ヒト差次発現遺伝子リストを使用して、ダウンストリーム経路濃縮解析とターゲットの優先順位付けを実行する

現在の研究では、バルクRNAシーケンシング実験からのケースサンプルと対照サンプルを比較することによって生成された細胞内シグナル伝達経路のプロファイルに基づいて治療標的を予測し、優先順位を付けるRスクリプトであるPathway2Targetsアルゴリズムを実行するためのプロトコルについて説明しています。

私たちの研究の目的は、さまざまな状態に対する細胞内転写応答を特徴付け、それらの状態の治療法とメカニズムまたは診断マーカーを予測することです。計算予測は薬の候補を与えます。薬剤の効果の検証には、リソースと時間がかかります。

しかし、偶発的な方法は、高品質の実験データによってのみ改善できました。この研究の利点は、差次的に発現する遺伝子を既知の標的に一致させるだけでなく、シグナル伝達経路内で再利用するための潜在的な薬物標的を特定できることです。SPIA 経路エンリッチメントアルゴリズムを実行するには、まず GitHub からコンピュータシステム上のコードをダウンロードします。

SPIA_Codeを開きます。RStudio の R MD スクリプト。すべてのコード行を選択し、[実行] または [選択した行を実行] ボタンをクリックしてスクリプトを実行します。

実行が完了するまで待ち、同様の名前の csv ファイルが Download ディレクトリに表示されることを確認します。ファイルをスプレッドシートとして開き、結果を手動で確認して解釈します。ターゲットの優先順位付けアルゴリズムを実行するには、Pathway2Targets を開きます。

R スクリプトを RStudio で [ファイル] メニューを選択して [ファイルを開く] をクリックし、ディレクトリからスクリプト名を選択します。RStudio コード・ウィンドウで、22 行目に移動し、プレースホルダーを実際の SPIA 結果ファイル名に置き換えます。すべてのコード行を選択し、[実行] ボタンをクリックしてアルゴリズムを実行します。

画面の左下パネルに表示されるリアルタイムの進行状況メッセージを確認します。完了したら、Downloadディレクトリで、優先順位付けされたターゲットを含む同様の名前のtsvファイルを確認します。優先順位付けされたターゲットとそのメトリックを含むファイルを生成したら、スプレッドシートアプリケーションで開いて確認します。

SPIAアルゴリズムは、未調整のp値が0.05未満の10の統計的に有意なシグナル伝達経路を特定しました。Pathway2Targets アルゴリズムは、複数の予測ターゲットを識別しました。予測された治療目標は、EGFR、TP53、AKT1などの既知の結腸直腸がん関連遺伝子を含む、ランク付けされたターゲットとランク付けされた治療アウトプットの両方で一貫していました。