原子スケールのステッピングから粗粒拡散までのDNAに沿った転写因子タンパク質移動の構造ベースのシミュレーションとサンプリング
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2022年3月1日
DOI :10.3791/63406-v
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1Beijing Computational Science Research Center, 2Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, 3School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, 4Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, 5Department of Physics and Astronomy, University of California, Irvine, 6Department of Chemistry, University of California, Irvine, 7NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research, University of California, Irvine
* These authors contributed equally
このプロトコールの目標は、植物転写因子WRKYドメインタンパク質を例示的な系として用いて、DNAに沿ったタンパク質の1次元拡散の構造ダイナミクスを明らかにすることである。これを行うために、原子論的および粗粒度の分子動力学シミュレーションと広範な計算サンプリングの両方が実装されています。
Chapters in this video
0:04
Introduction
0:45
Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
6:26
Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
6:57
Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
8:45
Conclusion
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