Per scaricare file SRR dal database NCBI SRA</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>Posit PBC</td><td>v2.0.0</td><td>Raccolta di pacchetti R per la manipolazione e visualizzazione dei dati</td></tr><tr><td>Trim-a volonte</td><td>Altos Labs, Cambridge Institute of Science</td><td>v0.6.10</td><td>Adattatore e rifinitura della base di bassa qualità usando multi-threading</td></tr><tr><td>Ubuntu 20.04</td><td></td><td></td><td>Sviluppo e test della pipeline</td></tr><tr><td>ucsc-bedgraphtobigwig&nbsp;</td><td>Kent Lab, Università della California Santa Cruze</td><td>v482</td><td>Strumenti per generare tracce di segnale bigWig</td></tr></tbody></table>

una pipeline computazionale per la quantificazione dell'rna dell'enhancer intergenico/intragenico nelle cellule staminali embrionali di topo

A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Flusso di lavoro schematico per la pipeline di quantificazione della trascrizione dell'enhancer I set di dati ChIP-seq (H3K27ac, H3K4me1), ATAC-seq e GRO-seq (Tabella 1) disponibili al pubblico sono stati elaborati con una pipeline standardizzata progettata principalmente per la convalida. Il trimming dell'adattatore e il filtraggio di qualità sono stati eseguiti con Trim Galore e Cutadapt, seguiti dall'allineamento al genoma di riferimento mm10 utiliz...

Una pipeline computazionale per la quantificazione dell'RNA dell'enhancer intergenico/intragenico nelle cellule staminali embrionali di topo

Core cis-regulatory elements known as enhancers play a central role in enabling precise transcriptional regulation of target genes that control diverse ...

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Descriviamo un saggio di fluorescenza giornalista per identificare rapidamente e caratterizzare i geni che regolano il mouse sulle cellule staminali embrionali di manutenzione e di auto-rinnovamento.

Oct4GiP Reporter Assay per studiare i geni che regolano il mouse sulle cellule staminali embrionali di manutenzione e di auto-rinnovamento

Singolo gene delle cellule saggio di espressione è necessaria per comprendere eterogeneità di cellule staminali.

Profiling cellule staminali embrionali umane individuale mediante RT-PCR

Questo protocollo presenta un metodo per eseguire quantitativa, cella singola analisi in situ di espressione della proteina per studiare specifiche lignaggio in embrioni di topo preimpianto. Le procedure necessarie per la raccolta di blastocisti, tutto il montaggio di rilevamento di immunofluorescenza di proteine, l'imaging di campioni su un microscopio confocale, e la segmentazione nucleare e l'analisi delle immagini sono descritte.

Analisi quantitativa di espressione della proteina per studiare Lineage specifica nel topo preimpianto embrioni

In questo lavoro forniamo un flusso di lavoro sperimentale su come i potenziatori attivi possono essere identificati e convalidati sperimentalmente.

Previsione e Validazione del gene regolatore elementi attivato durante retinoico Acid Induced embrionali cellule staminali Differenziazione

Questo protocollo descrive i passaggi necessari per progettare e realizzare targeting multiplex di esaltatori con la proteina di fusione disattivazione SID4X-dCas9-KRAB, noto anche come interferenza di enhancer (Enhancer-i). Questo protocollo consente l'identificazione dei rinforzatori che regolano l'espressione genica e facilita la dissezione delle relazioni tra esaltatori di un gene bersaglio comune di regolazione.

Dissezione della funzione Enhancer usando Multiplex basati su CRISPR Enhancer interferenze nelle linee cellulari

Qui abbiamo presentato un metodo di sequenziamento dell'mRNA a singola cellula multiplexed per profilare l'espressione genica nei tessuti embrionali del topo. Il metodo di sequenziamento dell'mRNA a singola cellula (scRNA-Seq) basato su droplet in combinazione con strategie di multiplexing può profilare singole cellule da più campioni contemporaneamente, riducendo significativamente i costi del reagente e riducendo al minimo gli effetti batch sperimentali.

Analisi del sequenziamento dell'mRNA a cella singola multiplexed delle cellule embrionali del topo

Segnaliamo l'applicazione della cattura della conformazione quantitativa del cromosoma seguita dal sequenziamento ad alto processo in corpi embrionali generati da cellule staminali embrionali. Questa tecnica consente di identificare e quantificare i contatti tra stimolatori e regioni promotrici di un determinato gene durante la differenziazione delle cellule staminali embrionali.

Identificazione dei contatti Enhancer-Promoter nei corpi embrionali mediante Quantitative Chromosoma Conformation Capture (4C)

Questo protocollo descrive il metodo Capture Hi-C utilizzato per caratterizzare l'organizzazione 3D di regioni genomiche mirate di dimensioni megabased ad alta risoluzione, compresi i confini dei domini topologicamente associati (TAD) e le interazioni cromatiniche a lungo raggio tra elementi regolatori e altri elementi di sequenza del DNA.

Decifrare l'organizzazione della cromatina 3D ad alta risoluzione tramite Capture Hi-C

Il presente protocollo descrive un metodo per la politrasfezione inversa di cellule staminali embrionali di topo durante la coltura con terreni 2i e LIF. Questo metodo offre una maggiore fattibilità ed efficienza rispetto ai tradizionali protocolli di trasfezione diretta, consentendo al contempo l'ottimizzazione one-pot dei rapporti plasmidici.

Una tecnica di politrasfezione inversa ottimizzata basata su cellule staminali embrionali di topo per una rapida esplorazione dei rapporti degli acidi nucleici

Questo articolo stabilisce una pipeline per sospensioni di singole cellule e nuclei di alta qualità di embrioni di topo gastrulanti per il sequenziamento di singole cellule e nuclei.

Sequenziamento dell'RNA a singola cellula di embrioni interi di topo mutanti: dall'epiblasto alla fine della gastrulazione

Questo protocollo misura quantitativamente la stabilità e l'emivita degli RNA potenziatori intergenici e intragenici nelle cellule staminali embrionali di topo utilizzando il trattamento con Actinomicina D, RT-qPCR e analisi di regressione non lineare. Strategie di normalizzazione specifiche per posizione sono incorporate per modellare accuratamente la dinamica del decadimento dell'eRNA in modo dipendente dal contesto.

Valutazione Quantitativa Ottimizzata della Stabilità dell'RNA Potenziatore nelle Cellule Staminali Embrionali di Topo

Scopri una pipeline computazionale per quantificare l'RNA dell'enhancer nelle cellule staminali embrionali di topo. Integra dati di accessibilità cromatinica e trascrizione per analizzare l'attività enhancer-specifica con precisione.

Una pipeline computazionale per la quantificazione dellRNA dellenhancer intergenico/intragenico nelle cellule staminali embrionali di topo (Video) | JoVE Journal

Una pipeline computazionale per la quantificazione dell'RNA dell'enhancer intergenico/intragenico nelle cellule staminali embrionali di topo

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