Name: Metodo di Interazione DNA-DNA con Cromatina Associata a RNA (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: Scopri il metodo RDD per mappare le interazioni cromatiniche ancorate a RNA specifici. Questa tecnica consente di identificare i loci genomici associati e i contatti DNA-DNA a lungo raggio per studi di epigenetica.

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<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA</td><td>Invitrogen</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M di acetato di magnesio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 7,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 8,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>Tubi da 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>Invitrogen</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS (in peso/volume)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10 e volte; Buffer di coda A</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10 e volte; Buffer di riparazione terminale</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10 e volte; T4 DNA ligase buffer</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10 e volte; Buffer TBE</td><td>Invitrogen</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>Provette a fondo rotondo da 14 mL</td><td>Corning</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2 e volte; Mix master PCR</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20 e volte; Buffer SSC</td><td>Invitrogen</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-&mu; Tubi L PCR</td><td>Sangon Biotech</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>Bottiglie di stoccaggio in PET quadrato da 250 mL</td><td>Corning</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoetanolo (&beta;-ME)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250-100mL</td><td>! ATTENZIONE: &beta;-ME è tossica; Usalo sempre in una cappa a fumo.</td></tr><tr><td>Tubi da 2 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M Acetato di sodio pH 5,5</td><td>Invitrogen</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M acetato di potassio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>Bottiglie quadrate in PET da 500 mL</td><td>Corning</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>Bilanciamento analitico</td><td>Sartorius</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>Contatore automatico delle celle</td><td>Counterstar</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>Sistema automatico di elettroforesi capillare</td><td>Biottico</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>Sonde biotinilate</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Consulta Tabella 1</td></tr><tr><td>Polvere bloccante</td><td>Invitrogen</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>Bridge linker oligos</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Consulta Tabella 1</td></tr><tr><td>Incubatore CO2</td><td>Thermo Scientific</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>Dimetilsolossido (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Kit di preparazione della libreria di DNA V2 per Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>Kit per la purificazione del DNA</td><td>Zymo</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' S fosfato salino tamponato (DPBS) (1 e volte;)</td><td>Gibco</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>Cocktail inibitore proteasi privo di EDTA</td><td>Roche</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS (Etilenglicole bis[succini Midylsuccinate])</td><td>Thermo Scientific</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>Buffer di eluzione</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Alcol etilico, puro</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di formaldeide</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47608-250mL-F</td><td>! ATTENZIONE: Il formaldeide è tossico; Usalo sempre in una cappa a fumo.</td></tr><tr><td>Formamide</td><td>Invitrogen</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>Sistema di imaging a gel</td><td>Tanon</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>Glicina</td><td>Invitrogen</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>Glicogeno con colorante blu</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>Cartuccia ad alta sensibilità</td><td>Biottico</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>Tubi a blocco di fase ad alta densità (1,5 mL)</td><td>Qiagen</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>Kit di analisi fluorometrica ad alta sensibilità dsDNA</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>Index kit V2 per Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetil-PEG2-Biotina (IPB)</td><td>Thermo Scientific</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>Alcool isopropilico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9030</td><td>! ATTENZIONE: L'alcol isopropilico è tossico; Usalo sempre in una cappa a fumo.</td></tr><tr><td>Cartuccia a base di kilo</td><td>Biottico</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>Frammento di Klenow (3'&rarr; 5' exo-)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>Perle magnetiche</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>Rack di separazione magnetica & nbsp; per tubo da 15 mL</td><td>Invitrogen</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>Rack di separazione magnetica & nbsp; per tubo da 2 mL</td><td>Invitrogen</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Rack di separazione magnetica per tubo PCR</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>Incubatore microbiologico</td><td>Thermo Scientific</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>Microscopio</td><td>Nikon</td><td>Eclipse TS2</td><td></td></tr><tr><td>Mixer</td><td>ELMI</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-Dimetilformamide (DMF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>227056-100ML</td><td>! ATTENZIONE: il DMF è tossico; Usalo sempre in una cappa a fumo.</td></tr><tr><td>Microcentrifuga non refrigerata</td><td>Eppendorf</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>Acqua priva di nucleasi (non trattata con DEPC, 1000 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Acqua priva di nucleasi (non trattata con DEPC, 50 mL)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>Quantificatore degli acidi nucleici</td><td>Invitrogen</td><td>D33226</td><td></td></tr><tr><td>Oscillatore orbitale</td><td>Cristallo</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>Fenolo:Cloroformio:IAA</td><td>Solarbio</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di proteinasi K</td><td>Invitrogen</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuga refrigerata</td><td>Eppendorf</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>Incubatore refrigerato</td><td>Thermo Scientific</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuga refrigerata</td><td>Eppendorf</td><td>5404F1621754</td><td></td></tr><tr><td>Frigorifero</td><td>Haier</td><td>DW-25L262</td><td></td></tr><tr><td>Inibitore RNasi</td><td>Ambion</td><td>AM2696</td><td></td></tr><tr><td>Tubi da 15 mL senza RNasi</td><td>Invitrogen</td><td>AM12500</td><td></td></tr><tr><td>Tubi da 50 mL senza RNasi.</td><td>Invitrogen</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Sonics & Materiali</td><td>VCX130</td><td></td></tr><tr><td>Sfere magnetiche rivestite di sreptavidina C1</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>Sfere magnetiche rivestite di streptavinidina M-280&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>11205D</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA ligasi &nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>DNA polimerasi T4</td><td>NEB</td><td>M0203S</td><td></td></tr><tr><td>pH del tampone TE 8.0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9849</td><td></td></tr><tr><td>Thermal cycler</td><td>Bio-Rad</td><td>1851148</td><td></td></tr><tr><td>Termomiscelatore</td><td>Eppendorf</td><td>5382000023</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Acros Organics</td><td>327371000-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Congelatore a bassissima temperatura</td><td>Thermo Scientific</td><td>995</td><td></td></tr><tr><td>Concentratore a vuoto</td><td>TOMY</td><td>MV-100</td><td></td></tr></tbody></table>

metodo di interazione dna-dna con cromatina associata a rna

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

Metodo di Interazione DNA-DNA con Cromatina Associata a RNA

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

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L'Hi-C metodo consente l'identificazione imparziali, genoma delle interazioni della cromatina (1). Hi-C coppie legatura di prossimità e di sequenziamento massicciamente parallelo. I dati ottenuti possono essere usati per studiare architettura genomica alle scale multiple: risultati iniziali identificate caratteristiche come territori cromosoma, la segregazione della cromatina aperti e chiusi, e la struttura della cromatina alla scala megabase.

Hi-C: un metodo per studiare l&#39;architettura tridimensionale dei genomi.

La trappola dei cromosomi associati (ACT) saggio è un nuovo metodo imparziale per identificare interazioni a lungo raggio del DNA. La caratterizzazione delle interazioni a lungo raggio del DNA ci permette di determinare la relazione di architettura nucleare per l'espressione genica sia in fisiologia normale e in stati malati.

Cromosoma Trappola associate per identificare interazioni a lungo raggio del DNA

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Cromatina Analisi Interazioni con Tag Sequencing appaiati-End (Chia-PET) per la mappatura Interazioni cromatina e comprensione del regolamento Trascrizione

Questo video descrive il protocollo per il test di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP), che è una tecnica classica per dimostrare le interazioni proteina-DNA. Questa tecnica viene utilizzata per identificare i geni bersaglio nelle cellule di leucemia linfocitica cronica umana.

Saggio di immunoprecipitazione della cromatina: una tecnica per studiare le interazioni proteina-DNA nelle cellule

Qui si descrive un protocollo per la rilevazione simultanea di modificazioni istoniche da sequenze di DNA di immunofluorescenza e FISH DNA seguita da microscopia e analisi 3D (3D immuno-DNA FISH).

Immunofluorescenza combinato e FISH DNA 3D conservato nuclei in interfase di studiare i cambiamenti in 3D Organizzazione nucleare

Cromatina immunoprecipitazione è una tecnica potente per l'identificazione di DNA siti di Arabidopsis proteine ​​in vivo vincolante. Questa procedura include cromatina reticolazione e frammentazione, immunoprecipitazione con anticorpi selettivi contro la proteina di interesse, e l'analisi qPCR di DNA legato. Descriviamo un semplice saggio di ChIP ottimizzato per piante di Arabidopsis.

Immunoprecipitazione della cromatina Saggio per la identificazione di Arabidopsis interazioni proteina-DNA<em&gt; In Vivo</em

Estrazione del sale sequenziale delle proteine della cromatina associata è uno strumento utile per determinare le proprietà di associazione dei complessi della proteina grande. Questo metodo può essere impiegato per valutare il ruolo delle singole subunità o domini dell'affinità complessiva di una proteina complessa di massa della cromatina.

Estrazioni sequenziale sale per l'analisi di massa di cromatina associazione proprietà di complessi di rimodellamento della cromatina

Questo protocollo si concentra sulla preparazione della cromatina da tessuti congelati a scatto ed è adatto per l'immunoprecipitazione della cromatina reticolante (X-ChIP) seguita da analisi quantitative PCR (X-ChIP-qPCR) o approcci di sequenziamento di nuova generazione (X-ChIP-seq).

Estrazione della cromatina dal tessuto epatico chimerico congelato per l'analisi dell'immunoprecipitazione della cromatina

L'interazione di un rimodellatore di cromatina ATP-dipendente con un ligando del DNA è descritta utilizzando la spettroscopia CD. I cambiamenti conformazionali indotti su un promotore genico analizzato dai picchi generati possono essere utilizzati per comprendere il meccanismo della regolazione trascrizionale.

Spettroscopia CD per studiare le interazioni DNA-proteina

DNA curtain, una tecnica di imaging ad alto rendimento di una singola molecola, fornisce una piattaforma per la visualizzazione in tempo reale di diverse interazioni proteina-DNA. Il presente protocollo utilizza la tecnica della cortina del DNA per studiare il ruolo biologico e il meccanismo molecolare di Abo1, una ATPasi AAA+ contenente bromodominio pombe di Schizosaccharomyces .

Decifrare il meccanismo molecolare dell'assemblaggio degli istoni mediante la tecnica della tenda del DNA

Presentiamo un protocollo di colorazione e analisi per la microscopia di localizzazione a singola molecola della cromatina a tre colori (SMLM) che consente la mappatura riproducibile di eucromatina, eterocromatina e RNAP II per l'analisi spaziale. Questo protocollo consente un'efficiente marcatura multicolore in ambienti nucleari densi, inclusi bersagli associati alla cromatina, consentendo una rilevazione simultanea affidabile.

Un protocollo di microscopia a localizzazione di molecole singole multimarcatore per l'indagine della cromatina nell'ambiente nucleare denso

Scopri il metodo RDD per mappare le interazioni cromatiniche ancorate a RNA specifici. Questa tecnica consente di identificare i loci genomici associati e i contatti DNA-DNA a lungo raggio per studi di epigenetica.

Metodo di Interazione DNA-DNA con Cromatina Associata a RNA

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