Name: 浮体研究所:環境DNA分析のために運航フェリーから海水サンプルを収集およびろ過するための標準操作手順 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: 学ぶ 環境DNAサンプリング法：運航フェリーから海水を収集・ろ過し、海洋哺乳類の分布と生息地特性を解明する標準操作手順。この手法は遠洋海域の生態系モニタリングと保全戦略に貢献します。

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<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>直径4.7cmフィルターメンブレン</td><td>Biosigma S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td> <td>0.45 & muのフィルター膜;m 気孔率、個別包装&nBSP;</td></tr><tr><td>4/5 L真空フラスコ</td><td>デュラン</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td> <td>5 Lガラスフラスコ ストッパー付き</td></tr><tr><td>吸収性紙パッド</td><td>アドバンテック MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>ろ紙吸収パッド、サイズ47mm。</td></tr><tr><td>バッグインボックス(BiB)</td><td>GMV Agricenter S.r.l.</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td> <td>10リットルの蛇口付きバッグインボックス</td></tr>フィルター<tr><td>シリンダー&nbsp;</td><td>ザルトリウスAG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100モニターシリンダー、0.45&μ;mメンブレン付属&nbsp;</td></tr><tr><td>シーリングフィルム</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&utm_medium= cpc&utm_campaign=all+product_ dsa_WW_%28bing+ebizpfs%29& utm_id=626946489&utm_content= 1166583023365595&msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f&utm_term=%2Fproduct%2F</td><td>4インチ×125フィートの実験室用シーリングフィルムのロール</td></tr><tr><td>真空ポンプ</td><td>KNFグループ</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboportポータブル真空ポンプN.96&nbsp;</td></tr></tbody></table>

浮体研究所:環境dna分析のために運航フェリーから海水サンプルを収集およびろ過するための標準操作手順

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

説明されているようにプロトコルを実行すると、3 つのレプリカに FSS の数を乗算した数に等しい数のフィルターがオペレーターによって収集されます。各フィルターは、両面のうちの片面に生物学的痕跡(環境DNA)を保持します。eDNA抽出後の分析ステップは、研究課題、ターゲット、および目標に大きく依存します。たとえば、Valsecchiらによるパイロット研究では、9、記載されているeDNA収集プロトコルにより、複製可能で体系的な海洋巨大動物調査の設計が可能になりました。メタバーコードアプローチを使用し、分析する2つの異なる脊椎動物特異的マーカーを選択すると、いくつかの脊椎動物種(硬骨魚、エラスモブランチ、クジラ類)を検出することができました。これらの結果により、種の相対的な存在量(図13)とその空間分布を推測することができ、したがって、サンプリングされたルートとその栄養構造9に沿った脊椎動物群集の構成を再構築することができました。このアプローチで得られた海洋環境DNAは、生物のあらゆるグル...

浮体研究所:環境DNA分析のために運航フェリーから海水サンプルを収集およびろ過するための標準操作手順

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

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Environment

環境

このビデオでは、文書の沿岸海洋水のサンプルを収集し、バイオマス濃度、核酸精製、細胞の豊富さ、栄養および微量ガス分析を含む様々なダウンストリームアプリケーションのためにそれらを処理するための方法を。...

海水のサンプリングとコレクション

このビデオ、ドキュメント、大容量（≥20リットル）の水のカラムから、直径0.22μmと2.7μmの範囲の微生物バイオマスのろ過、、。...

沿岸海水サンプルの大容量（20L +）ろ過

このビデオドキュメント少量（〜1L）水柱から微生物バイオマスのろ過。...

沿岸海水試料の少量（1 - 3L）のろ過

ここでは、遠隔地の海洋環境における有機的および無機的な栄養素の利用可能性と、微生物およびウイルス群集の存在量と構造を評価するための包括的なプロトコルを提示します。...

水化学と海洋微生物学へのフィールドガイド - 海における幽玄選手の解明

水生環境での微量金属研究のための水サンプルを適切に収集し処理するためには、「クリーンな技術」を使用した特別な注意が必要です。詳細な微量金属研究のための信頼性の高い環境モニタリングデータと高感度の結果を得ることを目的とした、サンプリング、処理、および分析手順のプロトコルが提示されます。...

きれいなサンプリングと微量金属の研究のために川や河口ウォーターズの分析

私たちは、水のクリーンで正確なポイントサンプリングのためのシンプルで非侵入型で信頼性の高い方法であるVacuSIPを紹介します。このシステムは、底生懸濁液フィーダーによって吸い込まれた水と吐き出された水をその場で同時に収集するために開発され、評価され、粒子状物質と溶解した化合物の除去と排泄をきれいに測定しました。...

VacuSIP、のための改良INEX方法<em&gt;その場で</em&gt;微粒子と溶解した化合物の測定は、アクティブサスペンションフィーダによって処理します

私たちは、フィルターカートリッジによる水サンプルのろ過と、フィルターを取り外すためにハウジングを切り開くことなく環境DNA(eDNA)を抽出するためのプロトコルを記述します。このプロトコルは、魚由来のeDNAをメタバーコード化するために開発されましたが、他の生物由来のeDNAにも適用できます。...

ろ過水のサンプルおよび環境DNAの抽出のためのフィルターカートリッジの使用

プランクトンや懸濁粒子は、海の物質循環に大きな役割を果たします。ここでは、海水の大量の処理能力を持つ、超クリーン、低応力法の粒子と海でプランクトンの様々...

サイズ分画した海洋プランクトンや懸濁粒子を収集するための超きれいな積層装置

ここでは、シアノファージ(およびその宿主)を単離するための海洋および淡水生態系のユーフォティックゾーンからのサンプリング方法と、単一の遺伝子型を濃縮し、ウイルスと宿主の相互作用ダイナミクスを特徴付けるサンプリング後のプロセスについて説明します。...

光合成微生物とそのウイルスの環境サンプリング:フィールドからラボまで

このプロトコルは、鯨類環境DNA(eDNA)サンプルをホエールウォッチング船から採取するための標準化されたワークフローを記述しています。研究者や訓練を受けた市民科学者の実現可能性が優先され、環境条件、ろ過時間、濁度、船内物流が実際の適用限界を定めます。...

鯨類モニタリングのためのホエールウォッチング船からの環境DNAサンプリング

学ぶ 環境DNAサンプリング法：運航フェリーから海水を収集・ろ過し、海洋哺乳類の分布と生息地特性を解明する標準操作手順。この手法は遠洋海域の生態系モニタリングと保全戦略に貢献します。

浮体研究所:環境DNA分析のために運航フェリーから海水サンプルを収集およびろ過するための標準操作手順

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