Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Rachel A. McGovern; P. Richard Harrigan; Luke C. Swenson

doi:10.3791/2531

ジャーナル

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免疫学と感染

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V3の人口ベースのシーケンシングを用いたHIV - 1トロピズムの遺伝子型推論

JoVE Journal
免疫学と感染

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JoVE Journal 免疫学と感染

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

V3の人口ベースのシーケンシングを用いたHIV - 1トロピズムの遺伝子型推論

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11:10 min

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December 27, 2010

DOI:

10.3791/2531-v

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10.3791/2531-v

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December 27, 2010

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Rachel A. McGovern¹, P. Richard Harrigan¹, Luke C. Swenson¹

¹Laboratory Program,BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

筆記録

Español

概要

HIV指向性は、ウイルスエンベロープのV3領域から推測することができます。 V3は、PCRには、ネストされたRT - PCR、配列決定を用いてtriplicateで増幅し、バイオインフォマティクスのソフトウェアを使用して解釈されます。低G2Pスコア1以上のシーケンス（S）とを有するサンプルは、非R5ウイルスとして分類されています。