Name: TChIP-Seq: 細胞型特異エピゲノムのプロファイリング (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-01-23T14:15:00.000+00:00
Duration: 7 min 28 s
Description: 学ぶtChIP-Seq法を用いた細胞型特異的ヒストン修飾の解析。マウス神経細胞からクロマチンを分離し、エピゲノムプロファイリングを行う手法です。神経細胞特異的な遺伝子発現制御メカニズムの解明に有用です。

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私たちは論文の批判的な読みの岩崎研究室のすべてのメンバーに感謝します。この作品は文部省科学研究領域 (S.N. と点火する JP17H05679 #26113005); 科学研究の部分で支えられました科研費若手研究者教育省、科学、スポーツ、(文部科学省); 日本の文化から (A) (点火する JP17H04998)先駆的プロジェクト「携帯電話の進化」とすべての理化学研究所プロジェクト「病気とエピゲノム」理化学研究所から (S.N. 点火し)。

<ol><li>Mito, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+type-specific+survey+of+epigenetic+modifications+by+tandem+chromatin+immunoprecipitation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Cell type-specific survey of epigenetic modifications by tandem chromatin immunoprecipitation sequencing.</a> Scientific Reports. 8 (1), 1143(2018).</li>
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<li>Kidder, B. L., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+library+preparation+for+next-generation+sequencing+analysis+of+genome-wide+epigenetic+and+transcriptional+landscapes+in+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Efficient library preparation for next-generation sequencing analysis of genome-wide epigenetic and transcriptional landscapes in embryonic stem cells.</a> Methods in Molecular Biology. , 3-20 (2014).</li>
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<li>Hornstein, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ligation-free+ribosome+profiling+of+cell+type-specific+translation+in+the+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Ligation-free ribosome profiling of cell type-specific translation in the brain.</a> Genome Biology. 17 (1), 149(2016).</li>
<li>Zhao, Y., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+catalog+of+currently+documented+histone+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbor+Perspectives+in+Biology%22%5BJournal%5D)">Comprehensive catalog of currently documented histone modifications.</a> Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 7 (9), a025064(2015).</li>
<li>Hoffman, E. A., Frey, B. L., Smith, L. M., Auble, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formaldehyde+crosslinking%3A+a+tool+for+the+study+of+chromatin+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Formaldehyde crosslinking: a tool for the study of chromatin complexes.</a> The Journal of Biological Chemistry. 290 (44), 26404-26411 (2015).</li>
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著者が明らかに何もありません。

我々 のプロトコル フラグ タグ H2B の式がタモキシフェン投与により誘導されるマウスの脳の神経細胞の最適化を行った。H2B 式、原料、組織および組織の量に使用プロモーターが成功 tChIP シーケンスの極めて重要なパラメーターしたがって、これらの要因の最適化は、興味のセル タイプごとに考慮されなければなりません。
このプロトコルに使用するプロシージャの間の重要なステップは、DNA がクロマチン長さが 100-500 bp5を達成するためにせん断です。一般に、超音波手順の標準化難しいさまざまな要因によって異なりますので固定条件、使用される組織、超-超音波処理に使用する装置、機器を設定すると、他の中で。したがって、この DNA せん断ステップのトライアル アンド エラー最適化は、個々 の実験の必要があります。超-超音波の代わりにミクロコッカスヌクレアーゼ治療は素朴なチップ方法6で使われている、単一のサイズのヌクレオソーム DNA を隔離するためのオプションをする必要があります。同種 DN...

動物の組織は、多様な細胞の種類で構成されます。各細胞の遺伝子の規則では、セルの種類を定義します。クロマチン修飾 DNA メチル化とヒストン修飾、遺伝子発現の細胞型特異性の根底にあります。したがって、各細胞型におけるエピジェネティクス制御の測定が望まれているが、それは技術的な挑戦をされています。
特定のセル型でエピジェネティクスを調べるためには、タンデム クロマチン免疫沈降シーケンス (Seq tChIP) は最近開発された(図 1)1だったTChIP、コアのエピトープ タグ ヒストン H2B は細胞型特異プロモーターから表されます。材料は種々 の細胞の混合物から開始されますが、この機能によりクロマチン興味のセルからの分離です。次チップ Seq-変更されたヒストン マークと次世代のディープ シーケンスを介してクロマチン精製 DNA を隔離した-我々 はゲノムワイドな標的細胞型のエピジェネティックな状態を監視できます。
この手法を使用すると、最近のヒストン H3 リジン 4 (H3K4me3) 蛋白質ニューロン固有トリメチルを調査したマーク。その研究では、Cre を介する組み換え (Rosa26CAG floxed pA H2B フラグ) に表現された蛋白質の C 末端タグ付きのフラグ H2B のノックアウトのマウスを開発しました。CamK2a プロモーターの制御下で Cre 小胞体 (ER) の遺伝子を持つマウスとの交雑、による得られたマウス ラインはタモキシフェン注入 (Camk2aH2B フラグ)1にアクティブなニューロンの H2B フラグを誘発しました。アンチ H3K4me3 抗体 tChIP Seq を行ったマウスの確立されたラインの脳から始まって、.H3K4me3 マークは、しばしばプロモーター領域に対応するのでニューロン1特異的に発現する Mrna の何百もを見出す可能性があります。
ここでは、組織郭清からライブラリーの構築(図 1)へのステップをカバーする典型的な tChIP Seq 手法について述べる。この議定書の最終的な目標は、tChIP Seq のパフォーマンスと他のセルタイプおよびヒストンの修正にこのメソッドの将来のアプリケーションのためのベスト プラクティスを共有することです。

<table><tbody><tr><td>Protein LoBindチューブ、2 mL</td><td>Eppendorf</td><td>No.&nbsp;0030108132</td><td>細胞溶解用</td></tr><tr><td>タンパク質LoBindチューブ、1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>No.&nbsp;0030108116</td><td>ChIPおよびライブラリー調製用</td></tr><tr><td>DNA LoBindチューブ、1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>No.&nbsp;0030108051</td><td>ChIPおよびライブラリ調製用</td></tr><tr><td>8ストリップPCRチューブ</td><td>BIO-BIK</td><td>3247-00</td><td>ChIPおよびライブラリ調製用</td></tr><tr><td>SKミル</td><td>TOKKEN</td><td>SK-200</td><td>固定用細胞粉末を作るための便利な極低温グラインダー</td></tr><tr><td>メタルブレット</td><td>TOKKEN</td><td>SK-100-DLC10</td><td>SKミルのアクセサリー</td></tr><tr><td>2mLステンレスチューブ</td><td>TOKKEN</td><td>TK-AM5-SUS</td><td>細胞用オプション溶解</td></tr><tr><td>2mL ステンレス製チューブホルダー</td><td>TOKKEN</td><td>SK-100-TL</td><td>細胞溶解のオプション</td></tr><tr><td>16% ホルムアルデヒド (w/v)、メタノールフリー</td><td>Pierce</td><td>28906</td><td>細胞を固定します。使用前に1%溶液を調製してください。</td></tr><tr><td>グリシン</td><td>ナカライ テスク</td><td>17109-35</td><td>2.5 M ストック</td></tr><tr><td>D-PBS (-)(1x)</td> <td>ナカライ テスク</td><td>14249-24</td><td>洗浄用溶解物および精製</td></tr><tr><td>DNA HEPES</td><td>ナカライ テスク</td><td>02443-05</td><td>溶解バッファー用 1.1 M、pH 7.5のストックを準備します。</td></tr><tr><td>5 M NaCl、分子生物学グレード</td><td>Nacalai Tesque</td><td>06900-14</td><td>溶解バッファー 1、溶解バッファー 2、ChIP 溶出バッファー、および Tris-EDTA-NaCl バッファー</td></tr><tr><td>0.5 M EDTA、分子生物学グレード</td><td>和光純薬工業株式会社</td><td>311-90075</td><td>溶解バッファー1、溶解バッファー2、ChIP溶出バッファー、およびトリス-EDTA-NaClバッファー用</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>和光純薬工業株式会社</td><td>072-04945</td><td>溶解バッファー 1</td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Nacalai Tesque</td><td>25223-75</td><td>溶解バッファー 1</td></tr><tr><td>Triton X-100、分子生物学グレード</td><td>Nacalai Tesque</td><td>12967-32</td><td>溶解バッファー 1</td></tr><tr><td>Tris</td><td>Nacalai Tesque</td><td>35406-91</td><td>溶解バッファー 2、ChIP 溶出バッファー、および Tris-EDTA-NaCl バッファー用。1 M、pH 8.0のストックを調製します。</td></tr><tr><td>0.1 M EGTA pH 中性</td><td>Nacalai Tesque</td><td>08947-35</td><td>溶解バッファー 2</td></tr><tr><td>プロテアーゼ阻害剤カクテル用 (100x)</td><td>Nacalai Tesque</td><td>25955-24</td><td>タンパク質の分解をブロックする</td></tr><tr><td>RIPA バッファー</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>89900</td><td>細胞溶解および洗浄用</td></tr><tr><td>milliTUBE 1 mL AFA ファイバー</td><td>Covaris</td><td>520130</td><td>ソニケーターチューブ。集束超音波装置のアクセサリー</td></tr><tr><td>集束超音波装置</td><td>Covaris</td><td>S220またはE220</td><td>DNAを適切なサイズに消化するには ChIP-Seq</td></tr><tr><td>UltraPure 10% SDS</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>15553-027</td><td>ChIP溶出</td></tr><tr><td>バッファーRNase A</td><td>Nacalai Tesque</td><td>30141-14</td><td>ライセート</td></tr><tr><td>プロテイナーゼK、組換え、PCRグレード</td><td>Sigma-Ald 3115887001 rich</td>からDNAを精製する<td></td><td>ライセートからDNAを精製する</td></tr><tr><td>エタノール</td><td>和光純薬工業(株)</td><td>054-07225</td><td>マウス</td></tr>で<tr><td>産生したモノクローナル抗FLAG M2抗体</td>を70%溶液にする <td>Sigma-Aldrich</td><td>F1804</td><td>目的の細胞で発現するクロマチンを精製するには</td></tr><tr><td>Dynabead M-280 ヒツジ抗マウスIgG</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>11201D</td><td>これは、抗FLAG IPおよび抗H3K4me3 IP</td></tr><tr><td>抗トリメチルヒストンH3(K4)、マウスモノクローナル抗体</td><td>和光純薬工業株式会社に使用できます。</td><td>301-34811</td><td>ChIP分析に有効なその他の抗体は、</td></tr><tr><td>10倍ブロッキング試薬</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>11096176001</td><td>アフィニティー精製中のブロッキング用</td></tr><tr><td>Denhardt's solution</td><td>Nacalai Tesque</td><td>10727-74</td><td>アフィニティー精製中のブロッキング</td></tr><tr><td>用 グリコーゲン (5 mg/ml)</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>AM9510</td><td>ライセートからDNAを精製するには</td></tr><tr><td>キュービット2.0 蛍光光度計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>Q32866</td><td>単離されたDNAの定量化用</td></tr><tr><td>キュービット dsDNA HS アッセイキット</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>Q32851</td><td>単離されたDNAの定量化用</td></tr><tr><td>0.5 mL チューブ</td><td>Axygen</td><td>10011-830</td><td>Qubit</td></tr><tr><td>フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール (25:24:1)</td> による定量用<td>Nacalai Tesque</td><td>25970-56</td><td>ライセートから DNA を精製するには</td></tr><tr><td>AMPure XP ビーズ</td><td>ベックマン・コールター</td><td>A63881</td><td>SPRI 磁気ビーズ ライブラリー調製用</td></tr><tr><td>金属製アイスラック</td><td>船越</td><td>IR-1</td><td>細胞溶解物を凍結</td></tr><tr><td>状態に保つためサンプルクーラー</td><td>ニューイングランドバイオラボ</td><td>T7771S</td><td>最小限のダメージで細胞を固定するのに役立ちます</td></tr><tr><td>2100 バイオアナライザー</td><td>アジレントテクノロジー</td><td>ズ G2939BA</td><td>単離されたDNA断片の品質を確認します。別のフラグメントアナライザーを使用することができます。</td></tr><tr><td>バイオアナライザー 2100 エキスパートソフトウェア</td><td>アジレントテクノロジー</td><td>ズ バイオ</td><td>アナライザー</td></tr><tr><td>に付属G2946CA 高感度DNAキット</td><td>アジレントテクノロジー</td><td>ズ 5067-4626</td><td>単離されたDNA断片の品質を確認するため</td></tr><tr><td>KAPA LTPライブラリ調製キット</td><td>ロシュ</td><td>07961898001</td><td>10x KAPA End Repair Buffer、KAPA End Repair Enzyme Mix、KAPA A-Tailling Buffer、KAPA A-Tailing Enzyme、KAPA Ligation Buffer、KAPA DNA Ligase、および PEG/NaCl solution</td></tr><tr><td>NEXTflex DNA Barcodes</td><td>BIOO Scientific</td><td>NOVA-514101</td><td>アダプターが付属しています。DNAバーコードアダプターとプライマーミックスが付属しています。</td></tr><tr><td>KAPA リアルタイムライブラリ増幅キット</td><td>Roche</td><td>07959028001</td><td>2x KAPA HiFi HS real-time PCR Master Mix, PCR Primer Mix, and Fluorescent Standards</td></tr><tr><td>2x KAPA HiFi HotStart</td><td>ReadyMix Roche</td><td>KM2602</td> for <td>library preparation.さらに、この酵素は、KAPA Real-Time Library Amplification Kit</td></tr><tr><td>Buffer EB</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td>10 mM Tris-Cl, pH 8.5 for elution of DNA</td></tr><tr><td>386-well qPCR plate</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4309849</td><td>For real-time</td></tr><tr><td>PCR QuantStudio 7 Flex Real-Time PCR System</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4485701</td><td>To quantify DNA</td></tr><tr><td>MicroAmp Optical Adhesive Film</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック サイエンティフィ</td>ック <td>4311971</td><td>リアルタイムPCR用</td></tr><tr><td>マイクロアンプ 透明粘着フィルム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>4306311</td><td>プレートシーリング用</td></tr><tr><td>エンドリペアマスターミックス</td><td></td><td></td><td>コンバイン 1.4 & マイクロ;10x KAPAエンドリペアバッファーのL、1 & マイクロ;KAPA末端修復酵素ミックスのL、および1.6&micro;L of H2O</td></tr><tr><td>A-タリング マスターミックス</td><td></td><td></td><td>コンバイン1 &micro;KAPA A-テーリングバッファーのL、0.6 &micro;KAPA A-テーリング酵素のL、および8.4 &micro;L of H2O</td></tr><tr><td>Ligation buffer mix</td><td></td><td></td><td>コンバイン 2 &micro;KAPAライゲーションバッファーのLおよび6μ;L of H2O</td></tr><tr><td>リアルタイムPCRマスターミックス</td><td></td><td></td><td>コンバイン5 &micro;2x KAPA HiFi HSリアルタイムPCRマスターミックス、0.35 &microのLPCRプライマーミックス(10 &micro;フォワードプライマーAATGATACGGCGACCACCGAGおよびリバースプライマーCAAGCAGAAGACGGCATACGAG)の各M)、および3.15&micro;L of H2O</td></tr><tr><td>PCR マスターミックス</td><td></td><td></td><td>コンバイン 10 & マイクロ;2x KAPA HiFiレディミックス、0.9 & マイクロのLPCRプライマーミックスのL、および0.6 &micro;L of H2O</td></tr><tr><td>Integrative Genomics Viewer</td><td>Broad Institute</td><td>IGV_2.3.88</td><td>シーケンシングデータを視覚化するゲノムブラウザ</td></tr><tr><td>DNA olgionucleotide: 5&prime;-GCCTACGCAGGTCTTGCTGAC-3&prime;</td><td>Eurofins Genomics</td><td></td> GAPDH DNAオリジオヌクレオチド<td>のプロモーター領域を増幅するためのプライマー</td></tr><tr><td>:5&prime;-CGAGCGCTGACCTTGAGGTC-3&prime;</td><td>Eurofins Genomics</td><td></td><td>GAPDHのプロモーター領域を増幅するプライマー</td></tr><tr><td>SYBR Premix Ex Taq</td><td>Takara</td><td>RR420L</td><td>GADPHプロモーター領域に対応するDNAを定量</td></tr>する <tr><td>Thermal Cycler Dice</td><td>Takara</td><td>TP870</td><td>GADPHプロモーター領域に対応するDNAを定量する</td></tr></tbody></table>

tchip-seq: 細胞型特異エピゲノムのプロファイリング

TChIP-Seq: Cell-Type-Specific Epigenome Profiling

エピジェネティック制御は、遺伝子発現の中心的な役割を果たしています。ヒストン修飾は、1960 年代に発見された、ので、その生理学的および病理学的機能が幅広く研究されています。確かに、次世代のディープ シーケンスと特定のヒストン修飾抗体を介してクロマチン免疫沈降 (チップ) の出現は遺伝子エピジェネティック制御の私達の眺めをもたらしました。逆に、組織は通常種類の多様な細胞で構成されて、彼らの複雑な混合物の特定の細胞型のエピゲノムを調査する課題が分析。ゲノムワイドなセル型固有クロマチンの状態に対処するため我々 は最近セルからタグ ヒストン蛋白によるクロマチンの選択的浄化に基づいているタンデム クロマチン免疫沈降配列 (tChIP-Seq) を開発チップ以下続く金利の種類このプロトコルの目標は tChIP 以下のベスト ・ プラクティスの導入この手法は、組織固有のエピゲノム多様なヒストン修飾とそのモデル生物の調査のための多機能なツールを提供します。

ここでは、我々 は組織切離、固定化、セル換散、タンデム精製クロマチンと次世代シーケンサーのための DNA ライブラリの準備について説明します。手順の中に 1 つは成功したシーケンスは、複数のステップ (図 2) で鍵である DNA の品質をテストできます。単一ヌクレオソームは、147 bp DNA 4で囲まれている通常、せん断の DNA はそのサイズよりも短くしないでください。超音波、直後後 DNA は分離され (図 2 a) マイクロ電気泳動マシン上で実行します。サイズの範囲を最適化するために最善の努力にもかかわらず、我々 はまだ unsheared に残った DNA (約 2 kbp) の人口があった。この段階で 100 500 bp から及ぶ DNA の割合は人口の 50% 以上をする必要があります。マイクロ電気泳動マシンと至る DNA の量を使用して再度、反フラグ (<strong class="x...

タンデム クロマチンのステップバイ ステップ プロトコルについて述べる免疫沈降配列 (tChIP-Seq) 細胞型特異ゲノムワイドなヒストン修飾の解析を可能にします。

TChIP-Seq: 細胞型特異エピゲノムのプロファイリング

Epigenetic regulation plays central roles in gene expression. Since histone modification was discovered in the 1960s, its physiological and pathological ...

この方法は、ゲノムと共に細胞型特異的な方法でどの程度の色度修飾が調節されているかなど、エピジェネティクス分野の重要な質問に答えるのに役立ちます。この技術の主な利点は、標的細胞からクロマチンを分離し、典型的なジプシー下流に従うことができるということです。したがって、この方法は、ニューロン特異的なトリミンシル、lysinc 4、opisoncillyに関する洞察を提供することができます。また、他のヒストン修飾、他の細胞タイプ、および他のモデル生物にも適用することができる。この手順のデモンストレーションは、私の研究室の技術者である水戸真理です。まず、細かいスプリングハサミを使って、目的の組織を小さく分けます。液体窒素で満たされたきれいな容器に組織断片を加えます。次いで、組織断片を液体窒素で満たされた2つのミリリットルチューブに移す。液体窒素を蒸発させるためにキャップを開けた後、マイナス80度で5分間チューブを保管します。ティッシュサンプルを含むチューブを冷やした金属製の氷ラックの上に置きます。その後、1.5ミリリットルのチューブに金属弾丸を入れ、液体窒素で冷やします。冷やした金属弾をサンプルチューブの1つに置きます。キャップを閉じ、チューブを極低温グラインダーのチューブホルダーにセットします。直ちに、組み立てたチューブホルダーを液体窒素に1分間浸します。凍結チューブホルダーを極低温グラインダーの外側カセットに挿入します。そして、30秒、60回、激しく振ります。この後、極低温粉砕機を分解し、金属弾を取り外す。そして、チューブを冷やされたサンプルクーラーに入れ。クーラーをマイナス20°Cで15分間保管します。次に、1%ホルムアルデヒドの900マイクロリットルをチューブとピペットに加え、混合します。懸濁液を1%ホルムアルデヒドの900マイクロリットルの新しい2ミリリットルチューブに移します。次に、23°Cで穏やかな回転で10分間サスペンションを固定します。固定反応を停止するには、チューブに2.5モルグリシンの100マイクロリットルを加えます。そして、摂氏4度で5分間、3,000倍の重力で遠心分離機。この後、超上清を捨てます。チューブにPBSを1ミリリットル加え、渦を混ぜます。摂氏4度で5分間、3,000倍の重力で遠心分離機。この洗浄手順をもう2回繰り返します。次に、500マイクロリットルのリシスバッファーをペレットとピペットに加え、混合する。チューブを摂氏4度で3,000倍の重力で5分間遠心し、上清を捨てます。1ミリリットルのライシスバッファーをペレットに2つ加え、渦を混ぜます。その後、懸濁液を摂氏4度で3,000倍の重力で5分間遠心し、上清を捨てます。この後、800マイクロリットルのラジオ免疫沈降アッセイバッファーをプロテアーゼ阻害剤カクテルと共にペレットとピペットに加えて混合する。サスペンションを摂氏4度で3,000倍の重力で5分間遠心し、上清を捨てます。次に、500マイクロリットルのリパバッファーをプロテアーゼ阻害剤カクテルと共にペレットに加えます。その後、懸濁液を摂氏4度で3,000倍の重力で5分間遠心し、上清を捨てます。プロテアーゼ阻害剤カクテルでRIPAバッファーの1ミリリットルを追加します。プロテアーゼ阻害剤カクテルを用いてRIPAバッファーを添加した直後に、リセートを超音波管に移します。そして、超音波器の上にチューブを置きます。テキストプロトコルで概説されている設定を使用して、クロマチンをせん断します。次いで、サンプルを低結合チューブ1.5ミリリットルのタンパク質に移します。そして、摂氏4度で20,000倍の重力で5分間遠心分離します。サンプルから上清を収集し、低結合チューブの新しいタンパク質に移します。このプロトコルでは、タンデムクロマチン免疫沈降シーケンシングが導入され、実証された。手順の間に、DNAの品質は複数のステップでテストされました。超音波処理の直後に、シアドDNAを単離し、マイクロ流体電気泳動機で試験した。抗FLAG抗体と抗H3K3me3抗体を用いて、親和性精製を行った後、DNAの品質を再度チェックした。H2B-FLAG上のDNAの免疫精製の特異性を陰性対照試料で確認した。ごくわずかな量のDNAが検出された場所。さらにプロトコルに入って、シーケンスライブラリの品質が検証された。成功したChIPおよびT-ChIPは、GAPDH遺伝子のプロモーター領域を標的とするプライマーを用いた濃縮分析を通じて証明された。3つのニューロン遺伝子に沿った代表的な再分配が得られた。そして、ニューロンT-ChIPシークによる遺伝子の5つのプライムエンドでの読み取りの豊かさは、脳全体のT-ChIPシークに対して観察された。スタビリの後、この技術は、エピジェネティック分野の研究者がマウスのニューロンで広く細胞型特異的ヒストン修飾全般を探求する道を開きます。ホルムアルデヒドでの作業は非常に危険であり、ゴム製の衣服や眼鏡を着用するなどの予防措置を取ることを忘れないでください。

tchip-seq-cell-type-specific-epigenome-profiling

Research

JoVE Journal

Biology

生物学

クロマチン免疫沈降法と超高スループットシーケンシング（チップ-SEQ）の組み合わせは、所定の組織または細胞株におけるタンパク質-DNA相互作用を特定し、マッピングすることができます。概説としては、例えば、転写因子TCF7L2の経験を使用して、その後の配列決定のための高品質のChIPテンプレートを生成する方法である。...

ハイスループットシーケンシングのための高品質クロマチン免疫沈降DNAテンプレート（チップ-SEQ）の生成

&gt;jove_contentvivoタンパク質-DNA相互作用をマッピングする方法は、ゲノム研究のあらゆる側面において重要になりつつありますが、それらは手間がかかり、費用がかかり、時間がかかります。ここでは、限られた量の細胞とin...

万HeLa細胞でエピジェネティックプロファイルを生成するためのChIP-seqの実験の自動化

遺伝子転写の微調整規制が胚細胞の運命決定の基礎となります。ここで、我々は、幹細胞およびマウス胚の心臓の開発の両方心臓分化のエピジェネティックな調節を調査するために使用されるクロマチン免疫沈降アッセイを記載します。...

胚性幹細胞や組織の心臓分化のエピジェネティック制御

この研究は、成熟マウスT細胞株を用いたクロマチン免疫沈降（ChIP）のためのプロトコールを記載している。このプロトコルは、特定のプロモーター部位またはゲノムワイドにおける特定のヒストンマークの分布を調べるのに適しています。...

マウスT細胞株におけるクロマチン免疫沈降（ChIP）

提案するミクロコッカスヌクレアーゼ (MNase) のアクセシビリティを統合ヌクレオソーム密度チップ seq 解析フレームワークに適したシーケンス データセットの生成 (チップ seq) 方法論をシーケンス変更されたネイティブ...

ネイティブのクロマチン免疫沈降のヌクレオソーム密度解析ライブラリをシーケンスの生成

ここでは、最適化された高スループット チップ シーケンス プロトコルと冷凍腫瘍組織や細胞からゲノム...

腫瘍組織に高スループット チップ シーケンスを用いたクロマチン状態のゲノム マッピングの統合プラットフォーム

ここでは、チップ Seq を実行する方法について記述して ES 細胞の CARIP-Seq、次世代シーケンシング ライブラリ準備も含めて世界的なエピゲノムとクロマチン関連 RNA...

CARIP Seq とチップ Seq: クロマチン結合 Rna および胚性幹細胞における蛋白質 DNA 相互作用を識別する方法

ゲノム全体のタンパク質結合位置の正確な決定は、遺伝子調節を理解するために重要です。ここでは、クロマチン免疫沈降DNAをエキソヌクレアーゼ消化(ChIP-exo)に続けてハイスループットシーケンシングで処理するゲノムマッピング方法について説明します。この方法は、哺乳類ニューロンにおける近接塩基対マッピング分解能および高いシグナル対雑音比を用いてタンパク質とDNAの相互作用を検出する。...

クロマチン免疫沈降-エキソヌクレアーゼ(ChIP-Exo)を用いたマウス幹細胞由来ニューロンにおけるタンパク質-DNA相互作用の高分解能マッピング

本論文では、ChIP液体ハンドラプラットフォームを用いた特定のヒストン修飾(H3K27ac)に関連するDNA領域の半自動マイクロスケールのChIP-Seqプロトコルについて説明し、続いてタグメンテーションを用いたライブラリ調製について述べている。この手順には、品質と量の目的に対する制御評価が含まれており、他のヒストン修飾または転写因子に採用することができます。...

大規模エピジェネティック研究のための半自動化されたChIP-Seq法

本研究は、組織切片の直接的な空間バーコードと単一細胞マルチオーム解析を組み合わせた空間的Trekker–CUT&amp;Tagマルチオームプロトコルを提示します。このアプローチにより、遺伝子発現とヒストンH3K27ac修飾の空間的に分解された単一細胞プロファイリングを同時に可能にし、組織微細解剖学の文脈における遺伝子調節に関する機構的洞察を提供します。...

凍結組織切片におけるトランスクリプトームおよびエピゲノム標的の空間的に分解された統合マルチオミクスプロファイリング

学ぶtChIP-Seq法を用いた細胞型特異的ヒストン修飾の解析。マウス神経細胞からクロマチンを分離し、エピゲノムプロファイリングを行う手法です。神経細胞特異的な遺伝子発現制御メカニズムの解明に有用です。

TChIP-Seq: 細胞型特異エピゲノムのプロファイリング

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